| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 3,168,668 | T→A | 9.4% | T30S (ACT→TCT) | parE ← | DNA topoisomerase IV, subunit B |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,168,668 | 0 | T | A | 9.4% | 671.5 / 47.0 | 225 | T30S (ACT→TCT) | parE | DNA topoisomerase IV, subunit B |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (100/103); new base A (12/9); total (112/113) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.48e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.90e-01 | |||||||||||
Only 100 of 228 total aligned reads displayed.
GAATATCCACCGGCATCCCGCGCCCATCGTCAATAACTTCTAACGACTGGTCAGCATGTAAAATAACGTCCACGCGTTTTGCGTGACCCGCCAGTGCTTCATCCACACTGTTATCAATGACTTCTTGCCCCAAATGGTTAGGGCGAGTGGTATCGGTATACATCCCCGGACGGCGGCGAACCGGCTCAAGCCCGGTGAGTACCTCAATGGCATCAGCGTTATAAGTTTGCGTCATGGTTTAAGTTAGTAATTCGAGTTGATCGTCAGAGATGGTGCAGACCAAGAAAATCGAC > CP009273/3168521‑3168813 | taaTATCCACCGGCATCCCGCGCCCATCGTCAATAACTTCTAACGACTGGTCAGCATGTAAAATAACGTCCACGCGTTTTGCGTGACCCGCCAGTGCTTCATCCACACTGTTATCAATGACTTCTTGCCCCAAATGGTTAGGGCGAGt < 2:2706724/147‑1 (MQ=255)gAATATCCACCGGCATCCCGCGCCCATCGTCAATAACTTCTAACGACTGGTCAGCATGTAAAATAACGTCCACGCGTTTTGCGTGACCCGCCAGTGCTTCATCCACACTGTTATCAATGACTTCTTGCCCCAAATGGTTAGGGCGAGt > 2:425448/1‑148 (MQ=255) atatCCACCGGCATCCCGCGCCCATCGTCAATAACTTCTAACGACTGGTCAGCATGTAAAATAACGTCCACGCGTTTTGCGTGACCCGCCAGTGCTTCATCCACACTGTTATCAATGACTTCTTGCCCCAAATGGTTAGGGCGAGTgg > 1:2261989/1‑148 (MQ=255) tCCCCCGGCATCCCGCGCCAATCGTAAATAACTACTAACGACTGGTCAGCATGTAAAATAACGTCCACGCGTTTTGCGTGACCCGCCAGTGCTTCATCCACACTGTTATCAATGACTTCTTGCCCCAAATGGTTAGGGCGAGAGGTAt < 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aTGGTTAGGGCGAGTGGTATCGGTATACATCCCCGGACGGCGGCGAACCGGCTCAAGCCCGGTGAGTACCTCAATGGCATCAGCGTTATAAGTTTGCGTCATGGTTTAAGTTAGTAATTCGAGTTGATCGTCAGAGATGGTGCAGAcc > 2:1040559/1‑148 (MQ=255) ggTTAGGGCGAGTGGTATCGGTATACATCCCCGGACGGCGGCGAACCGGCTCAAGCCCGGTGAGTACCTCAATGGCATCAGCGTTATAAGTTTGCGTCATGGTTTAAGTTAGTAATTCGAGTTGATCGTCAGAGATGGTGCAGACCaa > 2:2091212/1‑148 (MQ=255) tAGGGCGAGTGGTATCGGTATACATCCCCGGACGGCGGCGAACCGGCTCAAGCCCGGTGAGTACCTCAATGGCATCAGCGTTATAAGTTTGCGTCATGGTTTAAGTTAGTAATTCGAGTTGATCGTCAGAGATGGTGCAGACCAAGaa > 2:1039065/1‑148 (MQ=255) aGGGCGAGTGGTATCGGTATACATCCCCGGACGGCGGCGAACCGGCTCAAGCCCGGTGAGTACCTCAATGGCATCAGCGTTATAAGTTTGCGTCATGGTTTAAGTTAGTAATTCGAGTTGATCGTCAGAGATGGTGCAGACCAAGaaa < 2:3190981/148‑1 (MQ=255) aGGGCGAGTGGTATCGGTATACATCCCCGGACGGCGGCGAACCGGCTCAAGCCCGGTGAGTACCTCAATGGCATCAGCGTTATAAGTTTGCGTCATGGTTTAAGTTAGTAATTCGAGTTGATCGTCAGAGATGGTGCAGACCAAGaaa < 2:1512209/148‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |