| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 4,600,972 | G→T | 100% | intergenic (+152/‑241) | prfC → / → osmY | peptide chain release factor RF‑3/periplasmic protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,600,972 | 0 | G | T | 99.1% | 726.5 / ‑1.9 | 223 | intergenic (+152/‑241) | prfC/osmY | peptide chain release factor RF‑3/periplasmic protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/1); new base T (127/94); total (128/95) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Only 100 of 232 total aligned reads displayed.
CCTCCAGGGCGCGGTAGCCGCTGCGCCCTGTCAATTTCCCTTCCTTATTAGCCGCTTACGGAATGTTCTTAAAACATTCACTTTTGCTTATGTTTTCGCTGATATCCCGAGCGGTTTCAAAATTGTGATCTATATTTAACAAAGTGATGACATTTCTGACGGCGTTAAATACCGTTCAATGCGTAGATATCAGTATCTAAAGCCGTCGATTGTCATTCTACCGATATTAATAACTGATTCAGAGGCTGTAATGGTCGTTATTCATCACTCATCGCTTTTGTGATGGCGA > CP009273/4600827‑4601115 | cTCCAGGGCGCGGTAGCCGCTGCGCCCTGTCAATTTCCCTTCCTTATTAGCCGCTTACGGAATGTTCTTAAAACATTCACTTTTGCTTATGTTTTCGCTGATATCCCGAGCGGTTTCAAAATTGTGATCTATATTGAACAAAGtgatg < 1:1791646/148‑1 (MQ=255) cTCCAGGGCGCGGTAGCCGCTGCGCCCTGTCAATTTCCCTTCCTTATTAGCCGCTTACGGAATGTTCTTAAAACATTCACTTTTGCTTATGTTTTCGATGATATCCCGAGCGGTTTCAAAATTGTGATCTATATTTAACAAAGttatg < 2:3318417/148‑1 (MQ=255) tCCAGGGCGCGGTAGCCGCTGCGCCCTGTCAATTTCCCTTCCTTATTAGCCGCTTACGGAATGTTCTTAAAACATTCACTTTTGCTTATGTTTTCGCTGATATCCCGAGCGGTTTCAAAATTGTGATCTATATTTAACAAAGttatga > 2:2133144/1‑148 (MQ=255) gcgcGGTAGCCGCTGCGCCCTGTCAATTTCCCTTCCTTATTAGCCGCTTACGGAATGTTCTTAAAACATTCACTTTTGCTTATGTTTTCGCTGATATCCCGAGCGGTTTCAAAATTGTGATCTATATTTAACAAAGTTATGACATTTc < 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gTCAATTTCCCTTCCTTATTAGCCGCTTACGGAATGTTCTTAAAACATTCACTTTTGCTTATGTTTTCGCTGATATCCCGAGCGGTTTCAAAATTGTGATCTATATTTAACAAAGTTATGACATTTCTGACGGCGTTAAATACCGTTc > 2:272962/1‑148 (MQ=255) tCAATTTCCCTTCCTTATTAGCCGCTTACGGAATGTTCTTAAAACATTCACTTTTGCTTATGTTTTCGCTGATATCCCGAGCGGTTTCAAAATTGTGATCTATATTTAACAAAGTTATGACATTTCTGACGGCGTTAAATACCGTTCa < 1:3073976/148‑1 (MQ=255) tCAATTTCCCTTCCTTATTAGCCGCTTACGGAATGTTCTTAAAACATTCACTTTTGCTTATGTTTTCGCTGATATCCCGAGCGGTTTCAAAATTGTGATATATATTTAAAAAAGTTATGACATTTCTGACGGCGTTAAATACCGTTCa > 1:3433602/1‑148 (MQ=255) cAATTTCCCTTCCTTATTAGCCGCTTACGGAATGTTCTTAAAACATTCACTTTTGCTTATGTTTTCGCTGATATCCCGAGCGGTTTCAAAATTGTGATCTATATTTAACAAAGTTATGACATTTCTGACGGCGTTAAATACCGTTCaa > 2:799210/1‑148 (MQ=255) aTTTCCCTTCCTTATTAGCCGCTTACGGAATGTTCTTAAAACATTCACTTTTGCTTATGTTTTCGCTGATATCCCGAGCGGTTTCAAAATTGTGATCTATATTTAACAAAGTTATGACATTTCTGACGGCGTTAAATACCGTTCAATg > 1:2335788/1‑148 (MQ=255) 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attaGCCGCTTACGGAATGTTCTTAAAACATTCACTTTTGCTTATGTTTTCGCTGATATCCCGAGCGGTTTCAAAATTGTGATCTATATTTAACAAAGTTATGACATTTCTGACGGCGTTAAATACCGTTCAATGCGTAGATATCAGt > 1:2551413/1‑148 (MQ=255) taGCCGCTTACGGAATGTTCTTAAAACATTCACTTTTGCTTATGTTTTCGCTGATATCCCGAGCGGTTTCAAAATTGTGATCTATATTTAACAAAGTTATGACATTTCTGACGGCGTTAAATACCGTTCAATGCGTAGATATCAGTAt > 1:2159134/1‑148 (MQ=255) gCCGCTTACGGAATGTTCTTAAAACATTCACTTTTGCTTATGTTTTCGCTGATATCCCGAGCGGTTTCAAAATTGTGATCTATATTTAACAAAGTTATGACATTTCTGACGGCGTTAAATACCGTTCAATGCGTAGATATCAGTATCt > 1:1859018/1‑148 (MQ=255) gCCGCTTACGGAATGTTCTTAAAACATTCACTTTTGCTTATGTTTTCGCTGATATCCCGAGCGGTTTCAAAATTGTGATCTATATTTAACAAAGTTATGACATTTCTGACGGCGTTAAATACCGTTCAATGCGTAGATATCAGTATCt > 2:2713999/1‑148 (MQ=255) ccGCTTACGGAATGTTCTTAAAACATTCACTTTTGCTTATGTTTTCGCTGATATCCCGAGCGGTTTCAAAATTGTGATCTATATTTAACAAAGTTATGACATTTCTGACGGCGTTAAATACCGTTCAATGCGTAGATATCAGTATCTa > 1:3258086/1‑148 (MQ=255) ccGCTTACGGAATGTTCTTAAAACATTCACTTTTGCTTATGTTTTCGCTGATATCCCGAGCGGTTTCAAAATTGTGATCTATATTTAACAAAGTTATGACATTTCTGACGGCGTTAAATACCGTTCAATGCGTAGATATCAGTATCTa > 1:2726398/1‑148 (MQ=255) gCTTACGGAATGTTCTTAAAACATTCACTTTTGCTTATGTTTTCGCTGATATCCCGAGCGGTTTCAAAATTGTGATCTATATTTAACAAAGTTATGACATTTCTGACGGCGTTAAATACCGTTCAATGCGTAGATATCAGTATCTaaa > 1:929982/1‑148 (MQ=255) cTTACGGAATGTTCTTAAAACATTCACTTTTGCTTATGTTTTCGCTGATATCCCGAGCGGTTTCAAAATTGTGATCTATATTTAACAAAGTTATGACATTTCTGACGGCGTTAAATACCGTTCAATGCGTAGATATCAGTATCTAAAg > 2:1417832/1‑148 (MQ=255) cTTACGGAATGTTCTTAAAACATTCACTTTTGCTTATGTTTTCGCTGATATCCCGAGCGGTTTCAAAATTGTGATCTATATTTAACAAAGTTATGACATTTCTGACGGCGTTAAATACCGTTCAATGCGTAGATATCAGTATCTAAAg < 2:919778/148‑1 (MQ=255) ttACGGAATGTTCTTAAAACATTCACTTTTGCTTATGTTTTCGCTGATATCCCGAGCGGTTTCAAAATTGTGATCTATATTTAACAAAGTTATGACATTTCTGACGGCGTTAAATACCGTTCAATGCGTAGATATCAGTATCTAAAGc > 2:989217/1‑148 (MQ=255) 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aTGTTCTTAAAACATTCACTTTTGCTTATGTTTTCGCTGATATCCCGAGCGGTTTCAAAATTGTGATCTATATTTAACAAAGTTATGACATTTCTGACGGCGTTAAATACCGTTCAATGCGTAGATATCAGTATCTAAAGCCGTCGAt > 2:3277515/1‑148 (MQ=255) tGTTCTTAAAACATTCACTTTTGCTTATGTTTTCGCTGATATCCCGAGCGGTTTCAAAATTGTGATCTATATTTAACAAAGTTATGACATTTCTGACGGCGTTAAATACCGTTCAATGCGTAGATATCAGTATCTAAAGCCGTCGAtt < 1:747181/148‑1 (MQ=255) tGTTCTTAAAACATTCACTTTTGCTTATGTTTTCGCTGATATCCCGAGCGGTTTCAAAATTGTGATCTATATTTAACAAAGTTATGACATTTCTGACGGCGTTAAATACCGTTCAATGCGTAGATATCAGTATCTAAAGCCGTCGAtt > 2:3139402/1‑148 (MQ=255) ttAAAACATTCACTTTTGCTTATGTTTTCGCTGATATCCCGAGCGGTTTCAAAATTGTGATCTATATTTAACAAAGTTATGACATTTCTGACGGCGTGAAATACCGTTCAATGCGTAGATATCAGTATCTAAAGCCGTCGATTGTCAt > 2:2131123/1‑148 (MQ=255) tAAAACATTCACTTTTGCTTATGTTTTCGCTGATATCCCGAGCGGTTTCAAAATTGTGATCTATATTTAACAAAGTTATGACATTTCTGACGGCGTTAAATACCGTTCAATGCGTAGATATCAGTATCTAAAGCCGTCGATTGTCAtt < 2:900071/148‑1 (MQ=255) 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cATTCACTTTTGCTTATGTTTTCGCTGATATCCCGAGCGGTTTCAAAATTGTGATCTATATTTAAAAAAGTTATGACATTTCTTAAGGCGTTAAATACAGTTCAATGCGTAGATATAAGTATCTAAATCCGTCGATTTTCATTATAcc > 1:314410/1‑148 (MQ=255) tCACTTTTGCTTATGTTTTCGCTGATATCCCGAGCGGTTTCAAAATTGTGATCTATATTTAACAAAGTTATGACATTTCTGACGGCGTTAAATACCGTTCAATGCGTAGATATCAGTATCTAAAGCCGTCGATTGTCATTCTACCGat > 2:2896658/1‑148 (MQ=255) cTTTTGCTTATGTTTTCGCTGATATCCCGAGCGGTTTCAAAATTGTGATCTATATTTAACAAAGTTATGACATTTCTGACGGCGTTAAATACCGTTCAATGCGTAGATATCAGTATCTAAAGCCGTCGATTGTCATTCTACCGATAtt > 2:1297194/1‑148 (MQ=255) ttttGCTTATGTTTTCGCTGATATCCCGAGCGGTTTCAAAATTGTGATCTATATTTAACAAAGTTATGACATTTCTGACGGCGTTAAATACCGTTCAATGCGTAGATATCAGTATCTAAAGCCGTCGATTGTCATTCTACCGATATta < 1:1140228/148‑1 (MQ=255) ttttGCTTATGTTTTCGCTGATATCCCGAGCGGTTTCAAAATTGTGATCTATATTTAACAAAGTTATGACATTTCTGACGGCGTTAAATACCGTTCAATGCGTAGATATCAGTATCTAAAGCCGTCGATTGTCATTCTACCGATATta > 2:170409/1‑148 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |