Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 3,926,831 | G→T | 100% | D41Y (GAT→TAT) | rbsD → | putative cytoplasmic sugar‑binding protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 3,926,831 | 0 | G | T | 100.0% | 763.3 / NA | 229 | D41Y (GAT→TAT) | rbsD | putative cytoplasmic sugar‑binding protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base T (126/103); total (126/103) | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
Only 100 of 232 total aligned reads displayed.
AAACGTTTCGCTGATGGAGAAAAAAATGAAAAAAGGCACCGTTCTTAATTCTGATATTTCATCGGTGATCTCCCGTCTGGGACATACCGATACGCTGGTGGTGTGTGATGCTGGTTTACCCATCCCCAAAAGTACAACGCGTATCGATATGGCATTAACCCAGGGTGTACCTTCTTTTATGCAGGTGCTGGGCGTCGTCACAAATGAAATGCAGGTCGAGGCGGCCATTATCGCGGAAGAGATCAAACACCATAATCCGCAACTCCACGAAACGTTGCTCACTCACCTTG > CP009273/3926686‑3926975 | aaaCGTTTCGCTGATGGAGAAAAAAATGAAAAAAGGCACCGTTCTTAATTCTGATATTTCATCGGTGATCTCCCGTCTGGGACATACCGATACGCTGGTGGTGTGTGATGCTGGTTTACCCATCCCCAAAAGTACAACGCGTATCTat > 2:51373/1‑148 (MQ=255) aaCGTTTCGCTGATGGAGAAAAAAATGAAAAAAGGCACCGTTCTTAATTCTGATATTTCATCGGTGATCTCCCGTCTGGGACATACCGATACGCTGGTGGTGTGTGATGCTGGTTTACCCATCCCCAAAAGTACAACGCGTATCtata > 1:1963397/1‑148 (MQ=255) aaCGTTTCGCTGATGGAGAAAAAAATGAAAAAAGGCACCGTTCTTAATTCTGATATTTCATCGGTGATCTCCCGTCTGGGACATACCGATACGCTGGTGGTGTGTGATGCTGGTTTACCCATCCCCAAAAGTACAACGCGTATCtata < 1:1872733/148‑1 (MQ=255) aCGTTTCGCTGATGGAGAAAAAAATGAAAAAAGGCACCGTTCTTAATTCTGATATTTCATCGGTGATCTCCCGTCTGGGACATACCGATACGCTGGTGGTGTGTGATGCTGGTTTACCCATCCCCAAAAGTACAACGCGTATCTatat < 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tGGAGAAAAAAATGAAAAAAGGCACCGTTCTTAATTCTGATATTTCATCGGTGATCTCCCGTCTGGGACATACCGATACGCTGGTGGTGTGTGATGCTGGTTTACCCATCCCCAAAAGTACAACGCGTATCTATATGGCATTAACCCa < 2:2831335/148‑1 (MQ=255) ggAGAAAAAAATGAAAAAAGGCACCGTTCTTAATTCTGATATTTCATCGGTGATCTCCCGTCTGGGACATACCGATACGCTGGTGGTGTGTGATGCTGGTTTACCCATCCCCAAAAGTACAACGCGTATCTATATGGCATTAACCCAg < 2:2593429/148‑1 (MQ=255) gagaAAAAAATGAAAAAAGGCACCGTTCTTAATTCTGATATTTCATCGGTGATCTCCCGTCTGGGACATACCGATACGCTGGTGGTGTGTGATGCTGGTTTACCCATCCCCAAAAGTACAACGCGTATCTATATGGCATTAACCCAgg < 1:2446221/148‑1 (MQ=255) aaTGAAAAAAGGCACCGTTCTTAATTCTGATATTTCATCGGTGATCTCCCGTCTGGGACATACCGATACGCTGGTGGTGTGTGATGCTGGTTTACCCATCCCCAAAAGTACAACGCGTATCTATATGGCATTAACCCAGGGTGTACct < 2:2152460/148‑1 (MQ=255) aTGAAAAAAGGCACCGTTCTTAATTCTGATATTTCATCGGTGATCTCCCGTCTGGGACATACCGATACGCTGGTGGTGTGTGATGCTGGTTTACCCATCCCCAAAAGTACAACGCGTATCTATATGGCATTAACCCAGGGTGTACctt > 1:843031/1‑148 (MQ=255) 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ttACCCATCCCCAAAAGTACAACGCGTATCTATATGGCATTAACCCAGGGTGTACCTTCTTTTATGCAGGTGCTGGGCGTCGTCACAAATGAAATGCAGGTCGAGGCGGCCATTATCGCGGAAGAGATCAAACACCATAATCCGCAAc > 2:938392/1‑148 (MQ=255) ttACCCATCCCCAAAAGTACAACGCGTATCTATATGGCATTAACCCAGGGTGTACCTTCTTTTATGCAGGTGCTGGGCGTCGTCACAAATGAAATGCAGGTCGAGGCGGCCATTATCGCGGAAGAGATCAAACACCATAATCCGCAAc > 1:1246060/1‑148 (MQ=255) aCCCATCCCCAAAAGTACAACGCGTATCTATATGGCATTAACCCAGGGTGTACCTTCTTTTATGCAGGTGCTGGGCGTCGTCACAAATGAAATGCAGGTCGAGGCGGCCATTATCGCGGAAGAGATCAAACACCATAATCCGCAACTc > 1:3519322/1‑148 (MQ=255) ccATCCCCAAAAGTACAACGCGTATCTATATGGCATTAACCCAGGGTGTACCTTCTTTTATGCAGGTGCTGGGCGTCGTCACAAATGAAATGCAGGTCGAGGCGGCCATTATCGCGGAAGAGATCAAACACCATAATCCGCAACTCCa > 1:279402/1‑148 (MQ=255) ccATCCCCAAAAGTACAACGCGTATCTATATGGCATTAACCCAGGGTGTACCTTCTTTTATGCAGGTGCTGGGCGTCGTCACAAATGAAATGCAGGTCGAGGCGGCCATTATCGCGGAAGAGATCAAACACCATAATCCGCAACTCCa > 1:280109/1‑148 (MQ=255) 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cAAAAGTACAACGCGTATCTATATGGCATTAACCCAGGGTGTACCTTCTTTTATGCAGGTGCTGGGCGTCGTCACAAATGAAATGCAGGTCGAGGCGGCCATTATCGCGGAAGAGATCAAACACCATAATCCGCAACTCCACGAAACg < 2:1663958/148‑1 (MQ=255) aaGTACAACGCGTATCTATATGGCATTAACCCAGGGTGTACCTTCTTTTATGCAGGTGCTGGGCGTCGTCACAAATGAAATGCAGGTCGAGGCGGCCATTATCGCGGAAGAGATCAAACACCATAATCCGCAACTCCACGAAACGTTg < 2:1104984/148‑1 (MQ=255) aGTACAACGCGTATCTATATGGCATTAACCCAGGGTGTACCTTCTTTTATGCAGGTGCTGGGCGTCGTCACAAATGAAATGCAGGTCGAGGCGGCCATTATCGCGGAAGAGATCAAACACCATAATCCGCAACTCCACGAAACGTTGc > 1:2235938/1‑148 (MQ=255) gtgcAAGGCGTATCTATATGGCATTAACCCCGGGTGTACCTTCTTTTATGCAGGTGGTGGGCGTCGGCACAACTGAACTGCAGGTCGAGGCGGCCGTTAGCGCGGCAGCGATCCAACCCCGTAATCGGCACCTCCACGAAACGTTGct > 2:1976859/4‑148 (MQ=255) cAACGCGTATCTATATGGCATTAACCCAGGGTGTACCTTCTTTTATGCAGGTGCTGGGCGTCGTCACAAATGAAATGCAGGTCGAGGCGGCCATTATCGCGGAAGAGATCAAACACCATAATCCGCAACTCCACGAAACGTTGctcac > 2:1883196/1‑148 (MQ=255) aCGCGTATCTATATGGCATTAACCCAGGGTGTACCTTCTTTTATGCAGGTGCTGGGCGTCGTCACAAATGAAATGCAGGTCGAGGCGGCCATTATCGCGGAAGAGATCAAACACCATAATCCGCAACTCCACGAAACGTTGctcactc > 2:852645/1‑148 (MQ=255) cgcgTATCTATATGGCATTAACCCAGGGTGTACCTTCTTTTATGCAGGTGCTGGGCGTCGTCACAAATGAAATGCAGGTCGAGGCGGCCATTATCGCGGAAGAGATCAAACACCATAATCCGCAACTCCACGAACCGTTGctcactca < 2:242966/148‑1 (MQ=255) cgTATCTATATGGCATTAACCCAGGGTGTACCTTCTTTTATGCAGGTGCTGGGCGTCGTCACAAATGAAATGCAGGTCGAGGCGGCCATTATCGCGGAAGAGATCAAACACCATAATCCGCAACTCCACGAAACGTTGCTCACTCAcc < 1:51373/148‑1 (MQ=255) cgTATCTATATGGCATTAACCCAGGGTGTACCTTCTTTTATGCAGGTGCTGGGCGTCGTCACAAATGAAATGCAGGTCGAGGCGGCCATTATCGCGGAAGAGATCAAACACCATAATCCGCAACTCCACGAAACGTTGCTCACTCAcc < 1:3422974/148‑1 (MQ=255) gTATCTATATGGCATTAACCCAGGGTGTACCTTCTTTTATGCAGGTGCTGGGCGTCGTCACAAATGAAATGCAGGTCGAGGCGGCCATTATCGCGGAAGAGATCAAACACCATAATCCGCAACTCCACGAAACGTTGCTCACTCACCt < 1:3553941/148‑1 (MQ=255) tATCTATATGGCATTAACCCAGGGTGTACCTTCTTTTATGCAGGTGCTGGGCGTCGTCACAAATGAAATGCAGGTCGAGGCGGCCATTATCGCGGAAGAGATCAAACACCATAATCCGCAACTCCACGAAACGTTGCTCACTCACCtt > 1:1214924/1‑148 (MQ=255) | AAACGTTTCGCTGATGGAGAAAAAAATGAAAAAAGGCACCGTTCTTAATTCTGATATTTCATCGGTGATCTCCCGTCTGGGACATACCGATACGCTGGTGGTGTGTGATGCTGGTTTACCCATCCCCAAAAGTACAACGCGTATCGATATGGCATTAACCCAGGGTGTACCTTCTTTTATGCAGGTGCTGGGCGTCGTCACAAATGAAATGCAGGTCGAGGCGGCCATTATCGCGGAAGAGATCAAACACCATAATCCGCAACTCCACGAAACGTTGCTCACTCACCTTG > CP009273/3926686‑3926975 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |