Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 4,456,233 | G→T | 100% | I277I (ATC→ATA) | treR ← | trehalose 6‑phosphate‑inducible trehalose regulon transcriptional repressor |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 4,456,233 | 0 | G | T | 97.3% | 561.8 / 6.3 | 187 | I277I (ATC→ATA) | treR | trehalose 6‑phosphate‑inducible trehalose regulon transcriptional repressor |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (3/2); new base T (79/102); total (83/104) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.56e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.88e-01 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 187 total aligned reads displayed.
AGATCACAATTTATCGTTCAGGAAACGATCAGGACAGGGTGGCGGGGATGATGATTTGTTGCGGTTCGCTGCGCCCGGTTACCTGCGCGATCAACTGGCAAGCCGCCTGGCGTCCAGCTTCGGCGTAACCGGGATCTACGGTTACGATCTCCGGATGGAGGAATTTCATTAACGGCGTATTACCGACGCTCGCCAGTTGCAAGGTGTCGATGCGTTGCTCTTGCAGGTATTTACTTGCGCCAAGTGCCAGCGTGTCGGTTGCGCACAGTAAGGCGGTAGTTTCAGGCGTA > CP009273/4456088‑4456377 | aGATCACAATTTAACGTTCAGGAAACGATCAGGACAGGGTGGCGGGGATTAAGATTTGTTGCGGTTCGCTGCGCCCGGTTACCTGCGCGATCAACAGGCAACCCGCCTGGCGTCCAGCTTCGGCGTAACCGGGATCTACGGTTACTAt > 2:1498420/1‑148 (MQ=255) gATCACAATTTATCGTTCAGGAAACGATCAGGACAGGGTGGCGGGGATGATGATTTGTTGCGGTTCGCTGCGCCCGGTTACCTGCGCGATCAACTGGCAAGCCGCCTGGCGTCCAGCTTCGGCGTAACCGGGATCTACGGTTACTAtc > 1:1306834/1‑148 (MQ=255) gATCACAATTTATCGTTCAGGAAACGATCAGGACAGGGTGGCGGGGATGATGATTTGTTGCGGTTCGCTGCGCCCGGTTACCTGCGCGATCAACTGACAAGCCGCCTGGCGTCCAGCTTCGGCGTAACCGGGATCTACGGTTACTAtc > 1:435612/1‑148 (MQ=255) aTCACAATTTATCGTTCAGGAAACGATCAGGACAGGGTGGCGGGGATGATGATTTGTTGCGGTTCGCTGCGCCCGGTTACCTGCGCGATCAACTGGCAAGCCGCCTGGCGTCCAGCTTCGGCGTAACCGGGATCTACGGTTACTAtct > 1:2857674/1‑148 (MQ=255) tCACAATTTATCGTTCAGGAAACGATCAGGACAGGGTGGCGGGGATGATGATTTGTTGCGGTTCGCTGCGCCCGGTTACCTGCGCGATCAACTGGCAAGCCGCCTGGCGTCCAGCTTCGGCGTAACCGGGATCTACGGTTACTAtctc > 2:793394/1‑148 (MQ=255) aTTTATCGTTCAGGAAACGATCAGGACAGGGTGGCGGGGATGATGATTTGTTGCGGTTCGCTGCGCCCGGTTACCTGCGCGATCAACTGGCAAGCCGCCTGGCGTCCAGCTTCGGCGTAACCGGGATCTACGGTTACTATCTCCGGAt < 2:3546364/148‑1 (MQ=255) tttATCGTTCAGGAAACGATCAGGACAGGGTGGCGGGGATGATGATTTGTTGCGGTTCGCTGCGCCCGGTTACCTGCGCGATCAACTGGCAAGCCGCCTGGCGTCCAGCTTCGGCGTAACCGGGATCTACGGTTACTATCTCCGGATg > 1:2655567/1‑148 (MQ=255) ttATCGTTCAGGAAACGATCAGGACAGGGTGGCGGGGATGATGATTTGTTGCGGTTCGCTGCGCCCGGTTACCTGCGCGATCAACTGGCAAGCCGCCTGGCGTCCAGCTTCGGCGTAACCGGGATCTACGGTTACTATCTCCGGATgg > 2:3442084/1‑148 (MQ=255) tCGTTCAGGAAACGATCAGGACAGGGTGGCGGGGATGATGATTTGTTGCGGTTCGCTGCGCCCGGTTACCTGCGCGATCAACTGGCAAGCCGCCTGGCGTCCAGCTTCGGCGTAACCGGGATCTACGGTTACTATCTCCGGATggagg < 2:863829/148‑1 (MQ=255) tCGTTCAGGAAACGATCAGGACAGGGTGGCGGGGATGATGATTTGTTGCGGTTCGCTGCGCCCGGTTACCTGCGCGATCAACTGGCAAGCCGCCTGGCGTCCAGCTTCGGCGTAACCGGGATCTACGGTTACTATCTCCGGATggagg > 1:3003761/1‑148 (MQ=255) cGTTCAGGAAACGATCAGGACAGGGTGGCGGGGATGATGATTTGTTGCGGTTCGCTGCGCCCGGTTACCTGCGCGATCAACTGGCAAGCCGCCTGGCGTCCAGCTTCGGCGTAACCGGGATCTACGGTTACTATCTCCGGATggagga < 2:2666451/148‑1 (MQ=255) aGGAAACGATCAGGACAGGGTGGCGGGGATGATGATTTGTTGCGGTTCGCTGCGCCCGGTTACCTGCGCGATCAACTGGCAAGCCGCCTGGCGTCCAGCTTCGGCGTAACCGGGATCTACGGTTACTATCTCCGGATGGAGGAATTTc < 1:810974/148‑1 (MQ=255) gAAACGATCAGGACAGGGTGGCGGGGATGATGATTTGTTGCGGTTCGCTGCGCCCGGTTACCTGCGCGATCAACTGGCAAGCCGCCTGGCGTCCAGCTTCGGCGTAACCGGGATCTACGGTTACTATCTCCGGATGGAGGAATTTCAt < 2:3315995/148‑1 (MQ=255) gAAACGATCAGGACAGGGTGGCGGGGATGATGATTTGTTGCGGTTCGCTGCGCCCGGTTACCTGCGCGATCAACTGGCAAGCCGCCTGGCGTCCAGCTTCGGCGTAACCGGGATCTACGGTTACTATCTCCGGATGGAGGAATTTCAt > 1:1330397/1‑148 (MQ=255) 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tCAGGACAGGGTGGCGGGGATGATGATTTGTTGCGGTTCGCTGCGCCCGGTTACCTGCGCGATCAACTGGCAAGCCGCCTGGCGTCCAGCTTCGGCGTAACCGGGATCTACGGTTACTATCTCCGGATGGAGGAATTTCATTAACGGc > 2:1265992/1‑148 (MQ=255) cAGGACAGGGTGGCGGGGATGATGATTTGTTGCGGTTCGCTGCGCCCGGTTACCTGCGCGATCAACTGGCAAGCCGCCTGGCGTCCAGCTTCGGCGTAACCGGGATCTACGGTTACTATCTCCGGATGGAGGAATTTCATTAACGGCg > 2:1866273/1‑148 (MQ=255) cAGGACAGGGTGGCGGGGATGATGATTTGTTGCGGTTCGCTGCGCCCGGTTACCTGCGCGATCAACTGGCAAGCCGCCTGGCGTCCAGCTTCGGCGTAACCGGGATCTACGGTTACTATCTCCGGATGGAGGAATTTCATTAACGGCg > 2:1866358/1‑148 (MQ=255) cAGGACAGGGTGGCGGGGATGATGATTTGTTGCGGTTCGCTGCGCCCGGTTACCTGCGCGATCAACTGGCAAGCCGCCTGGCGTCCAGCTTCGGCGTAACCGGGATCTACGGTTACTATCTCCGGATGGAGGAATTTCATTAACGGCg > 2:1866208/1‑148 (MQ=255) ggACAGGGTGGCGGGGATGATGATTTGTTGCGGTTCGCTGCGCCCGGTTACCTGCGCGATCAACTGGCAAGCCGCCTGGCGTCCAGCTTCGGCGTAACCGGGATCTACGGTTACTATCTCCGGATGGAGGAATTTCATTAACGGCGTa > 1:1355845/1‑148 (MQ=255) 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gatgatgatTTGTTGCGGTTCGCTGCGCCCGGTTACCTGCGCGATCAACTGGCAAGCCGCCTGGCGTCCAGCTTCGGCGTAACCGGGATCTACGGTTACTATCTCCGGATGGAGGAATTTCATTAACGGCGTATTACCGACGCTCGcc < 2:363817/148‑1 (MQ=255) tgatgatTTGTTGCGGTTCGCTGCGCCCGGTTACCTGCGCGATCAACTGGCAAGCCGCCTGGCGTCCAGCTTCGGCGTAACCGGGATCTACGGTTACTATCTCCGGATGGAGGAATTTCATTAACGGCGTATTACCGACGCTCGCCAg > 1:785325/1‑148 (MQ=255) gatgatTTGTTGCGGTTCGCTGCGCCCGGTTACCTGCGCGATCAACTGGCAAGCCGCCTGGCGTCCAGCTTCGGCGTAACCGGGATCTACGGTTACGATCTCCGGATGGAGGAATTTCATTAACGGCGTATTACCGACGCTCGCCAGt > 1:1480478/1‑148 (MQ=255) atTTGTTGCGGTTCGCTGCGCCCGGTTACCTGCGCGATCAACTGGCAAGCCGCCTGGCGTCCAGCTTCGGCGTAACCGGGATCTACGGTTACTATCTCCGGATGGAGGAATTTCATTAACGGCGTATTACCGACGCTCGCCAGTTGCa < 1:393813/148‑1 (MQ=255) atTTGTTGCGGTTCGCTGCGCCCGGTTACCTGCGCGATCAACTGGCAAGCCGCCTGGCGTCCAGCTTCGGCGTAACCGGGATCTACGGTTACTATCTCCGGATGGAGGAATTTCATTAACGGCGTATTACCGACGCTCGCCAGTTGCa > 1:1664480/1‑148 (MQ=255) tttGTTGCGGTTCGCTGCGCCCGGTTACCTGCGCGATCAACTGGCAAGCCGCCTGGCGTCCAGCTTCGGCGTAACCGGGATCTACGGTTACTATCTCCGGATGGAGGAATTTCATTAACGGCGTATTACCGACGCTCGCCAGTTGCaa > 2:220937/1‑148 (MQ=255) tttGTTGCGGTTCGCTGCGCCCGGTTACCTGCGCGATCAACTGGCAAGCCGCCTGGCGTCCAGCTTCGGCGTAACCGGGATCTACGGTTACTATCTCCGGATGGAGGAATTTCATTAACGGCGTATTACCGACGCTCGCCAGTTGCaa > 1:3417886/1‑148 (MQ=255) ttgttgCGGTTCGCTGCGCCCGGTTACCTGCGCGATCAACTGGCAAGCCGCCTGGCGTCCAGCTTCGGCGTAACCGGGATCTACGGTTACTATCTCCGGATGGAGGAATTTCATTAACGGCGTATTACCGACGCTCGCCAGTTGCAAg < 1:2233793/148‑1 (MQ=255) ttgttgCGGTTCGCTGCGCCCGGTTACCTGCGCGATCAACTGGCAAGCCGCCTGGCGTCCAGCTTCGGCGTAACCGGGATCTACGGTTACTATCTCCGGATGGAGGAATTTCATTAACGGCGTATTACCGACGCTCGCCAGTTGCAAg < 1:1858509/148‑1 (MQ=255) gttgCGGTTCGCTGCGCCCGGTTACCTGCGCGATCAACGGGCAAGCCGCCTGGCGTCCAGCTTCGGCGTAACCGGGATCTACGGTTACTATCTCCGGATGGAGGAATTTCATTAACGGCGTATTACCGACGCTCGCCAGTTGCAAGgt < 2:1652431/148‑1 (MQ=255) tgCGGTTCGCTGCGCCCGGTTACCTGCGCGATCAACTGGCAAGCCGCCTGGCGTCCAGCTTCGGCGTAACCGGGATCTACGGTTACTATCTCCGGATGGAGGAATTTCATTAACGGCGTATTACCGACGCTCGCCAGTTGCAAGgtgt < 1:70886/148‑1 (MQ=255) cGGTTCGCTGCGCCCGGTTACCGGCGCGATCAACTGGCAAGCCGCCTGGCGTCCAGCTTCGGCGTAACCGGGATCTACGGTTACTATCTCCGGATGGAGGAATTTCATTAACGGCGTATTACCGACGCTCGCCAGTTGCAAGGTGTCg < 1:1329270/148‑1 (MQ=255) gTTCGCTGCGCCCGGTTACCTGCGCGATCAACTGGCAAGCCGCCTGGCGTCCAGCTTCGGCGTAACCGGGATCTACGGTTACTATCTCCGGATGGAGGAATTTCATTAACGGCGTATTACCGACGCTCGCCAGTTGCAAGGTGTCGAt > 1:2301145/1‑148 (MQ=255) ttCGCTGCGCCCGGTTACCTGCGCGATCAACTGGCAAGCCGCCTGGCGTCCAGCTTCGGCGTAACCGGGATCTACGGTTACTATCTCCGGATGGAGGAATTTCATTAACGGCGTATTACCGACGCTCGCCAGTTGCAAGGTGTCGATg < 1:1308262/148‑1 (MQ=255) tCGCTGCGCCCGGTTACCTGCGCGATCAACTGGCAAGCCGCCTGGCGTCCAGCTTCGGCGTAACCGGGATCTACGGTTACTATCTCCGGATGGAGGAATTTCATTAACGGCGTATTACCGACGCTCGCCAGTTGCAAGGTGTCGATGc > 1:3444034/1‑148 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |