| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 3,972,296 | G→T | 100% | E112D (GAG→GAT) | wzyE → | putative ECA polysaccharide chain elongation protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,972,296 | 0 | G | T | 97.4% | 694.4 / 8.5 | 227 | E112D (GAG→GAT) | wzyE | putative ECA polysaccharide chain elongation protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/5); new base T (99/122); total (100/127) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.33e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.71e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Only 100 of 227 total aligned reads displayed.
GTCGCGCCGCCAGAAATCTTGTTGCAGGCGTTGCTTTCTGCGGGCTGCTTCTACGCGGTTTACTATGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGAGACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTGGTAAGCGTCGGCATCTTCTTCATGCACAACGGCTTTTTGCTGTTCCGGCTTAACTCCTACAGTCAGATCTTTTCCAGTGAAGTCTCCGGCGTGGCGTTAAAACGC > CP009273/3972153‑3972440 | gtCGCGCCGCCAGAAATCTTGTTGCAGGCGTTGCTTTCTGCGGGCTGCTTCTACGCGGTTTACTATGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCa < 2:2387202/148‑1 (MQ=255)gtCGCGCCGCCAGAAATCGTGTTGCAGGCGTTGCTTTCTGCGGGCTGCTTCTACGCGGTTTACTATGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCa < 2:1271467/148‑1 (MQ=255) tCGCGCCGCCAGAAATCTTGTTGCAGGCGTTGCTTTCTGCGGGCTGCTTCTACGCGGTTTACTATGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCaa > 1:431674/1‑148 (MQ=255) gcgcCGCCAGAAATCTTGTTGCAGGCGTTGCTTTCTGCGGGCTGCTTCTACGCGGTTTACTATGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATc < 1:3202915/148‑1 (MQ=255) gcgcCGCCAGAAATCTTGTTGCAGGCGTTGCTTTCTGCGGGCTGCTTCTACGCGGTTTACTATGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATc < 1:3521245/148‑1 (MQ=255) gcgcCGCCAGAAATCTTGTTGCAGGCGTTGCTTTCTGCGGGCTGCTTCTACGCGGTTTACTATGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATc < 2:3002946/148‑1 (MQ=255) cgccgcCAGAAATCTTGTTGCAGGCGTTGCTTTCTGCGGGCTGCTTCTACGCGGTTTACTATGTCACCTAC‑AAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCtt < 1:256458/148‑1 (MQ=255) gccgccAGAAATCTTGTTGCAGGCGTTGCTTTCTGCGGGCTGCTTCTACGCGGTTTACTATGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCtt < 2:627113/148‑1 (MQ=255) gccgccAGAAATCTTGTTGCAGGCGTTGCTTTCTGCGGGCTGCTTCTACGCGGTTTACTATGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCtt < 1:3311210/148‑1 (MQ=255) gccgccAGAAATCTTGTTGCAGGCGTTGCTTTCTGCGGGCTGCTTCTACGCGGTTTACTATGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATAtt < 2:437483/148‑1 (MQ=255) aaaTCTTGTTGCAGGCGTTGCTTTCTGCGGGCTGCTTCTACGCGGTTTACTATGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGt > 1:2061276/1‑148 (MQ=255) aaTCTTGTTGCAGGCGTTGCTTTCTGCGGGCTGCTTCTACGCGGTTTACTATGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTg < 1:3360074/148‑1 (MQ=255) tCTTGTTGCAGGCGTTGCTTTCTGCGGGCTGCTTCTACGCGGTTTACTATGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGAt > 2:1201728/1‑148 (MQ=255) tCTTGTTGCAGGCGTTGCTTTCTGCGGGCTGCTTCTACGCGGTTTACTATGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGAt > 2:2664191/1‑148 (MQ=255) cTTGTTGCAGGCGTTGCTTTCTGCGGGCTGCTTCTACGCGGTTTACTATGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATc < 1:3111774/148‑1 (MQ=255) ttgttgCAGGCGTTGCTTTCTGCGGGCTGCTTCTACGCGGTTTACTATGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATcc < 2:1745572/148‑1 (MQ=255) ttgCAGGCGTTGCTTTCTGCGGGCTGCTTCTACGCGGTTTACTATGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGa > 1:3363731/1‑148 (MQ=255) cAGGCGTTGCTTTCTGCGGGCTGCTTCTACGCGGTTTACTATGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATgg < 1:1033786/148‑1 (MQ=255) cAGGCGTTGCTTTCTGCGGGCTGCTTCTACGCGGTTTACTATGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATgg > 1:2649377/1‑148 (MQ=255) gCGTTGCTTTCTGCGGGCTGCTTCTACGCGGTTTACTATGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTa > 2:1534651/1‑148 (MQ=255) ttGCTTTCTGCGGGCTGCTTCTACGCGGTTTACTATGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATcg > 2:23920/1‑148 (MQ=255) ttGCTTTCTGCGGGCTGCTTCTACGCGGTTTACTATGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATcg < 2:1887491/148‑1 (MQ=255) ttGCTTTCTGCGGGCTGCTTCTACGCGGTTTACTATGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATcg > 2:39762/1‑148 (MQ=255) gCTTTCTGCGGGCTGCTTCTACGCGGTTTACTATGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGGACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATcgcg < 2:3070343/148‑1 (MQ=255) gCTTTCTGCGGGCTGCTTCTACGCGGTTTACTATGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATcgcg > 1:1368585/1‑148 (MQ=255) ttCTGCGGGCTGCTTCTACGCGGTTTACTATGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTg < 2:1993289/148‑1 (MQ=255) tCTGCGGGCTGCTTCTTCGCGGTTTACTATGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTgg < 1:1528539/148‑1 (MQ=255) ggCTGCTTCTACGCGGTTTACTATGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTGGTAAGCg < 2:1003205/148‑1 (MQ=255) ctgctTCTACGCGGTTTACTATGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTGGTAAGCGTc > 2:1169591/1‑148 (MQ=255) tCTACGCGGTTTACTATGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTGGTAAGCGTCGGCAt > 1:94966/1‑148 (MQ=255) cTACGCGGTTTACTATGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTGGTAAGCGTCGGCAtc < 1:1481135/148‑1 (MQ=255) cTACGCGGTTTACTATGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTGGTAAGCGTCGGCAtc < 2:3059487/148‑1 (MQ=255) aCGCGGTTTACTATGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTGGTAAGCGTCGGCAtctt > 1:3017109/1‑148 (MQ=255) aCGCGGTTTACTATGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTGGTAAGCGTCGGCAtctt < 2:3437906/148‑1 (MQ=255) gcgGTTTACTATGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTGGTAAGCGTCGGCAtcttct < 1:3537161/148‑1 (MQ=255) ggTTTACTATGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTGGTAAGCGTCGGCATCttcttc < 2:1082020/148‑1 (MQ=255) ggTTTACTATGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTGGTAAGCGTCGGCATCttcttc < 2:72128/148‑1 (MQ=255) tttACTATGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTGGTAAGCGTCGGCATCTTCTTCAt > 2:2715667/1‑148 (MQ=255) ttACTATGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTGGTAAGCGTCGGCATCTTCTTCATg > 2:2563239/1‑148 (MQ=255) aCTATGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTGGTAAGCGTCGGCATCTTCTTCATGca > 1:569219/1‑148 (MQ=255) aCTATGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTGGTAAGCGTCGGCATCTTCTTCATGca > 1:2529601/1‑148 (MQ=255) tATGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTCTCGCGCTGGTAAGCGTCGGCATCTTCTTCATGcaca > 2:2119125/1‑148 (MQ=255) tATGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGAGACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTGGTAAGCGTCGGCATCTTCTTCATGcaca < 2:2125459/148‑1 (MQ=255) aTGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTGGTAAGCGTCGGCATCTTCTTCATGCACaa < 1:1612777/148‑1 (MQ=255) aTGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTGGTAAGCGTCGGCATCTTCTTCATGCACaa < 1:1164755/148‑1 (MQ=255) tCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTGGTAAGCGTCGGCATCTTCTTCATGCACAACgg > 2:2028731/1‑148 (MQ=255) cACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTGGTAAGCGTCGGCATCTTCTTCATGCACAACGGc < 1:888410/148‑1 (MQ=255) cACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTGGTAAGCGTCGGCATCTTCTTCATGCACAACGGc > 2:1594129/1‑148 (MQ=255) cTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAAGCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTGGTAAGCGTCGGCATCTTCTTCATGCACAACGGCttt < 2:29355/148‑1 (MQ=255) cTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTGGTAAGCGTCGGCATCTTCTTCATGCACAACGGCttt < 1:1450901/148‑1 (MQ=255) cTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTGGTAAGCGTCGGCATCTTCTTCATGCACAACGGCttt < 2:1649918/148‑1 (MQ=255) aCAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTGGTAAGCGTCGGCATCTTCTTCATGCAGAACGGCttttt > 1:2471336/1‑148 (MQ=255) aCAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTGGTAAGCGTCGGCATCTTCTTCATGCACAACGGCttttt > 2:2271452/1‑148 (MQ=255) aCAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTGGTAAGCGTCGGCATCTTCTTCATGCACAACGGCttttt < 2:3189524/148‑1 (MQ=255) aaaaCCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTGGTAAGCGTCGGCATCTTCTTCATGCACAACGGCTTTTTGc > 1:2355735/1‑148 (MQ=255) aaCCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTGGTAAGCGTCGGCATCTTCTTCATGCAGAACGGCTTTTTGCTg < 2:2471336/148‑1 (MQ=255) aCCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTGGTAAGCGTCGGCATCTTCTTCATGCACAACGGCTTTTTGCTGt < 1:1984246/148‑1 (MQ=255) aCCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTGGTAAGCGTCGGCATCTTCTTCATGCACAACGGCTTTTTGCTGt < 1:1984352/148‑1 (MQ=255) cccGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTGGTAAGCGTCGGCATCTTCTTCATGCACAACGGCTTTTTGCTGtt < 1:1353234/148‑1 (MQ=255) cccGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAAACTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTGGTAAGCGTCGGCATCTTCTTCATGCACAACGGCTTTTTGCTGtt > 1:196207/1‑148 (MQ=255) cGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTGGTAAGCGTCGGCATCTTCTTCATGCACAACGGCTTTTTGCTGTTcc > 1:2763253/1‑148 (MQ=255) tACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTGGTAAGCGTCGGCATCTTCTTCATGCACAACGGCTTTTTGCTGTTCCGGCt < 2:3340878/148‑1 (MQ=255) aCGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTGGTAAGCGTCGGCATCTTCTTCATGCACAACGGCTTTTTGCTGTTCCGGCtt > 1:1261469/1‑148 (MQ=255) gCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTGGTAAGCGTCGGCATCTTCTTCATGCACAACGGCTTTTTGCTGTTCCGGCTTaa < 1:2911134/148‑1 (MQ=255) 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tGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTGGTAAGCGTCGGCATCTTCTTCATGCACAACGGCTTTTTGCTGt > 1:3227607/1‑128 (MQ=255) gCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTGGTAAGCGTCGGCATCTTCTTCATGCACAACGGCTTTTTGCTGTTCCGGCTTAACTCCTACAGTc < 2:146629/148‑1 (MQ=255) cTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTGGTAAGCGTCGGCATCTTCTTCATGCACAACGGCTTTTTGCTGTTCCGGCTTAACTCCTACAGTCa < 2:3496919/148‑1 (MQ=255) aTGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTGGTAAGCGTCGGCATCTTCTTCATGCACAACGGCTTTTTGCTGTTCCGGCTTAACTCCTACAGTCAGAt > 1:527486/1‑148 (MQ=255) tGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTGGTAAGCGTCGGCATCTTCTTCATGCACAACGGCTTTTTGCTGTTCCGGCTTAACTCCTACAGTCAGATc > 2:1233533/1‑148 (MQ=255) 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gTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTGGTAAGCGTCGGCATCTTCTTCATGCACAACGGCTTTTTGCTGTTCCGGCTTAACTCCTACAGTCAGATCTTTTCCAGTGa < 1:1599031/148‑1 (MQ=255) tCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTGGTAAGCGTCGGCATCTTCTTCATGCACAACGGCTTTTTGCTGTTCCGGCTTAACTCCTACAGTCAGATCTTTTCCAGTGaa > 2:2044668/1‑148 (MQ=255) tCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTGGTAAGCGTCGGCATCTTCTTCATGCACAACGGCTTTTTGCTGTTCCGGCTTAACTCCTACAGTCAGATCTTTTCCAGTGaa > 2:535485/1‑148 (MQ=255) tCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACAAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGATGGTAAGCGTCGGCATCTTCTTCATGCACAACGGCTATTTGCTGTTCAGGCTTAACTCCTACAGTCAGATCTTTTCCAGTGaa > 2:1336527/1‑148 (MQ=255) cGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTGGTAAGCGTCGGCATCTTCTTCATGCACAACGGCTTTTTGCTGTTCCGGCTTAACTCCTACAGTCAGATCTTTTCCAGTGAAGt < 1:399802/148‑1 (MQ=255) 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tGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTGGTAAGCGTCGGCATCTTCTTCATGCACAACGGCTTTTTGCTGTTCCGGCTTAACTCCTACAGTCAGATCTTTTCCAGTGAAGTCTCCGGCGTGGCGTTAAAACg < 1:952443/148‑1 (MQ=255) | GTCGCGCCGCCAGAAATCTTGTTGCAGGCGTTGCTTTCTGCGGGCTGCTTCTACGCGGTTTACTATGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGAGACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTGGTAAGCGTCGGCATCTTCTTCATGCACAACGGCTTTTTGCTGTTCCGGCTTAACTCCTACAGTCAGATCTTTTCCAGTGAAGTCTCCGGCGTGGCGTTAAAACGC > CP009273/3972153‑3972440 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |