| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 3,664,901 | C→A | 10.1% | A118A (GCG→GCT) | yhjB ← | putative DNA‑binding transcriptional response regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,664,901 | 0 | C | A | 10.1% | 701.7 / 34.4 | 205 | A118A (GCG→GCT) | yhjB | putative DNA‑binding transcriptional response regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (90/94); new base A (8/13); total (98/107) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.68e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 213 total aligned reads displayed.
ATTCAGCGCTCTGCCGATCTCCTTATTTGATTCGCCCGCCGCTAACATGGTTAAAATCTCCCGCTGGCGGGCGCTTAACGATTTGAGATCTTTAATGTCCTTTTCCGGCGTCGTCCGCCAGTCTCCAGGCAGAAACATCATCCCCATCGCCGCACTATTTACCGCCAACGCAAATGTCTCGACGGTTGAATCACGAGGCACAATGGCCAGCACATTAAAATGGATAACTTCCTGTAACCACCGTTTATTGCAATCCGTCGCCGTAATTAACACCTTAACCTCAGGAAATTGCAC > CP009273/3664754‑3665047 | tCAGCGCTCTGCCGATCTCCTTATTTGATTCGCCCGCCGCTAACATGGTTAAAATCTCCCGCTGGCGGGCGCTTAACGATTTGAGATCTTTAATGTCCTTTTCCGGCGTCGTCCGCCAGTCTCCAGGCAGAAACATCATCCCCATcgc > 2:1652096/1‑148 (MQ=255) tCAGCGCTCTGCCGATCTCCTTATTTGATTCGCCCGCCGCTAACATGGTTAAAATCTCCCGCTGGCGGGCGCTTAACGATTTGAGATCTTTAATGTCCTTTTCCGGCGTCGTCCGCCAGTCTCCAGGCAGAAACATCATCCCCATcgc > 2:2821351/1‑148 (MQ=255) aGCGCTCTGCCGATCTCCTTATTTGATTCGCCCGCCGCTAACATGGTTAAAATCTCCCGCTGGCGGGCGCTTAACGATTTGAGATCTTTAATGTCCTTTTCCGGCGTCGTCCGCCAGTCTCCAGGCAGAAACATCATCCCCATcgccg < 2:1296573/148‑1 (MQ=255) cgcTCTGCCGATCTCCTTATTTGATTCGCCCGCCGCTAACATGGTTAAAATCTCCCGCTGGCGGGCGCTTAACGATTTGAGATCTTTAATGTCCTTTTCCGGCGTCGTCCGCCAGTCTCCAGGCAGAAACATCATCCCCATAGCCGCa > 2:1646077/1‑148 (MQ=255) cgcTCTGCCGATCTCCTTATTTGATTCGCCCGCCGCTAACATGGTTAAAATCTCCCGCTGGCGGGCGCTTAACGATTTGAGATCTTTAATGTCCTTTTCCGGCGTCGTCCGCCAGTCTCCAGGCAGAAACATCATCCCCATAGCCGCa < 2:1170856/148‑1 (MQ=255) cgcTCTGCCGATCTCCTTATTTGATTCGCCCGCCGCTAACATGGTTAAAATCTCCCGCTGGCGGGCGCTTAACGATTTGAGATCTTTAATGTCCTTTTCCGGCGTCGTCCGCCAGTCTCCAGGCAGAAACATCATCCCCATAGCCGCa < 2:2948417/148‑1 (MQ=255) gcTCTGCCGATCTCCTTATTTGATTCGCCCGCCGCTAACATGGTTAAAATCTCCCGCTGGCGGGCGCTTAACGATTTGAGATCTTTAATGTCCTTTTCCGGCGTCGTCCGCCAGTCTCCAGGCAGAAACATCATCCCCATCGCCGCAc > 1:2336555/1‑148 (MQ=255) tctGCCGATCTCCTTATTTGATTCGCCCGCCGCTAACATGGTTAAAATCTCCCGCTGGCGGGCGCTTAACGATTTGAGATCTTTAATGTCCTTTTCCGGCGTCGTCCGCCAGTCTCCAGGCAGAAACATCATCCCCATCGCCGCACTa > 2:863346/1‑148 (MQ=255) tctGCCGATCTCCTTATTTGATTCGCCCGCCGCTAACATGGTTAAAATCTCCCGCTGGCGGGCGCTTAACGATTTGAGATCTTTAATGTCCTTTTCCGGCGTCGTCCGCCAGTCTCCAGGCAGAAACATCATCCCCATCGCCGCACTa < 2:3347207/148‑1 (MQ=255) 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aTCTCCTTATTTGATTCGCCCGCCGCTAACATGGTTAAAATCTCCCGCTGGCGGGCGCTTAACGATTTGAGATCTTTAATGTCCTTTTCCGGCGTCGTCCGCCAGTCTCCAGGCAGAAACATCATCCCCATCGCCGCACTATTTACCg > 2:2930694/1‑148 (MQ=255) tctcCTTATTTGATTCGCCCGCCGCTAACATGGTTAAAATCTCCCGCTGGCGGGCGCTTAACGATTTGAGATCTTTAATGTCCTTTTCCGGCGTCGTCCGCCAGTCTCCAGGCAGAAACATCATCCCCATCGCCGCACTATTTACCGc > 1:2822501/1‑148 (MQ=255) tctcCTTATTTGATTCGCCCGCCGCTAACATGGTTAAAATCTCCCGCTGGCGGGCGCTTAACGATTTGAGATCTTTAATGTCCTTTTCCGGCGTCGTCCGCCAGTCTCCAGGCAGAAACATCATCCCCATCGCCGCACTATTTACCGc > 1:1912567/1‑148 (MQ=255) tctcCTTATTTGATTCGCCCGCCGCTAACATGGTTAAAATCTCCCGCTGGCGGGCGCTTAACGATTTGAGATCTTTAATGTCCTTTTCCGGCGTCGTCCGCCAGTCTCCAGGCAGAAACATCATCCCCATCGCCGCACTATTTACCGc > 1:253152/1‑148 (MQ=255) tcCTTATTTGATTCGCCCGCCGCTAACATGGTTAAAATCTCCCGCTGGCGGGCGCTTAACGATTTGAGATCTTTAATGTCCTTTTCCGGCGTCGTCCGCCAGTCTCCAGGCAGAAACATCATCCCCATCGCCGCACTATTTACCGCCa > 1:3199911/1‑148 (MQ=255) 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tCGCCGCACTATTTACCGCCAACGCAAATGTCTCGACGGTTGAATCACGAGGCACAATGGCCAGCACATTAAAATGGATAACTTCCTGTAACCACCGTTTATTGCAATCCGTCGCCGTAATTAACACCTTAACCTCAGGAAATTGcac > 1:678330/1‑148 (MQ=255) | ATTCAGCGCTCTGCCGATCTCCTTATTTGATTCGCCCGCCGCTAACATGGTTAAAATCTCCCGCTGGCGGGCGCTTAACGATTTGAGATCTTTAATGTCCTTTTCCGGCGTCGTCCGCCAGTCTCCAGGCAGAAACATCATCCCCATCGCCGCACTATTTACCGCCAACGCAAATGTCTCGACGGTTGAATCACGAGGCACAATGGCCAGCACATTAAAATGGATAACTTCCTGTAACCACCGTTTATTGCAATCCGTCGCCGTAATTAACACCTTAACCTCAGGAAATTGCAC > CP009273/3664754‑3665047 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |