| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 3,590,636 | G→T | 93.6% | Y95* (TAC→TAA) | livK ← | leucine transporter subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009273 | 3,590,636 | 0 | G | T | 93.6% | 594.8 / 25.4 | 211 | Y95* (TAC→TAA) | livK | leucine transporter subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (7/7); new base T (104/93); total (111/100) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 211 total aligned reads displayed.
CCAGCCCGGCAGTACGCATAATGTGTTGATAACCGCGTTGGGTCAGCTCCGGGTTGGTCGCTCCCGGCGAGATCATCAGAATACCTTCGTCTTCATAGATATCTGACGCAGGCTGGGTAGAAGAAGAACACAGATGACCAATAACGTATTTAATGCCGTCATTAACGATTTTGTTGGCGACCGCAACGGCTTGTTTCGGGTCGCATGCGTCGTCATATTCCACGCCAACCAGTTTATCGCCCTTAATTCCCCCTTTGGCATTAATGTCTTTAATTGCCTGACGCGCGCCG > CP009273/3590491‑3590780 | ccAGCCCGGCAGTACTCATAATGTGTTGATAACCGCGTTGGGTCAGCTCCGGGTTGGTCGCTCCCGGCGAGATCATCAGAATACCTTCGTCTTCATAGATATCTGACGCAGGCTGGGTAGAAGAAGAACACAGATGACCAATAACTTa < 2:1911047/148‑1 (MQ=255) cAGCCCGGCAGTACGCATAATGTGTTGATAACCGCGTTGGGTCAGCTCCGGGTTGGTCGCTCCCGGCGAGATCATCAGAATACCTTCGTCTTCATAGATATCTGACGCAGGCTGGGTAGAAGAAGAACACAGATGACCAATAACTTAt < 2:3248557/148‑1 (MQ=255) aGCCCGGCAGTACGCATAATGTGTTGATAACCGCGTTGGGTCAGCTCCGGGTTGGTCGCTCCCGGCGAGATCATCAGAATACCTTCGTCTTCATAGATATCTGACGCAGGCTGGGTAGAAGAAGAACACAGATGACCAATAACTTAtt > 1:458963/1‑148 (MQ=255) gCCCGGCAGTACGCATAATGTGTTGATAACCGCGTTGGGTCAGCTCCGGGTTGGTCGCTCCCGGCGAGATCATCAGAATACCTTCGTCTTCATAGATATCTGACGCAGGCTGGGTAGAAGAAGAACACAGATGACCAATAACTTAttt > 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cGCATAATGTGTTGATAACCGCGTTGGGTCAGCTCCGGGTTGGTCGCTCCCGGCGAGATCATCAGAATACCTTCGTCTTCATAGATATCTGACGCAGGCTGGGTAGAAGAAGAACACAGATGACCAATAACTTATTTAATGCCGTCAt < 1:146139/148‑1 (MQ=255) aaTGTGTTGATAACCGCGTTGGGTCAGCTCCGGGTTGGTCGCTCCCGGCGAGATCATCAGAATACCTTCGTCTTCATAGATATCTGACGCAGGCTGGGTAGAAGAAGAACACAGATGACCAATAACTTATTTAATGCCGTCATTAACg > 1:1824833/1‑148 (MQ=255) aaTGTGTTGATAACCGCGTTGGGTCAGCTCCGGGTTGGTCGCTCCCGGCGAGATCATCAGAATACCTTCGTCTTCATAGACATCTGACGCAGGCTGGGTAGAAGAAGAACACAGATGACCAATAACTTATTTAATGCCGTCATTAACg > 1:1729221/1‑148 (MQ=255) aTGTGTTGATAACCGCGTTGGGTCAGCTCCGGGTTGGTCGCTCCCGGCGAGATCATCAGAATACCTTCGTCTTCATAGATATCTGACGCAGGCTGGGTAGAAGAAGAACACAGATGACCAATAACTTATTTAATGCCGTCATTAACGa < 2:1592173/148‑1 (MQ=255) tgtgTTGATAACCGCGTTGGGTCAGCTCCGGGTTGGTCGCTCCCGGCGAGATCATCAGAATACCTTCGTCTTCATAGATATCTGACGCAGGCTGGGTAGAAGAAGAACACAGATGACCAATAACTTATTTAATGCCGTCATTAACGAt < 2:2790367/148‑1 (MQ=255) tgtgTTGATAACCGCGTTGGGTCAGCTCCGGGTTGGTCGCTCCCGGCGAGATCATCAGAATACCTTCGTCTTCATAGATATCTGACGCAGGCTGGGTAGAAGAAGAACACAGATGACCAATAACTTATTTAATGCCGTCATTAACGAt > 2:2870186/1‑148 (MQ=255) gtgtTGATAACCGCGTTGGGTCAGCTCCGGGTTGGTCGCTCCCGGCGAGATCATCAGAATACCTTCGTCTTCATAGATATCTGACGCAGGCTGGGTAGAAGAAGAACACAGATGACCAATAACTTATTTAATGCCGTCATTAACGAtt < 2:2153514/148‑1 (MQ=255) gtgtTGATAACCGCGTTGGGTCAGCTCCGGGTTGGTCGCTCCCGGCGAGATCATCAGAATACCTTCGTCTTCATAGATATCTGACGCAGGCTGGGTAGAAGAAGAACACAGATGACCAATAACTTATTTAATGCCGTCATTAACGAtt < 2:1265851/148‑1 (MQ=255) gtgtTGATAACCGCGTTGGGTCAGCTCCGGGTTGGTCGCTCCCGGCGAGATCATCAGAATACCTTCGTCTTCATAGATATCTGACGCAGGCTGGGTAGAAGAAGAACACAGATGACCAATAACTTATTTAATGCCGTCATTAACGAtt > 1:786845/1‑148 (MQ=255) gtgtTGATAACCGCGTTGGGTCAGCTCCGGGTTGGTCGCTCCCGGCGAGATCATCAGAATACCTTCGTCTTCATAGATATCTGACGCAGGCTGGGTAGAAGAAGAACACAGATGACCAATAACTTATTTAATGCCGTCATTAACGAtt < 2:2671365/148‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |