Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 3,616,714 | T→G | 20.5% | I1388R (ATA→AGA) | rhsB → | Rhs family putative polymorphic toxin, putative neighboring cell growth inhibitor |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 3,616,714 | 0 | T | G | 20.5% | 506.3 / 171.5 | 291 | I1388R (ATA→AGA) | rhsB | Rhs family putative polymorphic toxin, putative neighboring cell growth inhibitor |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (128/103); new base G (33/27); total (161/130) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 293 total aligned reads displayed.
TATCAGCTTATCATACTCATGGTGCAGATAGTCATGGAGAATATTGGGACGAAATATTTTCAGGTAAAGATGAGAAAATAGTTAAAAGTAAAGATAACAATATCAAGTCATTTTATTTAGGTACGCCCAGTGGTAATTTTAAAGCAATAGATAACCACGGGAAGGAAATAACAAACAGAAAAGGATTACCTAATGTCTGCAGAGTTCATGGTAATATGTAAAAAAATATTGTTTAGGAACTGTGTCATTGTATCTTTGTTTGTTTTTACATACAACACATGGGCGCAGTGTAATA > CP009273/3616567‑3616861 | tCAGCTTATCATACTCATGGTGCAGATAGTCATGGAGAATATTGGGACGAAATATTTTCAGGTAAAGATGAGAAAATAGTTAAAAGTAAAGATAACAATATCAAGTCATTTTATTTAGGTACGCCCAGTGGTAATTTTAAAGCAATAg < 2:3070881/148‑1 (MQ=255) tCAGCTTATCATACTCATGGTGCAGATAGTCATGGAGAATATTGGGACGAAATATTTTCAGGTAAAGATGAGAAAATAGTTAAAAGTAAAGATAACAATATCAAGTCATTTTATTTAGGTACGCCCAGTGGTAATTTTAAAGCAATAg < 1:2996103/148‑1 (MQ=255) cAGCTTATCATACTCATGGTGCAGATAGTCATGGAGAATATTGGGACGAAATATTTTCAGGTAAAGATGAGAAAATAGTTAAAAGTAAAGATAACAATATCAAGTCATTTTATTTAGGTACGCCCAGTGGTAATTTTAAAGCAATAGa > 1:1474805/1‑148 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |