Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 4,625,288 | T→C | 100% | intergenic (‑161/‑50) | rob ← / → creA | right oriC‑binding transcriptional activator, AraC family/putative periplasmic protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 4,625,288 | 0 | T | C | 99.5% | 855.6 / ‑4.8 | 214 | intergenic (‑161/‑50) | rob/creA | right oriC‑binding transcriptional activator, AraC family/putative periplasmic protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base C (111/102); total (112/102) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.83e-01 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
Only 100 of 219 total aligned reads displayed.
TTTCAACAACGAGCACCTGACATCAGGTAATTGGATAATAGCATTTTTTGCTGTTTTAGCATTCAGTGTTTTTTTCTTAGTAGAGTATGTTTTAGGGCTTGACGGAAATAAAAGTATTGAGATTTTGTTCTTAATCAATATGTTATTTACCGTGACGAACTAATTGCTCGTGTAATAGATAAAAATGGTAACAATATGAAATACAAGCATTTGATCCTGTCTTTAAGCCTGATAATGCTGGGGCCATTGGCTCATGCAGAAGAGATTGGTTCGGTCGACACCGTATTTAA > CP009273/4625143‑4625432 | tttCAACAACGAGCACCTGACATCAGGTAATTGGATAATAGCATTTTTTGCTGTTTTAGCATTCAGTGTTTTTTTCTTAGTAGAGTATGTTTTAGGGCTTGACGGAAATAAAAGTATTGAGATTTTGTTCTTAATCAATATGTTActt < 2:3560362/148‑1 (MQ=255) tttCAACAACGAGCACCTGACATCAGGTAATTGGATAATAGCATTTTTTGCTGTTTTAGCATTCAGTGTTTTTTTCTTAGTAGAGTATGTTTTAGGGCTTGACGGAAATAAAAGTATTGAGATTTTGTTCTTAATCAATATGTTActt > 2:2350434/1‑148 (MQ=255) ttCAACAACGAGCACCTGACATCAGGTAATTGGATAATAGCATTTTTTGCTGTTTTAGCATTCAGTGTTTTTTTCTTAGTAGAGTATGTTTTAGGGCTTGACGGAAATAAAAGTATTGAGATTTTGTTCTTAATCAATATGTTACTTa < 2:1277077/148‑1 (MQ=255) aacaacGAGCACCTGACATCAGGTAATTGGATAATAGCATTTTTTGCTGTTTTAGCATTCAGTGTTTTTTTCTTAGTAGAGTATGTTTTAGGGCTTGACGGAAATAAAAGTATTGAGATTTTGTTCTTAATCAATATGTTACTTACCg < 2:643536/148‑1 (MQ=255) aacaacGAGCACCTGACATCAGGTAATTGGATAATAGCATTTTTTGCTGTTTTAGCATTCAGTGTTTTTTTCTTAGTAGAGTATGTTTTAGGGCTTGACGGAAATAAAAGTATTGAGATTTTGTTCTTAATCAATATGTTACTTACCg < 1:1336403/148‑1 (MQ=255) aacaacGAGCACCTGACATCAGGTAATTGGATAATAGCATTTTTTGCTGTTTTAGCATTCAGTGTTTTTTTCTTAGTAGAGTATGTTTTAGGGCTTGACGGAAATAAAAGTATTGAGATTTTGTTCTTAATCAATATGTTACTTACCg > 2:1116670/1‑148 (MQ=255) aacaacGAGCACCTGACATCAGGTAATTGGATAATAGCATTTTTTGCTGTTTTAGCATTCAGTGTTTTTTTCTTAGTAGAGTATGTTTTAGGGCTTGACGGAAATAAAAGTATTGAGATTTTGTTCTTAATCAATATGTTACTTACCg < 2:138767/148‑1 (MQ=255) aacGAGCACCTGACATCAGGTAATTGGATAATAGCATTTTTTGCTGTTTTAGCATTCAGTGTTTTTTTCTTAGTAGAGTATGTTTTAGGGCTTGACGGAAATAAAAGTATTGAGATTTTGTTCTTAATCAATATGTTACTTACCGTGa < 2:1284165/148‑1 (MQ=255) gAGCACCTGACATCAGGTAATTGGATAATAGCATTTTTTGCTGTTTTAGCATTCAGTGTTTTTTTCTTAGTAGAGTATGTTTTAGGGCTTGACGGAAATAAAAGTATTGAGATTTTGTTCTTAATCAATATGTTACTTACCGTGACGa < 2:215210/148‑1 (MQ=255) gCACCTGACATCAGGTAATTGGATAATAGCATTTTTTGCTGTTTTAGCATTCAGTGTTTTTTTCTTAGTAGAGTATGTTTTAGGGCTTGACGGAAATAAAAGTATTGAGATTTTGTTCTTAATCAATATGTTACTTACCGTGACGAAc > 2:2726300/1‑148 (MQ=255) gCACCTGACATCAGGTAATTGGATAATAGCATTTTTTGCTGTTTTAGCATTCAGTGTTTTTTTCTTAGTAGAGTATGTTTTAGGGCTTGACGGAAATAAAAGTATTGAGATTTTGTTCTTAATCAATATGTTACTTACCGTGACGAAc > 2:605637/1‑148 (MQ=255) cACCTGACATCAGGTAATTGGATAATAGCATTTTTTGCTGTTTTAGCATTCAGTGTTTTTTTCTTAGTAGAGTATGTTTTAGGGCTTGACGGAAATAAAAGTATTGAGATTTTGTTCTTAATCAATATGTTACTTACCGTGACGAACt > 2:342799/1‑148 (MQ=255) ccTGACATCAGGTAATTGGATAATAGCATTTTTTGCTGTTTTAGCATTCAGTGTTTTTTTCTTAGTAGAGTATGTTTTAGGGCTTGACGGAAATAAAAGTATTGAGATTTTGTTCTTAATCAATATGTTACTTACCGTGACGAACTaa < 1:98041/148‑1 (MQ=255) ccTGACATCAGGTAATTGGATAATAGCATTTTTTGCTGTTTTAGCATTCAGTGTTTTTTTCTTAGTAGAGTATGTTTTAGGGCTTGACGGAAATAAAAGTATTGAGATTTTGTTCTTAATCAATATGTTACTTACCGTGACGAACTaa < 2:3309178/148‑1 (MQ=255) gACATCAGGTAATTGGATAATAGCATTTTTTGCTGTTTTAGCATTCAGTGTTTTTTTCTTAGTAGAGTATGTTTTAGGGCTTGACGGAAATAAAAGTATTGAGATTTTGTTCTTAATCAATAAGTTACTTACCGTGACGAACTAATTg < 1:883315/148‑1 (MQ=255) aCATCAGGTAATTGGATAATAGCATTTTTTGCTGTTTTAGCATTCAGTGTTTTTTTCTTAGTAGAGTATGTTTTAGGGCTTGACGGAAATAAAAGTATTGAGATTTTGTTCTTAATCAATATGTTACTTACCGTGACGAACTAATTGc > 1:1781940/1‑148 (MQ=255) aCATCAGGTAATTGGATAATAGCATTTTTTGCTGTTTTAGCATTCAGTGTTTTTTTCTTAGTAGAGTATGTTTTAGGGCTTGACGGAAATAAAAGTATTGAGATTTTGTTCTTAATCAATATGTTACTTACCGTGACGAACTAATTGc > 1:186906/1‑148 (MQ=255) aCATCAGGTAATTGGATAATAGCATTTTTTGCTGTTTTAGCATTCAGTGTTTTTTTCTTAGTAGAGTATGTTTTAGGGCTTGACGGAAATAAAAGTATTGAGATTTTGTTCTTAATCAATATGTTACTTACCGTGACGAACTAATTGc < 2:1998600/148‑1 (MQ=255) cAGGTAATTGGATAATAGCATTTTTTGCTGTTTTAGCATTCAGTGTTTTTTTCTTAGTAGAGTATGTTTTAGGGCTTGACGGAAATAAAAGTATTGAGATTTTGTTCTTAATCAATATGTTACTTACAGTGACGAACTAATTGCTCgt > 2:3006810/1‑148 (MQ=255) tAATTGGATAATAGCATTTTTTGCTGTTTTAGCATTCAGTGTTTTTTTCTTAGTAGAGTATGTTTTAGGGCTTGACGGAAATAAAAGTATTGAGATTTTGTTCTTAATCAATATGTTACTTACCGTGACGAACTAATTGCTCGTGTaa < 1:2122100/148‑1 (MQ=255) aaTTGGATAATAGCATTTTTTGCTGTTTTAGCATTCAGTGTTTTTTTCTTAGTAGAGTATGTTTTAGGGCTTGACGGAAATAAAAGTATTGAGATTTTGTTCTTAATCAATATGTTACTTACCGTGACGAACTAATTGCTCGTGTAAt < 2:2626313/148‑1 (MQ=255) aaTTGGATAATAGCATTTTTTGCTGTTTTAGCATTCAGTGTTTTTTTCTTAGTAGAGTATGTTTTAGGGCTTGACGGAAATAAAAGTATTGAGATTTTGTTCTTAATCAATATGTTACTTACCGTGACGAACTAATTGCTCGTGTAAt < 1:1299537/148‑1 (MQ=255) tGGATAATAGCATTTTTTGCTGTTTTAGCATTCAGTGTTTTTTTCTTAGTAGAGTATGTTTTAGGGCTTGACGGAAATAAAAGTATTGAGATTTTGTTCTTAATCAATATGTTACTTACCGTGACGAACTAATTGCTCGTGTAATAGa < 1:2726300/148‑1 (MQ=255) tGGATAATAGCATTTTTTGCTGTTTTAGCATTCAGTGTTTTTTTCTTAGTAGAGTATGTTTTAGGGCTTGACGGAAATAAAAGTATTGAGATTTTGTTCTTAATCAATATGTTACTTACCGTGACGAACTAATTGCTCGTGTAATAGa > 2:3109648/1‑148 (MQ=255) aataGCATTTTTTGCTGTTTTAGCATTCAGTGTTTTTTTCTTAGTAGAGTATGTTTTAGGGCTTGACGGAAATAAAAGTATTGAGATTTTGTTCTTAATCAATATGTTACTTACCGTGACGAACTAATTGCTCGTGTAATAGATaaaa < 2:1421066/148‑1 (MQ=255) taGCATTTTTTGCTGTTTTAGCATTCAGTGTTTTTTTCTTAGTAGAGTATGTTTTAGGGCTTGACGGAAATAAAAGTATTGAGATTTTGTTCTTAATCAATATGTTACTTACCGTGACGAACTAATTGCTCGTGTAATAGATAAAAAt < 2:67076/148‑1 (MQ=255) aGCATTTTTTGCTGTTTTAGCATTCAGTGTTTTTTTCTTAGTAGAGTATGTTTTAGGGCTTGACGGAAATAAAAGTATTGAGATTTTGTTCTTAATCAATATGTTACTTACCGTGACGAACTAATTGCTCGTGTAATAGATAAAAATg < 1:260716/148‑1 (MQ=255) aGCATTTTTTGCTGTTTTAGCATTCAGTGTTTTTTTCTTAGTAGAGTATGTTTTAGGGCTTGACGGAAATAAAAGTATTGAGATTTTGTTCTTAATCAATATGTTACTTACCGTGACGAACTAATTGCTCGTGTAATAGATAAAAATg < 1:2839278/148‑1 (MQ=255) aGCATTTTTTGCTGTTTTAGCATTCAGTGTTTTTTTCTTAGTAGAGTATGTTTTAGGGCTTGACGGAAATAAAAGTATTGAGATTTTGTTCTTAATCAATATGTTACTTACCGTGACGAACTAATTGCTCGTGTAATAGATAAAAATg > 2:2854/1‑148 (MQ=255) gCATTTTTTGCTGTTTTAGCATTCAGTGTTTTTTTCTTAGTAGAGTATGTTTTAGGGCTTGACGGAAATAAAAGTATTGAGATTTTGTTCTTAATCAATATGTTACTTACCGTGACGAACTAATTGCTCGTGTAATAGATAAAAATgg > 1:1241561/1‑148 (MQ=255) gCATTTTTTGCTGTTTTAGCATTCAGTGTTTTTTTCTTAGTAGAGTATGTTTTAGGGCTTGACGGAAATAAAAGTATTGAGATTTTGTTCTTAATCAATATGTTACTTACCGTGACGAACTAATTGCTCGTGTAATAGATAAAAATgg > 1:487027/1‑148 (MQ=255) gCATTTTTTGCTGTTTTAGCATTCAGTGTTTTTTTCTTAGTAGAGTATGTTTTAGGGCTTGACGGAAATAAAAGTATTGAGATTTTGTTCTTAATCAATATGTTACTTACCGTGACGAACTAATTGCTCGTGTAATAGATAAAAATgg > 2:1184427/1‑148 (MQ=255) gCATTTTTTGCTGTTTTAGCATTCAGTGTTTTTTTCTTAGTAGAGTATGTTTTAGGGCTTGACGGAAATAAAAGTATTGAGATTTTGTTCTTAATCAATATGTTACTTACCGTGACGAACTAATTGCTAGTGTAATATATAAAAATgt > 2:2141316/1‑147 (MQ=255) aTTTTTTGCTGTTTTAGCATTCAGTGTTTTTTTCTTAGTAGAGTATGTTTTAGGGCTTGACGGAAATAAAAGTATTGAGATTTTGTTCTTAATCAATATGTTACTTACCGTGACGAACTAATTGCTCGTGTAATAGATAAAAATGGTa < 2:1156403/148‑1 (MQ=255) ttttttGCTGTTTTAGCATTCAGTGTTTTTTTCTTAGTAGAGTATGTTTTAGGGCTTGACGGAAATAAAAGTATTGAGATTTTGTTCTTAATCAATATGTTACTTACCGTGACGAACTAATTGCTCGTGTAATAGATAAAAATGGTaa > 1:3039540/1‑148 (MQ=255) ttttttGCTGTTTTAGCATTCAGTGTTTTTTTCTTAGTAGAGTATGTTTTAGGGCTTGACGGAAATAAAAGTATTGAGATTTTGTTCTTAATCAATATGTTACTTACCGTGACGAACTAATTGCTCGTGTAATAGATAAAAATGGTaa > 2:390229/1‑148 (MQ=255) ttGCTGTTTTAGCATTCAGTGTTTTTTTCTTAGTAGAGTATGTTTTAGGGCTTGACGGAAATAAAAGTATTGAGATTTTGTTCTTAATCAATAAGTTACTTACCGTGACGAACTAATTGCTCGTGTAATAGATAAAAATGGTAACAat > 2:3473150/1‑148 (MQ=255) cTGTTTTAGCATTCAGTGTTTTTTTCTTAGTAGAGTATGTTTTAGGGCTTGACGGAAATAAAAGTATTGAGATTTTGTTCTTAATCAATATGTTACTTACCGTGACGAACTAATTGCTCGTGTAATAGATAAAAATGGTAACAATATg < 2:2032230/148‑1 (MQ=255) cTGTTTTAGCATTCAGTGTTTTTTTCTTAGTAGAGTATGTTTTAGGGCTTGACGGAAATAAAAGTATTGAGATTTTGTTCTTAATCAATATGTTACTTACCGTGACGAACTAATTGCTCGTGTAATAGATAAAAATGGTAACAATATg < 1:1268276/148‑1 (MQ=255) tGTTTTAGCATTCAGTGTTTTTTTCTTAGTAGAGTATGTTTTAGGGCTTGACGGAAATAAAAGTATTGAGATTTTGTTCTTAATCAATATGTTACTTACCGTGACGAACTAATTGCTCGTGTAATAGATAAAAATGGTAACAATATGa < 2:1201722/148‑1 (MQ=255) gTTTTAGCATTCAGTGTTTTTTTCTTAGTAGAGTATGTTTTAGGGCTTGACGGAAATAAAAGTATTGAGATTTTGTTCTTAATCAATATGTTACTTACCGTGACGAACTAATTGCTCGGGTAATAGATAAAAATGGTAACAATATGaa > 2:3064222/1‑148 (MQ=255) tttAGCATTCAGTGTTTTTTTCTTAGTAGAGTATGTTTTAGGGCTTGACGGAAATAAAAGTATTGAGATTTTGTTCTTAATCAATATGTTACTTACCGTGACGAACTAATTGCTCGTGTAATAGATAAAAATGGTAACAATATGAAAt < 2:2672916/148‑1 (MQ=255) tttAGCATTCAGTGTTTTTTTCTTAGTAGAGTATGTTTTAGGGCTTGACGGAAATAAAAGTATTGAGATTTTGTTCTTAATCAATATGTTACTTACCGTGACGAACTAATTGCTCGTGTAATAGATAAAAATGGTAACAATATGAAAt < 1:1465142/148‑1 (MQ=255) ttAGCATTCAGTGTTTTTTTCTTAGTAGAGTATGTTTTAGGGCTTGACGGAAATAAAAGTATTGAGATTTTGTTCTTAATCAATATGTTACTTACCGTGACGAACTAATTGCTCGTGTAATAGATAAAAATGGTAACAATATGAAATa < 1:2017891/148‑1 (MQ=255) ttAGCATTCAGTGTTTTTTTCTTAGTAGAGTATGTTTTAGGGCTTGACGGAAATAAAAGTATTGAGATTTTGTTCTTAATCAATATGTTACTTACCGTGACGAACTAATTGCTCGTGTAATAGATAAAAATGGTAACAATATGAAATa > 2:724426/1‑148 (MQ=255) ttAGCATTCAGTGTTTTTTTCTTAGTAGAGTATGTTTTAGGGCTTGACGGAAATAAAAGTATTGAGATTTTGTTCTTAATCAATATGTTACTTACCGTGACGAACTAATTGCTCGTGTAATAGATAAAAATGGTAACAATATGAAATa > 1:724918/1‑148 (MQ=255) ttAGCACTCAGTGTTTTTTTCTTAGTAGAGTATGTTTTAGGGCTTGACGGAAATAAAAGTATTGAGATTTTGTTCTTAATCAATAAGTTACTTACCGTGACGAACTAATTGCTCGTGTAATAGATAAAAATGGTAACAATATGAAATa < 2:1977504/148‑1 (MQ=255) tAGCATTCAGTGTTTTTTTCTTAGTAGAGTATGTTTTAGGGCTTGACGGAAATAAAAGTATTGAGATTTTGTTCTTAATCAATATGTTACTTACCGTGACGAACTAATTGCTCGTGTAATAGATAAAAATGGTAACAATATGAAATAc > 2:2265834/1‑148 (MQ=255) gCATTCAGTGTTTTTTTCTTAGTAGAGTATGTTTTAGGGCTTGACGGAAATAAAAGTATTGAGATTTTGTTCTTAATCAATATGTTACTTACCGTGACGAACTAATTGCTCGTGTAATAGATAAAAATGGTAACAATATGAAATACaa < 2:3562666/148‑1 (MQ=255) gCATTCAGTGTTTTTTTCTTAGTAGAGTATGTTTTAGGGCTTGACGGAAATAAAAGTATTGAGATTTTGTTCTTAATCAATATGTTACTTACCGTGACGAACTAATTGCTCGTGTAATAGATAAAAATGGTAACAATATGAAATACaa < 1:1672398/148‑1 (MQ=255) aTTCAGTGTTTTTTTCTTAGTAGAGTATGTTTTAGGGCTTGACGTAAATAAAAGTATTGAGATTTTGTTCTTAATCAATATGTTACTTACCGTGACGAACTAATTGCTCGTGTAATAGATAAAAATGGTAACAATATGAAATACAAGc < 2:2843219/148‑1 (MQ=255) ttCAGTGTTTTTTTCTTAGTAGAGTATGTTTTAGGGCTTGACGGAAATAAAAGTATTGAGATTTTGTTCTTAATCAATATGTTACTTACCGTGACGAACTAATTGCTCGTGTAATAGATAAAAATGGTAACAATATGAAATACAAGCa < 2:3238153/148‑1 (MQ=255) ttCAGTGTTTTTTTCTTAGTAGAGTATGTTTTAGGGCTTGACGGAAATAAAAGTATTGAGATTTTGTTCTTAATCAATATGTTACTTACCGTGACGAACTAATTGCTCGTGTAATAGATAAAAATGGTAACAATATGAAATACAAGCa > 1:890431/1‑148 (MQ=255) tCAGTGTTTTTTTCTTAGTAGAGTATGTTTTAGGGCTTGACGGAAATAAAAGTATTGAGATTTTGTTCTTAATCAATATGTTACTTACCGTGACGAACTAATTGCTCGTGTAATAGATAAAAATGGTAACAATATGAAATACAAGCAt > 2:3140868/1‑148 (MQ=255) tCAGTGTTTTTTTCTTAGTAGAGTATGTTTTAGGGCTTGACGGAAATAAAAGTATTGAGATTTTGTTCTTAATCAATATGTTACTTACCGTGACGAACTAATTGCTCGTGTAATAGATAAAAATGGTAACAATATGAAATACAAGCAt > 1:2561464/1‑148 (MQ=255) cAGTGTTTTTTTCTTAGTAGAGTATGTTTTAGGGCTTGACGGAAATAAAAGTATTGAGATTTTGTTCTTAATCAATATGTTACTTACCGTGACGAACTAATTGCTCGTGTAATAGATAAAAATGGTAACAATATGAAATACAAGCAtt > 2:1205910/1‑148 (MQ=255) aGTGTTTTTTTCTTAGTAGAGTATGTTTTAGGGCTTGACGGAAATAAAAGTATTGAGATTTTGTTCTTAATCAATATGTTACTTACCGTGACGAACTAATTGCTCGTGTAATAGATAAAAATGGTAACAATATGAAATACAAGCAttt > 1:2267952/1‑148 (MQ=255) gtgtTTTTTTCTTAGTAGAGTATGTTTTAGGGCTTGACGGAAATAAAAGTATTGAGATTTTGTTCTTAATCAATATGTTACTTACCGTGACGAACTAATTGCTCGTGTAATAGATAAAAATGGTAACAATATGAAATACAAGCATTTg > 1:3419573/1‑148 (MQ=255) gtgtTTTTTTCTTAGTAGAGTATGTTTTAGGGCTTGACGGAAATAAAAGTATTGAGATTTTGTTCATAATCAATATGTTACTTACCGTGACGAACTAATTGCTCGTGTAATAGATAAAAATGGTAACAATATGAAATACAAGCATTTg > 2:1333332/1‑148 (MQ=255) gtTTTTTTCTTAGTAGAGTATGTTTTAGGGCTTGACGGAAATAAAAGTATTGAGATTTTGTTCTTAATCAATATGTTACTTACCGTGACGAACTAATTGCTCGTGTAATAGATAAAAATGGTAACAATATGAAATACAAGCATTTGAt > 2:1938918/1‑148 (MQ=255) ttCTTAGTAGAGTATGTTTTAGGGCTTGACGGAAATAAAAGTATTGAGATTTTGTTCTTAATCAATATGTTACTTACCGTGACGAACTAATTGCTCGTGTAATAGATAAAAATGGTAACAATATGAAATACAAGCATTTGATCCTGTc < 1:1409699/148‑1 (MQ=255) tCTTAGTAGAGTATGTTTTAGGGCTTGACGGAAATAAAAGTATTGAGATTTTGTTCTTAATCAATATGTTACTTACCGTGACGAACTAATTGCTCGTGTAATAGATAAAAATGGTAACAATATGAAATACAATCATTTGATACTGTCt > 2:2577664/1‑148 (MQ=255) agtagAGTATGTTTTAGGGCTTGACGGAAATAAAAGTATTGAGATTTTGTTCTTAATCAATATGTTACTTACCGTGACGAACTAATTGCTCGTGTAATAGATAAAAATGGTAACAATATGAAATACAAGCATTTGATCCTGTCTTTaa < 1:2465910/148‑1 (MQ=255) gtagAGTATGTTTTAGGGCTTGACGGAAATAAAAGTATTGAGATTTTGTTCTTAATCAATATGTTACTTACCGTGACGAACTAATTGCTCGTGTAATAGATAAAAATGGTAACAATATGAAATACAAGCATTTGATCCTGTCTTTAAg < 2:2097722/148‑1 (MQ=255) gtagAGTATGTTTTAGGGCTTGACGGAAATAAAAGTATTGAGATTTTGTTCTTAATCAATATGTTACTTACCGTGACGAACTAATTGCTCGTGTAATAGATAAAAATGGTAACAATATGAAATACAAGCATTTGATCCTGTCTTTAAg < 1:52476/148‑1 (MQ=255) tagAGTATGTTTTAGGGCTTGACGGAAATAAAAGTATTGAGATTTTGTTCTTAATCAATATGTTATTTACCGTGACGAACTAATTGCTCGTGTAATAGATAAAAATGGTAACAATATGAAATACAAGCATTTGATCCTGTATTTAAGc > 2:3398778/1‑148 (MQ=255) tagAGTATGTTTTAGGGCTTGACGGAAATAAAAGTATTGAGATTTTGTTCTTAATCAATATGTTACTTACCGTGACGAACTAATTGCTCGTGTAATAGATAAAAATGGTAACAATATGAAATACAAGCATTTGATCCTGTCTTTAAGc < 2:495538/148‑1 (MQ=255) gagTATGTTTTAGGGCTTGACGGAAATAAAAGTATTGAGATTTTGTTCTTAATCAATATGTTACTTACCGTGACGAACTAATTGCTCGTGTAATAGATAAAAATGGTAACAATATGAAATACAAGCATTTGATCCTGTCTTTAAGCCt > 1:2983532/1‑148 (MQ=255) agTATGTTTTAGGGCTTGACGGAAATAAAAGTATTGAGATTTTGTTCTTAATCAATATGTTACTTACCGTGACGAACTAATTGCTCGTGTAATAGATAAAAATGGTAACAATATGAAATACAAGCATTTGATCCTGTCTTTAAGCCTg < 1:1532694/148‑1 (MQ=255) tATGTTTTAGGGCTTGACGGAAATAAAAGTATTGAGATTTTGTTCTTAATCAATATGTTACTTACAGTGACGAACTAATTGCTCGTGTAATAGATAAAAATGGTAACAATATGAAATACAAGCATTTGATCCTGTCTTTAAGCCTGAt > 1:943141/1‑148 (MQ=255) tGTTTTAGGGCTTGACGGAAATAAAAGTATTGAGATTTTGTTCTTAATCAATATGTTACTTACCGTGACGAACTAATTGCTCGTGTAATAGATAAAAATGGTAACAATATGAAATACAAGCATTTGATCCTGTCTTTAAGCCTGATaa > 1:2668218/1‑148 (MQ=255) tGTTTTAGGGCTTGACGGAAATAAAAGTATTGAGATTTTGTTCTTAATCAATATGTTACTTACCGTGACGAACTAATTGCTCGTGTAATAGATAAAAATGGTAACAATATGAAATACAAGCATTTGATCCTGTCTTTAAGCCTGATaa > 2:1386342/1‑148 (MQ=255) gTTTTAGGGCTTGACGGAAATAAAAGTATTGAGATTTTGTTCTTAATCAATATGTTACTTACCGTGACGAACTAATTGCTCGTGTAATAGATAAAAATGGTAACAATATGAAATACAAGCATTTGATCCTGTCTTTAAGCCTGATAAt < 1:3264594/148‑1 (MQ=255) tttAGGGCTTGACGGAAATAAAAGTATTGAGATTTTGTTCTTAATCAATATGTTACTTACCGTGACGAACTAATTGCTCGTGTAATAGATAAAAATGGTAACAATATGAAATACAAGCATTTGATCCTGTCTTTAAGCCTGATAATGc > 2:1775102/1‑148 (MQ=255) tAGGGCTTGACGGAAATAAAAGTATTGAGATTTTGTTCTTAATCAATATGTTACTTACCGTGACGAACTAATTGCTCGTGTAATAGATAAAAATGGTAACAATATGAAATACAAGCATTTGATCCTGTCTTTAAGCCTGATAATGCTg < 1:2344938/148‑1 (MQ=255) ggCTTGACGGAAATAAAAGTATTGAGATTTTGTTCTTAATCAATATGTTACTTACCGTGACGAACTAATTGCTCGTGTAATAGATAAAAATGGTAACAATATGAAATACAAGCATTTGATCCTGTCTTTAAGCCTGATAATGCTgggg > 1:8953/1‑148 (MQ=255) gCTTGACGGAAATAAAAGTATTGAGATTTTGTTCTTAATCAATATGTTACTTACCGTGACGAACTAATTGCTCGTGTAATAGATAAAAATGGTAACAATATGAAATACAAGCATTTGATCCTGTCTTTAAGCCTGATAATGCTGGGGc > 2:1514791/1‑148 (MQ=255) gCTTGACGGAAATAAAAGTATTGAGATTTTGTTCTTAATCAATATGTTACTTACCGTGACGAACTAATTGCTCGTGTAATAGATAAAAATGGTAACAATATGAAATACAAGCATTTGATCCTGTCTTTAAGCCTGATAATGCTGGGGc < 1:2144617/148‑1 (MQ=255) aaaTAAAAGTATTGAGATTTTGTTCTTAATCAATATGTTACTTACCGTGACGAACTAATTGCTCGTGTAATAGATAAAAATGGTAACAATATGAAATACAAGCATTTGATCCTGTCTTTAAGCCTGATAATGCTGGGGCCATTGGCTc > 1:2114664/1‑148 (MQ=255) aTAAAAGTATTGAGATTTTGTTCTTAATCAATATGTTACTTACCGTGACGAACTAATTGCTCGTGTAATAGATAAAAATGGTAACAATATGAAATACAAGCATTTGATCCTGTCTTTAAGCCTGATAATGCTGGGGCCATTGGCTCAt > 2:1511737/1‑148 (MQ=255) tAAAAGTATTGAGATTTTGTTCTTAATCAATATGTTACTTACCGTGACGAACTAATTGCTCGTGTAATAGATAAAAATGGTAACAATATGAAATACAAGCATTTGATCCTGTCTTTAAGCCTGATAATGCTGGGGCCATTGGCTCATg > 1:1771918/1‑148 (MQ=255) aaaGTATTGAGATTTTGTTCTTAATCAATATGTTACTTACCGTGACGAACTAATTGCTCGTGTAATAGATAAAAATGGTAACAATATGAAATACAAGCATTTGATCCTGTCTTTAAGCCTGATAATGCTGGGGCCATTGGCTCATGCa > 2:352528/1‑148 (MQ=255) aaGTATTGAGATTTTGTTCTTAATCAATATGTTACTTACCGTGACGAACTAATTGCTCGTGTAATAGATAAAAATGGTAACAATATGAAATACAAGCATTTGATCCTGTCTTTAAGCCTGATAATGCTGGGGCCATTGGCTCATGCag > 2:3216035/1‑148 (MQ=255) gTATTGAGATTTTGTTCTTAATCAATATGTTACTTACCGTGACGAACTAATTGCTCGTGTAATAGATAAAAATGGTAACAATATGAAATACAAGCATTTGATCCTGTCTTTAATCCTGATAATGCTGGGGCCATTGGCTCATGCagaa > 2:1931008/1‑148 (MQ=255) tATTGAGATTTTGTTCTTAATCAATATGTTACTTACCGTGACGAACTAATTGCTCGTGTAATAGATAAAAATGGTAACAATATGAAATACAAGCATTTGATCCTGTCTTTAAGCCTGATAATGCTGGGGCCATTGGCTCATGCagaag < 2:2983678/148‑1 (MQ=255) aTTGAGATTTTGTTCTTAATCAATATGTTACTTACCGTGACGAACTAATTGCTCGTGTAATAGATAAAAATGGTAACAATATGAAATACAAGCATTTGATCCTGTCTTTAAGCCTGATAATGCTGGGGCCATTGGCTCATGCagaaga > 2:2968233/1‑148 (MQ=255) tGAGATTTTGTTCTTAATCAATATGTTACTTACCGTGACGAACTAATTGCTCGTGTAATAGATAAAAATGGTAACAATATGAAATACAAGCATTTGATCCTGTCTTTAAGCCTGATAATGCTGGGGCCATTGGCTCATGCAGAAgaga > 1:136869/1‑148 (MQ=255) gagaTTTTGTTCTTAATCAATATGTTACTTACCGTGACGAACTTATTGCTCGTGTAATAGATAAAAATGGTAACAATATGAAATACAAGCATTTGATCCTGTCTTTAAGCCTGATAATGCTGGGGCCATTGGCTCATGCAGAAGAGAt < 1:1022184/148‑1 (MQ=255) gagaTTTTGTTCTTAATCAATATGTTACTTACCGTGACGAACTAATTGCTCGTGTAATAGATAAAAATGGTAACAATATGAAATACAAGCATTTGATCCTGTCTTTAAGCCTGATAATGCTGGGGCCATTGGCTCATGCAGAAGAGAt < 1:3109648/148‑1 (MQ=255) ttttGTTCTTAATCAATATGTTACTTACCGTGACGAACTAATTGCTCGTGTAATAGATAAAAATGGTAACAATATGAAATACAAGCATTTGATCCTGTCTTTAAGCCTGATAATGCTGGGGCCATTGGCTCATGCAGAAGAGATTGGt < 2:2595559/148‑1 (MQ=255) ttttGTTCTTAATCAATATGTTACTTACCGTGACGAACTAATTGCTCGTGTAATAGATAAAAATGGTAACAATATGAAATACAAGCATTTGATCCTGTCTTTAAGCCTGATAATGCTGGGGCCATTGGCTCATGCAGAAGAGATTGGt > 2:147226/1‑148 (MQ=255) tGTTCTTAATCAATATGTTACTTACCGTGACGAACTAATTGCTCGTGTAATAGATAAAAATGGTAACAATATGAAATACAAGCATTTGATCCTGTCTTTAAGCCTGATAATGCTGGGGCCATTGGCTCATGCAGAAGAGATTGGTTCg < 1:1143239/148‑1 (MQ=255) cTTAATCAATATGTTACTTACCGTGACGAACTAATTGCTCGTGTAATAGATAAAAATGGTAACAATATGAAATACAAGCATTTGATCCTGTCTTTAAGCCTGATAATGCTGGGGCCATTGGCTCATGCAGAAGAGATTGGTTCGGTCg > 1:1595266/1‑148 (MQ=255) ttAATCAATATGTTACTTACCGTGACGAACTAATTGCTCGTGTAATAGATAAAAATGGTAACAATATGAAATACAAGCATTTGATCCTGTCTTTAAGCCTGATAATGCTGGGGCCATTGGCTCATGCAGAAGAGATTGGTTCGGTCGa > 2:2472770/1‑148 (MQ=255) ttAATCAATATGTTACTTACCGTGACGAACTAATTGCTCGTGTAATAGATAAAAATGGTAACAATATGAAATACAAGCATTTGATCCTGTCTTTAAGCCTGATAATGCTGGGGCCATTGGCTCATGCAGAAGAGATTGGTTCGGTCGa < 1:3063504/148‑1 (MQ=255) aTCAATATGTTACTTACCGTGACGAACTAATTGCTCGTGTAATAGATAAAAATGGTAACAATATGAAATACAAGCATTTGATCCTGTCTTTAAGCCTGATAATGCTGGGGCCATTGGCTCATGCAGAAGAGATTGGTTCGGTCGacac > 2:834822/1‑148 (MQ=255) tCAATATGTTACTTACCGTGACGAACTAATTGCTCGTGTAATAGATAAAAATGGTAACAATATGAAATACAAGCATTTGATCCTGTCTTTAAGCCTGATAATGCTGGGGCCATTGGCTCATGCAGAAGAGATTGGTTCGGTCGACAcc > 2:507965/1‑148 (MQ=255) tatGTTACTTACCGTGACGAACTAATTGCTCGTGTAATAGATAAAAATGGTAACAATATGAAATACAAGCATTTGATCCTGTCTTTAAGCCTGATAATGCTGGGGCCATTGGCTCATGCAGAAGAGATTGGTTCGGTCGACACCGTAt < 1:369166/148‑1 (MQ=255) tGTTACTTACCGTGACGAACTAATTGCTCGTGTAATAGATAAAAATGGTAACAATATGAAATACAAGCATTTGATCCTGTCTTTAAGCCTGATAATGCTGGGGCCATTGGCTCATGCAGAAGAGATTGGTTCGGTCGACACCGTAttt < 2:327421/148‑1 (MQ=255) ttacttacCGTGACGAACTAATTGCTCGTGTAATAGATAAAAATGGTAACAATATGAAATACAAGCATTTGATCCTGTCTTTAAGCCTGATAATGCTGGGGCCATTGGCTCATGCAGAAGAGATTGGTTCGGTCGACACCGTATTTaa > 1:220048/1‑148 (MQ=255) | TTTCAACAACGAGCACCTGACATCAGGTAATTGGATAATAGCATTTTTTGCTGTTTTAGCATTCAGTGTTTTTTTCTTAGTAGAGTATGTTTTAGGGCTTGACGGAAATAAAAGTATTGAGATTTTGTTCTTAATCAATATGTTATTTACCGTGACGAACTAATTGCTCGTGTAATAGATAAAAATGGTAACAATATGAAATACAAGCATTTGATCCTGTCTTTAAGCCTGATAATGCTGGGGCCATTGGCTCATGCAGAAGAGATTGGTTCGGTCGACACCGTATTTAA > CP009273/4625143‑4625432 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |