Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 291,348 | G→A | 100% | intergenic (‑58/+59) | yagN ← / ← intF | CP4‑6 prophage; uncharacterized protein/CP4‑6 prophage; putative phage integrase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 291,348 | 0 | G | A | 98.2% | 719.0 / 1.8 | 221 | intergenic (‑58/+59) | yagN/intF | CP4‑6 prophage; uncharacterized protein/CP4‑6 prophage; putative phage integrase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/2); new base A (103/114); total (105/116) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 227 total aligned reads displayed.
ATTGAGTTGTTTTACTTGAATTAATACACCAGCGAGCTCTGATAGCTGCCAGAGTGGGTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATGAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTAAGATCCATGTCTCAATTTTCTCGTGCCATTTTCGTAACA > CP009273/291203‑291492 | aTTGAGTTGTTTTACTTGAATTAATACACCAGCGAGCTCTGATAGCTGCCAGAGTGGGTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATaaa > 2:2383300/1‑148 (MQ=255) ttGAGTTGTTTTACTTGATTTAATACACCAGCGAGCTCTGATAGCTGCCAGAGTGGGTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATaaaa < 2:2478187/148‑1 (MQ=255) ttGAGTTGTTTTACTTGAATTAATACACCAGCGAGCTCTGATAGCTGCCAGAGTGGGTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATaaaa < 1:327557/148‑1 (MQ=255) gAGTTGTTGTACTTGAATTAATACACCAGCGAGCTCTGATAGCTGCCAGAGTGGGTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAat < 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cTTGAATTAATACACCAGCGAGCTCTGATAGCTGCCAGAGTGGGTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATc > 2:260134/1‑148 (MQ=255) cTTGAATTAATACACCAGCGAGCTCTGATAGCTGCCAGAGTGGGTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATc > 2:2061106/1‑148 (MQ=255) ttGAATTAATACACCAGCGAGCTCTGATAGCTGCCAGAGTGGGTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCa < 2:1865828/148‑1 (MQ=255) aaTTAATACACCAGCGAGCTCTGATAGCTGCCAGAGTGGGTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATa > 2:1415353/1‑148 (MQ=255) aaTTAATACACCAGCGAGCTCTGATAGCTGCCAGAGTGGGTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATa > 2:366271/1‑148 (MQ=255) aaTTAATACACCAGCGAGCTCTGATAGCTGCCAGAGTGGGTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATa > 2:3188890/1‑148 (MQ=255) aaTTAATACACCAGCGAGCTCTGATAGCTGCCAGAGTGGGTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATa < 1:1289379/148‑1 (MQ=255) aTACACCAGCGAGCTCTGATAGCTGCCAGAGTGGGTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTtga < 1:1663145/148‑1 (MQ=255) aTACACCAGCGAGCTCTGATAGCTGCCAGAGTGGGTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTtga < 2:2420075/148‑1 (MQ=255) acCAGCGAGCTCTGATAGCTGCCAGAGTGGGTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTgatgat < 2:475338/148‑1 (MQ=255) acCAGCGAGCTCTGATAGCTGCCAGAGTGGGTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTgatgat < 1:3087388/148‑1 (MQ=255) ccAGCGAGCTCTGATAGCTGCCAGAGTGGGTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGata < 1:2449259/148‑1 (MQ=255) ccAGCGAGCTCTGATAGCTGCCAGAGTGGGTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGata < 2:2109813/148‑1 (MQ=255) ccAGCGAGCTCTGATAGCTGCCAGAGTGGGTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAAATGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGata > 1:2985741/1‑148 (MQ=255) cAGCGAGCTCTGAGAGCTGCCAGAGTGGGTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGatat < 1:2501041/148‑1 (MQ=255) aGCGAGCTCGGATAGCTGCCAGAGTGGGTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCAGTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATAtt < 1:3177862/148‑1 (MQ=255) gCGAGCTCTGATAGCTGCCAGAGTGGGTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATAttt < 2:1030858/148‑1 (MQ=255) aGCTCTGATAGCTGCCAGAGTGGGTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGt > 2:3228176/1‑148 (MQ=255) gCTCTGATAGCTGCCAGAGTGGGTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTa < 1:2193851/148‑1 (MQ=255) gCTCTGATAGCTGCCAGAGTGGGTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTa < 1:1985793/148‑1 (MQ=255) tctGATAGCTGCCAGAGTGGGTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAat < 1:2429194/148‑1 (MQ=255) tctGATAGCTGCCAGAGTGGGTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAat < 2:1504478/148‑1 (MQ=255) ctGATAGCTGCCAGAGTGGGTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAata > 1:2192341/1‑148 (MQ=255) ctGATAGCTGCCAGAGTGGGTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAata < 1:2622225/148‑1 (MQ=255) gATAGCTGCCAGAGTGGGTTCTATGGATACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATg > 1:2049311/1‑148 (MQ=255) 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tACAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCatat < 2:2624909/148‑1 (MQ=255) cAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATGAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCa > 2:1620469/1‑148 (MQ=255) cAGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCa > 2:690048/1‑148 (MQ=255) aGTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCaa < 2:2645624/148‑1 (MQ=255) gTTGCTGGGGTTGCCATTGGCTTATCTCCTGTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATAAAAATCTATCTTTATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCAAATCAAc > 1:1068101/1‑148 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |