| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 4,358,390 | A→C | 100% | intergenic (‑246/‑91) | aspA ← / → fxsA | aspartate ammonia‑lyase/suppressor of F exclusion of phage T7 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,358,390 | 0 | A | C | 96.9% | 883.6 / 5.2 | 229 | intergenic (‑246/‑91) | aspA/fxsA | aspartate ammonia‑lyase/suppressor of F exclusion of phage T7 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (3/5); new base C (104/117); total (107/122) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.27e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 229 total aligned reads displayed.
GAATACCCGAGATCATATGCTGCTTGAGGATTTCTACCGTAATCTGGATCACTTTAAGTGTCGGTTTTTACCCCTTAATTATTAATTTGTGAAATAGATCACCGCTTTGGGATTACTACCAAAAATAGTTGCGCAAACATCTTGAAATTTTGCTAATGACCACAATATAAGCTAAACGCGATTCGCAACCCATTCAGGTAGCCGGGGTTAACCGGCTGCTATTACAGGAGAAACCTTTGCGCTGGTTACCTTTTATTGCCATTTTCCTTTATGTCTATATTGAGATTT > CP009273/4358245‑4358532 | aaTACCCGAGATCATATGCTGCTTGAGGATTTCTACCGTAATCTGGATCACTTTAAGTGTCGGTTTTTACCCCTTAATTATTAATTTGTGAAATAGATCACCGCTTTGGGATTACTACCAAAAATAGTTGCGCAAACATCTTGACAtt < 1:1476449/148‑1 (MQ=255) aCCCGAGATCATATGCTGCTTGAGGATTTCTACCGTAATCTGGATCACTTTAAGTGTCGGTTTTTACCCCTTAATTATTAATTTTTGAAATAGATCACCGCTTTGGGATTACTACCAAAAATAGTTGCGCAAACATCTTGACAttttt > 1:36494/1‑147 (MQ=255) cccGAGATCATATGCTGCTTGAGGATTTCTACCGTAATCTGGATCACTTTAAGTGTCGGTTTTTACCCCTTAATTATTAATTTGTGAAATAGATCACCGCTTTGGGATTACTACCAAAAATAGTTGCGCAAACATCTTGACATTTTGc < 1:114211/148‑1 (MQ=255) cGAGATCATATGCTGCTTGAGGATTTCTACCGTAATCTGGATCACTTTAAGTGTCGGTTTTTACCCCTTAATTATTAATTTGTGAAATAGATCACCGCTTTGGGATTACTACCAAAAATAGTTGCGCAAACATCTTGACATTTTGCTa < 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cTTGACATTTTGCTAATGACCACAATATAAGCTAAACGCGATTCGCAACCCATTCAGGTAGCCGGGGTTAACCGGCTGCTATTACAGGAGAAACCTTTGCGCTGGTTACCTTTTATTGCCATTTTCCTTTATGTCTATATTGAGAttt < 1:2896799/148‑1 (MQ=255) | GAATACCCGAGATCATATGCTGCTTGAGGATTTCTACCGTAATCTGGATCACTTTAAGTGTCGGTTTTTACCCCTTAATTATTAATTTGTGAAATAGATCACCGCTTTGGGATTACTACCAAAAATAGTTGCGCAAACATCTTGAAATTTTGCTAATGACCACAATATAAGCTAAACGCGATTCGCAACCCATTCAGGTAGCCGGGGTTAACCGGCTGCTATTACAGGAGAAACCTTTGCGCTGGTTACCTTTTATTGCCATTTTCCTTTATGTCTATATTGAGATTT > CP009273/4358245‑4358532 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |