Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 3,736,722 | C→A | 100% | G210G (GGC→GGA) | yiaK → | 2,3‑diketo‑L‑gulonate reductase, NADH‑dependent |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 3,736,722 | 0 | C | A | 97.5% | 628.6 / 4.8 | 215 | G210G (GGC→GGA) | yiaK | 2,3‑diketo‑L‑gulonate reductase, NADH‑dependent |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/4); new base A (104/105); total (106/109) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.83e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 215 total aligned reads displayed.
CCATTCCTTCCACGCCGATCACCATGGTCGATATGTCGATGTCGATGTTCTCTTACGGCATGTTAGAAGTTAACCGTCTGGCAGGTCGTCAGCTCCCGGTCGATGGTGGCTTTGATGATGAGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGCGTTATCGAGAAGAATCGCCGCATTTTGCCGATGGGCTACTGGAAAGGTTCTGGCATGTCGATTGTGCTGGATATGATCGCTACTCTCCTTTCCGACGGCGCATCCGTTGCCGAAGTCACCCAGGACAACAGCGACGAATACGGC > CP009273/3736577‑3736866 | ccATTCCTTCCACGCCGATCACCATGGTCGATATGTCGATGTCGATGTTCTCTTACGGCATGTTAGAAGTTAACCGTCTGGCAGGTCGTCAGCTCCCGGTCGATGGTGGCTTTGATGATGAGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGAGt > 2:2974102/1‑148 (MQ=255) ccATTCCTTCCACGCCGATCACCATGGTCGATATGTCGATGTCGATGTTCTCTTACGGCATGTTAGAAGTTAACCGTCTGGCAGGTCGTCAGCTCCCGGTCGATGGTGGCTTTGATGATGAGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGAGt < 2:3504366/148‑1 (MQ=255) ccATTCCTTCCACGCCGATCACCATGGTCGATATGTCGATGTCGATGTTCTCTTACGGCATGTTAGAAGTTAACCGTCTGGCAGGTCGTCAGCTCCCGGTCGATGGTGGCTTTGATGATGAGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGAGt < 1:95221/148‑1 (MQ=255) ccATTCCTTCCACGCCGATCACCATGGTCGATATGTCGATGTCGATGTTCTCTTACGGCATGTTAGAAGTTAACCGTCTGGCAGGTCGTCAGCTCCCGGTCGATGGTGGCTTTGATGATGAGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGAGt < 1:2360336/148‑1 (MQ=255) cATTCCTTCCACGCCGATCACCATGGTCGATATGTCGATGTCGATGTTCTCTTACGGCATGTTAGAAGTTAACCGTCTGGCAGGTCGTCAGCTCCCGGTCGATGGTGGCTTTGATGATGAGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGAGtt > 1:2660210/1‑148 (MQ=255) aTTCCTTCCACGCCGATCACCATGGTCGATATGTCGATGTCGATGTTCTCTTACGGCATGTTAGAAGTTAACCGTCTGGCAGGTCGTCAGCTCCCGGTCGATGGTGGCTTTGATGATGAGGGCACTTTGACCAAAGAACCTGGAGTTa > 2:692373/1‑148 (MQ=255) aTTCCTTCCACGCCGATCACCATGGTCGATATGTCGATGTCGATGTTCTCTTACGGCATGTTAGAAGTTAACCGTCTGGCAGGTCGTCAGCTCCCGGTCGATGGTGGCTTTGATGATGAGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGAGTTa < 1:243219/148‑1 (MQ=255) ttccttccACGCCGATCACCATGGTCGATATGTCGATGTCGATGTTCTCTTACGGCATGTTAGAAGTTAACCGTCTGGCAGGTCGTCAGCTCCCGGTCGATGGTGGCTTTGATGATGAGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGAGTTAt > 1:3245015/1‑148 (MQ=255) tccttccACGCCGATCACCATGGTCGATATGTCGATGTCGATGTTCTCTTACGGCATGTTAGAAGTTAACCGTCTGGCAGGTCGTCAGCTCCCGGTCGATGGTGGCTTTGATGATGAGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGAGTTATc > 2:122075/1‑148 (MQ=255) cttccACGCCGATCACCATGGTCGATATGTCGATGTCGATGTTCTCTTACGGCATGTTAGAAGTTAACCGTCTGGCAGGTCGTCAGCTCCCGGTCGATGGTGGCTTTGATGATGAGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGAGTTATCga > 1:3079873/1‑148 (MQ=255) ttccACGCCGATCACCATGGTCGATATGTCGATGTCGATGTTCTCTTACGGCATGTTAGAAGTTAACCGTCTGGCAGGTCGTCAGCTCCCGGTCGATGGTGGCTTTGATGATGAGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGAGTTATCgag < 1:769686/148‑1 (MQ=255) cACGCCGATCACCATGGTCGATATGTCGATGTCGATGTTCTCTTACGGCATGTTAGAAGTTAACCGTCTGGCAGGTCGTCAGCTCCCGGTCGATGGTGGCTTTGATGATGAGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGAGTTATCGagaag < 2:1235319/148‑1 (MQ=255) cGCCGATCACCATGGTCGATATGTCGATGTCGATGTTCTCTTACGGCATGTTAGAAGTTAACCGTCTGGCAGGTCGTCAGCTCCCGGTCGATGGTGGCTTTGATGATGAGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGAGTTATCGAgaagaa > 1:544791/1‑148 (MQ=255) cGCCGATCACCATGGTCGATATGTCGATGTCGATGTTCTCTTACGGCATGTTAGAAGTTAACCGTCTGGCAGGTCGTCAGCTCCCGGTCGATGGTGGCTTTGATGATGAGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGAGTTATCGAgaagaa < 1:3539783/148‑1 (MQ=255) cGCCGATCACCATGGTCGATATGTCGATGTCGATGTTCTCTTACGGCATGTTAGAAGTTAACCGTCTGGCAGGTCGTCAGCTCCCGGTCGATGGTGGCTTTGATGATGAGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGAGTTATCGAgaagaa < 2:2504408/148‑1 (MQ=255) ccGATCACCATGGTCGATATGTCGATGTCGATGTTCTCTTACGGCATGTTAGAAGTTAACCGTCTGGCAGGTCGTCAGCTCCCGGTCGATGGTGGCTTTGATGATGAGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGAGTTATCGAGAAGAATc > 2:707082/1‑148 (MQ=255) cATGGTCGATATGTCGATGTCGATGTTCTCTTACGGCATGTTAGAAGTTAACCGTCTGGCAGGTCGTCAGCTCCCGGTCGATGGTGGCTTTGATGATGAGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGAGTTATCGAGAAGAATCGCCGCAtt > 2:3558256/1‑148 (MQ=255) cATGGTCGATATGTCGATGTCGATGTTCTCTTACGGCATGTTAGAAGTTAACCGTCTGGCAGGTCGTCAGCTCCCGGTCGATGGTGGCTTTGATGATGAGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGAGTTATCGAGAAGAATCGCCGCAtt > 1:1475153/1‑148 (MQ=255) cATGGTCGATATGTCGATGTCGATGTTCTCTTACGGCATGTTAGAAGTTAACCGTCTGGCAGGTCGTCAGCTCCCGGTCGATGGTGGCTTTGATGATGAGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGAGTTATCGAGAAGAATCGCCGCAtt > 2:3424941/1‑148 (MQ=255) cATGGTCGATATGTCGATGTCGATGTTCTCTTACGGCATGGTAGAAGTTAACCGTCTGGCAGGTCGTCAGCTCCCGGTCGATGGTGGCTTTGATGATGAGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGAGTTATCGAGAAGAATCGCCGCAtt > 2:1724398/1‑148 (MQ=255) ggTCGATATGTCGATGTCGATGTTCTCTTACGGCATGTTAGAAGTTAACCGTCTGGCAGGTCGTCAGCTCCCGGTCGATGGTGGCTTTGATGATGAGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGAGTTATCGAGAAGAATCGCCGCATTTTg < 1:1956807/148‑1 (MQ=255) tCGATATGTCGATGTCGATGTTCTCTTACGGCATGTTAGAAGTTAACCGTCTGGCAGGTCGTCAGCTCCCGGTCGATGGTGGCTTTGATGATGAGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGAGTTATCGAGAAGAATCGCCGCATTTTGcc > 1:894184/1‑148 (MQ=255) cGATATGTCGATGTCGATGTTCTCTTACGGCATGTTAGAAGTTAACCGTCTGGCAGGTCGTCAGCTCCCGGTCGATGGTGGCTTTGATGATGAGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGAGTTATCGAGAAGAATCGCCGCATTTTGCCg > 1:2791029/1‑148 (MQ=255) cGATATGTCGATGTCGATGTTCTCTTACGGCATGTTAGAAGTTAACCGTCTGGCAGGTCGTCAGCTCCCGGTCGATGGTGGCTTTGATGATGAGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGAGTTATCGAGAAGAATCGCCGCATTTTGCCg > 2:873820/1‑148 (MQ=255) 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tgtcgatgtcgaTGTTCTCTTACGGCATGTTAGAAGTTAACCGTCTGGCAGGTCGTCAGCTCCCGGTCGATGGTGGCTTTGATGATGAGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGAGTTATCGAGAAGAATCGCCGCATTTTGCCGATggg < 1:1895847/148‑1 (MQ=255) tgtcgatgtcgaTGTTCTCTTACGGCATGTTAGAAGTTAACCGTCTGGCAGGTCGTCAGCTCCCGGTCGATGGTGGCTTTGATGATGAGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGAGTTATCGAGAAGAATCGCCGCATTTTGCCGATggg > 1:3167644/1‑148 (MQ=255) gtcgatgtcgatGTTCTCTTACGGCATGTTAGAAGTTAACCGTCTGGCAGGTCGTCAGCTCCCGGTCGATGGTGGCTTTGATGATGAGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGAGTTATCGAGAAGAATCGCCGCATTTTGCCGATGGGc > 2:3072541/1‑148 (MQ=255) cgatgtcgatgtTCTCTTACGGCATGTTAGAAGTTAACCGTCTGGCAGGTCGTCAGCTCCCGGTCGATGGTGGCTTTGATGATGAGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGAGTTATCGAGAAGAATCGCCGCATTTTGCCGATGGGCTa < 2:170537/148‑1 (MQ=255) cgatgtcgatgtTCTCTTACGGCATGTTAGAAGTTAACCGTCTGGCAGGTCGTCAGCTCCCGGTCGATGGTGGCTTTGATGATGAGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGAGTTATCGAGAAGAATCGCCGCATTTTGCCGATGGGCTa > 2:3156452/1‑148 (MQ=255) cgatgtcgatgtTCTCTTACGGCATGTTAGAAGTTAACCGTCTGGCAGGTCGTCAGCTCCCGGTCGATGGTGGCGTTGATGATGAGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGAGTTATCGAGAAGAATCGCCGCATTTTTCCGATGGGCTa > 1:741047/1‑148 (MQ=255) gatgtcgatgtTCTCTTACGGCATGTTAGAAGTTAACCGTCTGGCAGGTCGTCAGCTCCCGGTCGATGGTGGCTTTGATGATGAGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGAGTTATCGAGAAGAATCGCCGCATTTTGCCGATGGGCTAc < 1:2629288/148‑1 (MQ=255) tcgatgtTCTCTTACGGCATGTTAGAAGTTAACCGTCTGGCAGGTCGTCAGCTCCCGGTCGATGGTGGCTTTGATGATGAGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGAGTTATCGAGAAGAATCGCCGCATTTTGCCGATGGGCTACTGGa < 1:2229499/148‑1 (MQ=255) gtTCTCTTACGGCATGTTAGAAGTTAACCGTCTGGCAGGTCGTCAGCTCCCGGTCGATGGTGGCTTTGATGATGAGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGAGTTATCGAGAAGAATCGCCGCATTTTGCCGATGGGCTACTGGAAAGGt < 2:3278964/148‑1 (MQ=255) tctcTTACGGCATGTTAGAAGTTAACCGTCTGGCAGGTCGTCAGCTCCCGGTCGATGGTGGCTTTGATGATGAGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGAGTTATCGAGAAGAATCGCCGCATTTTGCCGATGGGCTACTGGAAAGGTTc > 2:2552433/1‑148 (MQ=255) tctcTTACGGCATGTTAGAAGTTAACCGTCTGGCAGGTCGTCAGCTCCCGGTCGATGGTGGCTTTGATGATGAGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGAGTTATCGAGAAGAATCGCCGCATTTTGCCGATGGGCTACTGGAAAGGTTc > 2:2007548/1‑148 (MQ=255) tctcTTACGGCATGTTAGAAGTTAACCGTCTGGCAGGTCGTCAGCTCCCGGTCGATGGTGGCTTTGATGATGAGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGAGTTATCGAGAAGAATCGCCGCATTTTGCCGATGGGCTACTGGAAAGGTTc > 1:826817/1‑148 (MQ=255) ctctTACGGCATGTTAGAAGTTAACCGTCTGGCAGGTCGTCAGCTCCCGGTCGATGGTGGCTTTGATGATGAGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGAGTTATCGAGAAGAATCGCCGCATTTTGCCGATGGGCTACTGGAAAGGTTCt < 1:2329894/148‑1 (MQ=255) tctTACGGCATGTTAGAAGTTAACCGTCTGGCAGGTCGTCAGCTCCCGGTCGATGGTGGCTTTGATGATGAGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGAGTTATCGAGAAGAATCGCCGCATTTTGCCGATGGGCTACTGGAAAGGTTCTg > 1:448020/1‑148 (MQ=255) tctTACGGCATGTTAGAAGTTAACCGTCTGGCAGGTCGTCAGCTCCCGGTCGATGGTGGCTTTGATGATGAGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGAGTTATCGAGAAGAATCGCCGCATTTTGCCGATGGGCTACTGGAAAGGTTCTg < 1:2128895/148‑1 (MQ=255) ctTACGGCATGTTAGAAGTTAACCGTCTGGCAGGTCGTCAGCTCCCGGTCGATGGTGGCGTTGATGATGAGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGCGTTATAGAGAAGAATCGCCGCATTTTTCCGATTGGCTAATGGAAAGGTTCTgg > 1:10071/1‑148 (MQ=255) tACGGCATGTTAGAAGTTAACCGTCTGGCAGGTCGTCAGCTCCCGGTCGATGGTGGCTTTGATGATGAGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGAGTTATCGAGAAGAATCGCCGCATTTTGCCGATGGGCTACTGGAAAGGTTCTGGCa > 2:3056395/1‑148 (MQ=255) tACGGCATGTTAGAAGTTAACCGTCTGGCAGGTCGTCAGCTCCCGGTCGATGGTGGCTTTGATGATGAGGGCAATTTGACCAAAGAACCGGGAGTTATCGAGAAGAATCGCCGCATTTTGCCGATGGGCTACTGGAAAGGTTCTGGCa > 2:2326852/1‑148 (MQ=255) aCGGCATGTTAGAAGTTAACCGTCTGGCAGGTCGTCAGCTCCCGGTCGATGGTGGCTTTGATGATGAGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGAGTTATCGAGAAGAATCGCCGCATTTTGCCGATGGGCTACTGGAAAGGTTCTGGCAt > 1:1703703/1‑148 (MQ=255) cGGCATGTTAGAAGTTAACCGTCTGGCAGGTCGTCAGCTCCCGGTCGATGGTGGCTTTGATGATGAGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGAGTTATCGAGAAGAATCGCCGCATTTTGCCGATGGGCTACTGGAAAGGTTCTGGCATg > 2:1271918/1‑148 (MQ=255) cGGCATGTTAGAAGTTAACCGTCTGGCAGGTCGTCAGCTCCCGGTCGATGGTGGCTTTGATGATGAGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGAGTTATCGAGAAGAATCGCCGCATTTTGCCGATGGGCTACTGGAAAGGTTCTGGCATg < 1:2541555/148‑1 (MQ=255) gCATGTTAGAAGTTAACCGTCTGGCAGGTCGTCAGCTCCCGGTCGATGGTGGCTTTGATGATGAGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGAGTTATCGAGAAGAATCGCCGCATTTTGCCGATGGGCTACTGGAAAGGTTCTGGCATGTc < 1:3313194/148‑1 (MQ=255) gTTAGAAGTTAACCGTCTGGCAGGTCGTCAGCTCCCGGTCGATGGTGGCTTTGATGATGAGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGAGTTATCGAGAAGAATCGCCGCATTTTGCCGATGGGCTACTGGAAAGGTTCTGGCATGTCGAtt < 2:1834911/148‑1 (MQ=255) gTTAGAAGTTAACCGTCTGGCAGGTCGTCAGCTCCCGGTCGATGGTGGCTTTGATGATGAGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGAGTTATCGAGAAGAATCGCCGCATTTTGCCGATGGGCTACTGGAAAGGTTCTGGCATGTCGAtt < 2:1837034/148‑1 (MQ=255) aGAAGTTAACCGTCTGGCAGGTCGTCAGCTCCCGGTCGATGGTGGCTTTGATGATGAGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGAGTTATCGAGAAGAATCGCCGCATTTTGCCGATGGGCTACTGGAAAGGTTCTGGCATGTCGATtgtg < 2:142409/148‑1 (MQ=255) 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aaaGAACCTGGAGTTATCGAGAAGAATCGCCGCATTTTGCCGATGGGCTACTGGAAAGGTTCTGGCATGTCGATTGTGCTGGATATGATCGCTACTCTCCTTTCCGACGGCGCATCCGTTGCCGAAGTCACCCAGGACAACAGcgacg < 2:1126042/148‑1 (MQ=255) aaGAACCTGGAGTTATCGAGAAGAATCGCCGCATTTTGCCGATGGGCTACTGGAAAGGTTCTGGCATGTCGATTGTGCTGGATATGATCGCTACTCTCCTTTCCGACGGCGCATCCGTTGCCGAAGTCACCCAGGACAACAGcgacga < 2:1053759/148‑1 (MQ=255) aGAACCTGGAGTTATCGAGAAGAATCGCCGCATTTTGCCGATGGGCTACTGGAAAGGTTCTGGCATGTCGATTGTGCTGGATATGATCGCTACTCTCCTTTCCGACGGCGCATCCGTTGCCGAAGTCACCCAGGACAACAGCGACGaa < 1:1271918/148‑1 (MQ=255) agcTGGAGTTATCGAGAAGAATCGCAGCATTTTGCCGATGGGCTACTGGAAAGGTTCTGGCATGTCGATTGTGCTGGATATGATCGATACTCTCCTTTCCGACGGCGCATCCGTTGCCGAAGTCACCCAGGACAACAGCGACGAATAc < 2:3171694/146‑1 (MQ=255) aCCTGGAGTTATCGAGAAGAATCGCCGCATTTTGCCGATGGGCTACTGGAAAGGTTCTGGCATGTCGATTGTGCTGGATATGATCGCTACTCTCCTTTCCGACGGCGCATCCGTTGCCGAAGTCACCCAGGACAACAGCGACGAATAc < 2:1640141/148‑1 (MQ=255) tGGAGTTATCGAGAAGAATCGCCGCATTTTGCCGATGGGCTACTGGAAAGGTTCTGGCATGTCGATTGTGCTGGATATGATCGCTACTCTCCTTTCCGACGGCGCATCCGTTGCCGAAGTCACCCAGGACAACAGCGACGAATACGGc > 1:2852776/1‑148 (MQ=255) | CCATTCCTTCCACGCCGATCACCATGGTCGATATGTCGATGTCGATGTTCTCTTACGGCATGTTAGAAGTTAACCGTCTGGCAGGTCGTCAGCTCCCGGTCGATGGTGGCTTTGATGATGAGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGCGTTATCGAGAAGAATCGCCGCATTTTGCCGATGGGCTACTGGAAAGGTTCTGGCATGTCGATTGTGCTGGATATGATCGCTACTCTCCTTTCCGACGGCGCATCCGTTGCCGAAGTCACCCAGGACAACAGCGACGAATACGGC > CP009273/3736577‑3736866 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |