| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 4,009,705 | G→A | 100% | intergenic (‑176/‑86) | ysgA ← / → udp | putative carboxymethylenebutenolidase/uridine phosphorylase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,009,705 | 0 | G | A | 100.0% | 811.2 / ‑6.7 | 250 | intergenic (‑176/‑86) | ysgA/udp | putative carboxymethylenebutenolidase/uridine phosphorylase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (111/138); minor base T (0/1); total (111/139) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Only 100 of 253 total aligned reads displayed.
GCAATGTTAACTATAGTCAGCATGCAACAAATCACATTGCCTGAATCGGCTCATCTTTTATGCAGTCCTGCAGAATGAAGGGTGATTTATGTGATTTGCATCACTTTTGGTGGGTAAATTTATGCAACGCATTTGCGTCATGGTGATGAGTATCACGAAAAAATGTTAAACCCTTCGGTAAAGTGTCTTTTTGCTTCTTCTGACTAAACCGATTCACAGAGGAGTTGTATATGTCCAAGTCTGATGTTTTTCATCTCGGCCTCACTAAAAACGATTTACAAGGGGCTAC > CP009273/4009561‑4009849 | gcAATGTTAACTAGAGTCAGCATGCAACAAATCACATTGCCTGAATCGGCTCATCTTTTATGCAGTCCTGCAGAATGAAGGGTGATTTATGTGATTTGCATCACTTTTGGTGGGTAAATTTATGCAACGCATTTGCGTCATGGtaatg < 1:1859720/148‑1 (MQ=255) aTGTTAACTATAGTCAGCATGCAACAAATCACATTGCCTGAATCGGCTCATCTTTTATGCAGTCCTGCAGAATGAAGGGTGATTTATGTGATTTGCATCACTTTTGGTGGGTAAATTTATGCAACGCATTTGCGTCATGGTAATGAGt < 1:3462511/148‑1 (MQ=255) gtgaaCTATAGTCAGCATGCAACAAATCACATTGCCTGAATCGGCTCATCTTTTATGCAGTCCTGCAGAATGAAGGGTGATTTATGTGATTTGCATCACTTTTGGTGGGTAAATTTATGCAACGCATTTGCGTCATGGTAATGAGTAt < 1:1465393/145‑1 (MQ=255) gTTAACTATAGTCAGCATGCAACAAATCACATTGCCTGAATCGGCTCATCTTTTATGCAGTCCTGCAGAATGAAGGGTGATTTATGTGATTTGCATCACTTTTGGTGGGTAAATTTATGCAACGCATTTGCGTCATGGTAATGAGTAt > 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |