| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 4,347,399 | T→A | 5.1% | K346* (AAA→TAA) | cadA ← | lysine decarboxylase, acid‑inducible |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009273 | 4,347,399 | 0 | T | A | 5.1% | 727.7 / 22.0 | 235 | K346* (AAA→TAA) | cadA | lysine decarboxylase, acid‑inducible |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (112/110); new base A (9/3); total (121/114) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.38e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.25e-01 | |||||||||||
Only 100 of 246 total aligned reads displayed.
TCATGTAGGCTTCGTTAAAGGTTTCTTCGTTTACGTCACCTTTAACGTGGATCATGGAAGCCTGAGAGAACGCCGCCAGCAGTTTGTGAGTGGACTGGGTTTCGTAAATCACTTTCCCTTCTACACGGCCACCGCTCATACCGCATTTACCTTCGTAAATCGGTGAGAAGTTGGTGTAAGGCACCCACGCGGAGTCAAAGTGGATGGATTTCACATCCAGTGTTTTCTTGATGAAGTCGGTGTTGTACAGCAGACCATCATAGGTAGAGTTGGTAATTACAGCATGTACCGGCC > CP009273/4347252‑4347545 | tcatGTAGGCTTCGTTAAAGGTTTCTTCGTTTACGTCACCTTTAACGTGGATCATGGAAGCCTGAGAGAACGCCGCCAGCAGTTTGTGAGTGGACTGGGTTTCGTAAATCACTTTCCCTTCTACACGGCCACCGCTCATACCGCAttt > 1:1023882/1‑148 (MQ=255)tcatGTAGGCTTCGTTAAAGGTTTCTTCGTTTACGTCACCTTTAACGTGGATCATGGAAGCCTGAGAGAACGCCGCCAGCAGTTTGTGAGTGGACTGGGTTTCGTAAATCACTTTCCCTTCTACACGGCCACCGCTCATACCGCAttt < 1:2234782/148‑1 (MQ=255) catGTAGGCTTCGTTAAAGGTTTCTTCGTTTACGTCACCTTTAACGTGGATCATGGAAGCCTGAGAGAACGCCGCCAGCAGTTTGTGAGTGGACTGGGTTTCGTAAATCACTTTCCCTTCTACACGGCCACCGCTCATACCGCATTTa < 1:1541896/148‑1 (MQ=255) atGTAGGCTTCGTTAAAGGTTTCTTCGTTTACGTCACCTTTAACGTGGATCATGGAAGCCTGAGAGAACGCCGCCAGCAGTTTGTGAGTGGACTGGGTTTCGTAAATCACTTTCCCTTCTACACGGCCACCGCTCATACCGCATTTAc 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |