| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 263,564 | G→T | 44.6% | I51I (ATC→ATA) | yafZ ← | CP4‑6 prophage; conserved protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP009273 | 263,564 | 0 | G | T | 44.6% | 191.2 / 236.8 | 214 | I51I (ATC→ATA) | yafZ | CP4‑6 prophage; conserved protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (49/69); new base T (40/56); total (89/125) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 217 total aligned reads displayed.
TTCCGGCACCTGTTTACCGGTGATCTGCCCTTCCCGCCGCAGACGCAGCATATGCTTTGTATGTTCACGACGACCCGGGTCACGCACGCGGGTCTGACAGGCAAAGAATGGCTGGAAGCCTTCTCGCTGTAGGCTGTCGAGCAGGGAGATGGTGGGTATATAGGTATAACGCTCACTACGGGACTCGTGTTTGTCCTCACTGAATACACTGGGCACTACGCGAAACAGCTCTTCACGGGTTAACGGACGGTCGCGACGGATAAGGTTTGCTGCGCCAAAGCGCGAAGCCAGACGG > CP009273/263417‑263711 | cGGCACCTGTTTACCGGTGATCTGCCCTTCCCGCCGCAGACGCAGCATATGCTTTGTATGTTCACGACGACCCGGGTCACGCACGCGGGTCTGACAGGCAAAGAATGGCTGGAAGCCTTCTCGCTGTAGGCTGTCGAGCAGGGAGAtg < 1:1425944/148‑1 (MQ=255) gCACCTGTTTACCGGTGATCTGCCCTTCCCGCCGCAGACGCAGCATATGCTTTGTATGTTCACGACGACCCGGGTCACGCACGCGGGTCTGACAGGCAAAGAATGGCTGGAAGCCTTCTCGCTGTAGGCTGTCGAGCAGGGAGAtggt < 2:2964203/148‑1 (MQ=255) aCCTGTTTACCGGTGATCTGCCCTTCCCGCCGCAGACGCAGCATATGCTTTGTATGTTCACGACGACCCGGGTCACGCACGCGGGTCTGACAGGCAAAGAATGGCTGGAAGCCTTCTCGCTGTAGGCTGTCGAGCAGGGAGAtggtgg < 1:1079781/148‑1 (MQ=255) aCCTGTTTACCGGTGATCTGCCCTTCCCGCCGCAGACGCAGCATATGCTTTGTATGTTCACGACGACCCGGGTCACGCACGCGGGTCTGACAGGCAAAGAATGGCTGGAAGCCTTCTCGCTGTAGGCTGTCGAGCAGGGAGAtggtgg 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gTAGGCTGTCGAGCAGGGAGATGGTGGGTATATAGGTATAACGCTCACTACGGGACTCGTGTTTGTCCTCACTGAATACACTGGGCACTACGCGAAACAGCTCTTCACGGGTTAACGGACGGTCGCGACGGATAAGGTTTGCTGCGcc < 2:1890425/148‑1 (MQ=255) gTAGGCTGTCGAGCAGGGAGATGGTGGGTATATAGGTATAACGCTCACTACGGGACTCGTGTTTGTCCTCACTGAATACAATGGGCACTACGCGAAACAGCTCTACACGGGTTAACGGACGGTCGCGACGGATAAGGTTTGCTGCGcc > 2:1924775/1‑148 (MQ=255) ggCTGTCGAGCAGGGATATGGTGGGTATATAGGTATAACGCTCACTACGGGACTCGTGTTTGTCCTCACTGAATACACTGGGCACTACGCGAAACAGCTCTTCACGGGTTAACGGACGGTCGCGACGGATAAGGTTTGCTGCGCCaaa < 1:1009771/148‑1 (MQ=255) gCTGTCGAGCAGGGATATGGTGGGTATATAGGTATAACGCTCACTACGGGACTCGTGTTTGTCCTCACTGAATACACTGGGCACTACGCGAAACAGCTCTTCACGGGTTAACGGACGGTCGCGACGGATAAGGTTTGCTGCGCCAAAg < 1:2913535/148‑1 (MQ=255) gCTGTCGAGCAGGGATATGGTGGGTATATAGGTATAACGCTCACTACGGGACTCGTGTTTGTCCTCACTGAATACACTGGGCACTACGCGAAACAGCTCGTCACGGGTTAACGGACGGTCGCGACGGATAAGGTTTGCTGCGCCAAAg < 1:2913584/148‑1 (MQ=255) cGAGCAGGGATATGGTGGGTATATAGGTATAACGCTCACTACGGGACTCGTGTTTGTCCTCACTGAATACACTGGGCACTACGCGAAACAGCTCTTCACGGGTTAACGGACGGTCGCGACGGATAAGGTTTGCTGCGCCAAAGCGCGa < 2:1093671/148‑1 (MQ=255) gCAGGGATATGGTGGGTATATAGGTATAACGCTCACTACGGGACTCGTGTTTGTCCTCACTGAATACACTGGGCACTACGCGAAACAGCTCTTCACGGGTTAACGGACGGTCGCGACGGATAAGGTTTGCTGCGCCAAAGCGCGAAGc < 1:3266357/148‑1 (MQ=255) cAGGGAGATGGTGGGTATATAGGTATAACGCTCACTACGGGACTCGTGTTTGTCCTCACTGAATACACTGGGCACTACGCGAAACAGCTCTTCACGGGTTAACGGACGGTCGCGACGGATAAGGTTTGCTGCGCCAAAGCGCGAAGcc < 2:542526/148‑1 (MQ=255) gggAGATGGTGGGTATATAGGTATAACGCTCACTACGGGACTCGTGTTTGTCCTCACTGAATACACTGGGCACTACGCGAAACAGCTCTTCACGGGTTAACGGACGGTCGCGACGGATAAGGTTTGCTGCGCCAAAGCGCGAAGCCAg < 2:601149/148‑1 (MQ=255) ggATATGGTGGGTATATAGGTATAACGCTCACTACGGGACTCGTGTTTGTCCTCACTGAATACACTGGGCACTACGCGAAACAGCTCTTCACGGGTTAACGGACGGTCGCGACGGATAAGGTTTGCTGCGCCAAAGCGCGAAGCCAGa < 2:60464/148‑1 (MQ=255) gaTGGTGGGTATATAGGTATAACGCTCACTACGGGACTCGTGTTTGTCCTCACTGAATACACTGGGCACTACGCGAAACAGCTCTTCACGGGTTAACGGACGGTCGCGACGGATAAGGTTGGCTGCGCCAAAGCGCGAAGCCAGACgg < 1:902147/148‑1 (MQ=255) | TTCCGGCACCTGTTTACCGGTGATCTGCCCTTCCCGCCGCAGACGCAGCATATGCTTTGTATGTTCACGACGACCCGGGTCACGCACGCGGGTCTGACAGGCAAAGAATGGCTGGAAGCCTTCTCGCTGTAGGCTGTCGAGCAGGGAGATGGTGGGTATATAGGTATAACGCTCACTACGGGACTCGTGTTTGTCCTCACTGAATACACTGGGCACTACGCGAAACAGCTCTTCACGGGTTAACGGACGGTCGCGACGGATAAGGTTTGCTGCGCCAAAGCGCGAAGCCAGACGG > CP009273/263417‑263711 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |