Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 3,865,120 | C→A | 94.1% | intergenic (‑30/+90) | dgoT ← / ← dgoD | D‑galactonate transporter/galactonate dehydratase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 3,865,120 | 0 | C | A | 94.1% | 640.5 / 30.0 | 221 | intergenic (‑30/+90) | dgoT/dgoD | D‑galactonate transporter/galactonate dehydratase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (7/6); new base A (106/102); total (113/108) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.86e-01 |
Only 100 of 224 total aligned reads displayed.
GAAGCCACGGCCAGGTTGGCGCGGTCGACATAACAAATGACTACCGTAATAAAGATCATCACCAGCGTCAGATAACGCCGACGCCCCGGCTTTGCTGCATTAACGGGAATATCCATAGCGAGCTTTCTCCAGATTTTGGGCATAGCGAAGCCGCTCACCATGCCCTGTAATTTACAGAGGGTTATATTTTTGTATTGCTGTTTTAGTGCCCGATGAGGGGCTTACGTGGCAGGAATTACCACTCTGCTACGCTGTTATCTTCATGACGCCAGAGCGGATTACGCCAGTCC > CP009273/3864975‑3865264 | gAAGCCACGGCCAGGTTGGCGCGGTCGACATAACAAATGACTACCGTAATAAAGATCATCACCAGCGTCAGATAACGCCGACGCCCCGGCTTTGCTGCATTAACGGGAATATCCATAGCGAGCTTTCTCCAGATTTTGGGCATAgaga < 2:2966132/148‑1 (MQ=255) gAAGCCACGGCCAGGTTGGCGCGGTCGACATAACAAATGACTACCGTAATAAAGATCATCACCAGCGTCAGATAACGCCGACGCCCCGGCTTTGCTGCATTAACGGGAATATCCATAGCGAGCTTTCTCCAGATTTTGGGCATAgaga > 2:1984333/1‑148 (MQ=255) gCCACGGCCAGGTTGGCGCGGTCGACATAACAAATGACTACCGTAATAAAGATCATCACCAGCGTCAGATAACGCCGACGCCCCGGCTTTGCTGCATTAACGGGAATATCCATAGCGAGCTTTCTCCAGATTTTGGGCATAGAGAAGc < 2:240277/148‑1 (MQ=255) ggTTGGCGCGGTCGACATAACAAATGACTACCGTAATAAAGATCATCACCAGCGTCAGATAACGCCGACGCCCCGGCTTTGCTGCATTAACGGGAATATCCATAGCGAGCTTTCTCCAGATTTTGGGCATAGAGAAGCCGCTCACCAt > 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cATTAACGGGAATATCCATAGCGAGCTTTCTCCAGATTTTGGGCATAGAGAAGCCGCTCACCATGCCCTGTAATTTACAGAGGGTTATATTTTTGTATTGCTGTTTTAGTGCCCGATGAGGGGCTTACGTGGCAGGAATTACCActct > 2:921520/1‑148 (MQ=255) aaCGGGAATATCCATAGCGAGCTTTCTCCAGATTTTGGGCATAGAGAAGCCGCTCACCATGCCCTGTAATTTACAGAGGGTTATATTTTTGTATTGCTGTTTTAGTGCCCGATGAGGGGCTTACGTGGCAGGAATTACCACTCTGCTa < 2:764948/148‑1 (MQ=255) aaCGGGAATATCCAGAGCGAGCTGTCTCCAGATTTTGGGCATAGAGAAGCCGCTCACCATGCCCTGTAATTTACAGAGGGTTATATTTTTGTATTGCTGTTTTAGTGCCCGATGAGGGGCTTACGTGGCAGGAATTACCACTCTGCTa < 2:1292834/148‑1 (MQ=255) gggAATATCCATAGCGAGCTTTCTCCAGATTTTGGGCATAGAGAAGCCGCTCACCATGCCCTGTAATTTACAGAGGGTTATATTTTTGTATTGCTGTTTTAGTGCCCGATGAGGGGCTTACGTGGCAGGAATTACCACTCTGCTACGc < 1:2904647/148‑1 (MQ=255) gggAATATCCATAGCGAGCTTTATCCAGATTTTGGGCATAGAGAAGCCGCTCAACATGCCCTGTAATTTACAGAGGGTTATATTTTTGTATTGCTGTTTTAGTGCCCGATGAGGGGCTTACGTGGCAGGAATTACCACTCTGCTACGc < 1:1570507/148‑1 (MQ=255) atatCCATAGCGAGCTTTCTCCAGATTTTGGGCATAGAGAAGCCGCTCACCATGCCCTGTAATTTACAGAGGGTTATATTTTTGTATTGCTGTTTTAGTGCCCGATGAGGGGCTTACGTGGCAGGAATTACCACTCTGCTACGCTGtt > 2:3340329/1‑148 (MQ=255) tatCCATAGCGAGCTTTCTCCAGATTTTGGGCATAGAGAAGCCGCTCACCATGCCCTGTAATTTACAGAGGGTTATATTTTTGTATTGCTGTTTTAGTGCCCGATGAGGGGCTTACGTGGCAGGAATTACCACTCTGCTACGCTGTTa < 1:3336216/148‑1 (MQ=255) gatCCAGAGCGAGCTTTCTCCAGATTTTGGGCATAGAGAAGCCGCTCACCATGCCCTGTAATTTACAGAGGGTTATATTTTTGTATTGCTGTTTTAGTGCCCGATGAGGGGCTTACGTGGCAGGAATTACCACTCTGCTACGCTGTTa < 2:2186832/147‑1 (MQ=255) aTAGCGAGCTTTCTCCAGATTTTGGGCATAGAGAAGCCGCTCACCATGCCCTGTAATTTACAGAGGGTTATATTTTTGTATTGCTGTTTTAGTGCCCGATGAGGGGCTTACGTGGCAGGAATTACCACTCTGCTACGCTGTTATCTTc < 1:3262838/148‑1 (MQ=255) cTTTCTCCAGATTTTGGGCATAGAGAAGCCGCTCACCATGCCCTGTAATTTACAGAGGGTTATATTTTTGTATTGCTGTTTTAGTGCCCGATGAGGGGCTTACGTGGCAGGAATTACCACTCTGCTACGCTGTTATCTTCATGACGcc < 2:2529200/148‑1 (MQ=255) tcCAGATTTTGGGCATAGAGAAGCCGCTCACCATGCCCTGTAATTTACAGAGGGTTATATTTTTGTATTGCTGTTTTAGTGCCCGATGAGGGGCTTACGTGGCAGGAATTACCACTCTGCTACGCTGTTATCTTCATGACGCCAGAGc < 2:2094071/148‑1 (MQ=255) ccAGATTTTGGGCATAGAGAAGCCGCTCACCATGCCCTGTAATTTACAGAGGGTTATATTTTTGTATTGCTGTTTTAGTGCCCGATGAGGGGCTTACGTGGCAGGAATTACCACTCTGCTACGCTGTTATCTTCATGACGCCAGAGCg > 2:3526481/1‑148 (MQ=255) aGATTTTGGGCATAGAGAAGCCGCTCACCATGCCCTGTAATTTACAGAGGGTTATATTTTTGTATTGCTGTTTTAGTGCCCGATGAGGGGCTTACGTGGCAGGAATTACCACTCTGCTACGCTGTTATCTTCATGACGCCAGAGCGGa < 1:1260101/148‑1 (MQ=255) gATTTTGGGCATAGAGAAGCCGCTCACCATGCCCTGTAATTTACAGAGGGTTATATTTTTGTATTGCTGTTTTAGTGCCCGATGAGGGGCTTACGTGGCAGGAATTACCACTCTGCTACGCTGTTATCTTCATGACGCCAGAGCGGAt < 2:1135572/148‑1 (MQ=255) aTTTTGGGCATAGAGAAGCCGCTCACCATGCCCTGTAATTTACAGAGGGTTATATTTTTGTATTGCTGTTTTAGTGCCCGATGAGGGGCTTACGTGGCAGGAATTACCACTCTGCTACGCTGTTATCTTCATGACGCCAGAGCGGAtt > 2:164065/1‑148 (MQ=255) tttGGGCATAGAGAAGCCGCTCACCATGCCCTGTAATTTACAGAGGGTTATATTTTTGTATTGCTGTTTTAGTGCCCGATGAGGGGCTTACGTGGCAGGAATTACCACTCTGCTACGCTGTTATCTTCATGACGCCAGAGCGGATTAc > 1:3506702/1‑148 (MQ=255) ttGGGCATAGAGAAGCCGCTCACCATGCCCTGTAATTTACAGAGGGTTATATTTTTGTATTGCTGTTTTAGTGCCCGATGAGGGGCTTACGTGGCAGGAATTACCACTCTGCTACGCTGTTATCTTCATGACTCCAGAGCGGATTACg < 2:320959/148‑1 (MQ=255) gggCATAGAGAAGCCGCTCACCATGCCCTGTAATTTACAGAGGGTTATATTTTTGTATTGCTGTTTTAGTGCCCGATGAGGGGCTTACGTGGCAGGAATTACCACTCTGCTACGCTGTTATCTTCATGACGCCAGAGCGGATTACGcc < 2:565435/148‑1 (MQ=255) ggCATAGAGAAGCCGCTCACCATGCCCTGTAATTTACAGAGGGTTATATTTTTGTATTGCTGTTTTAGTGCCCGATGAGGGGCTTACGTGGCAGGAATTACCACTCTGCTACGCTGTTATCTTCATGACGCCAGAGCGGATTACGCCa < 1:1049973/148‑1 (MQ=255) aTAGAGAAGCCGCTCACCATGCCCTGTAATTTACAGAGGGTTATATTTTTGTATTGCTGTTTTAGTGCCCGATGAGGGGCTTACGTGGCAGGAATTACCACTCTGCTACGCTGTTATCTTCATGACGCCAGAGCGGATTACGCCAGTc < 2:2078867/148‑1 (MQ=255) tAGAGAAGCCGCTCACCATGCCCTGTAATTTACAGAGGGTTATATTTTTGTATTGCTGTTTTAGTGCCCGATGAGGGGCTTACGTGGCAGGAATTACCACTCTGCTACGCTGTTATCTTCATGACGCCAGAGCGGATTACGCCAGTcc < 1:2885422/148‑1 (MQ=255) | GAAGCCACGGCCAGGTTGGCGCGGTCGACATAACAAATGACTACCGTAATAAAGATCATCACCAGCGTCAGATAACGCCGACGCCCCGGCTTTGCTGCATTAACGGGAATATCCATAGCGAGCTTTCTCCAGATTTTGGGCATAGCGAAGCCGCTCACCATGCCCTGTAATTTACAGAGGGTTATATTTTTGTATTGCTGTTTTAGTGCCCGATGAGGGGCTTACGTGGCAGGAATTACCACTCTGCTACGCTGTTATCTTCATGACGCCAGAGCGGATTACGCCAGTCC > CP009273/3864975‑3865264 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |