| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,232,997 | 0 | T | A | 56.8% | 67.3 / 170.6 | 127 | intergenic (+93/‑306) | alx/sstT | putative membrane‑bound redox modulator/sodium:serine/threonine symporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (41/13); new base A (34/38); total (76/51) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.70e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.88e-01 | |||||||||||
Only 100 of 134 total aligned reads displayed.
TTTATTATCAACGCCTGGGTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑T‑CTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGATGTTGTCATCAGTCTGGAAGCCGCACGTTGGCTTTATTTTTATGTCAAAGAAATGTAACCATTAA > CP009273/3232851‑3233144 | ttttttATCAACGCGTGGTTTAATTATCGGCATGATAAGCAGGGGGGTGTATATTTTTTAATCTGCCTAAGCGGTGTACCCTGAAATTAAATTGCGCACCTTTT‑T‑GTCCCTCTCCCTCCCAGGTTGAGGGTCGGGTTGTGGGTAAttt < 2:849652/148‑1 (MQ=255)tttATTATCAACGCCTGGGTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑T‑CTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAAttt > 1:2571804/1‑148 (MQ=255) tattatCACCGCCTGGGTGAATTATCGGCATTATAAGCTGGGGGGTGTATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTTTACCCTGTAATTAACATGAGCACCTTTT‑T‑CTCCCTCACCCTTCCCGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAAtattt < 2:1058507/148‑1 (MQ=255) 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gTCGGGGTGAGGGTAATATTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGATGTTGTCATCAGTCTGGAAGCCGCACGTTGGCTTTATTTTTATGTCaa < 2:1530153/148‑1 (MQ=255) gTCGGGGTGAGGGTAATATTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGATGTTGTCATCAGTCTGGAAGCCGCACGTTGGCTTTATTTTTATGTCaa < 2:1330073/148‑1 (MQ=255) gggTGTGGTTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGATGTTGTCATCAGTCTGGAAGCCGCACGTTGGCTTTATTTTTATGTCAAAGaa < 2:3309440/148‑1 (MQ=255) ggTGAGGGTAATATTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGATGTTGTCATCAGTCTGGAAGCCGCACGTTGGCTTTATTTTTATGTCAAAGaaa < 1:3403810/148‑1 (MQ=255) gTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGTTTTTGTGATCAGTCTGGAAGCCGCACGGTGGGTTTATTTTTATTTGaaataaat > 1:2605086/1‑148 (MQ=37) gaggcaaaTTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGATGTTGTCATCAGTCTGGAAGCCGCACGTTGGCTTTATTTTTATGTCAAAGAAATGt < 1:1648148/142‑1 (MQ=255) gAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGATGTTGTCATCAGTCTGGAAGCCGCACGTTGGCTTTATTTTTATTTCAAATAAAAGt > 2:3042955/1‑148 (MQ=255) gAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCGAACCCACACCCCCAACCGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCGTTTTTTATTTTTTAATAACTCTTGTAGCCCCACCGTGGCGTTATTTTTTTTTAAAATaaaatt > 1:1391830/1‑145 (MQ=255) gAGGGAAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGATGTTGTCATCAGTCTGGAAGCCGCACGTTGGCTTTATTTTTATGTCAAAGAAATGt < 1:1648199/148‑1 (MQ=255) ggttAATATTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGATGTTGTCATCAGTCTGGAAGCCGCACGTTGGCTTTATTTTTATGTCAAAGAAATGTaa < 2:736206/145‑1 (MQ=255) gggTAATATTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGATGTTGTCATCAGTCTGGAAGCCGCACGTTGGCTTTATTTTTATGTCAAAGAAATGTaa < 1:3012310/148‑1 (MQ=255) gggTAATATTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGATGTTGTCATCAGTCTGGAAGCCGCACGTTGGCTTTATTTTTATGTCAAAGAAATGTaa < 2:2519791/148‑1 (MQ=255) gggAAATATTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGATGTTGTCATCAGTCTGGAAGCCGCACGTTGGCTTTATTTTTATGTCAAAGAAATGTaa < 1:2106871/148‑1 (MQ=255) gcacaTTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGATGTTGTCATCAGTCTGGAAGCCGCACGTTGGCTTTATTTTTATGTCAAAGAAATGTAAc < 1:3025076/144‑1 (MQ=255) tAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGCCTGACCGAGTCCTTTTTTGATGTTTTCATCAGTCTGGAAGCCGCACGGTTGCGTTATTTTTATGTGAAAGAAATTTAACCa > 2:1519278/1‑148 (MQ=38) tAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGATGTTGTCATCAGTCTGGAAGCCGCACGTTGGCTTTATTTTTATGTCAAAGAAATGTAAccc > 2:3485255/1‑147 (MQ=255) ttttCGCACCGATGCTGGCCTGTTACCCTCACCCAAACCCACTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACAGACCGAGTCCTTTTTTTATTTTTTCATAAGTCTTGAAGCCGCACGTTGGCTTTATTTTTTTGTCAAATAAAATTAAACAATaa > 1:1441895/1‑148 (MQ=255) | TTTATTATCAACGCCTGGGTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑T‑CTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGATGTTGTCATCAGTCTGGAAGCCGCACGTTGGCTTTATTTTTATGTCAAAGAAATGTAACCATTAA > CP009273/3232851‑3233144 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |