| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 4,567,278 | G→T | 100% | I166I (ATC→ATA) | mcrC ← | 5‑methylcytosine‑specific restriction enzyme McrBC, subunit McrC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,567,278 | 0 | G | T | 96.7% | 837.0 / 16.9 | 272 | I166I (ATC→ATA) | mcrC | 5‑methylcytosine‑specific restriction enzyme McrBC, subunit McrC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (3/6); new base T (123/140); total (126/146) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.11e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.80e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 274 total aligned reads displayed.
ACGTTAATTCACGACGGCAAAATTCATAAAGAAACTTTTGATAAAGTAATGACATCTCTTTTTCGTTTCTTTCAAAATCATAGAAACGGTAGTGTCCTTTGTTTTGACCTGGAATAGAATTATTGACGATGAATTTGCAGACACTGATAACGAATTTATAATAACGCGTATTTTTTCCGCCATTCAGATAGCTGAAATGCTGCGGAGTTAAATGAAGAGTGCTAATGCCCGGTAATTTTCTATAAAGTGAACGAGCTTCATCTCTGATAGTTGAATTTAACTTTTCATGC > CP009273/4567133‑4567422 | aCGTTAATTCACGACGGCAAAATTCATAAAGAAACTTTTGATAAAGTAATGACATCTCTTTTTCGTTTCTTTCAAAATCATAGAAACGGTAGTGTCCTTTGTTTTGACCTGGAATAGAATTATTGACGATGAATTTGCAGACACTTAt > 2:2136248/1‑148 (MQ=255) cGTTAATTCACGACGGCAAAATTCATAAAGAAACTTTTGATAAAGTAATGACATCTCTTTTTCGTTTCTTTCAAAATCATAGAAACGGTAGTGTCCTTTGTTTTGACCTGGAATAGAATTATTGACGATGAATTTGCAGACACTtata < 2:2094581/148‑1 (MQ=255) aaTTCACGACGGCAAAATTCATAAAGAAACTTTTGATAAAGTAATGACATCTCTTTTTCGTTTCTTTCAAAATCATAGAAACGGTAGTGTCCTTTGTTTTGACCTGGAATAGAATTATTGACGATGAATTTGCAGACACTTATAACGa < 1:2375889/148‑1 (MQ=255) aTTCACGACGGCAAAATTCATAAAGAAACTTTTGATAAAGTAATGACATCTCTTTTTCGTTTCTTTCAAAATCATAGAAACGGTAGTGTCCTTTGTTTTGACCTGGAATAGAATTATTGACGATGAATTTGCAGACACTTATAACGaa < 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |