New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP009273 | = 3180784 | NA (NA) | 7 (0.030) | 4/272 | NT | 1.00% | pseudogene (5/2445 nt) | yqiG | pseudogene; fimbrial export usher family;putative membrane; Not classified; putative membrane protein |
? | CP009273 | 3745853 = | 700 (3.450) | coding (502/975 nt) | yiaU | putative DNA‑binding transcriptional regulator | |||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 783 total aligned reads displayed.
AAAGATATCGGTGATATCACCTTATCGCTAAAAACCTGCAATCTTGAGCGTAATGCCTTTTATGAAGGCGTCGAATTTCCTGATGATTGTGATGTTTTAATCAGCTACGCTCCACCAAAAGATGAATCGCTGGTTGCCAGTTTTATTACCCAATATGCCGTAACCGCTTATGCCAGCCAGCGCTATCTTGAGAAACATCCCATTAGCCGTCCTGACGAACTCGAACATCACTCCTGTATTTTGATCGACTCGATGATGATCGACGACGCGAATATCTGGCGCTTCAACGTCGCCG > CP009273/3745706‑3746000 | aaGATATCGGTGATATCACCTTATCGCTAAAAACCTGCAATCTTGAGCGTAATGCCTTTTATGAAGGCGTCGAATTTCCTGATGATTGTGATGTTTTAATCAGCTACGCTCCACCAAAAGATGAATCGCTGGTTGCCAGTTTTATTAc > 2:1539546/1‑148 (MQ=255) aGATATCGGTGATATCACCTTATCGCTAAAAACCTGCAATCTTGAGCGTAATGCCTTTTATGAAGGCGTCGAATTTCCTGATGATTGTGATGTTTTAATCAGCTACGCTCCACCAAAAGATGAATCGCTGGTTGCCAGTTTTATTAcc < 1:3062065/148‑1 (MQ=255) tatCGGTGATATCACCTTATCGCTAAAAACCTGCAATCTTGAGCGTAATGCCTTTTATGAAGGCGTCGAATTTCCTGATGATTGTGATGTTTTAATCAGCTACGCTCCACCAAAAGATGAATCGCTGGTTGCCAGTTTTATTACCCaa < 2:2150816/148‑1 (MQ=255) aTCGGTGATATCACCTTATCGCTAAAAACCTGCAATCTTGAGCGTAATGCCTTTTATGAAGGCGTCGAATTTCCTGATGATTGTGATGTTTTAATCAGCTACGCTCCACCAAAAGATGAATCGCTGGTTGCCAGTTTTATTACCCAAT < 2:3170023‑M2/148‑1 (MQ=255) aTCGGTGATATCACCTTATCGCTAAAAACCTGCAATCTTGAGCGTAATGCCTTTTATGAAGGCGTCGAATTTCCTGATGATTGTGATGTTTTAATCAGCTACGCTCCACCAAAAGATGAATCGCTGGTTGCCAGTTTTATTACCCAAT > 1:3261923‑M2/1‑148 (MQ=255) tCGGTGATATCACCTTATCGCTAAAAACCTGCAATCTTGAGCGTAATGCCTTTTATGAAGGCGTCGAATTTCCTGATGATTGTGATGTTTTAATCAGCTACGCTCCACCAAAAGATGAATCGCTGGTTGCCAGTTTTATTACCCAATA > 2:83707‑M2/1‑148 (MQ=255) ggTGATATCACCTTATCGCTAAAAACCTGCAATCTTGAGCGTAATGCCTTTTATGAAGGCGTCGAATTTCCTGATGATTGTGATGTTTTAATCAGCTACGCTCCACCAAAAGATGAATCGCTGGTTGCCAGTTTTATTACCCAATATg > 1:2268150/1‑148 (MQ=255) gTGATATCACCTTATCGCTAAAAACCTGCAATCTTGAGCGTAATGCCTTTTATGAAGGCGTCGAATTTCCTGATGATTGTGATGTTTTAATCAGCTACGCTCCACCAAAAGATGAATCGCTGGTTGCCAGTTTTATTACCCAATctgc < 2:3564459‑M2/148‑5 (MQ=255) tGATATCACCTTATCGCTAAAAACCTGCAATCTTGAGCGTAATGCCTTTTATGAAGGCGTCGAATTTCCTGATGATTGTGATGTTTTAATCAGCTACGCTCCACCAAAAGATGAATCGCTGGTTGCCAGTTTTATTACCCAATATGcc > 1:161424/1‑148 (MQ=255) atatCACCTTATCGCTAAAAACCTGCAATCTTGAGCGTAATGCCTTTTATGAAGGCGTCGAATTTCCTGATGATTGTGATGTTTTAATCAGCTACGCTCCACCAAAAGATGAATCGCTGGTTGCCAGTTTTATTACCCAATATGCCGt > 2:2822803/1‑148 (MQ=255) tatCACCTTATCGCTAAAAACCTGCAATCTTGAGCGTAATGCCTTTTATGAAGGCGTCGAATTTCCTGATGATTGTGATGTTTTAATCAGCTACGCTCCACCAAAAGATGAATCGCTGGTTGCCAGTTTTATTACCCAATATGCCGTa > 1:1194017/1‑148 (MQ=255) atCACCTTATCGCTAAAAACCTGCAATCTTGAGCGTAATGCCTTTTATGAAGGCGTCGAATTTCCTGATGATTGTGATGTTTTAATCAGCTACGCTCCACCAAAAGATGAATCGCTGGTTGCCAGTTTTATTACCCAATATGCCGTaa > 2:1436995/1‑148 (MQ=255) tCACCTTATCGCTAAAAACCTGCAATCTTGAGCGTAATGCCTTTTATGAAGGCGTCGAATTTCCTGATGATTGTGATGTTTTAATCAGCTACGCTCCACCAAAAGATGAATCGCTGGTTGCCAGTTTTATTAACCAATATGCCGTAAc > 2:2360081/1‑148 (MQ=255) cACCTTCCCGCGAAAAACCTCCAATCTTGAGCGTAATGCCTTTTAGGCAGGCGTCGAATGTCCTGATGATTGTGATGTTTTAATCAGCTACGCTCCACCAAAAGAAGAATCGCTGGTTGCCAGTTTTATTACCCAATATGCCGTAAcc < 1:2099395/148‑1 (MQ=255) ttATCGCTAAAAACCTGCAATCTTGAGCGTAATGCCTTTTATGAAGGCGTCGAATTTCCTGATGATTGTGATGTTTTAATCAGCTACGCTCCACCAAAAGATGAATCGCTGGTTGCCAGTTTTATTACCCAATATGCCGTAACCGCtt < 1:1794951/148‑1 (MQ=255) tATCGCTAAAAACCTGCAATCTTGAGCGTAATGCCTTTTATGAAGGCGTCGAATTTCCTGATGATTGTGATGTTTTAATCAGCTACGCTCCACCAAAAGATGAATCGCTGGTTGCCAGTTTTATTACCCAATATGCCGTAACCGCTTa > 1:811878/1‑148 (MQ=255) tATCGCTAAAAACCTGCAATCTTGAGCGTAATGCCTTTTATGAAGGCGTCGAATTTCCTGATGATTGTGATGTTTTAATCAGCTACGCTCCACCAAAAGATGAATCGCTGGTTGCCAGTTTTATTACCCAATATGCCGTAACCGCTTa > 2:3278947/1‑148 (MQ=255) tATCGCTAAAAACCTGCAATCTTGAGCGTAATGCCTTTTATGAAGGCGTCGAATTTCCTGATGATTGTGATGTTTTAATCAGCTACGCTCCACCAAAAGATGAATCGCTGGTTGCCAGTTTTATTACCCAATATGCCGTAACCGCTTa > 1:2598461/1‑148 (MQ=255) 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tCTTGAGCGTAATGCCTTTTATGAAGGCGTCGAATTTCCTGATGATTGTGATGTTTTAATCAGCTACGCTCCACCAAAAGATGAATCGCTGGTTGCCAGTTTTATTACCCAATATGCCGTAACCGCTTATGCCAGCCAGCGCTATCtt > 2:181314/1‑148 (MQ=255) cTTGAGCGTAATGCCTTTTATGAAGGCGTCGAATTTCCTGATGATTGTGATGTTTTAATCAGCTACGCTCCACCAAAAGATGAATCGCTGGTTGCCAGTTTTATTACCCAATATGCCGTAACCGCTTATGCCAGCCAGCGCTATCTTg < 1:130818/148‑1 (MQ=255) tGAGCGTAATGCCTTTTATGAAGGCGTCGAATTTCCTGATGATTGTGATGTTTTAATCAGCTACGCTCCACCAAAAGATGAATCGCTGGTTGCCAGTTTTATTACCCAATATGCCGTAACCGCTTATGCCAGCCAGCGCTATCTTgag > 2:1998036/1‑148 (MQ=255) aGCGTAATGCCTTTTATGAAGGCGTCGAATTTCCTGATGATTGTGATGTTTTAATCAGCTACGCTCCACCAAAAGATGAATCGCTGGTTGCCAGTTTTATTACCCAATATGCCGTAACCGCTTATGCCAGCCAGCGCTATCTTGAGaa < 1:2677563/148‑1 (MQ=255) aGCGTAATGCCTTTTATGAAGGCGTCGAATTTCCTGATGATTGTGATGTTTTAATCAGCTACGCTCCACCAAAAGATGAATCGCTGGTTGCCAGTTTTATTACCCAATATGCCGTAACCGCTTATGCCAGCCAGCGCTATCTTGAGaa > 1:38985/1‑148 (MQ=255) aGCGTAATGCCTTTTATGAAGGCGTCGAATTTCCTGATGATTGTGATGTTTTAATCAGCTACGCTCCACCAAAAGATGAATCGCTGGTTGCCAGTTTTATTACCCAATATGCCGTAACCGCTTATGCCAGCCAGCGCTATCTTGAGaa > 1:2146475/1‑148 (MQ=255) gCGTAATGCCTTTTATGAAGGCGTCGAATTTCCTGATGATTGTGATGTTTTAATCAGCTACGCTCCACCAAAAGATGAATCGCTGGTTGCCAGTTTTATTACCCAATATGCCGTAACCGCTTATGCCAGCCAGCGCTATCTTGAGaaa < 2:243623/148‑1 (MQ=255) aaTGCCTTTTATGAAGGCGTCGAATTTCCTGATGATTGTGATGTTTTAATCAGCTACGCTCCACCAAAAGATGAATCGCTGGTTGCCAGTTTTATTACCCAATATGCCGTAACCGCTTATGCCAGCCAGCGCTATCTTGAGAAACATc < 1:478962/148‑1 (MQ=255) aTGCCTGTTATGAAGGCGTCGAATTTCCTGATGATTGTGATGTTTTAATCAGCTACGCTCCACCAAAAGATGAATCGCTGGTTGCCAGTTTTATTACCCAATATGCCGTAACCGCTTATGCCAGCCAGCGCTATCTTGAGAAACATcc < 2:2049192/148‑1 (MQ=255) tGCCTTTTATGAAGGCGTCGAATTTCCTGATGATTGTGATGTTTTAATCAGCTACGCTCCACCAAAAGATGAATCGCTGGTTGCCAGTTTTATTACCCAATATGCCGTAACCGCTTATGCCAGCCAGCGCTATCTTGAGAAACATccc > 1:3205170/1‑148 (MQ=255) 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ccaAAAGATGAATCGCTGGTTGCCAGTTTTATTACCCAATATGCCGTAACCGCTTATGCCAGCCAGCGCTATCTTGAGAAACATCCCATTAGCCGTCCTGACGAACTCGAACATCACTCCTGTATTTTGATCGACTCGATGATGATcg < 2:957545/148‑1 (MQ=255) aaaTATGAATCGCTGGTTGCCAGTTTTATTACCCAATATGCCGTAACCGATTATGCCAGCCAGCGCTTTCTTTAGAAACATCCCTTTAGCCGTCCTGACTAACTCGAACATCACTCCTGTATTTTGATCGACTCGATGATGATcgacg < 1:958762/148‑1 (MQ=255) aaaGATGAATCGCTGGTTGCCAGTTTTATTACCCAATATGCCGTAACCGCTTATGCCAGCCAGCGCTATCTTGAGAAACATCCCATTAGCCGTCCTGACGAACTCGAACATCACTCCTGTATTTTGATCGACTCGATGATGATcgacg > 1:1047133/1‑148 (MQ=255) aGATGAATCGCTGGTTGCCAGTTTTATTACCCAATATGCCGTAACCGCTTATGCCAGCCAGCGCTATCTTGAGAAACATCCCATTAGCCGTCCTGACGAACTCGAACATCACTCCTGTATTTTGATCGACTCGATGATGATCgacgac > 1:1676823/1‑148 (MQ=255) aGATGAATCGCTGGTTGCCAGTTTTATTACCCAATATGCCGTAACCGCTTATGCCAGCCAGCGCTATCTTGAGAAACATCCCATTAGCCGTCCTGACGAACTCGAACATCACTCCTGTATTTTGATCGACTCGATGATGATCgacgac > 2:1477200/1‑148 (MQ=255) tGAATCGCTGGTTGCCAGTTTTATTACCCAATATGCCGTAACCGCTTATGCCAGCCAGCGCTATCTTGAGAAACATCCCATTAGCCGTCCTGACGAACTCGAACATCACTCCTGTATTTTGATCGACTCGATGATGATCGACGAcgcg > 2:1765227/1‑148 (MQ=255) gAATCGCTGGTTGCCAGTTTTATTACCCAATATGCCGTAACCGCTTATGCCAGCCAGCGCTATCTTGAGAAACATCCCATTAGCCGTCCTGACGAACTCGAACATCACTCCTGTATTTTGATCGACTCGATGATGATCGACGACGCGa < 2:1074061/148‑1 (MQ=255) aTCGCTGGTTGCCAGTTTTATTACCCAATATGCCGTAACCGCTTATGCCAGCCAGCGCTATCTTGAGAAACATCCCATTAGCCGTCCTGACGAACTCGAACATCACTCCTGTATTTTGATCGACTCGATGATGATCGACGACGCGAat < 1:2291575/148‑1 (MQ=255) tCGCTGGTTGCCAGTTTTATTACCCAATATGCCGTAACCGCTTATGCCAGCCAGCGCTATCTTGAGAAACATCCCATTAGCCGTCCTGACGAACTCGAACATCACTCCTGTATTTTGATCGACTCGATGATGATCGACGACGCGAata < 1:1125848/148‑1 (MQ=255) tCGCTGGTTGCCAGTTTTATTACCCAATATGCCGTAACCGCTTATGCCAGCCAGCGCTATCTTGAGAAACATCCCATTAGCCGTCCTGACGAACTCGAACATCACTCCTGTATTTTGATCGACTCGATGATGATCGACGACGCGAata > 1:249918/1‑148 (MQ=255) gTTGCCAGTTTTATTACCCAATATGCCGTAACCGCTTATGCCAGCCAGCGCTATCTTGAGAAACATCCCATTAGCCGTCCTGACGAACTCGAACATCACTCCTGTATTTTGATCGACTCGATGATGATCGACGACGCGAATATCTGgc > 2:103777/1‑148 (MQ=255) ccAGTTTTATTACCCAATATGCCGTAACCGCTTATGCCAGCCAGCGCTATCTTGAGAAACATCCCATTAGCCGTCCTGACGAACTCGAACATCACTCCTGTATTTTGATCGACTCGATGATGATCGACGACGCGAATATCTGGCTCtt > 1:1739066/1‑148 (MQ=255) ccAGTTTTATTACCCAATATGCCGTAACCGCTTATGCCAGCCAGCGCTATCTTGAGAAACATCCCATTAGCCGTCCTGACGAACTCGAACATCACTCCTGTATTTTGATCGACTCGATGATGATCGACGACGCGAATATCTGGCGCtt > 2:3401654/1‑148 (MQ=255) ttttATTACCCAATATGCCGTAACCGCTTATGCCAGCCAGCGCTATCTTGAGAAACATCCCATTAGCCGTCCTGACGAACTCGAACATCACTCCTGTATTTTGATCGACTCGATGATGATCGACGACGCGAATATCTGGCGCTTCAAc > 1:3479799/1‑148 (MQ=255) tttATTACCCAATATGCCGTAACCGCTTATGCCAGCCAGCGCTATCTTGAGAAACATCCCATTAGCCGTCCTGACGAACTCGAACATCACTCCTGTATTTTGATCGACTCGATGATGATCGACGACGCGAATATCTGGCGCTTCAACg < 2:2964721/148‑1 (MQ=255) ttattaCCCAATATGCCGTAACCGCTTATGCCAGCCAGCGCTATCTTGAGAAACATCCCATTAGCCGTCCTGACGAACTCGAACATCACTCCTGTATTTTGATCGACTCGATGATGATCGACGACGCGAATATCTGGCGCTTCAACGt > 1:2213458/1‑148 (MQ=255) attaCCCAATATGCCGTAACCGCTTATGCCAGCCAGCGCTATCTTGAGAAACATCCCATTAGCCGTCCTGACGAACTCGAACATCACTCCTGTATTTTGATCGACTCGATGATGATCGACGACGCGAATATCTGGCGCTTCAACGTCg > 1:332842/1‑148 (MQ=255) ttaCCCACTATGCCGTAACCGCTTATGCCAGCCCGCGCTATCTTGAGAAACATCCCATTAGCCGTCCTGACGAACTCGAACATCACTCCTGTATTTTGATCGACTCGATGATGATCGACGACGCGAATATCTGGCGCTTCAACGTCGc < 1:2552450/148‑1 (MQ=255) ttaCCCAATATGCCGTAACCGCTTATGCCAGCCAGCGCTATCTTGAGAAACATCCCATTAGCCGTCCTGACGAACTCGAACATCACTCCTGTATTTTGATCGACTCGATGATGATCGACGACGCGAATATCTGGCGCTTCAACGTCGc > 2:602678/1‑148 (MQ=255) taCCCAATATGCCGTAACCGCTTATGCCAGCCAGCGCTATCTTGAGAAACATCCCATTAGCCGTCCTGACGAACTCGAACATCACTCCTGTATTTTGATCGACTCGATGATGATCGACGACGCGAATATCTGGCGCTTCAACGTCGcc > 1:2357197/1‑148 (MQ=255) ACCCAATATGCCGTAACCGCTTATGCCAGCCAGCGCTATCTTGAGAAACATCCCATTAGCCGTCCTGACGAACTCGAACATCACTCCTGTATTTTGATCGACTCGATGATGATCGACGACGCGAATATCTGGCTCTTCAACGTCGCCg > 2:415227‑M2/1‑148 (MQ=255) ACCCAATATGCCGTAACCGCTTATGCCAGCCAGCGCTATCTTGAGAAACATCCCATTAGCCGTCCTGACGAACTCGAACATCACTCCTGTATTTTGATCGACTCGATGATGATCGACGACGCGAATATCTGGCGCTTCAACGTCGCCg > 2:1594548‑M2/1‑148 (MQ=255) | AAAGATATCGGTGATATCACCTTATCGCTAAAAACCTGCAATCTTGAGCGTAATGCCTTTTATGAAGGCGTCGAATTTCCTGATGATTGTGATGTTTTAATCAGCTACGCTCCACCAAAAGATGAATCGCTGGTTGCCAGTTTTATTACCCAATATGCCGTAACCGCTTATGCCAGCCAGCGCTATCTTGAGAAACATCCCATTAGCCGTCCTGACGAACTCGAACATCACTCCTGTATTTTGATCGACTCGATGATGATCGACGACGCGAATATCTGGCGCTTCAACGTCGCCG > CP009273/3745706‑3746000 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |