Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 4,494,721 | G→A | 100% | A283T (GCC→ACC) | yjhB → | putative transporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 4,494,721 | 0 | G | A | 96.2% | 986.1 / 21.3 | 315 | A283T (GCC→ACC) | yjhB | putative transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (8/4); new base A (133/169); total (141/174) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.46e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.58e-01 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 317 total aligned reads displayed.
GATAAACGGACTACTTCCTTCCTACCTGGCAGATAATGGAGTTAATACAGTGGTCATTTCAACTCTGATGACAATAGCAGGTTTAGGAACACTGACAGGTACAATATTTTTTGGTTTTGTTGGTGATAAGATTGGTGT‑AAAAAAAGCCTTTGTAGTCGGTCTAATAACTTCATTTATTTTCCTTTGTCCTCTTTTTTTTATTTCTGTGAAAAACTCTTCTCTTATAGGATTATGTCTCTTTGGATTAATGTTTACAAATTTAGGTATTGCAGGGTTGGTTCCAAAATTTAT > CP009273/4494576‑4494866 | gATAAACGGACTACTTCCTTCCTACCTGGCAGATAATGGAGTTAATACAGTGGTCATTTCAACTCTGATGACAATAGCAGGTTTAGGAACACTGACAGGTACAATATTTTTTGGTTTTGTTGGTGATAAGATTGGTGT‑AAAAAAAAcc < 2:3538809/148‑1 (MQ=255) aTAAACGGACTACTTCCTTCCTACCTGGCAGATAATGGAGTTAATACAGTGGTCATTTCAACTCTGATGACAATAGCAGGTTTAGGAACACTGACAGGTACAATATTTTTTGGTTTTGTTGGTGATAAGATTGGTGT‑AAAAAAAACCt < 2:2577700/148‑1 (MQ=255) aTAAACGGACTACTTCCTTCCTACCTGGCAGATAATGGAGTTAATACAGTGGTCATTTCAACTCTGATGACAATAGCAGGTTTAGGAACACTGACAGGTACAATATTTTTTGGTTTTGTTGGTGATAAGATTGGTGT‑AAAAAAAACCt > 1:877677/1‑148 (MQ=255) tAAACGGACTACTTCCTTCCTACCTGGCAGATAATGGAGTTAATACAGTGGTCATTTCAACTCTGATGACAATAGCAGGTTTAGGAACACTGACAGGTACAATATTTTTTGGTTTTGTTGGTGATAAGATTGGTGT‑AAAAAAAACCtt > 1:451944/1‑148 (MQ=255) aaaCGGACTACTTCCTTCCTACCTGGCAGATAATGGAGTTAATACAGTGGTCATTTCAACTCTGATGACAATAGCAGGTTTAGGAACACTGACAGGTACAATATTTTTTGGTTTTGTTGGTGATAAGATTGGTGT‑AAAAAAAACCttt > 2:2210025/1‑148 (MQ=255) aCGGACTACTTCCTTCCTACCTGGCAGATAATGGAGTTAATACAGTGGTCATTTCAACTCTGATGACAATAGCAGGTTTAGGAACACTGACAGGTACAATATTTTTTGGTTTTGTTGGTGATAAGATTGGTGT‑AAAAAAAACCTTTGt > 1:332258/1‑148 (MQ=255) aCGGACTACTTCCTTCCTACCTGGCAGATAATGGAGTTAATACAGTGGTCATTTCAACTCTGATGACAATAGCAGGTTTAGGAACACTGACAGGTACAATATTTTTTGGTTTTGTTGGTGATAAGATTGGTGT‑AAAAAAAACCTTTGt > 1:1721839/1‑148 (MQ=255) actactTCCTTCCTACCTGGCAGATAATGGAGTTAATACAGTGGTCATTTCAACTCTGATGACAATAGCAGGTTTAGGAACACTGACAGGTACAATATTTTTTGGTTTTGTTGGTGATAAGATTGGTGT‑AAAAAAAACCTTTGTAGTc > 1:819467/1‑148 (MQ=255) 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ccttcctACCTGGCAGATAATGGAGTTAATACAGTGGTCATTTCAACTCTGATGACAATAGCAGGTTTAGGAACACTGACAGGTACAATATTTTTTGGTTTTGTTGGTGATAAGATTGGTGT‑AAAAAAAACCTTTGTAGTCGGTCtaa > 2:3329474/1‑148 (MQ=255) cctACCTGGCAGATAATGGAGTTAATACAGTGGTCATTTCAACTCTGATGACAATAGCAGGTTTAGGAACACTGACAGGTACAATATTTTTTGGTTTTGTTGGTGATAAGATTGGTGT‑AAAAAAAACCTTTGTAGTCGGTCTAATAAc > 1:159910/1‑148 (MQ=255) aCCTGGCAGATAATGGAGTTAATACAGTGGTCATTTCAACTCTGATGACAATAGCAGGTTTAGGAACACTGACAGGTACAATATTTTTTGGTTTTGTTGGTGATAAGATTGGTGT‑AAAAAAAACCTTTGTAGTCGGTCTAATAACTTc < 2:1096444/148‑1 (MQ=255) aCCTGGCAGATAATGGAGTTAATACAGTGGTCATTTCAACTCTGATGACAATAGCAGGTTTAGGAACACTGACAGGTACAATATTTTTTGGTTTTGTTGGTGATAAGATTGGTGT‑AAAAAAAACCTTTGTAGTCGGTCTAATAACTTc > 1:1902376/1‑148 (MQ=255) ggCAGATAATGGATTTAATACAGTGGTCATTTCAACTCTGATGACAATAGCAGGTTTAGGAACACTGACAGGTACAATATTTTTTGGTTTTGTTGGTGATAAGATTGGTGT‑AAAAAAAACCTTTGTAGTCGGTCTAATAACTTCattt < 1:2168376/148‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |