| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 325,740 | G→T | 44.8% | P189P (CCG→CCT) | betT → | choline transporter of high affinity |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 325,740 | 0 | G | T | 44.8% | 143.0 / 204.0 | 176 | P189P (CCG→CCT) | betT | choline transporter of high affinity |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (52/45); new base T (41/38); total (93/83) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.80e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 183 total aligned reads displayed.
CTGGACGCTGTTTCACTACGGCTTAACCGGCTGGTCGATGTATGCGCTGATGGGCATGGCGCTCGGATACTTTAGCTATCGTTATAATTTGCCGCTCACCATCCGCTCGGCGCTGTACCCGATCTTCGGTAAACGGATTAACGGGCCGATAGGTCACTCAGTGGATATTGCAGCGGTGATCGGCACTATCTTCGGTATTGCCACTACGCTCGGTATCGGTGTGGTGCAGCTTAACTATGGCTTGAGCGTACTGTTTGATATTCCCGATTCGATGGCGGCGAAAGCGGCACTGATC > CP009273/325593‑325887 | cTGGACGCTGTTTCACTACGGCTTAACCGGCTGGTCGATGTATGCGCTGTTGGGCATGGCGCTCGGATACTTTAGCTATCGTTATAATTTGCCGCTCACCATCCGCTCGGCGCTGTACCCGATCTTCGGTAAACGGATTAACGGGCCg > 2:1692526/1‑148 (MQ=255)cTGGACGCTGTTTCACTACGGCTTAACCGGCTGGTCGATGTATGCGCTGATGGGCATGGCGCTCGGATACTTTAGCTATCGTTATAATTTGCCGCTCACCATCCGCTCGGCGCTGTACCCGATCTTCGGTAAACGGATTAACGGGCCg > 1:3097712/1‑148 (MQ=255) tGGACGCTGTTTCACTACGGCTTAACCGGCTGGTCGATGTATGCGCTGATGGGCATGGCGCTCGGATACTTTAGCTATCGTTATAATTTGCCGCTCACCATCCGCTCGGCGCTGTACCCGATCTTCGGTAAACGGATTAACGGGCCGa < 1:1918038/148‑1 (MQ=255) ggACGCTGTTTCACTACGGCTTAACCGGCTGGTCGATGTATGCGCTGATGGGCATGGCGCTCGGATACTTTAGCTATCGTTATAATTTGCCGCTCACCATCCGCTCGGCGCTGTACCCGATCTTCGGTAAACGGATTAACGGGCCTAt < 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cGCTGTTTCACTACGGCTTAACCGGCTGGTCGATGTATGCGCTGATGGGCATGGCGCTCGGATACTTTAGCTATCGTTATAATTTGCCGCTCACCATCCGCTCGGCGCTGTACCCGATCTTCGGTAAACGGATTAACGGGCCTATAgg > 2:737514/1‑148 (MQ=255) gCTGTTTCACTACGGCTTAACCGGCTGGTCGATGTATGCGCTGATGGGCATGGCGCTCGGATACTTTAGCTATCGTTATAATTTGCCGCTCACCATCCGCTCGGCGCTGTACCCGATCTTCGGTAAACGGATTAACGGGCCGATAGGt > 1:2789677/1‑148 (MQ=255) gCTGTTTCACTACGGCTTAACCGGCTGGTCGATGTATGCGCTGATGGGCATGGCGCTCGGATACTTTAGCTATCGTTATAATTTGCCGCTCACCATCCGCTCGGCGCTGTACCCGATCTTCGGTAAACGGATTAACGGGCCGATAGGt > 2:492504/1‑148 (MQ=255) tGTTTCACTACGGCTTAACCGGCTGGTCGAAGTATGCGCTGATGGGCATGGCGCTCGGATACTTTAGCTATCGTTAAAATTTGCCGCTCACCATCCGCTCGGCGCTGAACCCGATATTCGCTAAACGGATTAACGGGCCGATCGGTCa > 2:2121525/1‑148 (MQ=255) tttCACTACGGCTTAACCGGCTGGTCGATGTATGCGCTGATGGGCATGGCGCTCGGATACTTTAGCTATCGTTATACTTTGCCGCTCACCATCCGCTCGGCGCTGTACCCGATCTTCGGTAAACGGATTAACGGGCCTATAGGTCACt > 2:1841332/1‑148 (MQ=255) tttCACTACGGCTTAACCGGCTGGTCGATGTATGCGCTGATGGGCATGGCGCTCGGATACTTTAGCTATCGTTATAATTTGCCGCTCACCATCCGCTCGGCGCTGTACCCGATCTTCGGTAAACGGATTAACGGGCCTATAGGTCACt < 1:70562/148‑1 (MQ=255) tACGGCTTAACCGGCTGGTCGATGTATGCGCTGATGGGCATGGCGCTCGGATACTTTAGCTATCGTTATAATTTGCCGCTCACCATCCGCTCGGCGCTGTACCCGATCTTCGGTAAACGGATTAACGGGCCGATAGGTCACTCAGTgg > 1:3031376/1‑148 (MQ=255) cTTAACCGGCTGGTCGATGTATGCGCTGATGGGCATGGCGCTCGGATACTTTAGCTATCGTTATAATTTGCCGCTCACCATCCGCTCGGCGCTGTACCCGATCTTCGGTAAACGGATTAACGGGCCTATAGGTCACTCAGTGGATAtt > 2:2948283/1‑148 (MQ=255) ttAACCGGCTGGTCGATGTATGCGCTGATGGGCATGGCGGTCGGATACTTTAGCTATCGTTATAATTTGCCGCTCACCATCCGCTCGGCGCTGTACCCGATCTTCGGTAAACGGATTAACGGGCCGATAGGTCACTCAGTGGATATTg > 1:3303602/1‑148 (MQ=255) ttAACCGGCTGGTCGATGTATGCGCTGATGGGCATGGCGCTCGGATACTTTAGCTATCGTTATAATTTGCCGCTCACCATCCGCTCGGCGCTGTACCCGATCTTCGGTAAACGGATTAACGGGCCGATAGGTCACTCAGTGGATATTg < 1:1319914/148‑1 (MQ=255) 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tGCGCTGATGGGCATGGCGCTCGGATACTTTAGCTATCGTTATAATTTGCCGCTCACCATCCGCTCGGCGCTGTACCCGATCTTCGGTAAACGGATTAACGGGCCGATAGGTCACTCAGTGGATATTGCAGCGGTGATCGGCACTATc > 2:2008017/1‑148 (MQ=255) gcgcTGATGGGCATGGCGCTCGGATACTTTAGCTATCGTTATAATTTGCCGCTCACCATCCGCTCGGCGCTGTACCCGATCTTCGGTAAACGGATTAACGGGCCTATAGGTCACTCAGTGGATATTGCAGCGGTGATCGGCACTATCt < 1:1029660/148‑1 (MQ=255) gcgcTGATGGGCATGGCGCTCGGATACTTTAGCTATCGTTATAATTTGCCGCTCACCATCCGCTCGGCGCTGTACCCGATCTTCGGTAAACGGATTAACGGGCCGATAGGTCACTCAGTGGATATTGCAGCGGTGATCGGCACTATCt > 1:2007551/1‑148 (MQ=255) aTGGGCATGGCGCTCGGATACTTTAGCTATCGTTATAATTTGCCGCTCACCATCCGCTCGGCGCTGTACCCGATCTTCGGTAAACGGATTAACGGGCCTATAGGTCACTCAGTGGATATTGCAGCGGTGATCGGCACTATCTTCGGTa < 1:248693/148‑1 (MQ=255) aTGGGCATGGCGCTCGGATACTTTAGCTATCGTTATAATTTGCCGCTCACCATCCGCTCGGCGCTGTACCCGATCTTCGGTAAACGGATTAACGGGCCGATAGGTCACTCAGTGGATATTGCAGCGGTGATCGGCACTATCTTCGGTa < 1:2872042/148‑1 (MQ=255) tGGGCATGGCGCTCGGATACTTTAGCTATCGTTATAATTTGCCGCTCACCATCCGCTCGGCGCTGTACCCGATCTTCGGTAAACGGATTAACGGGCCTATAGGTCACTCAGTGGATATTGCAGCGGTGATCGGCACTATCTTCGGTAt > 2:1321470/1‑148 (MQ=255) tGGGCATGGCGCTCGGATACTTTAGCTATCGTTATAATTTGCCGCTCACCATCCGCTCGGCGCTGTACCCGATCTTCGGTAAACGGATTAACGGGCCGATAGGTCACTCAGTGGATATTGCAGCGGTGATCGGCACTATCTTCGGTAt > 2:1463611/1‑148 (MQ=255) gCATGGCGCTCGGATACTTTAGCTATCGTTATAATTTGCCGCTCACCATCCGCTCGGCGCTGTACCCGATCTTCGGTAAACGGATTAACGGGCCTATAGGTCACTCAGTGGATATTGCAGCGGTGATCGGCACTATCTTCGGTATTGc > 2:521038/1‑148 (MQ=255) gCATGGCGCTCGGATACTTTAGCTATCGTTATAATTTGCCGCTCACCATCCGCTCGGCGCTGTACCCGATCTTCGGTAAACGGATTAACGGGCCGATAGGTCACTCAGTGGATATTGCAGCGGTGATCGGCACTATCTTCGGTATTGc < 1:605487/148‑1 (MQ=255) gCATGGCGCTCGGATACTTTAGCTATCGTTATAATTTGCCGCTCACCATCCGCTCGGCGCTGTACCCGATCTTCGGTAAACGGATTAACGGGCCGATAGGTCACTCAGTGGATATTGCAGCGGTGATCGGCACTATCTTCGGTATTGc < 1:532605/148‑1 (MQ=255) 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aTCGTTATAATTTGCCGCTCACCATCCGCTCGGCGCTGTACCCGATCTTCGGTAAACGGATTAACGGGCCGATAGGTCACTCAGTGGATATTGCAGCGGTGATCGGCACTATCTTCGGTATTGCCACTACGCTCGGTATCGGTgtggt < 2:360623/148‑1 (MQ=255) tCGTTATAATTTGCCGCTCACCATCCGCTCGGCGCTGTACCCGATCTTCGGTAAACGGATTAACGGGCCGATAGGTCACTCAGTGGATATTGCAGCGGTGATCGGCACTATCTTCGGTATTGCCACTACGCTCGGTATCGGTgtggtg < 2:1798799/148‑1 (MQ=255) cGTTATAATTTGCCGCTCACCATCCGCTCGGCGCTGTACCCGATCTTCGGTAAACGGATTAACGGGCCGATAGGTCACTCAGTGGATATTGCAGCGGTGATCGGCACTATCTTCGGTATTGCCACTACGCTCGGTATCGGTGTGGTGc > 1:3360446/1‑148 (MQ=255) ttATAATTTGCCGCTCACCATCCGCTCGGCGCTGTACCCGATCTTCGGTAAACGGATTAACGGGCCTATAGGTCACTCAGTGGATATTGCAGCGGTGATCGGCACTATCTTCGGTATTGCCACTACGCTCGGTATCGGTGTGGTGCAg > 1:3136298/1‑148 (MQ=255) ttATAATTTGCCGCTCACCATCCGCTCGGCGCTGTACCCGATCTTCGGTAAACGGATTAACGGGCCGATAGGTCACTCAGTGGATATTGCAGCGGTGATCGGCACTATCTTCGGTATTGCCACTACGCTCGGTATCGGTGTGGTGCAg > 1:786053/1‑148 (MQ=255) 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ccGCTCGGCGCTGTACCCGATCTTCGGTAAACGGATTAACGGGCCGATAGGTCACTCAGTGGATATTGCAGCGGTGATCGGCACTATCTTCGGTATTGCCACTACGCTCGGTATCGGTGTGGTGCAGCTTAACTATGGCTTGAGCGTa < 2:1161939/148‑1 (MQ=255) ccGCTCGGCGCTGTACCCGATCTTCGGTAAACGGATTAACGGGCCGATAGGTCACTCAGTGGATATTGCAGCGGTGATCGGCACTATCTTCGGTATTGCCACTACGCTCGGTATCGGTGTGGTGCAGCTTAACTATGGCTTGAGCGTa < 2:3312996/148‑1 (MQ=255) ccGCTCGGCGCTGTACCCGATCTTCGGTAAACGGATTAACGGGCCGATAGGTCACTCAGTGGATATTGCAGCGGTGATCGGCACTATCTTCGGTATTGCCACTACGCTCGGTATCGGTGTGGTGCAGCTTAACTATGGCTTGAGCGTa < 2:3382855/148‑1 (MQ=255) ccGCTCGGCGCTGTACCCGATCTTCGGTAAACGGATTAACGGGCCGATAGGTCACTCAGTGGATATTGCAGCGGTGATCGGCACTATCTTCGGTATTGCCACTACGCTCGGTATCGGTGTGGTGCAGCTTAACTATGGCTTGAGCGTa > 2:2248472/1‑148 (MQ=255) cGCTCGGCGCTGTACCCGATCTTCGGTAAACGGATTAACGGGCCGATAGGTCACTCAGTGGATATTGCAGCGGTGATCGGCACTATCTTCGGTATTGCCACTACGCTCGGTATCGGTGTGGTGCAGCTTAACTATGGCTTGAGCGTAc < 2:127469/148‑1 (MQ=255) 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cTGTACCCGATCTTCGGTAAACGGATTAACGGGCCTATAGGTCACTCAGTGGATATTGCAGCGGTGATCGGCACTATCTTCGGTATTGCCACTACGCTCGGTATCGGTGTGGTGCAGCTTAACTATGGCTTGAGCGTACTGTTTGata > 2:2688980/1‑148 (MQ=255) cTGTACCCGATCTTCGGTAAACGGATTAACGGGCCTATAGGTCACTCAGTGGATATTGCAGCGGTGATCGGCACTATCTTCGGTATTGCCACTACGCTCGGTATCGGTGTGGTGCAGCTTAACTATGGCTTGAGCGTACTGTTTGata > 2:2689141/1‑148 (MQ=255) gTACCCGATCTTCGGTAAACGGATTAACGGGCCGATAGGTCACTCAGTGGATATTGCAGCGGTGATCGGCACTATCTTCGGTATTGCCACTACGCTCGGTATCGGTGTGGTGCAGCTTAACTATGGCTTGAGCGTACTGTTTGATAtt < 2:2176316/148‑1 (MQ=255) tACCCGATCTTCGGTAAACGGATTAACGGGCCTATAGGTCACTCAGTGGATATTGCAGCGGTGATCGGCACTATCTTCGGTATTGCCACTACGCTCGGTATCGGTGTGGTGCAGCTTAACTATGGCTTGAGCGTACTGTTTGATATTc < 2:3269259/148‑1 (MQ=255) tACCCGATCTTCGGTAAACGGATTAACGGGCCTATAGGTCACTCAGTGGATATTGCAGCGGTGATCGGCACTATCTTCGGTATTGCCACTACGCTCGGTATCGGTGTGGTGCAGCTTAACTATGGCTTGAGCGTACTGTTTGATATTc > 1:1168196/1‑148 (MQ=255) tACCCGATCTTCGGTAAACGGATTAACGGGCCGATAGGTCACTCAGTGGATATTGCAGCGGTGATCGGCACTATCTTCGGTATTGCCACTACGCTCGGTATCGGTGTGGTGCAGCTTAACTATGGCTTGAGCGTACTGTTTGATATTc > 1:2670241/1‑148 (MQ=255) aTCTTCGGTAAACGGATTAACGGGCCGATAGGTCACTCAGTGGATATTGCAGCGGTGATCGGCACTATCTTCGGTATTGCCACTACGCTCGGTATCGGTGTGGTGCAGCTTAACTATGGCTTGAGCGTACTGTTTGATATTCCCGAtt < 1:492504/148‑1 (MQ=255) tCTTCGGTAAACGGATTAACGGGCCGATAGGTCACTCAGTGGATATTGCAGCGGTGATCGGCACTATCTTCGGTATTGCCACTACGCTCGGTATCGGTGTGGTGCAGCTTAACTATGGCTTGAGCGTACTGTTTGATATTCCCGATTc > 1:3043046/1‑148 (MQ=255) cTTCGGTAAACGGATTAACGGGCCGATAGGTCACTCAGTGGATATTGCAGCGGTGATCGGCACTATCTTCGGTATTGCCACTACGCTCGGTATCGGTGTGGTGCAGCTTAACTATGGCTTGAGCGTACTGTTTGATATTCCCGATTCg < 2:2986381/148‑1 (MQ=255) cTTCGGTAAACGGATTAACGGGCCGATAGGTCACTCAGTGGATATTGCAGCGGTGATCGGCACTATCTTCGGTATTGCCACTACGCTCGGTATCGGTGTGGTGCAGCTTAACTATGGCTTGAGCGTACTGTTTGATATTCCCGATTCg < 2:341233/148‑1 (MQ=255) 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cGGATTAACGGGCCGATAGGTCACTCAGTGGATATTGCAGCGGTGATCGGCACTATCTTCGGTATTGCCACTACGCTCGGTATCGGTGTGGTGCAGCTTAACTATGGCTTGAGCGTACTGTTTGATATTCCCGATTCGATGGCGGCGa > 1:3173447/1‑148 (MQ=255) tAACGGGCCTATAGGTCACTCAGTGGATATTGCAGCGGTGATCGGCACTATCTTCGGTATTGCCACTACGCTCGGTATCGGTGTGGTGCAGCTTAACTATGGCTTGAGCGTACTGTTTGATATTCCCGATTCGATGGCGGCGAAAGCg < 2:2178345/148‑1 (MQ=255) tAACGGGCCTATAGGTCACTCAGTGGATATTGCAGCGGTGATCGGCACTATCTTCGGTATTGCCACTACGCTCGGTATCGGTGTGGTGCAGCTTAACTATGGCTTGAGCGTACTGTTTGATATTCCCGATTCGATGGCGGCGAAAGCg < 1:962154/148‑1 (MQ=255) tAACGGGCCGATAGGTCACTCAGTGGATATTGCAGCGGTGATCGGCACTATCTTCGGTATTGCCACTACGCTCGGTATCGGTGTGGTGCAGCTTAACTATGGCTTGAGCGTACTGTTTGATATTCCCGATTCGATGGCGGCGAAAGCg > 2:703694/1‑148 (MQ=255) aCGGGCCTATAGGTCACTCAGTGGATATTGCAGCGGTGATCGGCACTATCTTCGGTATTGCCACTACGCTCGGTATCGGTGTGGTGCAGCTTAACTATGGCTTGAGCGTACTGTTTGATATTCCCGATTCGATGGCGGCGAAAGCGGc > 2:2696210/1‑148 (MQ=255) aCGGGCCGATAGGTCACTCAGTGGATATTGCAGCGGTGATCGGCACTATCTTCGGTATTGCCACTACGCTCGGTATCGGTGTGGTGCAGCTTAACTATGGCTTGAGCGTACTGTTTGATATTCCCGATTCGATGGCGGCGAAAGCGGc > 2:3390502/1‑148 (MQ=255) cGGGCCTATAGGTCACTCAGTGGATATTGCAGCGGTGATCGGCACTATCTTCGGTATTGCCACTACGCTCGGTATCGGTGTGGTGCAGCTTAACTATGGCTTGTGCGTACTGTTTGATATTCCCTATTCGATGGCGGCGAAAGCGGCa < 2:17564/148‑1 (MQ=255) ggCCTATAGGTCACTCAGTGGATATTGCAGCGGTGATCGGCACTATCTTCGGTATTGCCACTACGCTCGGTATCGGTGTGGTGCAGCTTAACTATGGCTTGAGCGTACTGTTTGATATTCCCGATTCGATGGCGGCGAAAGCGGCACt > 2:594276/1‑148 (MQ=255) ggCCGATAGGTCACTCAGTGGATATTGCAGCGGTGATCGGCACTATCTTCGGTATTGCCACTACGCTCGGTATCGGTGTGGTGCAGCTTAACTATGGCTTGAGCGTACTGTTTGATATTCCCGATTCGATGGCGGCGAAAGCGGCACt > 2:870834/1‑148 (MQ=255) gCCGATAGGTCACTCAGTGGATATTGCAGCGGTGATCGGCACTATCTTCGGTATTGCCACTACGCTCGGTATCGGTGTGGTGCAGCTTAACTATGGCTTGAGCGTACTGTTTGATATTCCCGATTCGATGGCGGCAAAAGCGGCACTg < 1:2602222/148‑1 (MQ=255) gATAGGTCACTCAGTGGATATTGCAGCGGTGATCGGCACTATCTTCGGTATTGCCACTACGCTCGGTATCGGTGTGGTGCAGCTTAACTATGGCTTGAGCGTACTGTTTGATATTCCCGATTCGATGGCGGCGAAAGCGGCACTGATc > 2:598266/1‑148 (MQ=255) | CTGGACGCTGTTTCACTACGGCTTAACCGGCTGGTCGATGTATGCGCTGATGGGCATGGCGCTCGGATACTTTAGCTATCGTTATAATTTGCCGCTCACCATCCGCTCGGCGCTGTACCCGATCTTCGGTAAACGGATTAACGGGCCGATAGGTCACTCAGTGGATATTGCAGCGGTGATCGGCACTATCTTCGGTATTGCCACTACGCTCGGTATCGGTGTGGTGCAGCTTAACTATGGCTTGAGCGTACTGTTTGATATTCCCGATTCGATGGCGGCGAAAGCGGCACTGATC > CP009273/325593‑325887 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |