Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 4,469,550 | G→A | 100% | A2T (GCT→ACT) | yjgN → | DUF898 family inner membrane protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 4,469,550 | 0 | G | A | 100.0% | 826.9 / NA | 250 | A2T (GCT→ACT) | yjgN | DUF898 family inner membrane protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (128/122); total (128/122) | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
Only 100 of 250 total aligned reads displayed.
CTTCTTACGTACGCAAGCGACTTATAAAGTAATAAAGTTTTTGCCAGCCTATTACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAATTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGATGTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTGTGGTGAATGTGTTGTTAACGATTATAACGCTAGGTATCTATTTACCATGGGCATTAATGAAAT > CP009273/4469406‑4469694 | cttcttACGTACGCAAGCGACTTATAAAGTAATAAAGTTTTTGCCAGCCTATTACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAATTCAGGGAATTTTTATGACTc > 2:2162365/1‑148 (MQ=255) ttcttACGTACGCAAGCGACTTATAAAGTAATAAAGTTTTTGCCAGCCTATTACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAATTCAGGGAATTTTTATGACTCa < 1:3274906/148‑1 (MQ=255) tcttACGTACGCAAGCGACTTATAAAGTAATAAAGTTTTTGCCAGCCTATTACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAATTCAGGGAATTTTTATGACTCaa < 1:1606666/148‑1 (MQ=255) tacgtacgCAAGCGACTTATAAAGTAATAAAGTTTTTGCCAGCCTATTACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAATTCAGGGAATTTTTATGACTCAAGtt > 2:3553431/1‑148 (MQ=255) tactCAAGCTACTTATAAAGTAATAAAGTTTTTGCCAGCCTATTACTGAGAAGAGTATTGTAACGTGTAAGAACTTTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAATTCAGGGAATTTTTATGACTCAAGttatta < 1:3065897/148‑1 (MQ=255) cgCAAGCGACTTATAAAGTAATAAAGTTTTTGCCAGCCTATTACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTTTATATATCAGTTATATCAATGGATTTTTTAATTCAGGTAATTTTTATGACTCAAGTTATTAAt < 2:2910002/148‑1 (MQ=255) gCAAGCGACTTATAAAGTAATAAAGTTTTTGCCAGCCTATTACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAATTCAGGGAATTTTTATGACTCAAGTTATTAATg < 2:20007/148‑1 (MQ=255) aGCGACTTATAAAGTAATAAAGTTTTTGCCAGCCTATTACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAATTCAGGGAATTTTTATGACTCAAGTTATTAATGaaa < 2:1828441/148‑1 (MQ=255) gCGACTTATAAAGTAATAAAGTTTTTGCCAGCCTATTACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAATTCAGGGAATTTTTATGACTCAAGTTATTAATGAAAt > 1:2374550/1‑148 (MQ=255) cTTATAAAGTAATAAAGTTTTTGCCAGCCTATTACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAATTCAGGGAATTTTTATGACTCAAGTTATTAATGAAATGGAt > 2:1338082/1‑148 (MQ=255) ataAAGTAATAAAGTTTTTGCCAGCCTATTACTGATAAGATTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAATTCAGGGAATTTTTATGACTCAAGTTATTAATGAAATGGATGtt < 1:2659699/148‑1 (MQ=255) ataAAGTAATAAAGTTTTTGCCAGCCTATTACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAATTCAGGGAATTTTTATGACTCAAGTTATTAATGAAATGGATGtt < 1:1506632/148‑1 (MQ=255) aGTAATAAAGTTTTTGCCAGCCTATTACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAATTCAGGGAATTTTTATGACTCAAGTTATTAATGAAATGGATGTTCCGt < 1:1134285/148‑1 (MQ=255) gTAATAAAGTTTTTGCCAGCCTATTACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAATTCAGGGAATTTTTATGACTCAAGTTATTAATGAAATGGATGTTCCGTc > 1:1627248/1‑148 (MQ=255) 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ccAGCCTATTACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAATTCAGGGAATTTTTATGACTCAAGTTATTAATGAAATGGATGTTCCGTCCCATTCGTTTGtttt > 1:493396/1‑148 (MQ=255) cAGCCTATTACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAATTCAGGGAATTTTTATGACTCAAGTTATTAATGAAATGGATGTTCCGTCCCATTCGTTTGttttt < 1:2318041/148‑1 (MQ=255) aGCCTATTACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAATTCAGGGAATTTTTATGACTCAAGTTATTAATGAAATGGATGTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTc < 2:1900917/148‑1 (MQ=255) ccTATTACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAATTCAGGGAATTTTTATGACTCAAGTTATTAATGAAATGGATGTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCAt < 2:2017261/148‑1 (MQ=255) cTATTACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAATTCAGGGAATTTTTATGACTCAAGTTATTAATGAAATGGATGTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATg < 1:1788813/148‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |