Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 290,012 | C→T | 100% | D167N (GAT→AAT) | yagM ← | CP4‑6 prophage; uncharacterized protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 290,012 | 0 | C | T | 97.4% | 891.1 / 9.4 | 273 | D167N (GAT→AAT) | yagM | CP4‑6 prophage; uncharacterized protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (5/2); new base T (134/132); total (139/134) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.48e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.91e-01 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 273 total aligned reads displayed.
GACAAGAGTAGAGCCTGCCCGGCATCAAAGTAATAACCCTCAAAGGTTGTTCTATGAATAAGAATAATGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCATCTTTCCCCATGAATTCATCATTAGCGTTCAGTTGAAAGTAATCTGCAATGGGGATTTTTAATGGACTCATGATGTTCGTTTTCCAGATTAACGA > CP009273/289867‑290156 | gACAAGAGTAGAGCCTGCCCGGCATCAAAGTAATAACCCTCAAAGGTTGTTCTATGAATAAGAATAATGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATTGt < 1:343833/148‑1 (MQ=255) cAAGAGTAGAGCCTGCCCGGCATCAAAGTAATAACCCTCAAAGGTTGTTCTATGAATAAGAATAATGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATTGTaa < 1:1068543/148‑1 (MQ=255) agTAGAGCCTGCCCGGCATCAAAGTAATAACCCTCAAAGGTTGTTCTATGAATAAGAATAATGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATTGTAAtttt > 2:3132452/1‑148 (MQ=255) agagCCTGCCCGGCATCAAAGTAATAACCCTCAAAGGTTGTTCTATGAATAAGAATAATGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATTGTAATTTTccc > 1:3133155/1‑148 (MQ=255) agagCCTGCCCGGCATCAAAGTAATAACCCTCAAAGGTTGTTCTATGAATAAGAATAATGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATTGTAATTTTccc > 2:1050292/1‑148 (MQ=255) gagCCTGCCCGGCATCAAAGTAATAACCCTCAAAGGTTGTTCTATGAATAAGAATAATGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATTGTAATTTTCCCt > 1:494019/1‑148 (MQ=255) gagCCTGCCCGGCATCAAAGTAATAACCCTCAAAGGTTGTTCTATGAATAAGAATAATGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAAGGGCTTTTTCCATATTGTAATTTTCCCt < 1:2188994/148‑1 (MQ=255) ccTGCCCGGCATCAAAGTAATAACCCTCAAAGGTTGTTCTATGAATAAGAATAATGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATTGTAATTTTCCCTTAg < 1:2199104/148‑1 (MQ=255) ccGGCATCAAAGTAATAACCCTCAAAGGTTGTTCTATGAATAAGAATAATGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATTGTAATTTTCCCTTAGCGAgg < 2:137957/148‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |