Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 3,575,032 | C→A | 62.2% | intergenic (+46/‑191) | yhhY → / → yhhZ | putative acetyltransferase/putative Hcp1 family polymorphic toxin protein; putative colicin‑like DNase/tRNase activity |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 3,575,032 | 0 | C | A | 62.2% | 115.0 / 309.8 | 241 | intergenic (+46/‑191) | yhhY/yhhZ | putative acetyltransferase/putative Hcp1 family polymorphic toxin protein; putative colicin‑like DNase/tRNase activity |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (45/46); new base A (66/84); total (111/130) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.27e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 242 total aligned reads displayed.
CTATAAAAAATACGGCTTTGAAATTGAAGGGACTGGTAAGAAGTACGCATTGCGTAATGGTGAATATGTCGATGCATATTATATGGCGCGGGTGAAGTAAGATAGTGCCCTTTTTCTGAGATGGAAAAAGGGTGTCATTCAAAATCGACATACCTTCCTTTAAGGTATTTATTTGCCCAATACATATATTGAGATTTAACTCATAATTACTTCCTAAAGTGTAATATTTTATTTTTTAATATATACGCCTACAATTTCCTGGAGTAAATAAATAACAATTAACAAGCATAATA > CP009273/3574887‑3575179 | cTATAAAAAATACGGCTTTGAAATTGAAGGGACTGGTAAGAAGTACGCATTGCGTAATGGTGAATATGTCGATGCATATTATATGGCGCGGGTGAAGTAAGATAGTGCCCTTTTTCTGAGATGGAAAAAGGGTGTCATTCAAAATCGa < 2:1375857/148‑1 (MQ=255) cTATAAAAAATACGGCTTTGAAATTGAAGGGACTGGTAAGAAGTACGCATTGCGTAATGGTGAATATGTCGATGCATATTATATGGCGCGGGTGAAGTAAGATAGTGCCCTTTTTCTGAGATGGAAAAAGGGTGTCATTCAAAATAGa > 2:2677059/1‑148 (MQ=255) ataAAAAATACGGCTTTGAAATTGAAGGGACTGGTAAGAAGTACGCATTGCGTAATGGTGAATATGTCGATGCATATTATATGGCGCGGGTGAAGTAAGATAGTGCCCTTTTTCTGAGATGGAAAAAGGGTGTCATTCAAAATAGACa < 2:2266852/148‑1 (MQ=255) ataAAAAATACGGCTTTGAAATTGAAGGGACTGGTAAGAAGTACGCATTGCGTAATGGTGAATATGTCGATGCATATTATATGGCGCGGGTGAAGTAAGATAGTGCCCTTTTTCTGAGATGGAAAAAGGGTGTCATTCAAAATAGACa 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |