| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 3,661,610 | A→T | 100% | F313L (TTT→TTA) | yhjA ← | putative cytochrome C peroxidase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009273 | 3,661,610 | 0 | A | T | 95.6% | 705.0 / 14.9 | 222 | F313L (TTT→TTA) | yhjA | putative cytochrome C peroxidase |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 224 total aligned reads displayed.
CGCCGAGAATAATACCACCATGACAAGTTGCACATTTATTATCTTTAAATAATTGATAGCCTTTTTTCTGTTGCGCCGTCAGCGCATTTTCATCTCCGCGCAACCATTTATCAAATGGGGAATCCGGCGTAATTAATGTTTTCTCAAATTCAGCAATGGCATCAGTAATATTTTCGCCACTGAAACCTTGCGGATAGACTTCGAGGAACTGCGTTTTAAGCTGCGGATCTTTTTCCAGCTTAGCAATAATTTCGTCCCAGGATTTCGACGCCATTTCAATCGGGTTCAAC > CP009273/3661465‑3661754 | cgccgAGAATAATACCACCATGACAAGTTGCACATTTATTATCTTTAAATAATTGATAGCCTTTTTTCTGTTGCGCCGTCAGCGCATTTTCATCTCCGCGCAACCATTTATCAAATGGGGAATCCGGCGTAATTAATGTTTTCTCtaa < 2:2973048/148‑1 (MQ=255) gccgAGAATAATACCACCATGACAAGTTGCACATTTATTATCTTTAAATAATTGATAGCCTTTTTTCTGTTGCGCCGTCAGCACATTTTCATCTCCGCGCAACCATTTATCAAATGGGGAATCCGGCGTAATTAATGTTTTCTCTAAt > 1:2055402/1‑148 (MQ=255) gccgAGAATAATACCACCATGACAAGTTGCACATTTATTATCTTTAAATAATTGATAGCCTTTTTTCTGTTGCGCCGTCAGCACATTTTCATCTCCGCGCAACCATTGATCAAATGGGGAATCCGGCGTAATTAATGTTTTCTCTAAt > 1:2894195/1‑148 (MQ=255) aataatACCACCATGACAAGTTGCACATTTATTATCTTTAAATAATTGATAGCCTTTTTTCTGTTGCGCCGTCAGCGCATTTTCATCTCCGCGCAACCATTTATCAAATGGGGAATCCGGCGTAATTAATGTTTTCTCTAATTCAGCa > 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accaTGACAAGTTGCACATTTATTATCTTTAAATAATTGATAGCCTTTTTTCTGTTGCGCCGTCAGCGCATTTTCATCTCCGCGCAACCATTTATCAAATGGGGAATCCGGCGTAATTAATGTTTTCTCTAATTCAGCAATGGCATCa > 1:1216665/1‑148 (MQ=255) ccaTGACAAGTTGCACATTTATTATCTTTAAATAATTGATAGCCTTTTTTCTGTTGCGCCGTCAGCGCATTTTCATCTCCGCGCAACCATTTATCAAATGGGGAATCCGGCGTAATTAATGTTTTCTCTAATTCAGCAATGGCATCAg < 1:131011/148‑1 (MQ=255) ccaTGACAAGGTGCACATTTATTATCTTTAAATAATTGATAGCCTTTTTTCTGTTGCGCCGTCAGCGCATTTTCATCTCCGCGCAACCATTTATCAAATGGGGAATCCGGCGTAATTAATGTTTTCTCTAATTCAGCAATGGCATCAg < 1:131237/148‑1 (MQ=255) aTGACAAGTTGCACATTTATTATCTTTAAATAATTGATAGCCTTTTTTCTGTTGCGCCGTCAGCGCATTTTCATCTCCGCGCAACCATTTATCAAATGGGGAATCCGGCGTAATTAATGTTTTCTCTAATTCAGCAATGGCATCAGTa > 1:2194144/1‑148 (MQ=255) tGACAAGTTGCACATTTATTATCTTTAAATAATTGATAGCCTTTTTTCTGTTGCGCCGTCAGCGCATTTTCATCTCCGCGCAACCATTTATCAAATGGGGAATCCGGCGTAATTAATGTTTTCTCTAATTCAGCAATGGCATCAGTaa > 1:738723/1‑148 (MQ=255) 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cAAGTTGCACATTTATTATCTTTAAATAATTGATAGCCTTTTTTCTGTTGCGCCGTCAGCGCATTTTCATCTCCGCGCAACCATTTATCAAATGGGGAATCCGGCGTAATTAATGTTTTCTCTAATTCAGCAATGGCATCAGTAatat > 2:3488076/1‑148 (MQ=255) aaGTTGCACATTTATTATCTTTAAATAATTGATAGCCTTTTTTCTGTTGCGCCGTCAGCGCATTTTCATCTCCGCGCAACCATTTATCAAATGGGGAATCCGGCGTAATTAATGTTTTCTCTAATTCAGCAATGGCATCAGTAATAtt > 1:412702/1‑148 (MQ=255) aaGTTGAACATTTATTATCTTTAATTAATTGATAGCCTTTTTTCTGTTGCGCCGTCAGCGCATTTTCATCTCCGAGCAACCATTTATCAAATGGTGAATCCGGCTTAATTAATGTTTTCTCAAATTCAGCAATGGCATCAGTAATAtt < 1:3384921/148‑1 (MQ=255) aGTTGCACATTTATTATCTTTAAATAATTGATAGCCTTTTTTCTGTTGCGCCGTCAGCGCATTTTCATCTCCGCGCAACCATTTATCAAATGGGGAATCCGGCGTAATTAATGTTTTCTCTAATTCAGCAATGGCATCAGTAATAttt < 2:1543236/148‑1 (MQ=255) caTTTATTATCTTTAAATAATTGATAGCCTTTTTTCTGTTGCGCCGTCAGCGCATTTTCATCTCCGCGCAACCATTTATCAAATGGGGAATCCGGCGTAATTAATGTTTTCTCTAATTCAGCAATGGCATCAGTAATATTTTCGCCAc > 1:2010625/1‑148 (MQ=255) 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tatCTTTAAATAATTGATAGCCTTTTTTCTGTTGCGCCGTCAGCGCATTTTCATCTCCGCGCAACCATTTATCAAATGGGGAATCCGGCGTAATTAATGTTTTCTCTAATTCAGCAATGGCATCAGTAATATTTTCGCCACTGAAAcc > 1:1053347/1‑148 (MQ=255) atCTTTAAATAATTGATAGCCTTTTTTCTGTTGCGCCGTCAGCGCATTTTCATCTCCGCGCAACCATTTATCAAATGGGGAATCCGGCGTAATTAATGTTTTCTCTAATTCAGCAATGGCATCAGTAATATTTTCGCCACTGAAACCt < 1:684042/148‑1 (MQ=255) tCTTTAAATAATTGATAGCCTTTTTTCTGTTGCGCCGTCAGCGCATTTTCATCTCCGCGCAACCATTTATCAAATGGGGAATCCGGCGTAATTAATGTTTTCTCTAATTCAGCAATGGCATCAGTAATATTTTCGCCACTGAAACCtt > 2:2857667/1‑148 (MQ=255) ttAAATAATTGATAGCCTTTTTTCTGTTGCGCCGTCAGCGCATTTTCATCTCCGCGCAACCATTTATCAAATGGGGAATCCGGCGTAATTAATGTTTTCTCTAATTCAGCAATGGCATCAGTAATATTTTCGCCACTGAAACCTTGCg < 1:2179485/148‑1 (MQ=255) ataatTGATAGCCTTTTTTCTGTTGCGCCGTCAGCGCATTTTCATCTCCGCGCAACCATTTATCAAATGGGGAATCCGGCGTAATTAATGTTTTCTCTAATTCAGCAATGGCAGCAGTAATATTTTCGCCACTGAAACCTTGCGGATa > 2:2533084/1‑148 (MQ=255) 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cGGCGTAATTAATGTTTTCTCTAATTCAGCAATGGCATCAGTAATATTTTCGCCACTGAAACCTTGCGGATAGACTTCGAGGAACTGCGTTTTAAGCTGCGGATCTTTTTCCAGCTTAGCAATAATTTCGTCCCAGGATTTCGACGcc < 1:2554915/148‑1 (MQ=255) gCGTAATTAATGTTTTCTCTAATTCAGCAATGGCATCAGTAATATTTTCGCCACTGAAACCTTGCGGATAGACTTCGAGGAACTGCGTTTTAAGCTGCGGATCTTTTTCCAGCTTAGCAATAATTTCGTCCCAGGATTTCGACGCCAt > 1:656645/1‑148 (MQ=255) gCGTAATTAATGTTTTCTCTAATTCAGCAATGGCATCAGTAATATTTTCGCCACTGAAACCTTGCGGATAGACTTCGAGGAACTGCGTTTTAAGCTGCGGATCTTTTTCCAGCTTAGCAATAATTTCGTCCCAGGATTTCGACGCCAt < 1:1116294/148‑1 (MQ=255) taattaatGTTTTCTCTAATTCAGCAATGGCATCAGTAATATTTTCGCCACTGAAACCTTGCGGATAGACTTCGAGGAACTGCGTTTTAAGCTGCGGATCTTTTTCCAGCTTAGCAATAATTTCGTCCCAGGATTTCGACGCCATTTc > 1:2250835/1‑148 (MQ=255) taattaatGTTTTCTCTAATTCAGCAATGGCATCAGTAATATTTTCGCCACTGAAACCTTGCGGATAGACTTCGAGGAACTGCGTTTTAAGCTGCGGATCTTTTTCCAGCTTAGCAATAATTTCGTCCCAGGATTTCGACGCCATTTc > 1:1833177/1‑148 (MQ=255) attaatGTTTTCTCTAATTCAGCAATGGCATCAGTAATATTTTCGCCACTGAAACCTTGCGGATAGACTTCGAGGAACTGCGTTTTAAGCTGCGGATCTTTTTCCAGCTTAGCAATAATTTCGTCCCAGGATTTCGACGCCATTTCaa < 1:1525368/148‑1 (MQ=255) taatGTTTTCTCTAATTCAGCAATGGCATCAGTAATATTTTCGCCACTGAAACCTTGCGGATAGACTTCGAGGAACTGCGTTTTAAGCTGCGGATCTTTTTCCAGCTTAGCAATAATTTCGTCCCAGGATTTCGACGCCATTTCAATc < 2:2922957/148‑1 (MQ=255) tGTTTTCTCTAATTCAGCAATGGCATCAGTAATATTTTCGCCACTGAAACCTTGCGGATAGACTTCGAGGAACTGCGTTTTAAGCTGCGGATCTTTTTCCAGCTTAGCAATAATTTCGTCCCAGGATTTCGACGCCATTTCAATCggg < 1:3273531/148‑1 (MQ=255) ttCTCTAATTCAGCAATGGCATCAGTAATATTTTCGCCACTGAAACCTTGCGGATAGACTTCGAGGAACTGCGTTTTAAGCTGCGGATCTTTTTCCAGCTTAGCAATAATTTCGTCCCAGGATTTCGACGCCATTTCAATCGGGTTCa < 1:3550804/148‑1 (MQ=255) ttCTCTAATTCAGCAATGGCATCAGTAATATTTTCGCCACTGAAACCTTGCGGATAGACTTCGAGGAACTGCGTTTTAAGCTGCGGATCTTTTTCCAGCTTAGCAATAATTTCGTCCCAGGATTTCGACGCCATTTCAATCGGGTTCa > 1:1986051/1‑148 (MQ=255) ctctAATTCAGCAATGGCATCAGTAATATTTTCGCCACTGAAACCTTGCGGATAGACTTCGAGGAACTGCGTTTTAAGCTGCGGATCTTTTTCCAGCTTAGCAATAATTTCGTCCCAGGATTTCGACGCCATTTCAATCGGGTTCAAc < 1:2004823/148‑1 (MQ=255) | CGCCGAGAATAATACCACCATGACAAGTTGCACATTTATTATCTTTAAATAATTGATAGCCTTTTTTCTGTTGCGCCGTCAGCGCATTTTCATCTCCGCGCAACCATTTATCAAATGGGGAATCCGGCGTAATTAATGTTTTCTCAAATTCAGCAATGGCATCAGTAATATTTTCGCCACTGAAACCTTGCGGATAGACTTCGAGGAACTGCGTTTTAAGCTGCGGATCTTTTTCCAGCTTAGCAATAATTTCGTCCCAGGATTTCGACGCCATTTCAATCGGGTTCAAC > CP009273/3661465‑3661754 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |