| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 360652 = | 214 (1.050) | 4342 (32.340) +AATTAATGTAAGTTAGCGCGAATTGATCTGGTTTGACAGCTTATCA |
180/182 | NT | 97.0% | intergenic (‑586/+9) | lacZ/lacI | pseudogene, truncated/DNA‑binding transcriptional repressor |
| ? | CP009273 | = 1317577 | 191 (0.940) | coding (101/882 nt) | yciV | PHP domain protein | |||||
Only 100 of 7995 total aligned reads displayed.
CCGATACGGCTCATGGATGGTGTTTCGGGTCGGGTGAATCTTGTTGATGGCGATATGGATGTGCAGGTTGTCGGTGTCGTGATGCACGGCACTGACGCGCTGATGCTCGGCGAAGCCAAGCCCAGCGCAGATGCGGTCCTCAATCGCGCGTTGCGCTCACTGCCCGCTTTCCAGTCGGGAAACCTGTCGTGCCAGCTGCATTAATGAATCGGCCAACGCGCGGGGAGAGGCGGTTTGCGTATTGGGCACCAGGGTGGTTTTTCTTTTCACCAGTGAGACGGGCAACAGCTGATTG > CP009273/360505‑360799 | ttgagcgacacgaattatgcagtgatttacgacctgcacagccataccacagcttccgatggctgcctgacgccagaagcattggtgcaccgtgcagtcgatgataagctgtcaaaccagatcaattcgcgctaacttacattaattg < 2:2630370‑M1/1‑1 (MQ=255)ttgagcgacacgaattatgcagtgatttacgacctgcacagccataccacagcttccgatggctgcctgacgccagaagcattggtgcaccgtgcagtcgatgataagctgtcaaaccagatcaattcgcgctaacttacattaattg < 2:2435074‑M1/1‑1 (MQ=255) tgagcgacacgaattatgcagtgatttacgacctgcacagccataccacagcttccgatggctgcctgacgccagaagcattggtgcaccgtgcagtcgatgataagctgtcaaaccagatcaattcgcgctaacttacattaattgc < 2:591483‑M1/2‑1 (MQ=255) tgagcgacacgaattatgcagtgatttacgacctgcacagccataccacagcttccgatggctgcctgacgccagaagcattggtgcaccgtgcagtcgatgataagctgtcaaaccagatcaattcgcgctaacttacattaattgc > 1:1520215‑M1/147‑148 (MQ=255) gagcgacacgaattatgcagtgatttacgacctgcacagccataccacagcttccgatggctgcctgacgccagaagcattggtgcaccgtgcagtcgatgataagctgtcaaaccagatcaattcgcgctaacttacattaattgcg > 1:3387347‑M1/146‑148 (MQ=255) agcgacacgaattatgcagtgatttacgacctgcacagccataccacagcttccgatggctgcctgacgccagaagcattggtgcaccgtgcagtcgatgataagctgtcaaaccagatcaattcgcgctaacttacattaattgcgt > 1:1665988‑M1/145‑148 (MQ=255) agcgacacgaattatgcagtgatttacgacctgcacagccataccacagcttccgatggctgcctgacgccagaagcattggtgcaccgtgcagtcgatgataagctgtcaaaccagataaattcgcgctaacttacattaattgcgt > 1:1911482‑M1/145‑148 (MQ=255) agcgacacgaattatgcagtgatttacgacctgcacagccataccacagcttccgatggctgcctgacgccagaagcattggtgcaccgtgcagtcgatgataagctgtcaaaccagataaattcgcgctaacttacattaattgcgt > 2:1109044‑M1/145‑148 (MQ=255) cgacacgaattatgcagtgatttacgacctgcacagccctaccacagcttccgatggctgcctgacgccagaagcattggtgcaccgtgcagtcgatgataagctgtcaaaccagatcaattcgcgctaacttacattaattgcgttg > 1:2251430‑M1/143‑148 (MQ=255) cgacacgaattatgcagtgatttacgacctgcacagccataccacagcttccgatggctgcctgacgccagaagcattggtgcaccgtgcagtcgatgataagctgtcaaaccagatcaattcgcgctaacttacattaattgcgttg > 1:2175536‑M1/143‑148 (MQ=255) cacgaattatgcagtgatttacgacctgcacagccataccacagcttccgatggctgcctgacgccagaagcattggtgcaccgtgcagtcgatgataagctgtcaaaccagatcaattcgcgctaacttacattaattGCGTTgcgc < 2:2828572‑M1/9‑1 (MQ=255) gaattatgcagtgatttacgacctgcacagccataccacagcttccgatggctgcctgacgccagaagcattggtgcaccgtgcagtcgatgataagctgtcaaaccagatcaattcgcgctaacttacattaattGCGTTGCGCTCa > 1:3141210‑M1/137‑148 (MQ=255) aattatgcagtgatttacgacctgcacagccataccacagcttccgatggctgcctgacgccagaagcattggtgcaccgtgcagtcgatgataagctgtcaaaccagatcaattcgcgctaacttacattaattGCGTTGCGCTCAc > 1:3210636‑M1/136‑148 (MQ=255) attctgcagtgatttacgacctgcacagccagaccacagcttccgatggctgcctgacgccagaagcattggtgcaccgtgcagtcgatgataagctgtcaaaccagatcaattcgcgctaacttacattaattGCGTTGCGCTCACt > 1:2704563‑M1/135‑148 (MQ=255) attatgcagtgatttacgacctgcacagccataccacagcttccgatggctgcctgacgccagaagcattggtgcaccgtgcagtcgatgataagctgtcaaaccagataaattcgcgctaacttacattaattGCGTTGCGCTCACt < 1:3012258‑M1/14‑1 (MQ=255) attatgcagtgatttacgacctgcacagccataccacagcttccgatggctgcctgacgccagaagcattggtgcaccgtgcagtcgatgataagctgtcaaaccagataaattcgcgctaacttacattaattGCGTTGCGCTCACt < 1:2945985‑M1/14‑1 (MQ=255) ttatgcagtgatttacgacctgcacagccataccacagcttccgatggctgcctgacgccagaagcattggtgcaccgtgcagtcgatgataagctgtcaaaccagataaattcgcgctaacttacattaattGCGTTGCGCTCACTg < 1:1064585‑M1/15‑1 (MQ=255) tatgcagtgatttacgacctgcacagccataccacagcttccgatggctgcctgacgccagaagcattggtgcaccgtgcagtcgatgataagctgtcaaaccagatcaattcgcgctaacttacattaattGCGTTGCGCTCACTGc < 1:2818446‑M1/16‑1 (MQ=255) cagtgatttacgacctgcacagccataccacagcttccgatggctgcctgacgccagaagcattggtgcaccgtgcagtcgatgataagctgtcaaaccagatcaattcgcgctaacttacattaattGCGTTGCGCTCACTGCCCGc > 1:368283‑M1/129‑148 (MQ=255) 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cctgcacagccataccacagcttccgatggctgcctgacgccagaagcattggtgcaccgtgcagtcgatgataagctgtcaaaccagatcaattcgcgctaacttacattaattGCGTTGCGCTCACTGCCCGCTTTCCAGTCGGGa > 1:678666‑M1/116‑148 (MQ=255) cctgcacagccataccacagcttccgatggctgcctgacgccagaagcattggtgcaccgtgcagtcgatgataagctgtcaaaccagataaattcgcgctaacttacattaattGCGTTGCGCTCACTGCCCGCTTTCCAGTCGGGa < 2:1332649‑M1/33‑1 (MQ=255) gcacagccataccacagcttccgatggctgcctgacgccagaagcattggtgcaccgtgcagtcgatgataagctgtcaaaccagataaattcgcgctaacttacattaattGCGTTGCGCTCACTGCCCGCTTTCCAGTCGGGAAAc < 1:443781‑M1/36‑1 (MQ=255) acagccataccacagcatacgatgcctgcctgacgccacaagcagtggtgcaccgtgcattcgatgatacgctgtcaaaccagatcaattcgcgctaacttacaataagtGCGTTGAGCTCACTGCCCGCTATCAAGACGGGAAACCt < 2:1457992‑M1/38‑1 (MQ=255) cagccataccacagcttccgatggctgcctgacgccagaagcattggtgcaccgtgcagtcgatgataagctgtcaaaccagatcaattcgcgctaacttacattaattGCGTTGCGCTCACTGCCCGCTTTCCAGTCGGGAAACCTg > 1:610458‑M1/110‑148 (MQ=255) ccataccacagcttccgatggctgcctgacgccagaagcattggtgcaccgtgcagtcgatgataagctgtcaaaccagatcaattcgcgctaacttacagtaattGCGTTGCGCTCACTGCCCGCTTTCCAGTCGGGAAACCTGTCg < 2:1807476‑M1/42‑1 (MQ=255) taccacagcttccgatggctgcctgacgccagaagcattggtgcaccgtgcagtcgatgataagctgtcaaaccagatcaattcgcgctaacttacattaattGCGTTGCGCTCACTGCCCGCTTTCCAGTCGGGAAACCTGTCGTGc > 2:1880492‑M1/104‑148 (MQ=255) acagcttccgatggctgcctgacgccagaagcattggtgcaccgtgcagtcgatgataagctgtcaaaccagatcaattcgcgctaacttacattaattGCGTTGCGCTCACTGCCCGCTTTCCAGTCGGGAAACCTGTCGTGCCAGc > 2:1176073‑M1/100‑148 (MQ=255) cagcttccgatggctgcctgacgccagaagcattggtgcaccgtgcagtcgatgataagctgtcaaaccagataaattcgcgctaacttacattaattGCGTTGCGCTCACTGCCCGCTTTCCAGTCGGGAAACCTGTCGTGCCAGCt > 1:2760209‑M1/99‑148 (MQ=255) cagcttccgatggctgcctgacgccagaagcattggtgcaccgtgcagtcgatgataagctgtcaaaccagataaattcgcgctaacttacattaattGCGTTGCGCTCACTGCCCGCTTTCCAGTCGGGAAACCTGTCGTGCCAGCt < 2:863577‑M1/50‑1 (MQ=255) 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acttacattaattGCGTTGCGCTCACTGCCCGCTTTCCAGTCGGGAAACCTGTCGTGCCAGCTGCATTAATGAATCGGCCAACGCGCGGGGAGAGGCGGTTTGCGTATTGGGCGCCAGGGTGGTTTTTCTTTTCACCAGTGAGACggg < 2:207422‑M1/135‑1 (MQ=255) ttacattaattGCGTTGCGCTCACTGCCCGCTTTCCAGTCGGGAAACCTGTCGTGCCAGCTGCATTAATGAATCGGCCAACGCGCGGGGAGAGGCGGTTTGCGTATTGGGCGCCAGGGTGGTTTTTCTTTTCACCAGTGAGACGGGCa > 2:2501515‑M1/12‑148 (MQ=255) tacattaattGCGTTGCGCTCACTGCCCGCTTTCCAGTCGGGAAACCTGTCGTGCCAGCTGCATTAATGAATCGGCCAACGCGCGGGGAGAGGCGGTTTGCGTATTGGGCGCCAGGGTGGTTTTTCTTTTCACCAGTGAGACGGGCaa > 1:2521667‑M1/11‑148 (MQ=255) tacattaattGCGTTGCGCTCACTGCCCGCTTTCCAGTCGGGAAACCTGTCGTGCCAGCTGCATTAATGAATCGGCCAACGCGCGGGGAGAGGCGGTTTGCGTAGTGGGCGCCAGGGTGGTTTTTCTTTTCACCAGTGAGACGGGCaa < 2:786536‑M1/138‑1 (MQ=255) acattaattGCGTTGCGCTCACTGCCCGCTTTCCAGTCGGGAAACCTGTCGTGCCAGCTGCATTAATGAATCGGCCAACGCGCGGGGAGAGGCGGTTTGCGTATTGGGCGCCAGGGTGGTTTTTCTTTTCACCAGTGAGACGGGCAAc > 1:2368899‑M1/10‑148 (MQ=255) acattaattGCGTTGCGCTCACTGCCCGCTTTCCAGTCGGGAAACCTGTCGTGCCAGCTGCATTAATGAATCGGCCAACGCGCGGGGAGAGGCGGTTTGCGTATGGGGCGCCAGGGTGGTTTTTCTTTTCACCAGTGAGACGGGCAAc < 2:2884094‑M1/139‑1 (MQ=255) attaattGCGTTGCGCTCACTGCCCGCTTTCCAGTCGGGAAACCTGTCGTGCCAGCTGCATTAATGAATCGGCCAACGCGCGGGGAGAGGCGGTTTGCGTATTGGGCGCCAGGGTGGTTTTTCTTTTCACCAGTGAGACGGGCAACAg < 1:1596270‑M1/141‑1 (MQ=255) aattGCGTTGCGCTCACTGCCCGCTTTCCAGTCGGGAAACCTGTCGTGCCAGCTGCATTAATGAATCGGCCAACGCGCGGGGAGAGGCGGTTTGCGTATTGGGCGCCAGGGTGGTTTTTCTTTTCACCAGTGAGACGGGCAACAGCTg < 1:2592436‑M1/144‑1 (MQ=255) attGCGTTGCGCTCACTGCCCGCTTTCCAGTCGGGAAACCTGTCGTGCCAGCTGCATTAATGAATCGGCCAACGCGCGGGGAGAGGCGGTTTGCGTATTGGGCGCCAGGGTGGTTTTTCTTTTCACCAGTGAGACGGGCAACAGCTGa < 2:3535568‑M1/145‑1 (MQ=255) attGCGTTGCGCTCACTGCCCGCTTTCCAGTCGGGAAACCTGTCGTGCCAGCTGCATTAATGAATCGGCCAACGCGCGGGGAGAGGCGGTTTGCGTATTGGGCGCCAGGGTGGTTTTTCTTTTCACCAGTGAGACGGGCAACAGCTGa < 2:3375271‑M1/145‑1 (MQ=255) attGCGTTGCGCTCACTGCCCGCTTTCCAGTCGGGAAACCTGTCGTGCCAGCTGCATTAATGAATCGGCCAACGCGCGGGGAGAGGCGGTTTGCGTATTGGGCGCCAGGGTGGTTTTTCTTTTCACCAGTGAGACGGGCAACAGCTGa > 1:1392735‑M1/4‑148 (MQ=255) | CCGATACGGCTCATGGATGGTGTTTCGGGTCGGGTGAATCTTGTTGATGGCGATATGGATGTGCAGGTTGTCGGTGTCGTGATGCACGGCACTGACGCGCTGATGCTCGGCGAAGCCAAGCCCAGCGCAGATGCGGTCCTCAATCGCGCGTTGCGCTCACTGCCCGCTTTCCAGTCGGGAAACCTGTCGTGCCAGCTGCATTAATGAATCGGCCAACGCGCGGGGAGAGGCGGTTTGCGTATTGGGCACCAGGGTGGTTTTTCTTTTCACCAGTGAGACGGGCAACAGCTGATTG > CP009273/360505‑360799 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |