| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 4,417,551 | A→C | 100% | pseudogene (41/402 nt) | ytfA → | pseudogene, related to transcriptional regulators |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,417,551 | 0 | A | C | 100.0% | 876.1 / ‑6.7 | 223 | pseudogene (41/402 nt) | ytfA | pseudogene, related to transcriptional regulators |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/1); new base C (110/111); total (111/112) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Only 100 of 236 total aligned reads displayed.
GGAGAAAATGACTTCCACGCCTTACACCGTACATTCTTGTTGTGCGGTATGTAATTATTCTACGCTGTCGGTATCGGTGTATTCGTTAATCAGCAGGTTAGCCAGCCACAAAAAGCCATTGAGAAAATTATTGATTTTACATGGGATTATTATATTGCTAATCCTTGGTTTTTAAAAATTGTGCATAGTGAAAATCAAAGTAAAGGTGTGCATTATGCAAAATCACAGCGTCTCTTAGAAATTAACCATGCGCACTTGCAGTTAATGGAATCCTTATTGGATGAAGGGAAGAA > CP009273/4417406‑4417698 | ggAGAAAATGACTTCCACGCCTTACACCGTACATTCTTGTTGTGCGGTATGTAATTATTCTACGCTGTCGGTATCGGTGTATTCGTTAATCAGCAGGTTAGCCAGCCACAAAAAGCCATTGAGAAAATTATTGATTTTACATGGGctt > 1:1073251/1‑148 (MQ=255)ggAGAAAATGACTTCCACGCCTTACACCGTACATTCTTGTTGTGCGGTATGTAATTATTCTACGCTGTCGGTATCGGTGTATTCGTTAATCAGCAGGTTAGCCAGCCACAAAAAGCCATTGAGAAAATTATTGATTTTACATGGGctt > 1:1439223/1‑148 (MQ=255)ggAGAAAATGACTTCCACGCCTTACACCGTACATTCTTGTTGTGCGGTATGTAATTATTCTACGCTGTCGGTATCGGTGTATTCGTTAATCAGCAGGTTAGCCAGCCACAAAAAGCCATTGAGAAAATTATTGATTTTACATGGGctt > 1:1034244/1‑148 (MQ=255) gagaAAATGACTTCCACGCCTTACACCGTACATTCTTGTTGTGCGGTATGTAATTATTCTACGCTGTCGGTATCGGTGTATTCGTTAATCAGCAGGTTAGCCAGCCACAAAAAGCCATTGAGAAAATTATTGATTTTACATGGGctta > 2:1581867/1‑148 (MQ=255) gagaAAATGACTTCCACGCCTTACACCGTACATTCTTGTTGTGCGGTATGTAATTATTCTACGCTGTCGGTATCGGTGTATTCGTTAATCAGCAGGTTAGCCAGCCACAAAAAGCCATTGAGAAAATTATTGATTTTACATGGGctta < 1:2313460/148‑1 (MQ=255) aaaaTGACTTCCACGCCTTACACCGTACATTCTTGTTGTGCGGTATGTAATTATTCTACGCTGTCGGTATCGGTGTATTCGTTAATCAGCAGGTTAGCCAGCCACAAAAAGCCATTGAGAAAATTATTGATTTTACATGGGCttatta < 1:384516/148‑1 (MQ=255) aaaTGACTTCCACGCCTTACACCGTACATTCTTGTTGTGCGGTATGTAATTATTCTACGCTGTCGGTATCGGTGTATTCGTTAATCAGCAGGTTAGCCAGCCACAAAAAGCCATTGAGAAAATTATTGATTTTACATGGGCTtattat < 1:1063958/148‑1 (MQ=255) aTGACTTCCACGCCTTACACCGTACATTCTTGTTGTGCGGTATGTAATTATTCTACGCTGTCGGTATCGGTGTATTCGTTAATCAGCAGGTTAGCCAGCCACAAAAAGCCATTGAGAAAATTATTGATTTTACATGGGCTTATTatat > 1:1259215/1‑148 (MQ=255) aTGACTTCCACGCCTTACACCGTACATTCTTGTTGTGCGGTATGTAATTATTCTACGCTGTCGGTATCGGTGTATTCGTTAATCAGCAGGTTAGCCAGCCACAAAAAGCCATTGAGAAAATTATTGATTTTACATGGGCTTATTatat > 1:1292172/1‑148 (MQ=255) tGACTTCCACGCCTTACACCGTACATTCTTGTTGTGCGGTATGTAATTATTCTACGCTGTCGGTATCGGTGTATTCGTTAATCAGCAGGTTAGCCAGCCACAAAAAGCCATTGAGAAAATTATTGATTTTACATGGGCTTATTATAtt < 2:2244043/148‑1 (MQ=255) aCTTCCACGCCTTACACCGTACATTCTTGTTGTGCGGTATGTAATTATTCTACGCTGTCGGTATCGGTGTATTCGTTAATCAGCAGGTTAGCCAGCCACAAAAAGCCATTGAGAAAATTATTGATTTTACATGGGCTTATTATATTGc < 1:505183/148‑1 (MQ=255) aCTTCCACGCCGTACACCGTACATTCTTGTTGTGCGGTATGTAATTATTCTACGCTGTCGGTATCGGTGTATTCGTTAATCAGCAGGTTAGCCAGCCACAAAAAGCCATTGAGAAAATTATTGATTTTACATGGGCTTATTATATTGc < 2:1323480/148‑1 (MQ=255) ttCCACGCCTTACACCGTACATTCTTGTTGTGCGGTATGTAATTATTCTACGCTGTCGGTATCGGTGTATTCGTTAATCAGCAGGTTAGCCAGCCACAAAAAGCCATTGAGAAAATTATTGATTTTACATGGGCTTATTATATTGCTa < 2:1855891/148‑1 (MQ=255) cTTACACCGTACATTCTTGTTGTGCGGTATGTAATTATTCTACGCTGTCGGTATCGGTGTATTCGTTAATCAGCAGGTTAGCCAGCCACAAAAAGCCATTGAGAAAATTATTGATTTTACATGGGCTTATTATATTGCTAATCCTTgg < 2:624845/148‑1 (MQ=255) cTTACACCGTACATTCTTGTTGTGCGGTATGTAATTATTCTACGCTGTCGGTATCGGTGTATTCGTTAATCAGCAGGTTAGCCAGCCACAAAAAGCCATTGAGAAAATTATTGATTTTACATGGGCTTATTATATTGCTAATCCTTgg > 1:2061810/1‑148 (MQ=255) tACACCGTACATTCTTGTTGTGCGGTATGTAATTATTCTACGCTGTCGGTATCGGTGTATTCGTTAATCAGCAGGTTAGCCAGCCACAAAAAGCCATTGAGAAAATTATTGATTTTACATGGGCTTATTATATTGCTAATCCTTGGtt < 1:958772/148‑1 (MQ=255) tACACCGTACATTCTTGTTGTGCGGTATGTAATTATTCTACGCTGTCGGTATCGGTGTATTCGTTAATCAGCAGGTTAGCCAGCCACAAAAAGCCATTGAGAAAATTATTGATTTTACATGGGCTTATTATATTGCTAATCCTTGGtt > 1:1940687/1‑148 (MQ=255) gTACATTCTTGTTGTGCGGTATGTAATTATTCTACGCTGTCGGTATCGGTGTATTCGTTAATCAGCAGGTTAGCCAGCCACAAAAAGCCATTGAGAAAATTATTGATTTTACATGGGCTTATTATATTGCTAATCCTTGGTTTTTaaa > 2:2879992/1‑148 (MQ=255) aCATTCTTGTTGTGCGGTATGTAATTATTCTACGCTGTCGGTATCGGTGTATTCGTTAATCAGCAGGTTAGCCAGCCACAAAAAGCCATTGAGAAAATTATTGATTTTACATGGGCTTATTATATTGCTAATCCTTGGTTTTTaaaaa < 1:775114/148‑1 (MQ=255) aTTCTTGTTGTGCGGTATGTAATTATTCTACGCTGTCGGTATCGGTGTATTCGTTAATCAGCAGGTTAGCCAGCCACAAAAAGCCATTGAGAAAATTATTGATTTTACATGGGCTTATTATATTGCTAATCCTTGGTTTTTAAAAAtt > 2:874999/1‑148 (MQ=255) aTTCTTGTTGTGCGGTATGTAATTATTCTACGCTGTCGGTATCGGTGTATTCGTTAATCAGCAGGTTAGCCAGCCACAAAAAGCCATTGAGAAAATTATTGATTTTACATGGGCTTATTATATTGCTAATCCTTGGTTTTTAAAAAtt < 2:2719187/148‑1 (MQ=255) ttCTTGTTGTGCGGTATGTAATTATTCTACGCTGTCGGTATCGGTGTATTCGTTAATCAGCAGGTTAGCCAGCCACAAAAAGCCATTGAGAAAATTATTGATTTTACATGGGCTTATTATATTGCTAATCCTTGGTTTTTAAAAATtg > 1:1837097/1‑148 (MQ=255) tCTTGTTGTGCGGTATGTAATTATTCTACGCTGTCGGTATCGGTGTATTCGTTAATCAGCAGGTTAGCCAGCCACAAAAAGCCATTGAGAAAATTATTGATTTTACATGGGCTTATTATATTGCTAATCCTTGGTTTTTAAAAAtt < 1:221966/146‑1 (MQ=255) tCTTGTTGTGCGGTATGTAATTATTCTACGCTGTCGGTATCGGTGTATTCGTTAATCAGCAGGTTAGCCAGCCACAAAAAGCCATTGAGAAAATTATTGATTTTACATGGGCTTATTATATTGCTAATCCTTGGTTTTTAAAAATtgt > 1:1391502/1‑148 (MQ=255) tCTTGTTGTGCGGTATGTAATTATTCTACGCTGTCGGTATCGGTGTATTCGTTAATCAGCAGGTTAGCCAGCCACAAAAAGCCATTGAGAAAATTATTGATTTTACATGGGCTTATTATATTGCTAATCCTTGGTTTTTAAAAATtgt > 1:1644693/1‑148 (MQ=255) ttgttgTGCGGTATGTAATTATTCTACGCTGTCGGTATCGGTGTATTCGTTAATCAGCAGGTTAGCCAGCCACAAAAAGCCATTGAGAAAATTATTGATTTTACATGGGCTTATTATATTGCTAATCCTTGGTTTTTAAAAATTGTGc < 2:16181/148‑1 (MQ=255) tgCGGTATGTAATTATTCTACGCTGTCGGTATCGGTGTATTCGTTAATCAGCAGGTTAGCCAGCCACAAAAAGCCATTGAGAAAATTATTGATTTTACATGGGCTTATTATATTGCTAATCCTTGGTTTTTAAAAATTGTGCATAGTg > 1:1190315/1‑148 (MQ=255) tATGTAATTATTCTACGCTGTCGGTATCGGTGTATTCGTTAATCAGCAGGTTAGCCAGCCACAAAAAGCCATTGAGAAAATTATTGATTTTACATGGGCTTATTATATTGCTAATCCTTGGTTTTTAAAAATTGTGCATAGTGAAAAt > 2:1765391/1‑148 (MQ=255) tATGTAATTATTCTACGCTGTCGGTATCGGTGTATTCGTTAATCAGCAGGTTAGCCAGCCACAAAAAGCCATTGAGAAAATTATTGATTTTACATGGGCTTATTATATTGCTAATCCTTGGTTTTTAAAAATTGTGCATAGTGAAAAt < 2:2443906/148‑1 (MQ=255) gTAATTATTCTACGCTGTCGGTATCGGTGTATTCGTTAATCAGCAGGTTAGCCAGCCACAAAAAGCCATTGAGAAAATTATTGATTTTACATGGGCTTATTATATTGCTAATCCTTGGTTTTTAAAAATTGTGCATAGTGAAAATCaa > 2:1989857/1‑148 (MQ=255) gTAATTATTCTACGCTGTCGGTATCGGTGTATTCGTTAATCAGCAGGTTAGCCAGCCACAAAAAGCCATTGAGAAAATTATTGATTTTACATGGGCTTATTATATTGCTAATCCTTGGTTTTTAAAAATTGTGCATAGTGAAAATCaa < 2:250141/148‑1 (MQ=255) tAATTATTCTACGCTGTCGGTATCGGTGTATTCGTTAATCAGCAGGTTAGCCAGCCACAAAAAGCCATTGAGAAAATTATTGATTTTACATGGGCTTATTATATTGCTAATCCTTGGTTTTTAAAAATTGTGCATAGTGAAAATCaaa < 1:1511046/148‑1 (MQ=255) aaTTATTCTACGCTGTCGGTATCGGTGTATTCGTTAATCAGCAGGTTAGCCAGCCACAAAAAGCCATTGAGAAAATTATTGATTTTACATGGGCTTATTATATTGCTAATCCTTGGTTTTTAAAAATTGTGCATAGTGAAAATCAAAg > 1:3462618/1‑148 (MQ=255) ttattCTACGCTGTCGGTATCGGTGTATTCGTTAATCAGCAGGTTAGCCAGCCACAAAAAGCCATTGAGAAAATTATTGATTTTACATGGGCTTATTATATTGCTAATCCTTGGTTTTTAAAAATTGTGCATAGTGAAAATCAAAGTa > 1:2749916/1‑148 (MQ=255) tattCTACGCTGTCGGTATCGGTGTATTCGTTAATCAGCAGGTTAGCCAGCCACAAAAAGCCATTGAGAAAATTATTGATTTTACATGGGCTTATTATATTGCTAATCCTTGGTTTTTAAAAATTGTGCATAGTGAAAATCAAAGTaa > 2:2267712/1‑148 (MQ=255) tattCTACGCTGTCGGTATCGGTGTATTCGTTAATCAGCAGGTTAGCCAGCCACAAAAAGCCATTGAGAAAATTATTGATTTTACATGGGCTTATTATATTGCTAATCCTTGGTTTTTAAAAATTGTGCATAGTGAAAATCAAAGTaa > 2:1324154/1‑148 (MQ=255) attCTACGCTGTCGGTATCGGTGTATTCGTTAATCAGCAGGTTAGCCAGCCACAAAAAGCCATTGAGAAAATTATTGATTTTACATGGGCTTATTATATTGCTAATCCTTGGTTTTTAAAAATTGTGCATAGTGAAAATCAAAGTaaa < 1:2663878/148‑1 (MQ=255) tACGCTGTCGGTATCGGTGTATTCGTTAATCAGCAGGTTAGCCAGCCACAAAAAGCCATTGAGAAAATTATTGATTTTACATGGGCTTATTATATTGCTAATCCTTGGTTTTTAAAAATTGTGCATAGTGAAAATCAAAGTAAAGgtg > 1:2477983/1‑148 (MQ=255) aCGCTGTCGGTATCGGTGTATTCGTTAATCAGCAGGTTAGCCAGCCACAAAAAGCCATTGAGAAAATTATTGATTTTACATGGGCTTATTATATTGCTAATCCTTGGTTTTTAAAAATTGTGCATAGTGAAAATCAAAGTAAAGgtgt > 2:1922968/1‑148 (MQ=255) cTGTCGGTATCGGTGTATTCGTTAATCAGCAGGTTAGCCAGCCACAAAAAGCCATTGAGAAAATTATTGATTTTACATGGGCTTATTATATTGCTAATCCTTGGTTTTTAAAAATTGTGCATAGTGAAAATCAAAGTAAAGGTGTGCa < 1:2544871/148‑1 (MQ=255) tCGGTATCGGTGTATTCGTTAATCAGCAGGTTAGCCAGCCACAAAAAGCCATTGAGAAAATTATTGATTTTACATGGGCTTATTATATTGCTAATCCTTGGTTTTTAAAAATTGTGCATAGTGAAAATCAAAGTAAAGGTGTGCATTa < 1:1860636/148‑1 (MQ=255) tCGGTATCGGTGTATTCGTTAATCAGCAGGTTAGCCAGCCACAAAAAGCCATTGAGAAAATTATTGATTTTACATGGGCTTATTATATTGCTAATCCTTGGTTTTTAAAAATTGTGCATAGTGAAAATCAAAGTAAAGGTGTGCATTa > 2:3441448/1‑148 (MQ=255) tATCGGTGTATTCGTTAATCAGCAGGTTAGCCAGCCACAAAAAGCCATTGAGAAAATTATTGATTTTACATGGGCTTATTATATTGCTAATCCTTGGTTTTTAAAAATTGTGCATAGTGAAAATCAAAGTAAAGGTGTGCATTATGCa > 2:2590934/1‑148 (MQ=255) tATCGGTGTATTCGTTAATCAGCAGGTTAGCCAGCCACAAAAAGCCATTGAGAAAATTATTGATTTTACATGGGATTATTATATTGCTAATCCTTGGTTTTTAAAAATTGTGCATAGTGAAAATCAAAGTAAAGGTGTGCATTATGCa > 1:33205/1‑148 (MQ=255) aTCGGTGTATTCGTTAATCAGCAGGTTAGCCAGCCACAAAAAGCCATTGAGAAAATTATTGATTTTACATGGGCTTATTATATTGCTAATCCTTGGTTTTTAAAAATTGTGCATAGTGAAAATCAAAGTAAAGGTGTGCATTATGCaa > 1:2754504/1‑148 (MQ=255) aTCGGTGTATTCGTTAATCAGCAGGTTAGCCAGCCACAAAAAGCCATTGAGAAAATTATTGATTTTACATGGGCTTATTATATTGCTAATCCTTGGTTTTTAAAAATTGTGCATAGTGAAAATCAAAGTAAAGGTGTGCATTATGCaa > 1:2754522/1‑148 (MQ=255) cGGTGTATTCGTTAATCAGCAGGTTAGCCAGCCACAAAAAGCCATTGAGAAAATTATTGATTTTACATGGGCTTATTATATTGCTAATCCTTGGTTTTTAAAAATTGTGCATAGTGAAAATCAAAGTAAAGGTGTGCATTATGCaaaa < 1:2025469/148‑1 (MQ=255) ggTGTATTCGTTAATCAGCAGGTTAGCCAGCCACAAAAAGCCATTGAGAAAATTATTGATTTTACATGGGCTTATTATATTGCTAATCCTTGGTTTTTAAAAATTGTGCATAGTGAAAATCAAAGTAAAGGTGTGCATTATGCAAAAt < 1:2098980/148‑1 (MQ=255) ggTGTATTCGTTAATCAGCAGGTTAGCCAGCCACAAAAAGCCATTGAGAAAATTATTGATTTTACATGGGCTTATTATATTGCTAATCCTTGGTTTTTAAAAATTGTGCATAGTGAAAATCAAAGTAAAGGTGTGCATTATGCAAAAt < 2:3414825/148‑1 (MQ=255) gtgtATTCGTTAATCAGCAGGTTAGCCAGCCACAAAAAGCCATTGAGAAAATTATTGATTTTACATGGGCTTATTATATTGCTAATCCTTGGTTTTTAAAAATTGTGCATAGTGAAAATCAAAGTAAAGGTGTGCATTATGCAAAATc < 1:622841/148‑1 (MQ=255) gtgtATTCGTTAATCAGCAGGTTAGCCAGCCACAAAAAGCCATTGAGAAAATTATTGATTTTACATGGGCTTATTATATTGCTAATCCTTGGTTTTTAAAAATTGTGCATAGTGAAAATCAAAGTAAAGGTGTGCATTATGCAAAATc > 1:2520911/1‑148 (MQ=255) gtgtATTCGTTAATCAGCAGGTTAGCCAGCCACAAAAAGCCATTGAGAAAATTATTGATTTTACATGGGCTTATTATATTGCTAATCCTTGGTTTTTAAAAATTGTGCATAGTGAAAATCAAAGTAAAGGTGTGCATTATGCAAAATc > 1:47975/1‑148 (MQ=255) tgtATTCGTTAATCAGCAGGTTAGCCAGCCACAAAAAGCCATTGAGAAAATTATTGATTTTACATGGGCTTATTATATTGCTAATCCTTGGTTTTTAAAAATTGTGCATAGTGAAAATCAAAGTAATGGTGTGCATTATGCAAAATca > 2:1933675/1‑148 (MQ=255) gtATTCGTTAATCAGCAGGTTAGCCAGCCACAAAAAGCCATTGAGAAAATTATTGATTTTACATGGGCTTATTATATTGCTAATCCTTGGTTTTTAAAAATTGTGCATAGTGAAAATCAAAGTAAAGGTGTGCATTATGCAAAATcac > 2:1215660/1‑148 (MQ=255) tATTCGTTAATCAGCAGGTTAGCCAGCCACAAAAAGCCATTGAGAAAATTATTGATTTTACATGGGCTTATTATATTGCTAATCCTTGGTTTTTAAAAATTGTGCATAGTGAAAATCAAAGTAAAGGTGTGCATTATGCAAAATcaca < 2:463753/148‑1 (MQ=255) tCGTTAATCAGCAGGTTAGCCAGCCACAAAAAGCCATTGAGAAAATTATTGATTTTACATGGGCTTATTATATTGCTAATCCTTGGTTTTTAAAAATTGTGCATAGTGAAAATCAAAGTAAAGGTGTGCATTATGCAAAATCACAGCg > 1:2033413/1‑148 (MQ=255) tCGTTAATCAGCAGGTTAGCCAGCCACAAAAAGCCATTGAGAAAATTATTGATTTTACATGGGCTTATTATATTGCTAATCCTTGGTTTTTAAAAATTGTGCATAGTGAAAATCAAAGTAAAGGTGTGCATTATGCAAAATCACAGCg < 2:2322618/148‑1 (MQ=255) cGTTAATCAGCAGGTTAGCCAGCCACAAAAAGCCATTGAGAAAATTATTGATTTTACATGGGCTTATTATATTGCTAATCCTTGGTTTTTAAAAATTGTGCATAGTGAAAATCAAAGTAAAGGTGTGCATTATGCAAAATCACAGCGt > 1:3007285/1‑148 (MQ=255) cGTTAATCAGCAGGTTAGCCAGCCACAAAAAGCCATTGAGAAAATTATTGATTTTACATGGGCTTATTATATTGCTAATCCTTGGTTTTTAAAAATTGTGCATAGTGAAAATCAAAGTAAAGGTGTGCATTATGCAAAATCACAGCGt < 2:41943/148‑1 (MQ=255) ttAATCAGATGGTTAGCCAGCCAAAAAAAGCCATTGATAAAATTATTTATTTTAAATGGGCTTATTATATTGCTAATCCTTGGTTTTTAAAAATTGTGCATAGTGAAAATCAAAGTAAAGGTGTGCATTATGAAAAATCACAGCGtct < 1:1707291/148‑1 (MQ=255) aaTCAGCAGGTTAGCCAGCCACAAAAAGCCATTGAGAAAATTATTGATTTTACATGGGCTTATTATATTGCTAATCCTTGGTTTTTAAAAATTGTGCATAGTGAAAATAAAAGTAAAGGTGTGCATTATGCAAAATCACAGCGTctct < 1:3136940/148‑1 (MQ=255) tCAGCAGGTTAGCCAGCCACAAAAAGCCATTGAGAAAATTATTGATTTTACATGGGCTTATTATATTGCTAATCCTTGGTTTTTAAAAATTGTGCATAGTGAAAATCAAAGTAAAGGTGTGCATTATGCAAAATCACAGCGTCTCTTa > 2:457882/1‑148 (MQ=255) gTTAGCCAGCCACAAAAAGCCATTGAGAAAATTATTGATTTTACATGGGCTTATTATATTGCTAATCCTTGGTTTTTAAAAATTGTGCATAGTGAAAATCAAAGTAAAGGTGTGCATTATGCAAAATCACAGCGTCTCTTAGAAATTa < 1:2427187/148‑1 (MQ=255) gTTAGCCAGCCACAAAAAGCCATTGAGAAAATTATTGATTTTACATGGGCTTATTATATTGCTAATCCTTGGTTTTTAAAAATTGTGCATAGTGAAAATCAAAGTAAAGGTGTGCATTATGCAAAATCACAGCGTCTCTTAGAAATTa > 1:1798718/1‑148 (MQ=255) gTTAGCCAGCCACAAAAAGCCATTGAGAAAATTATTGATTTTACATGGGCTTATTATATTGCTAATCCTTGGTTTTTAAAAATTGTGCATAGTGAAAATCAAAGTAAAGGTGTGCATTATGCAAAATCACAGCGTCTCTTAGAAATTa < 1:3209577/148‑1 (MQ=255) ttAGCCAGCCACAAAAAGCCATTGAGAAAATTATTGATTTTACATGGGCTTATTATATTGCTAATCCTTGGTTTTTAAAAATTGTGCATAGTGAAAATCAATGTAAAGGTGTGCATTATGCAAAATCACAGCGTCTCTTAGAAATTaa > 2:3131836/1‑148 (MQ=255) ttAGCCAGCCACAAAAAGCCATTGAGAAAATTATTGATTTTACATGGGCTTATTATATTGCTAATCCTTGGTTTTTAAAAATTGTGCATAGTGAAAATCAAAGTAAAGGTGTGCATTATGCAAAATCACAGCGTCTCTTAGAAATTaa > 2:3029889/1‑148 (MQ=255) ttAGCCAGCCACAAAAAGCCATTGAGAAAATTATTGATTTTACATGGGCTTATTATATTGCTAATCCTTGGTTTTTAAAAATTGTGCATAGTGAAAATCAAAGTAAAGGTGTGCATTATGCAAAATCACAGCGTCTCTTAGAAATTaa < 1:2124343/148‑1 (MQ=255) gccagccaCAAAAAGCCATTGAGAAAATTATTGATTTTACATGGGCTTATTATATTGCTAATCCTTGGTTTTTAAAAATTGTGCATAGTGAAAATCAAAGTAAAGGTGTGCATTATGCAAAATCACAGCGTCTCTTAGAAATTAACCa > 2:3184632/1‑148 (MQ=255) gccagccaCAAAAAGCCATTGAGAAAATTATTGATTTTACATGGGCTTATTATATTGCTAATCCTTGGTTTTTAAAAATTGTGCATAGTGAAAATCAAAGTAAAGGTGTGCATTATGCAAAATCACAGCGTCTCTTAGAAATTAACCa < 2:2843857/148‑1 (MQ=255) ccagccaCAAAAAGCCATTGAGAAAATTATTGATTTTACATGGGCTTATTATATTGCTAATCCTTGGTTTTTAAAAATTGTGCATAGTGAAAATCAAAGTAAAGGTGTGCATTATGCAAAATCACAGCGTCTCTTAGAAATTAACCAt < 2:3179621/148‑1 (MQ=255) aaaGCCATTGAGAAAATTATTGATTTTACATGGGCTTATTATATTGCTAATCCTTGGTTTTTAAAAATTGTGCATAGTGAAAATCAAAGTAAAGGTGTGCATTATGCAAAATCACAGCGTCTCTTAGAAATTAACCATGCGCACTTGc > 1:3527351/1‑148 (MQ=255) aaaGCCATTGAGAAAATTATTGATTTTACATGGGCTTATTATATTGCTAATCCTTGGTTTTTAAAAATTGTGCATAGTGAAAATCAAAGTAAAGGTGTGCATTATGCAAAATCACAGCGTCTCTTAGAAATTAACCATGCGCACTTGc > 2:1114824/1‑148 (MQ=255) aaGCCATTGAGAAAATTATTGATTTTACATGGGCTTATTATATTGCTAATCCTTGGTTTTTAAAAATTGTGCATAGTGAAAATCAAAGTAAAGGTGTGCATTATGCAAAATCACAGCGTCTCTTAGAAATTAACCATGCGCACTTGCa > 2:1321283/1‑148 (MQ=255) aGCCATTGAGAAAATTATTGATTTTACATGGGCTTATTATATTGCTAATCCTTGGTTTTTAAAAATTGTGCATAGTGAAAATCAAAGTAAAGGTGTGCATTATGCAAAATCACAGCGTCTCTTAGAAATTAACCATGCGCACTTGCAg > 1:368651/1‑148 (MQ=255) gCCATTGAGAAAATTATTGATTTTACATGGGCTTATTATATTGCTAATCCTTGGTTTTTAAAAATTGTGCATAGTGAAAATCAAAGTAAAGGTGTGCATTATGCAAAATCACAGCGTCTCTTAGAAATTAACCATGCGCACTTGCAGt < 1:1964582/148‑1 (MQ=255) cATTGAGAAAATTATTGATTTTACATGGGCTTATTATATTGCTAATCCTTGGTTTTTAAAAATTGTGCATAGTGAAAATCAAAGTAAAGGTGTGCATTATGCAAAATCACAGCGTCTCTTAGAAATTAACCATGCGCACTTGCAGTTa < 2:2198020/148‑1 (MQ=255) cATTGAGAAAATTATTGATTTTACATGGGCTTATTATATTGCTAATCCTTGGTTTTTAAAAATTGTGCATAGTGAAAATCAAAGTAAAGGTGTGCATTATGCAAAATCACAGCGTCTCTTAGAAATTAACCATGCGCACTTGCAGTTa > 2:2687669/1‑148 (MQ=255) aTTGAGAAAATTATTGATTTTACATGGGCTTATTATATTGCTAATCCTTGGTTTTTAAAAATTGTGCATAGTGAAAATCAAAGTAAAGGTGTGCATTATGCAAAATCACAGCGTCTCTTAGAAATTAACCATGCGCACTTGCAGTTaa > 2:2333404/1‑148 (MQ=255) ttGAGAAAATTATTGATTTTACATGGGCTTATTATATTGCTAATCCTTGGTTTTTAAAAATTGTGCATAGTGAAAATCAAAGTAAAGGTGTGCATTATGCAAAATCACAGCGTCTCTTAGAAATTAACCATGCGCACTTGCAGTTAAt > 1:2898077/1‑148 (MQ=255) gagaAAATTATTGATTTTACATGGGCTTATTATATTGCTAATCCTTGGTTTTTAAAAATTGTGCATAGTGAAAATCAAAGTAAAGGTGTGCATTATGCAAAATCACAGCGTCTCTTAGAAATTAACCATGCGCACTTGCAGTTAATgg < 2:1439223/148‑1 (MQ=255) agaAAATTATTGATTTTACATGGGCTTATTATATTGCTAATCCTTGGTTTTTAAAAATTGTGCATAGTGAAAATCAAAGTAAAGGTGTGCATTATGCAAAATCACAGCGTCTCTTAGAAATTAACCATGCGCACTTGCAGTTAATGGa > 2:186799/1‑148 (MQ=255) aaTTATTGATTTTACATGGGCTTATTATATTGCTAATCCTTGGTTTTTAAAAATTGTGCATAGTGAAAATCAAAGTAAAGGTGTGCATTATGCAAAATCACAGCGTCTCTTAGAAATTAACCATGCGCACTTGCAGTTAATGGAATcc < 2:2814744/148‑1 (MQ=255) aaTTATTGATTTTACATGGGCTTATTATATTGCTAATCCTTGGTTTTTAAAAATTGTGCATAGTGAAAATCAAAGTAAAGGTGTGCATTATGCAAAATCACAGCGTCTCTTAGAAATTAACCATGCGCACTTGCAGTTAATGGAATcc < 2:26557/148‑1 (MQ=255) aaTTATTGATTTTACATGGGATTATTATATTGCTAATCCTTGGTTTTTAAAAATTGTGCATAGTGAAAATCAAAGTAAAGGTGTGCATTATGCAAAATCACAGCGTCTCTTAGAAATTAACCATGCGCACTTGCAGTTAATGGAATcc < 2:2752094/148‑1 (MQ=255) attattGATTTTACATGGGCTTATTATATTGCTAATCCTTGGTTTTTAAAAATTGTGCATAGTGAAAATCAAAGTAAAGGTGTGCATTATGCAAAATCACAGCGTCTCTTAGAAATTAACCATGCGCACTTGCAGTTAATGGAATCCt < 2:1292172/148‑1 (MQ=255) ttattGATTTTACATGGGCTTATTATATTGCTAATCCTTGGTTTTTAAAAATTGTGCATAGTGAAAATCAAAGTAAAGGTGTGCATTATGCAAAATCACAGCGTCTCTTAGAAATTAACCATGCGCACTTGCAGTTAATGGAATCCtt > 1:1438833/1‑148 (MQ=255) ttattGATTTTACATGGGCTTATTATATTGCTAATCCTTGGTTTTTAAAAATTGTGCATAGTGAAAATCAAAGTAAAGGTGTGCATTATGCAAAATCACAGCGTCTCTTAGAAATTAACCATGCGCACTTGCAGTTAATGGAATCCtt < 2:3528275/148‑1 (MQ=255) tattGATTTTACATGGGCTTATTATATTGCTAATCCTTGGTTTTTAAAAATTGTGCATAGTGAAAATCAAAGTAAAGGTGTGCATTATGCAAAATCACAGCGTCTCTTAGAAATTAACCATGCGCACTTGCAGTTAATGGAATCCTTa < 2:1940687/148‑1 (MQ=255) tattGATTTTACATGGGCTTATTATATTGCTAATCCTTGGTTTTTAAAAATTGTGCATAGTGAAAATCAAAGTAAAGGTGTGCATTATGCAAAATCACAGCGTCTCTTAGAAATTAACCATGCGCACTTGCAGTTAATGGAATCCTTa < 2:1490827/148‑1 (MQ=255) attGATTTTACATGGGCTTATTATATTGCTAATCCTTGGTTTTTAAAAATTGTGCATAGTGAAAATCAAAGTAAAGGTGTGCATTATGCAAAATCACAGCGTCTCTTAGAAATTAACCATGCGCACTTGCAGTTAATGGAATCCTTAt > 1:817696/1‑148 (MQ=255) tGATTTTACATGGGCTTATTATATTGCTAATCCTTGGTTTTTAAAAATTGTGCATAGTGAAAATCAAAGTAAAGGTGTGCATTATGCAAAATCACAGCGTCTCTTAGAAATTAACCATGCGCACTTGCAGTTAATGGAATCCTTATTg > 1:2502549/1‑148 (MQ=255) gATTTTACATGGGCTTATTATATTGCTAATCCTTGGTTTTTAAAAATTGTGCATAGTGAAAATCAAAGTAAAGGTGTGCATTATGCAAAATCACAGCGTCTCTTAGAAATTAACCATGCGCACTTGCAGTTAATGGAATCCTTATTgg < 1:2922064/148‑1 (MQ=255) aTTTTACATGGGCTTATTATATTGCTAATCCTTGGTTTTTAAAAATTGTGCATAGTGAAAATCAAAGTAAAGGTGTGCATTATGCAAAATCACAGCGTCTCTTAGAAATTAACCATGCGCACTTGCAGTTAATGGAATCCTTATTgg > 2:2155514/1‑147 (MQ=255) ttttACATGGGCTTATTATATTGCTAATCCTTGGTTTTTAAAAATTGTGCATAGTGAAAATCAAAGTAAAGGTGTGCATTATGCAAAATCACAGCGTCTCTTAGAAATTAACCATGCGCACTTGCAGTTAATGGAATCCTTATTGGAt > 1:3136391/1‑148 (MQ=255) ttttACATGGGCTTATTATATTGCTAATCCTTGGTTTTTAAAAATTGTGCATAGTGAAAATCAAAGTAAAGGTGTGCATTATGCAAAATCACAGCGTCTCTTAGAAATTAACCATGCGCACTTGCAGTTAATGGAATCCTTATTGGAt < 2:3013610/148‑1 (MQ=255) cATGGGCTTATTATATTGCTAATCCTTGGTTTTTAAAAATTGTGCATAGTGAAAATCAAAGTAAAGGTGTGCATTATGCAAAATCACAGCGTCTCTTAGAAATTAACCATGCGCACTTGCAGTTAATGGAATCCTTATTGGATGAAgg < 1:982222/148‑1 (MQ=255) tGGGCTTATTATATTGCTAATCCTTGGTTTTTAAAAATTGTGCATAGTGAAAATCAAAGTAAAGGTGTGCATTATGCAAAATCACAGCGTCTCTTAGAAATTAACCATGCGCACTTGCAGTTAATGGAATCCTTATTGGATGAAGGga < 2:1268413/148‑1 (MQ=255) tGGGCTTATTATATTGCTAATCCTTGGTTTTTAAAAATTGTGCATAGTGAAAATCAAAGTAAAGGTGTGCATTATGCAAAATCACAGCGTCTCTTAGAAATTAACCATGCGCACTTGCAGTTAATGGAATCCTTATTGGATGAAGGga > 1:1617690/1‑148 (MQ=255) gggCTTATTATATTGCTAATCCTTGGTTTTTAAAAATTGTGCATAGTGAAAATCAAAGTAAAGGTGTGCATTATGCAAAATCACAGCGTCTCTTAGAAATTAACCATGCGCACTTGCAGTTAATGGAATCCTTATTGGATGAAGGgaa > 2:1742935/1‑148 (MQ=255) | GGAGAAAATGACTTCCACGCCTTACACCGTACATTCTTGTTGTGCGGTATGTAATTATTCTACGCTGTCGGTATCGGTGTATTCGTTAATCAGCAGGTTAGCCAGCCACAAAAAGCCATTGAGAAAATTATTGATTTTACATGGGATTATTATATTGCTAATCCTTGGTTTTTAAAAATTGTGCATAGTGAAAATCAAAGTAAAGGTGTGCATTATGCAAAATCACAGCGTCTCTTAGAAATTAACCATGCGCACTTGCAGTTAATGGAATCCTTATTGGATGAAGGGAAGAA > CP009273/4417406‑4417698 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |