| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 3,243,768 | C→T | 100% | intergenic (+33/‑153) | yqjK → / → yqjF | uncharacterized protein/putative quinol oxidase subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,243,768 | 0 | C | T | 97.8% | 716.4 / 5.0 | 226 | intergenic (+33/‑153) | yqjK/yqjF | uncharacterized protein/putative quinol oxidase subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (4/1); new base T (107/114); total (111/115) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.07e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.64e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Only 100 of 227 total aligned reads displayed.
GGACGATTCGCCATCCTAATATGCTGGTCCGCTGGGCCAGACGCGGTTTTGGCGTATGGAGCGCCTGGCGTCTGGTTAAAACGACCCTCAAGCAGCAACAGCTTCGCGGTTAACTTCCCTCTGGCCGGAGCCATTCCGGCCTTATCCCTCAAATTTTTTGAAGATTTTTGACAGTTTTCCTTGCTAACAATCATCATTCACCACGTTTATGATTCTCTCCATCGACAGCAACGACGCTAATACCGCGCCATTGCACAAAAAAACAATCAGCAGCCTGAGTGGCGCAGTGG > CP009273/3243623‑3243912 | gACGATTCGCCATCCTAATATGCTGGTCCGCTGGGCCAGACGCGGTTTTGGCGTATGGAGCGCCTGGCGTCTGGTTAAAACGACCCTCAAGCAGCAACAGCTTCGCGGTTAACTTCCCTCTGGCCGGAGCCATTCCGGCCTTATTCCt > 1:1291115/1‑148 (MQ=255) aCGATTCGCCATCCTAATATGCTGGTCCGCTGGGCCAGACGCGGTTTTGGCGTATGGAGCGCCTGGCGTCTGGTTAAAACGACCCTCAAGCAGCAACAGCTTCGCGGTTAACTTCCCTCTGGCCGGAGCCATTCCGGCCTTATTCCTc > 2:1706900/1‑148 (MQ=255) gATTCGCCATCCTAATATGCTGGTCCGCTGGGCCAGACGCGGTTTTGGCGTATGGAGCGCCTGGCGTCTGGTTAAAACGACCCTCAAGCAGCAACAGCTTCGCGGTTAACTTCCCTCTGGCCGGAGCCATTCCGGCCTTATTCCTCaa < 2:1026797/148‑1 (MQ=255) gATTCGCCATCCTAATATGCTGGTCCGCTGGGCCAGACGCGGTTTTGGCGTATGGAGCGCCTGGCGTCTGGTTAAAACGACCCTCAAGCAGCAACAGCTTCGCGGTTAACTTCCCTCTGGCCGGAGCCATTCCGGCCTTATTCCTCaa < 2:2319153/148‑1 (MQ=255) ttCGCCATCCTAATATGCTGGTCCGCTGGGCCAGACGCGGTTTTGGCGTATGGAGCGCCTGGCGTCTGGTTAAAACGACCCTCAAGCAGCAACAGCTTCGCGGTTAACTTCCCTCTGGCCGGAGCCATTCCGGCCTTATTCCTCAAAt < 1:2452001/148‑1 (MQ=255) tCGCCATCCTAATAGGCTGGTCCGCTGGGCCAGACGCGGTTTTGGCGTATGGAGCGCCTGGCGTCTGGTTAAAACGACCCTCAAGCAGCAACAGCTTCGCGGTTAACTTCCCTCTGGCCGGAGCCATTCCGGCCTTATTCCTAAAAtt < 1:780276/148‑1 (MQ=255) tCCTAATATGCTGGTCCGCTGGGCCAGACGCGGTTTTGGCGTATGGAGCGCCTGGCGTCTGGTTAAAACGACCCTCAAGCAGCAACAGCTTCGCGGTTAACTTCCCTCTGGCCGGAGCCATTCCGGCCTTATTCCTCAAATTTTTTGa > 2:1426000/1‑148 (MQ=255) ccTAATATGCTGGTCCGCTGGGCCAGACGCGGTTTTGGCGTATGGAGCGCCTGGCGTCTGGTTAAAACGACCCTCAAGCAGCAACAGCTTCGCGGTTAACTTCCCTCTGGCCGGAGCCATTCCGGCCTTATTCCTCAAATTTTTTGaa > 2:2937396/1‑148 (MQ=255) ccTAATATGCTGGTCCGCTGGGCCAGACGCGGTTTTGGCGTATGGAGCGCCTGGCGTCTGGTTAAAACGACCCTCAAGCAGCAACAGCTTCGCGGTTAACTTCCCTCTGGCCGGAGCCATTCCGGCCTTATTCCTCAAATTTTTTGaa > 2:3505801/1‑148 (MQ=255) cTAATATGCTGGTCCGCTGGGCCAGACGCGGTTTTGGCGTATGGAGCGCCTGGCGTCTGGTTAAAACGACCCTCAAGCAGCAACAGCTTCGCGGTTAACTTCCCTCTGGCCGGAGCCATTCCGGCCTTATTCCTCAAATTTTTTGAAg < 1:3168357/148‑1 (MQ=255) tAATATGCTGGTCCGCTGGGCCAGACGCGGTTTTGGCGTATGTAGCGCCTGGCGTCTGGTTAAAACGACCCTCAAGCAGCAACAGCTTCGCGGTTAACTTCCCTCTGGCCGGAGCCATTCCGGCCTTATTCCTCAAATTTTTTGAAGa < 2:2281462/148‑1 (MQ=255) tAATATGCTGGTCCGCTGGGCCAGACGCGGTTTTGGCGTATGGAGCGCCTGGCGTCTGGTTAAAACGACCCTCAAGCAGCAACAGCTTCGCGGTTAACTTCCCTCTGGCCGGAGCCATTCCGGCCTTATTCCTCAAATTTTTTGAAGa < 1:2483374/148‑1 (MQ=255) tAATATGCTGGTCCGCTGGGCCAGACGCGGTTTTGGCGTATGGAGCGCCTGGCGTCTGGTTAAAACGACCCTCAAGCAGCAACAGCTTCGCGGTTAACTTCCCTCTGGCCGGAGCCATTCCGGCCTTATTCCTCAAATTTTTTGAAGa > 2:3535692/1‑148 (MQ=255) aaTATGCTGGTCCGCTGGGCCAGACGCGGTTTTGGCGTATGGAGCGCCTGGCGTCTGGTTAAAACGACCCTCAAGCAGCAACAGCTTCGCGGTTAACTTCCCTCTGGCCGGAGCCATTCCGGCCTTATTCCTCAAATTTTTTGAAGAt < 1:3546701/148‑1 (MQ=255) atatGCTGGTCCGCTGGGCCAGACGCGGTTTTGGCGTATGGAGCGCCTGGCGTCTGGTTAAAACGACCCTCAAGCAGCAACAGCTTCGCGGTTAACTTCCCTCTGGCCGGAGCCATTCCGGCCTTATTCCTCAAATTTTTTGAAGAtt > 2:2805732/1‑148 (MQ=255) tatGCTGGTCCGCTGGGCCAGACGCGGTTTTGGCGTATGGAGCGCCTGGCGTCTGGTTAAAACGACCCTCAAGCAGCAACAGCTTCGCGGTTAACTTCCCTCTGGCCGGAGCCATTCCGGCCTTATTCCTCAAATTTTTTGAAGAttt > 2:896874/1‑148 (MQ=255) gTCCGCTGGGCCAGACGCGGTTTTGGCGTATGGAGCGCCTGGCGTCTGGTTAAAACGACCCTCAAGCAGCAACAGCTTCGCGGTTAACTTCCCTCTGGCCGGAGCCATTCCGGCCTTATTCCTCAAATTTTTTGAAGATTTTTGACAg < 2:2587624/148‑1 (MQ=255) tCCGCTGGGCCAGACGCGTTTTTGGCGTATGGAGCGCCTGGCGTCTGTATAAAACGACCCTCAAGCAGCAACAGCTTCGCGGTTAACTTCCCTCTGGCCGGAGCCATTCCGGCCTTATTCCTCAAATTTTTTGAAGATTTTTGACAGt < 1:109193/148‑1 (MQ=255) tCCGCTGGGCCAGACGCGGTTTTGGCGTATGGAGCGCCTGGCGTCTGGTTAAAACGACCCTCAAGCAGCAACAGCTTCGCGGTTAACTTCCCTCTGGCCGGAGCCATTCCGGCCTTATTCCTCAAATTTTTTGAAGATTTTTGACAGt > 2:1919682/1‑148 (MQ=255) ccGCTGGGCCAGACGCGGTTTTGGCGTATGGAGCGCCTGGCGTCTGGTTAAAACGACCCTCAAGCAGCAACAGCTTCGCGGTTAACTTCCCTCTGGCCGGAGCCATTCCGGCCTTATTCCTCAAATTTTTTGAAGATTTTTGACAGtt < 2:598444/148‑1 (MQ=255) cTGGGCCAGACGCGGTTTTGGCGTATGGAGCGCCTGGCGTCTGGTTAAAACGACCCTCAAGCAGCAACAGCTTCGCGGTTAACTTCCCTCTGGCCGGAGCCATTCCGGCCTTATTCCTCAAATTTTTTGAAGATTTTTGACAGTTTTc > 1:479087/1‑148 (MQ=255) tGGGCCAGACGCGGTTTTGGCGTATGGAGCGCCTGGCGTCTGGTTAAAACGACCCTCAAGCAGCAACAGCTTCGCGGTTAACTTCCCTCTGGCCGGAGCCATTCCGGCCTTATTCCTCAAATTTTTTGAAGATTTTTGACAGTTTTcc < 1:255032/148‑1 (MQ=255) ggCCAGACGCGGTTTTGGCGTATGGAGCGCCTGGCGTCTGGTTAAAACGACCCTCAAGCAGCAACAGCTTCGCGGTTAACTTCCCTCTGGCCGGAGCCATTCCGGCCTTATTCCTCAAATTTTTTGAAGATTTTTGACAGTTTTCCtt > 1:2205339/1‑148 (MQ=255) gCCAGACGCGGTTTTGGCGTATGGAGCGCCTGGCGTCTGGTTAAAACGACCCTCAAGCAGCAACAGCTTCGCGGTTAACTTCCCTCTGGCCGGAGCCATTCCGGCCTTATTCCTCAAATTTTTTGAAGATTTTTGACAGTTTTCCTTg > 2:2974836/1‑148 (MQ=255) cAGACGCGGTTTTGGCGTATGGAGCGCCTGGCGTCTGGTTAAAACGACCCTCAAGCAGCAACAGCTTCGCGGTTAACTTCCCTCTGGCCGGAGCCATTCCGGCCTTATTCCTCAAATTTTTTGAAGATTTTTGACAGTTTTCCTTGCt > 1:1522333/1‑148 (MQ=255) gACGCGGTTTTGGCGTATGGAGCGCCTGGCGTCTGGTTAAAACGACCCTCAAGCAGCAACAGCTTCGCGGTTAACTTCCCTCTGGCCGGAGCCATTCCGGCCTTATTCCTCAAATTTTTTGAAGATTTTTGACAGTTTTCCTTGCTaa < 2:1183050/148‑1 (MQ=255) gACGCGGTTTTGGCGTATGGAGCGCCTGGCGTCTGGTTAAAACGACCCTCAAGCAGCAACAGCTTCGCGGTTAACTTCCCTCTGGCCGGAGCCATTCCGGCCTTATTCCTCAAATTTTTTGAAGATTTTTGACAGTTTTCCTTGCTaa > 2:302510/1‑148 (MQ=255) gACGCGGTTTTGGCGTATGGAGCGCCTGGCGTCTGGTTAAAACGACCCTCAAGCAGCAACAGCTTCGCGGTTAACGTCCCTCTGGCCGGAGCCATTCCGGCCTTATTCCTCAAATTTTTTGAAGATTTTTGACAGTTTTCCTTGCTaa < 2:590390/148‑1 (MQ=255) aCGCGGTTTTGGCGTATGGAGCGCCTGGCGTCTGGTTAAAACGACCCTCAAGCAGCAACAGCTTCGCGGTTACCTTCCCTCTGGCCGGAGCCATTCCGGCCTTATTCCTCAAATTTTTTGAAGATTTTTGACAGTTTTAGTTGCTAAc > 1:310433/1‑148 (MQ=255) aCGCGGTTTTGGCGTATGGAGCGCCTGGCGTCTGGTTAAAACGACCCTCAAGCAGCAACAGCTTCGCGGTTAACTTCCCTCTGGCCGGAGCCATTCCGGCCTTATTCCTCAAATTTTTTGAAGATTTTTGACAGTTTTCCTTGCTAAc > 2:961053/1‑148 (MQ=255) aCGCGGTTTTGGCGTATGGAGCGCCTGGCGTCTGGTTAAAACGACCCTCAAGCAGCAACAGCTTCGCGGTTAACTTCCCTCTGGCCGGAGCCATTCCGGCCTTATTCCTCAAATTTTTTGAAGATTTTTGACAGTTTTCCTTGCTAAc > 1:3108430/1‑148 (MQ=255) aCGCGGTTTTGGCGTATGGAGCGCCTGGCGTCTGGTTAAAACGACCCTCAAGCAGCAACAGCTTCGCGGTAAANTTCCATCTGGCCGGAGCCATTCAGGCCTTATTCCTCAAATTTATTGAAGAGTTTTGACAGTTTTACTATCTAAc > 1:1800941/1‑148 (MQ=255) cgcgGTTTTGGCGTATGGAGCGCCTGGCGTCTGGTTAAAACGACCCTCAAGCAGCAACAGCTTCGCGGTTAACTTCCCTCTGGCCGGAGCCATTCCGGCCTTATTCCTCAAATTTTTTGAAGATTTTTGACAGTTTTCCTTGCTAACa < 2:2075164/148‑1 (MQ=255) cgcgGTTTTGGCGTATGGAGCGCCTGGCGTCTGGTTAAAACGACCCTCAAGCAGCAACAGCTTCGCGGTTAACTTCCCTCTGGCCGGAGCCATTCCGGCCTTATTCCTCAAATTTTTTGAAGATTTTTGACAGTTTTCCTTGCTAACa < 1:2199894/148‑1 (MQ=255) cgcgGTTTTGGCGTATGGAGCGCCTGGCGTCTGGTTAAAACGACCCTCAAGCAGCAACAGCTTCGCGGTTAACTTCCCTCTGGCCGGAGCCATTCCGGCCTTATTCCTCAAATTTTTTGAAGATTTTTGACAGTTTTCCTTGCTAACa < 1:2199273/148‑1 (MQ=255) cgGTTTTGGCGTATGGAGCGCCTGGCGTCTGGTTAAAACGACCCTCAAGCAGCAACAGCTTCGCGGTTAACTTCCCTCTGGCCGGAGCCATTCCGGCCTTATTCCTCAAATTTTTTGAAGATTTTTGACAGTTTTCCTTGCTAACAat > 2:429343/1‑148 (MQ=255) ggTTTTGGCGTATGGAGCGCCTGGCGTGTGTTTAAAACGACCCTCAAGCAGCAACAGCTTCGCGGTTAACTTCCCTCTGGCCGGAGCCATTCCGGCCTTATTCCTCAAATTTTTTGAAGATTTTTGACAGTTTTCCTTGCTAACAatc < 1:2820463/148‑1 (MQ=255) ttttGGCGTATGGAGCGCCTGGCGTCTGGTTAAAACGACCCTCAAGCAGCAACAGCTTCGCGGTTAACTTCCCTCTGGCCGGAGCCATTCCGGCCTTATTCCTCAAATTTTTTGAAGATTTTTGACAGTTTTCCTTGCTAACAatcat > 1:128714/1‑148 (MQ=255) ttgggCGTATGGAGCGCCGGGCGTCTGGTTAAAACGACCCTCAAGCAGCAACAGCTTCGCGGTTAACGTCCCTCTGGCCGGAGCCATTCCGGCCTTATTCCTCAAATTTTTTGAAGATTTTTGACAGTTTTCCTTGCTAACAatcatc < 1:3378436/145‑1 (MQ=255) gTATGGAGCGCCTGGCGTCTGGTTAACACGACCCTCAAGCAGCAACAGCTTCGCGGTTAACTTCCCTCTGGCCGGAGCCATTCCGGCCTTATTCCTCAAATTTTTTGAAGATTTTTGACAGTTTTCCTTGCTAACAATCATCATTcac < 2:2432993/148‑1 (MQ=255) gAGCGCCTGGCGTCTGGTTAAAACGACCCTCAAGCAGCAACAGCTTCGCGGTTAACTTCCCTCTGGCCGGAGCCATTCCGGCCTTATTCCTCAAATTTTTTGAAGATTTTTGACAGTTTTCCTTGCTAACAATCATCATTCACCACGt < 2:3280271/148‑1 (MQ=255) gcgcCTGGCGTCTGGTTAAAACGACCCTCAAGCAGCAACAGCTTCGCGGTTAACTTCCCTCTGGCCGGAGCCATTCCGGCCTTATTCCTCAAATTTTTTGAAGATTTTTGACAGTTTTCCTTGCTAACAATCATCATTCACCACGttt < 2:2770984/148‑1 (MQ=255) cgcCTGGCGTCTGGTTAAAACGACCCTCAAGCAGCAACAGCTTCGCGGTTAACTTCCCTCTGGCCGGAGCCATTCCGGCCTTATTCCTCAAATTTTTTGAAGATTTTTGACAGTTTTCCTTGCTAACAATCATCATTCACCACGTTTa < 1:369217/148‑1 (MQ=255) ccTGGCGTCTGGTTAAAACGACCCTCAAGCAGCAACAGCTTCGCGGTTAACTTCCCTCTGGCCGGAGCCATTCCGGCCTTATTCCTCAAATTTTTTGAAGATTTTTGACAGTTTTCCTTGCTAACAATCATCATTCACCACGTTTATg < 2:1081206/148‑1 (MQ=255) cTGGCGTCTGGTTAACACGACCCTCAAGCAGCAACAGCTTCGCGGTTAACTTCCCTCTGGCCGGAGCCATTCCGGCCTTATTCCTCAAATTTTTTGAAGATTTTTGACAGTTTTCCTTGCTAACAATCATCATTCACCACGTTTATGa < 1:50294/148‑1 (MQ=255) cTGGCGTCTGGTTAACACGACCCTCAAGCAGCAACAGCTTCGCGGTTAACTTCCCTCTGGCCGGAGCCATTCCGGCCTTATTCCTCAAATTTTTTGAAGATTTTTGACAGTTTTCCTTGCTAACAATCATCATTCACCACGTTTATGa < 1:49766/148‑1 (MQ=255) cTGGCGTCTGGTTAAAACGACCCTCAAGCAGCAACAGCTTCGCGGTTAACTTCCCTCTGGCCGGAGCCATTCCGGCCTTATTCCTCAAATTTTTTGAAGATTTTTGACAGTTTTCCTTGCTAACAATCATCATTCACCACGTTTATGa > 2:855752/1‑148 (MQ=255) cTGGCGTCTGGTTAAAACGACCCTCAAGCAGCAACAGCTTCGCGGTTAACTTCCCTCTGGCCGGAGCCATTCCGGCCTTATTCCTCAAATTTTTTGAAGATTTTTGACAGTTTTCCTTGCTAACAATCATCATTCACCACGTTTATGa > 1:3490971/1‑148 (MQ=255) cTGGCGTCTGGTTAAAACGACCCTCAAGCAGCAACAGCTTCGCAGTTAACTTCCCTCTGGCCGGAGCCATTCCGGCCTTATTCCTCAAATTTTTTGAAGATTTTTGACAGTTTTCCTTGCTAACAATCATCATTCACCACGTTTATGa < 2:2140675/148‑1 (MQ=255) tGGCGTCTGGTTAAAACGACCCTCAAGCAGCAACAGCTTCGCGGTTAACTTCCCTCTGGCCGGAGCCATTCCGGCCTTATTCCTCAAATTTTTTGAAGATTTTTGACAGTTTTCCTTGCTAACAATCATCATTCACCACGTTTATGAt > 1:1186730/1‑148 (MQ=255) tGGCGTCTGGTTAAAACGACCCTCAAGCAGCAACAGCTTCGCGGTTAACTTCCCTCTGGCCGGAGCCATTCCGGCCTTATTCCTCAAATTTTTTGAAGATTTTTGACAGTTTTCCTTGCTAACAATCATCATTCACCACGTTTATGAt > 1:2629047/1‑148 (MQ=255) ggCGTCTGGTTAAAACGACCCTCAAGCAGCAACAGCTTCGCGGTTAACTTCCCTCTGGCCGGAGCCATTCCGGCCTTATCCCTCAAATTTTTTGAAGATTTTTGACAGTTTTCCTTGCTAACAATCATCATTCACCACGTTTATGAtt > 2:2970085/1‑148 (MQ=255) gCGTCTGGTTAAAACGACCCTCAAGCAGCAACAGCTTCGCGGTTAACTTCCCTCTGGCCGGAGCCATTCCGGCCTTATTCCTCAAATTTTTTGAAGATTTTTGACAGTTTTCCTTGCTAACAATCATCATTCACCACGTTTATGATtc < 1:730583/148‑1 (MQ=255) cGTCTGGTTAAAACGACCCTCAAGCAGCAACAGCTTCGCGGTTAACTTCCCTCTGGCCGGAGCCATTCCGGCCTTATTCCTCAAATTTTTTGAAGATTTTTGACAGTTTTCCTTGCTAACAATCATCATTCACCACGTTTATGATtct < 2:55374/148‑1 (MQ=255) cGTCTGGTTAAAACGACCCTCAAGCAGCAACAGCTTCGCGGTTAACTTCCCTCTGGCCGGAGCCATTCCGGCCTTATTCCTCAAATTTTTTGAAGATTTTTGACAGTTTTCCTTGCTAACAATCATCATTCACCACGTTTATGATtct < 2:3320096/148‑1 (MQ=255) tCTGGTTAAAACGACCCTCAAGCAGCAACAGCTTCGCGGTTAACTTCCCTCTGGCCGGAGCCATTCCGGCCTTATTCCTCAAATTTTTTGAAGATTTTTGACAGTTTTCCTTGCTAACAATCATCATTCACCACGTTTATGATtctct > 1:3461717/1‑148 (MQ=255) tGGTTAAAACGACCCTCAAGCAGCAACAGCTTCGCGGTTAACTTCCCTCTGGCCGGAGCCATTCCGGCCTTATTCCTCAAATTTTTTGAAGATTTTTGACAGTTTTCCTTGCTAACAATCATCATTCACCACGTTTATGATTCTCTcc > 1:1013463/1‑148 (MQ=255) gTTAAAACGACCCTCAAGCAGCAACAGCTTCGCGGTTAACTTCCCTCTGGCCGGAGCCATTCCGGCCTTATTCCTCAAATTTTTTGAAGATTTTTGACAGTTTTCCTTGCTAACAATCATCATTCACCACGTTTATGATTCTCTCCAt < 2:2402701/148‑1 (MQ=255) ttAAAACGACCCTCAAGCAGCAACAGCTTCGCGGTTAACTTCCCTCTGGCCGGAGCCATTCCGGCCTTATTCCTCAAATTTTTTGAAGATTTTTGACAGTTTTCCTTGCTAACAATCATCATTCACCACGTTTATGATTCTCTCCATc > 1:1708080/1‑148 (MQ=255) tAAAACGACCCTCAAGCAGCAACAGCTTCGCGGTTAACTTCCCTCTGGCCGGAGCCATTCCGGCCTTATTCCTCAAATTTTTTGAAGATTTTTGACAGTTTTCGTTGCTAACAATCATCATTCACCACGTTTATGATTCTCTCCATCg < 1:1469655/148‑1 (MQ=255) tAAAACGACCCTCAAGCAGCAACAGCTTCGCGGTTAACTTCCCTCTGGCCGGAGCCATTCCGGCCTTATTCCTCAAATTTTTTGAAGATTTTTGACAGTTTTCCTTGCTAACAATCATCATTCACCACGTTTATGATTCTCTCCATCg < 2:3382063/148‑1 (MQ=255) tAAAACGACCCTCAAGCAGCAACAGCTTCGCGGTTAACTTCCCTCTGGCCGGAGCCATTCCGGCCTTATTCCTCAAATTTTTTGAAGATTTTTGACAGTTTTCCTTGCTAACAATCATCATTCACCACGTTTATGATTCTCTCCATCg < 1:3237150/148‑1 (MQ=255) aaaCGACCCTCAAGCAGCAACAGCTTCGCGGTTAACTTCCCTCTGGCCGGAGCCATTCCGGCCTTATTCCTCAAATTTTTTGAAGATTTTTGACAGTTTTCCTTGCTAACAATCATCATTCACCACGTTTATGATTCTCTCCATCGAc < 1:1314928/148‑1 (MQ=255) gACCCTCAAGCAGCAACAGCTTCGCGGTTAACTTCCCTCTGGCCGGAGCCATTCCGGCCTTATTCCTCAAATTTTTTGAAGATTTTTGACAGTTTTCCTTGCTAACAATCATCATTCACCACGTTTATGATTCTCTCCATCGACAGCa < 1:2304262/148‑1 (MQ=255) 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tctGGCCGGAGCCATTCCGGCCTTATTCCTCAAATTTTTTGAAGATTTTTGACAGTTTTCCTTGCTAACAATCATCATTCACCACGTTTATGATTCTCTCCATCGACAGCAACGACGCTAATACCGCGCCATTGCACAAAAAAACAAt < 2:1148121/148‑1 (MQ=255) ctGGCCGGAGCCATTCCGGCCTTATTCCTCAAATTTTTTGAAGATTTTTGACAGTTTTCCTTGCTAACAATCATCATTCACCACGTTTATGATTCTCTCCATCGACAGCAACGACGCTAATACCGCGCCATTGCACAAAAAAACAATc < 2:1635669/148‑1 (MQ=255) cGGAGCCATTCCGGCCTTATTCCTCAAATTTTTTGAAGATTTTTGACAGTTTTCCTTGCTAACAATCATCATTCACCACGTTTATGATTCTCTCCATCGACAGCAACGACGCTAATACCGCGCCATTGCACAAAAAAACAATcagcag < 2:1850802/148‑1 (MQ=255) cGGAGCCATTCCGGCCTTATTCCTCAAATTTTTTGAAGATTTTTGACAGTTTTCCTTGCTAACAATCATCATTCACCACGTTTATGATTCTCTCCATCGACAGCAACGACGCTAATACCGCGCCATTGCACAAAAAAACAATcagcag < 2:52171/148‑1 (MQ=255) ggAGCCATTCCGGCCTTATTCCTCAAATTTTTTGAAGATTTTTGACAGTTTTCCTTGCTAACAATCATCATTCACCACGTTTATGATTCTCTCCATCGACAGCAACGACGCTAATACCGCGCCATTGCACAAAAAAACAATCagcagc < 2:2512284/148‑1 (MQ=255) ggAGCCATTCCGGCATTATTCCTCAAATTTTTTTAAGATTTTTTACAGTTTTCCTTGATAAAAATAATAATTCACCACGTTTATGATTCTCTCCATCGACAGCAACGACGCTAATACCGCGCCATTGCACAAAAAAACAATCagcagc < 1:2402246/148‑1 (MQ=255) cATTCCGGCCTTATTCCTCAAATTTTTTGAAGATTTTTGACAGTTTTCCTTGCTAACAATCATCATTCACCACGTTTATGATTCTCTCCATCGACAGCAACGACGCTAATACCGCGCCATTGCACAAAAAAACAATCAGCAGCCTGAg < 1:865352/148‑1 (MQ=255) ttCCGGCCTTATTCCTCAAATTTTTTGAAGATTTTTGACAGTTTTCCTTGCTAACAATCATCATTCACCACGTTTATGATTCTCTCCATCGACAGCAACGACGCTAATACCGCGCCATTGCACAAAAAAACAATCAGCAGCCTGAGTg > 1:1079114/1‑148 (MQ=255) tCCGGCCTTATTCCTCAAATTTTTTGAAGATTTTTGACAGTTTTCCTTGCTAACAATCATCATTCACCACGTTTATGATTCTCGCCATCGACAGCAACGACGCTAATACCGCGCCATTGCACAAAAAAACAATCAGCAGCCTGAGTgg > 1:2982224/1‑148 (MQ=255) ggCCTTATTCCTCAAATTTTTTGAAGATTTTTGACAGTTTTCCTTGCTAACAATCATCATTCACCACGTTTATGATTCTCTCCATCGACAGCAACGACGCTAATACCGCGCCATTGCACAAAAAAACAATCAGCAGCCTGAGTGgcgc > 1:1466729/1‑148 (MQ=255) gCCTTATTCCTCAAATTTTTTGAAGATTTTTGACAGTTTTCCTTGCTAACAATCATCATTCACCACGTTTATGATTCTCTCCATCGACAGCAACGACGCTAATACCGCGCCATTGCACAAAAAAACAATCAGCAGCCTGAGTGGCGCa > 2:66388/1‑148 (MQ=255) ccTTATTCCTCAAATTTTTTGAAGATTTTTGACAGTTTTCCTTGCTAACAATCATCATTCACCACGTTTATGATTCTCTCCATCGACAGCAACGACGCTAATACCGCGCCATTGCACAAAAAAACAATCAGCAGCCTGAGTGGCGCAg < 2:295932/148‑1 (MQ=255) ccTTATTCCTCAAATTTTTTGAAGATTTTTGACAGTTTTCCTTGCTAACAATCATCATTCACCACGTTTATGATTCTCTCCATCGACAGCAACGACGCTAATACCGCGCCATTGCACAAAAAAACAATCAGCAGCCTGAGTGGCGCAg < 2:3108430/148‑1 (MQ=255) ttATTCCTCAAATTTTTTGAAGATTTTTGACAGTTTTCCTTGCTAACAATCATCATTCACCACGTTTATGATTCTCTCCATCGACAGCAACGACGCTAATACCGCGCCATTGCACAAAAAAACAATCAGCAGCCTGAGTGGCGCAGTg > 1:519001/1‑148 (MQ=255) ttATTCCTAAAATTTTTTTAAGATTTTTGACAGTTTTCCTTGCTAACAATCATAATTCACAACGTTTATGATTCTCTCCATCGACAGCAACGACGCTAATACCGCGCCATTGCACAAAAAAACAATCAGCAGCCTGAGTGGCGCAGTg < 2:2456676/148‑1 (MQ=255) ttATTCCTAAAATTTTTTGAAGATTTTTGACAGTTTTCCTTGCTAACAATCATCATTCACCACGTTTATGATTCTCTCCATCGACAGCAACGACGCTAATACCGCGCCATTGCACAAAAAAACAATCAGCAGCCTGAGTGGCGCAGTg < 1:1289374/148‑1 (MQ=255) | GGACGATTCGCCATCCTAATATGCTGGTCCGCTGGGCCAGACGCGGTTTTGGCGTATGGAGCGCCTGGCGTCTGGTTAAAACGACCCTCAAGCAGCAACAGCTTCGCGGTTAACTTCCCTCTGGCCGGAGCCATTCCGGCCTTATCCCTCAAATTTTTTGAAGATTTTTGACAGTTTTCCTTGCTAACAATCATCATTCACCACGTTTATGATTCTCTCCATCGACAGCAACGACGCTAATACCGCGCCATTGCACAAAAAAACAATCAGCAGCCTGAGTGGCGCAGTGG > CP009273/3243623‑3243912 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |