Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP009273 | 4,045,302 | G→T | 100% | intergenic (+86/‑103) | yihI → / → hemN | activator of Der GTPase/coproporphyrinogen III oxidase, SAM and NAD(P)H dependent, oxygen‑independent |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 4,045,302 | 0 | G | T | 96.8% | 572.1 / 9.4 | 186 | intergenic (+86/‑103) | yihI/hemN | activator of Der GTPase/coproporphyrinogen III oxidase, SAM and NAD(P)H dependent, oxygen‑independent |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (3/3); new base T (94/86); total (97/89) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.77e-01 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 191 total aligned reads displayed.
GAAGAAGAGGAAGAAGACGAGAAGCAAGAAGACATGATGCGTCTGCTGCGGGGCAACTAACGGATTGCCGCCGTGGGCCTTCCCGTTCTGCTGATAACCCTTCCGGTTATATGTTATCTGGTGTGGTTATTCGTTAAACTACAGCGGTTGTCGCGGCGACAAAAGTGGCTGCGCAACCGGCTGATGACCCGAAACGGGCATCCGCCGGTACGCCGTAGCCGCCAGAGACGCCATCGGAAGGAGTGAGCATGTCTGTACAGCAAATCGACTGGGATCTGGCCCTGATCCA > CP009273/4045157‑4045445 | gaagaaGAGGAAGAAGACGAGAAGCAAGAAGACATGATGCGTCTGCTGCGGGGCAACTAACGGATTGCCGCCGTGGGCCTTCCCGTTCTGCTGATAACCCTTCCGGTTATATGTTATCTGGTGTGGTTATTCGTTAAACTACAGCTGt < 2:103350/148‑1 (MQ=255) agaagaGGAAGAAGACGAGAAGCAAGAAGACATGATGCGTCTGCTGCGGGGCAACTAACGGATTGCCGCCGTGGGCCTTCCCGTTCTGCTGATAACCCTTCCGGTTATATGTTATCTGGTGTGGTTATTCGTTAAACTACAGCTGTTg > 1:1289620/1‑148 (MQ=255) gaagaGGAAGAAGACGAGAAGCAAGAAGACATGATGCGTCTGCTGCGGGGCAACTAACGGATTGCCGCCGTGGGCCTTCCCGTTCTGCTGATAACCCTTCCGGTTATATGTTATCTGGTGTGGTTATTCGTTAAACTACAGCtgttgt < 1:1076579/148‑1 (MQ=255) gaagaGGAAGAAGACGAGAAGCAAGAAGACATGATGCGTCTGCTGCGGGGCAACTAACGGATTGCCGCCGTGGGCCTTCCCGTTCTGCTGATAACCCTTCCGGTTATATGTTATCTGGTGTGGTTATTCGTTAAACTACAGCtgttgt > 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tatGTTATCTGGTGTGGTTATTCGTTAAACTACAGCTGTTGTCGAGGCGACAAAAGTGGCTGCGCAACCGGCTGATGACCCGAAACGGGCATCCGCCGGTACGCCGTAGCCGCCAGAGACGCCATCGGAAGGAGTGAGCATGTCTGTa > 2:169723/1‑148 (MQ=255) gTTATCTGGTGTGGTTATTCGTTAAACTACAGCTGTTGTCGCGGCGACAAAAGTGGCTGCGCAACCGGCTGATGACCCGAAACGGGCATCCGCCGGTACGCCGTAGCCGCCAGAGACGCCATCGGAAGGAGTGAGCATGTCTGTACAg > 1:1116295/1‑148 (MQ=255) gTTATCTGGTGTGGTTATTCGTTAAACTACAGCTGTTGTCGCGGCGACAAAAGTGGCTGCGCAACCGGCTGATGACCCGAAACGGGCATCCGCCGGTACGCCGTAGCCGCCAGAGACGCCATCGGAAGGAGTGAGCATGTCTGTACAg > 2:506503/1‑148 (MQ=255) tATCTGGTGTGGTTATTCGTTAAACTACAGCTGTTGTCGCGGCGACAAAAGTGGCTGCGCAACCGGCTGATGACCCGAAACGGGCATCCGCCGGTACGCCGTAGCCGCCAGAGACGCCATCGGAAGGAGTGAGCATGTCTGTACAGCa < 1:896260/148‑1 (MQ=255) tCTGGTGTGGTTATTCGTTAAACTACAGCTGTTGTCGCGGCGACAAAAGTGGCTGCGCAACCGGCTGATGACCCGAAACGGGCATCCGCCGGTACGCCGTAGCCGCCAGAGACTCCATCGGAAGGAGTGAGCATGTCTGTACAGCaaa < 2:2340657/148‑1 (MQ=255) 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ggTGTGGTTATTCGGTAAACTACAGCTGTTGTCGCGGCGACAAAAGTGGCTGCGCAACCGGCTGATGACCCGAAACGGGCATCCGCCGGTACGCCGTAGCCGCCAGAGACGCCATCGGAAGGAGTGAGCATGTCTGTACAGCAAATCg > 2:3483925/1‑148 (MQ=255) gtgtGGTTATTCGTTAAACTACAGCGGTTGTCGCGGCGACAAAAGTGGCTGCGCAACCGGCTGATGACCCGAAACGGGCATCCGCCGGTACGCCGTAGCCGCCAGAGACGCCATCGGAAGGAGTGAGCATGTCTGTACAGCAAATCGa < 1:225526/148‑1 (MQ=255) tgtgGTTATTCGTTAAACTACAGCTGTTGTCGCGGCGACAAAAGTGGCTGCGCAACCGGCTGATGACCCGAAACGGGCATCCGCCGGTACGCCGTAGCCGCCAGAGACGCCATCGGAAGGAGTGAGCATGTCTGTACAGCAAATCGAc < 1:1486259/148‑1 (MQ=255) ggTTATTCGTTAAACTACAGCTGTTGTCGCGGCGACAAAAGTGGCTGCGCAACCGGCTGATGACCCGAAACGGGCATCCGCCGGTACGCCGTAGCCGCCAGAGACGCCATCGGAAGGAGTGAGCATGTCTGTACAGCAAATCGACTgg > 2:324279/1‑148 (MQ=255) ttATTCGTTAAACTACAGCTGTTGTCGCGGCGACAAAAGTGGCTGCGCAACCGGCTGATGACCCGAAACGGGCATCCGCCGGTACGCCGTAGCCGCCAGAGACGCCATCGGAAGGAGTGAGCATGTCTGTACAGCAAATCGACTGGGa > 1:830836/1‑148 (MQ=255) 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ttCGTTAAACTACAGCTGTTGTCGCGGCGACAAAAGTGGCTGCGCAACCGGCTGATGACCCGAAACGGGCATCCGCCGGTACGCCGTAGCCGCCAGAGACGCCATCGGAAGGAGTGAGCATGTCTGTACAGCAAATCGACTGGGATCt < 1:3341890/148‑1 (MQ=255) ttCGTTAAACTACAGCTGTTGTCGCGGCGACAAAAGTGGCTGCGCAACCGGCTGATGACCCGAAACGGGCATCCGCCGGTACGCCGTAGCCGCCAGAGACGCCATCGGAAGGAGTGAGCATGTCTGTACAGCAAATCGACTGGGATCt > 2:694001/1‑148 (MQ=255) tCGTTAAACTACAGCTGTTGTCGCGGCGACAAAAGTGGCTGCGCAACCGGCTGATGACCCGAAACGGGCATCCGCCGGTACGCCGTAGCCGCCAGAGACGCCATCGGAAGGAGTGAGCATGTCTGTACAGCAAATCGACTGGGATCTg > 1:1775129/1‑148 (MQ=255) tCGTTAAACTACAGCTGTTGTCGCGGCGACAAAAGTGGCTGCGCAACCGGCTGATGACCCGAAACGGGCATCCGCCGGTACGCCGTAGCCGCCAGAGACGCCATCGGAAGGAGTGAGCATGTCTGTACAGCAAATCGACTGGGATCTg > 1:2134479/1‑148 (MQ=255) tCGTTAAACTACAGCTGTTGTCGCGGCGACAAAAGTGGCTGCGCAACCGGCTGATGACCCGAAACGGGCATCCGCCGGTACGCCGTAGCCGCCAGAGACGCCATCGGAAGGAGTGAGCATGTCTGTACAGCAAATCGACTGGGATCTg > 2:906373/1‑148 (MQ=255) tCGTTAAACTACAGCTGTTGTCGCGGCGACAAAAGTGGCTGCGCAACCGGCTGATGACCCGAAACGGGCATCCGCCGGTACGCCGTAGCCGCCAGAGACGCCATCGGAAGGAGTGAGCATGTCTGTACAGCAAATCGACTGGGATCTg > 1:2134472/1‑148 (MQ=255) aCTACAGCTGTTGTCGCGGCGACAAAAGTGGCTGCGCAACCGGCTGATGACCCGAAACGGGCATCCGCCGGTACGCCGTAGCCGCCAGAGACGCCATCGGAAGGAGTGAGCATGTCTGTACAGCAAATCGACTGGGATCTGGCCCTGa > 1:2983461/1‑148 (MQ=255) tACAGCTGTTGTCGCGGCGACAAAAGTGGCTGCGCAACCGGCTGATGACCCGAAACGGGCATCCGCCGGTACGCCGTAGCCGCCAGAGACGCCATCGGAAGGAGTGAGCATGTCTGTACAGCAAATCGACTGGGATCTGGCCCTGATc > 2:965046/1‑148 (MQ=255) aCAGCTGTTGTCGCGGCGACAAACGTGGCTGCGCAACCGGCTGATGACCCGAAACGGGCATCCGCCGGTACGCCGTAGCCGCCAGAGACGCCATCGGAAGGAGTGAGCATGTCTGTACAGCAAATCGACTGGGATCTGGCCCTGATcc < 2:1200671/148‑1 (MQ=255) aCAGCTGTTGTCGCGGCGACAAAAGTGGCTGCGCAACCGGCTGATGACCCGAAACGGGCATCCGCCGGTACGCCGTAGCCGCCAGAGACGCCATCGGAAGGAGTGAGCATGTCTGTACAGCAAATCGACTGGGATCTGGCCCTGATcc > 1:3118680/1‑148 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |