| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 362,629 | A→T | 100% | Y9N (TAC→AAC) | mhpR ← | mhp operon transcriptional activator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 362,629 | 0 | A | T | 98.7% | 719.3 / ‑1.5 | 220 | Y9N (TAC→AAC) | mhpR | mhp operon transcriptional activator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (2/1); new base T (101/116); total (103/117) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.01e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Only 100 of 223 total aligned reads displayed.
TCCTGCAGCGTCTCCAGCAGTCGCCGCACAGTGGTGCGATGCAGGCCGCTGAGTTCCGCCAGCAGCCCGACGCTGGCACCGCCATCAAGTTTATTTAACATATTTAATAACATTAGACCGCGGGTTAAGCCGCGCACGGTTTTGTATTCCGTCTGCTCATTGTTCTGCATATTAATTGACATTTCTATAGTTAAAACAACGTGGTGCACCTGGTGCACATTCGGGCATGTTTTGATTGTAGCCGAAAACACCCTTCCTATACTGAGCGCACAATAAAAAATCATTTACA > CP009273/362484‑362772 | tCCTGCAGCGTCTCCAGCAGTCGCCGCACAGTGGTGCGATGCAGGCCGCTGAGTTCCGCCAGCAGCCCGACGCTGGCACCGCCATCAAGTTTATTTAACATATTTAATAACATTAGACCGCGGGTTAAGCCGCGCACGgttttgtttt < 1:935229/148‑1 (MQ=255) ccTGCAGCGTCTCCAGCAGTCGCCGCACAGTGGTGCGATGCAGGCCGCTGAGTTCCGCCAGCAGCCCGACGCTGGCACCGCCATCAAGTTTATTTAACATATTTAATAACATTAGACCGCGGGTTAAGCCGCGCACGGTTTTGTTTTc < 2:1369102/148‑1 (MQ=255) cTGCAGCGTCTCCAGCAGTCGCCGCACAGTGGTGCGATGCAGGCCGCTGAGTTCCGCCAGCAGCCCGACGCTGGCACCGCCATCAAGTTTATTTAACATATTTAATAACATTAGACCGCGGGTTAAGCCGCGCACGGTTTTGTTTTcc > 2:3513366/1‑148 (MQ=255) gCAGCGTCTCCAGCAGTCGCCGCACAGTGGTGCGATGCAGGCCGCTGAGTTCCGCCAGCAGCCCGACGCTGGCACCGCCATCAAGTTTATTTAACATATTTAATAACATTAGACCGCGGGTTAAGCCGCGCACGGTTTTGTTTTCCGt > 2:1938293/1‑148 (MQ=255) cAGCGTCTCCAGCAGTCGCCGCACAGTGGTGCGATGCAGGCCGCTGAGTTCCGCCAGCAGCCCGACGCTGGCACCGCCATCAAGTTTATTTAACATATTTAATAACATTAGACCGCGGGTTAAGCCGCGCACGGTTTTGTTTTCCGTc < 1:514078/148‑1 (MQ=255) cAGCGTCTCCAGCAGTCGCCGCACAGTGGTGCGATGCAGGCCGCTGAGTTCCGCCAGCAGCCCGACGCTGGCACCGCCATCAAGTTTATTTAACATATTTAATAACATTAGACCGCGGGTTAAGCCGCGCACGGTTTTGTTTTCCGTc > 2:1534418/1‑148 (MQ=255) gCGTCTCCAGCAGTCGCCGCACAGTGGTGCGATGCAGGCCGCTGAGTTCCGCCAGCAGCCCGACGCTGGCACCGCCATCAAGTTTATTTAACATATTTAATAACATTAGACCGCGGGTTAAGCCGCGCACGGTTTTGTTTTCCGTCTg > 2:572987/1‑148 (MQ=255) gTCTCCAGCAGTCGCCGCACAGTGGTGCGATGCAGGCCGCTGAGTTCCGCCAGCAGCCCGACGCTGGCACCGCAATCAAGTTTATTTAACATATTTAATAACATTAGACCGCGGGTTAAGCCGCGCACGGTTTTGTTTTCCGTCTGCt < 1:780476/148‑1 (MQ=255) tctcCAGCAGTCGCCGCACAGTGGTGCGATGCAGGCCGCTGAGTTCCGCCAGCAGCCCGACGCTGGCACCGCCATCAAGTTTATTTAACATATTTAATAACATTAGACCGCGGGTTAAGCCGCGCACGGTTTTGTTTTCCGTCTGCTc > 2:1027827/1‑148 (MQ=255) ctcCAGCAGTCGCCGCACAGTGGTGCGATGCAGGCCGCTGAGTTCCGCCAGCAGCCCGACGCTGGCACCGCCATCAAGTTTATTTAACATATTTAATAACATTAGACCGCGGGTTAAGCCGCGCACGGTTTTGTTTTCCGTCTGCTCa < 2:2037904/148‑1 (MQ=255) ccAGCAGTCGCCGCACAGTGGTGCGATGCAGGCCGCTGAGTTCCGCCAGCAGCCCGACGCTGGCACCGCCATCAAGTTTATTTAACATATTTAATAACATTAGACCGCGGGTTAAGCCGCGCACGGTTTTGTTTTCCGTCTGCTCAtt > 1:3409409/1‑148 (MQ=255) ccAGCAGTCGCCGCACAGTGGTGCGATGCAGGCCGCTGAGTTCCGCCAGCAGCCCGACGCTGGCACCGCCATCAAGTTTATTTAACATATTTAATAACATTAGACCGCGGGTTAAGCCGCGCACGGTTTTGTTTTCCGTCTGCTCAtt < 1:535466/148‑1 (MQ=255) cagcagTCGCCGCACAGTGGTGCGATGCAGGCCGCTGAGTTCCGCCAGCAGCCCGACGCTGGCACCGCCATCAAGTTTATTTAACATATTTAATAACATTAGACCGCGGGTTAAGCCGCGCACGGTTTTGTTTTCCGTCTGCTCATTg < 1:3357505/148‑1 (MQ=255) cagcagTCGCCGCACAGTGGTGCGATGCAGGCCGCTGAGTTCCGCCAGCAGCCCGACGCTGGCACCGCCATCAAGTTTATTTAACATATTTAATAACATTAGACCGCGGGTTAAGCCGCGCACGGTTTTGTTTTCCGTCTGCTCATTg < 1:3357599/148‑1 (MQ=255) agcagTCGCCGCACAGTGGTGCGATGCAGGCCGCTGAGTTCCGCCAGCAGCCCGACGCTGGCACCGCCATCAAGTTTATTTAACATATTTAATAACATTAGACCGCGGGTTAAGCCGCGCACGGTTTTGTTTTCCGTCTGCTCATTGt < 2:903824/148‑1 (MQ=255) gcagTCGCCGCACAGTGGTGCGATGCAGGCCGCTGAGTTCCGCCAGCAGCCCGACGCTGGCACCGCCATCAAGTTTATTTAACATATTTAATAACATTAGACCGCGGGTTAAGCCGCGCACGGTTTTGTTTTCCGTCTGCTCATTGtt > 2:1646613/1‑148 (MQ=255) gcagTCGCCGCACAGTGGTGCGATGCAGGCCGCTGAGTTCCGCCAGCAGCCCGACGCTGGCACCGCCATCAAGTTTATTTAACATATTTAATAACATTAGACCGCGGGTTAAGCCGCGCACGGTTTTGTTTTCCGTCTGCTCATTGtt > 1:3446256/1‑148 (MQ=255) gcagTCGCCGCACAGTGGTGCGATGCAGGCCGCTGAGTTCCGCCAGCAGCCCGACGCTGGCACCGCCATCAAGTTTATTTAACATATTTAATAACATTAGACCGCGGGTTAAGCCGCGCACGGTTTTGTTTTCCGTCTGCTCATTGtt < 2:1537408/148‑1 (MQ=255) cagTCGCCGCACAGTGGTGCGATGCAGGCCGCTGAGTTCCGCCAGCAGCCCGACGCTGGCACCGCCATCAAGTTTATTTAACATATTTAATAACATTAGACCGCGGGTTAAGCCGCGCACGGTTTTGTTTTCCGTCTGCTCATTGTTc < 2:1267460/148‑1 (MQ=255) cagTCGCCGCACAGTGGTGCGATGCAGGCCGCTGAGTTCCGCCAGCAGCCCGACGCTGGCACCGCCATCAAGTTTATTTAACATATTTAATAACATTAGACCGCGGGTTAAGCCGCGCACGGTTTTGTTTTCCGTCTGCTCATTGTTc < 1:141664/148‑1 (MQ=255) cagTCGCCGCACAGTGGTGCGATGCAGGCCGCTGAGTTCCGCCAGCAGCCCGACGCTGGCACCGCCATCAAGTTTATTTAACATATTTAATAACATTAGACCGCGGGTTAAGCCGCGCACGGTTTTGTTTTCCGTCTGCTCATTGTTc > 2:1677146/1‑148 (MQ=255) gTCGCCGCACAGTGGTGCGATGCAGGCCGCTGAGTTCCGCCAGCAGCCCGACGCTGGCACCGCCATCAAGTTTATTTAACATATTTAATAACATTAGACCGCGGGTTAAGCCGCGCACGGTTTTGTTTTCCGTCTGCTCATTGTTCTg > 1:2400403/1‑148 (MQ=255) gTCGCCGCACAGTGGTGCGATGCAGGCCGCTGAGTTCCGCCAGCAGCCCGACGCTGGCACCGCCATCAAGTTTATTTAACATATTTAATAACATTAGACCGCGGGTTAAGCCGCGCACGGTTTTGTTTTCCGTCTGCTCATTGTTCTg < 1:1604814/148‑1 (MQ=255) tCGCCGCACAGTGGTGCGATGCAGGCCGCTGAGTTCCGCCAGCAGCCCGACGCTGGCACCGCCATCAAGTTTATTTAACATATTTAATAACATTAGACCGCGGGTTAAGCCGCGCACGGTTTTGTTTTCCGTCTGCTCATTGTTCTGc > 1:633569/1‑148 (MQ=255) ccgcACAGTGGTGCGATGCAGGCCGCTGAGTTCCGCCAGCAGCCCGACGCTGGCACCGCCATCAAGTTTATTTAACATATTTAATAACATTAGACCGCGGGTTAAGCCGCGCACGGTTTTGTTTTCCGTCTGCTCATTGTTCTGCata > 1:1515014/1‑148 (MQ=255) cacaGTGGTGCGATGCAGGCCGCTGAGTTCCGCCAGCAGCCCGACGCTGGCACCGCCATCAAGTTTATTTAACATATTTAATAACATTAGACCGCGGGTTAAGCCGCGCACGGTTTTGTTTTCCGTCTGCTCATTGTTCTGCATATTa < 1:37427/148‑1 (MQ=255) caGTGGTGCGATGCAGGCCGCTGAGTTCCGCCAGCAGCCCGACGCTGGCACCGCCATCAAGTTTATTTAACATATTTAATAACATTAGACCGCGGGTTAAGCCGCGCACGGTTTTGTTTTCCGTCTGCTCATTGTTCTGCATATTAAt < 2:2360084/148‑1 (MQ=255) caGTGGTGCGATGCAGGCCGCTGAGTTCCGCCAGCAGCCCGACGCTGGCACCGCCATCAAGTTTATTTAACATATTTAATAACATTAGACCGCGGGTTAAGCCGCGCACGGTTTTGTTTTCCGTCTGCTCATTGTTCTGCATATTAAt < 2:2360107/148‑1 (MQ=255) gtggtgCGATGCAGGCCGCTGAGTTCCGCCAGCAGCCCGACGCTGGCACCGCCATCAAGTTTATTTAACATATTTAATAACATTAGACCGCGGGTTAAGCCGCGCACGGTTTTGTTTTCCGTCTGCTCATTGTTCTGCATATTAATTg < 2:344968/148‑1 (MQ=255) tggtgCGATGCAGGCCGCTGAGTTCCGCCAGCAGCCCGACGCTGGCACCGCCATCAAGTTTATTTAACATATTTAATAACATTAGACCGCGGGTTAAGCCGCGCACGGTTTTGTTTTCCGTCTGCTCATTGTTCTGCATATTAATTGa > 2:1328918/1‑148 (MQ=255) ggtgCGATGCAGGCCGCTGAGTTCCGCCAGCAGCCCGACGCTGGCACCGCCATCAAGTTTATTTCACATATTTAATAACATTAGACCGCGGGTTAAGCCGCGCACGGGTTTGTTTTCCGTCTGCTCATTGTTCTGCCTCTTAATTGAc > 2:3157284/1‑148 (MQ=255) ggtgCGATGCAGGCCGCTGAGTTCCGCCAGCAGCCCGACGCTGGCACCGCCATCAAGTTTATTTAACATATTTAATAACATTAGACCGCGGGTTAAGCCGCGCACGGTTTTGTTTTCCGTCTGCTCATTGTTCTGCATATTAATTGAc < 1:2465933/148‑1 (MQ=255) gCGATGCAGGCCGCTGAGTTCCGCCAGCAGCCCGACGCTGGCACCGCCATCAAGTTTATTTAACATATTTAATAACATTAGACCGCGGGTTAAGCCGCGCACGGTTTTGTTTTCCGTCTGCTCATTGTTCTGCATATTAATTGACAtt < 2:648560/148‑1 (MQ=255) cGATGCAGGCCGCTGAGTTCCGCCAGCAGCCCGACGCTGGCACCGCCATCAAGTTTATTTAACATATTTAATAACATTAGACCGCGGGTTAAGCCGCGCACGGTTTTGTTTTCCGTCTGCTCATTGTTCTGCATATTAATTGACAttt > 2:3191656/1‑148 (MQ=255) cGATGCAGGCCGCTGAGTTCCGCCAGCAGCCCGACGCTGGCACCGCCATCAAGTTTATTTAACATATTTAATAACATTAGACCGCGGGTTAAGCCGCGCACGGTTTTGTTTTCCGTCTGCTCATTGTTCTGCATATTAATTGACAttt > 1:800985/1‑148 (MQ=255) cGATGCAGGCCGCTGAGTTCCGCCAGCAGCCCGACGCTGGCACCGCCATCAAGTTTATTTAACATATTTAATAACATTAGACCGCGGGTTAAGCCGCGCACGGTTTTGTTTTCCGTCTGCTCATTGTTCTGCATATTAATTGACAttt < 1:174808/148‑1 (MQ=255) aTGCAGGCCGCTGAGTTCCGCCAGCAGCCCGACGCTGGCACCGCCATCAAGTTTATTTAACATATTTAATAACATTAGACCGCGGGTTAAGCCGCGCACGGTTTTGTTTTCCGTCTGCTCATTGTTCTGCATATTAATTGACATTTCt < 1:1968401/148‑1 (MQ=255) aTGCAGGCCGCTGAGTTCCGCCAGCAGCCCGACGCTGGCACCGCCATCAAGTTTATTTAACATATTTAATAACATTAGACCGCGGGTTAAGCCGCGCACGGTTTTGTTTTCCGTCTGCTCATTGTTCTGCATATTAATTGACATTTCt > 2:1672862/1‑148 (MQ=255) aTGCAGGCCGCTGAGTTCCGCCAGCAGCCCGACGCTGGCACCGCCATCAAGTTTATTTAACATATTTAATAACATTAGACCGCGGGTTAAGCCGCGCACGGTTTTGTTTTCCGTCTGCTCATTGTTCTGCATATTAATTGACATTTCt < 1:628699/148‑1 (MQ=255) gCAGGCCGCTGAGTTCCGCCAGCAGCCCGACGCTGGCACCGCCATCAAGTTTATTTAACATATTTAATAACATTAGACCGCGGGTTAAGCCGCGCACGGTTTTGTTTTCCGTCTGCTCATTGTTCTGCATATTAATTGACATTTCtat < 2:569014/148‑1 (MQ=255) cAGGCCGCTGAGTTCCGCCAGCAGCCCGACGCTGGCACCGCCATCAAGTTTATTTAACATATTTAATAACATTAGACCGCGGGTTAAGCCGCGCACGGTTTTGTTTTCCGTCTGCTCATTGTTCTGCATATTAATTGACATTTCtata < 2:3317728/148‑1 (MQ=255) cAGGCCGCTGAGTTCCGCCAGCAGCCCGACGCTGGCACCGCCATCAAGTTTATTTAACATATTTAATAACATTAGACCGCGGGTTAAGCCGCGCACGGTTTTGTTTTCCGTCTGCTCATTGTTCTGCATATTAATTGACATTTCtata > 2:1446375/1‑148 (MQ=255) cAGGCCGCTGAGTTCCGCCAGCAGCCCGACGCTGGCACCGCCATCAAGTTTATTTAACATATTTAATAACATTAGACCGCGGGTTAAGCCGCGCACGGTTTTGTTTTCCGTCTGCTCATTGTTCTGCATATTAATTGACATTTCtata < 2:1101856/148‑1 (MQ=255) aGGCCGCTGAGTTCCGCCAGCAGCCCGACGCTGGCACCGCCATCAAGTTTATTTAACATATTTAATAACATTAGACCGCGGGTTAAGCCGCGCACGGTTTTGTTTTCCGTCTGCTCATTGTTCTGCATATTAATTGACATTTCTATAg > 1:2421024/1‑148 (MQ=255) ggCCGCTGAGTTCCGCCAGCAGCCCGACGCTGGCACCGCCATCAAGTTTATTTAACATATTTAATAACATTAGACCGCGGGTTAAGCCGCGCACGGTTTTGTTTTCCGTCTGCTCATTGTTCTGCATATTAATTGACATTTCTATAGt < 2:3444692/148‑1 (MQ=255) cGCTGAGTTCCGCCAGCAGCCCGACGCTGGCACCGCCATCAAGTTTATTTAACATATTTAATAACATTAGACCGCGGGTTAAGCCGCGCACGGTTTTGTTTTCCGTCTGCTCATTGTTCTGCATATTAATTGACATTTCTATAGTTaa < 1:1362714/148‑1 (MQ=255) gCTGAGTTCCGCCAGCAGCCCGACGCTGGCACCGCCATCAAGTTTATTTAACATATTTAATAACATTAGACCGCGGGTTAAGCCGCGCACGGTTTTGTTTTCCGTCTGCTCATTGTTCTGCATATTAATTGACATTTCTATAGTTaaa < 2:1231442/148‑1 (MQ=255) cTGAGTTCCGCCAGCAGCCCGACGCTGGCACCGCCATCAAGTTTATTTAACATATTTAATAACATTAGACCGCGGGTTAAGCCGCGCACGGTTTTGTTTTCCGTCTGCTCATTGTTCTGCATATTAATTGACATTTCTATAGTTaaaa > 2:1356278/1‑148 (MQ=255) aGTTCCGCCAGCAGCCCGACGCTGGCACCGCCATCAAGTTTATTTAACATATTTAATAACATTAGACCGCGGGTTAAGCCGCGCACGGTTTTGTTTTCCGTCTGCTCATTGTTCTGCATATTAATTGACATTTCTATAGTTAAaacaa < 1:1326534/148‑1 (MQ=255) ttCCGCCAGCAGCCCGACGCTGGCACCGCCATCAAGTTTATTTAACATATTTAATAACATTAGACCGCGGGTTAAGCCGCGCACGGTTTTGTTTTCCGTCTGCTCATTGTTCTGCATATTAATTGACATTTCTATAGTTGAAACAACg > 1:2038978/1‑148 (MQ=255) ccAGCAGCCCGACGCTGGCACCGCCATCAAGTTTATTTAACATATTTAATAACATTAGACCGCGGGTTAAGCCGCGCACGGTTTTGTTTTCCGTCTGCTCATTGTTCTGCATATTAATTGACATTTCTATAGTTAAAACAACgtggtg < 1:3138295/148‑1 (MQ=255) ccAGCAGCCCGACGCTGGCACCGCCATCAAGTTTATTTAACATATTTAATAACATTAGACCGCGGGTTAAGCCGCGCACGGTTTTGTTTTCCGTCTGCTCATTGTTCTGCATATTAATTGACATTTCTATAGTTAAAACAACgtggtg > 1:2855945/1‑148 (MQ=255) cagcCCGACGCTGGCACCGCCATCAAGTTTATTTAACATATTTAATAACATTAGACCGCGGGTTAAGCCGCGCACGGTTTTGTTTTCCGTCTGCTCATTGTTCTGCATATTAATTGACATTTCTATAGTTAAAACAACGTGGTGCAcc < 2:2994605/148‑1 (MQ=255) gcCCGACGCTGGCACCGCCATCAAGTTTATTTAACATATTTAATAACATTAGACCGCGGGTTAAGCCGCGCACGGTTTTGTTTTCCGTCTGCTCATTGTTCTGCATATTAATTGACATTTCTATAGTTAAAACAACGTGGTGCACCTg > 2:3408162/1‑148 (MQ=255) cccGACGCTGGCACCGCCATCAAGTTTATTTAACATATTTAATAACATTAGACCGCGGGTTAAGCCGCGCACGGTTTTGTTTTCCGTCTGCTCATTGTTCTGCATATTAATTGACATTTCTATAGTTAAAACAACGTGGTGCACCTgg > 1:3028381/1‑148 (MQ=255) aCGCTGGCACCGCCATCAAGTTTATTTAACATATTTAATAACATTAGACCGCGGGTTAAGCCGCGCACGGTTTTGTTTTCCGTCTGCTCATTGTTCTGCATATTAATTGACATTTCTATAGTTAAAACAACGTGGTGCACCTGGTGca > 1:2359700/1‑148 (MQ=255) cGCTGGCACCGCCATCAAGTTTATTTAACATATTTAATAACATTAGACCGCGGGTTAAGCCGCGCACGGTTTTGTTTTCCGTCTGCTCATTGTTCTGCATATTAATTGACATTTCTATAGTTAAAACAACGTGGTGCACCTGGTGcac > 2:136021/1‑148 (MQ=255) cTGGCACCGCCATCAAGTTTATTTAACATATTTAATAACATTAGACCGCGGGTTAAGCCGCGCACGGTTTTGTTTTCCGTCTGCTCATTGTTCTGCATATTAATTGACATTTCTATAGTTAAAACAACGTGGTGCACCTGGTGCACAt > 1:2714611/1‑148 (MQ=255) cTGGCACCGCCATCAAGTTTATTTAACATATTTAATAACATTAGACCGCGGGTTAAGCCGCGCACGGTTTTGTTTTCCGTCTGCTCATTGTTCTGCATATTAATTGACATTTCTATAGTTAAAACAACGTGGTGCACCTGGTGCACAt > 1:578493/1‑148 (MQ=255) cTGGCACCGCCATCAAGTTTATTTAACATATTTAATAACATTAGACCGCGGGTTAAGCCGCGCACGGTTTTGTATTCCGTCTGCTCATTGTTCTGCATATTAATTGACATTTCTATAGTTAAAACAACGTGGTGCACCTGGTGCACAt < 1:183847/148‑1 (MQ=255) tGGCACCGCCATCAAGTTTATTTAACATATTTAATAACATTAGACCGCGGGTTAAGCCGCGCACGGTTTTGTTTTCCGTCTGCTCATTGTTCTGCATATTAATTGACATTTCTATAGTTAAAACAACGTGGTGCACCTGGTGCACAtt < 2:3100125/148‑1 (MQ=255) gCACCGCCATCAAGTTTATTTAACATATTTAATAACATTAGACCGCGGGTTAAGCCGCGCACGGTTTTGTTTTCCGTCTGCTCATTGTTCTGCATATTAATTGACATTTCTATAGTTAAAACAACGTGGTGCACCTGGTGCACATTCg < 1:2575822/148‑1 (MQ=255) cACCGCCATCAAGTTTATTTAACATATTTAATAACATTAGACCGCGGGTTAAGCCGCGCACGGTTTTGTTTTCCGTCTGCTCATTGTTCTGCATATTAATTGACATTTCTATAGTTAAAACAACGTGGTGCACCTGGTGCACATTCgg < 1:143055/148‑1 (MQ=255) cACCGCCATCAAGTTTATTTAACATATTTAATAACATTAGACCGCGGGTTAAGCCGCGCACGGTTTTGTTTTCCGTCTGCTCATTGTTCTGCATATTAATTGACATTTCTATAGTTAAAACAACGTGGTGCACCTGGTGCACAATctt > 1:1865095/1‑146 (MQ=255) ccGCCATCAAGTTTATTTAACATATTTAATAACATTAGACCGCGGGTTAAGCCGCGCACGGTTTTGTTTTCCGTCTGCTCATTGTTCTGCATATTAATTGACATTTCTATAGTTAAAACAACGTGGTGCACCTGGTGCACATTCGGGc > 2:2173605/1‑148 (MQ=255) cGCCATCAAGTTTATTTAACATATTTAATAACATTAGACCGCGGGTTAAGCCGCGCACGGTTTTGTTTTCCGTCTGCTCATTGTTCTGCATATTAATTGACATTTCTATAGTTAAAACAACGTGGTGCACCTGGTGCACATTCGGGCa > 2:2654395/1‑148 (MQ=255) cGCCATCAAGTTTATTTAACATATTTAATAACATTAGACCGCGGGTTAAGCCGCGCACGGTTTTGTTTTCCGTCTGCTCATTGTTCTGCATATTAATTGACATTTCTATAGTTAAAACAACGTGGTGCACCTGGTGCACATTCGGGCa > 1:69549/1‑148 (MQ=255) aGTTTATTTAACATATTTAATAACATTAGACCGCGGGTTAAGCCGCGCACGGTTTTGTTTTCCGTCTGCTCATTGTTCTGCATATTAATTGACATTTCTATAGTTAAAACAACGTGGTGCACCTGGTGCACATTCGGGCATGTTTTGa > 2:825000/1‑148 (MQ=255) aGTTTATTTAACATATTTAATAACATTAGACCGCGGGTTAAGCCGCGCACGGTTTTGTTTTCCGTCTGCTCATTGTTCTGCATATTAATTGACATTTCTATAGTTAAAACAACGTGGTGCACCTGGTGCACATTCGGGCATGTTTTGa < 2:2516285/148‑1 (MQ=255) ttatttaACATATTTAATAACATTAGACAGCGGGTTAAGCCGCGCACGGTTTTGTTTTCCGTCTGCTCATTGTTCTGCATATTAATTGACATTTCTATAGTTAAAACAACGTGGTGCACCTGGTGCACATTCGGGCAGGTTTTGAtag > 2:884725/1‑146 (MQ=255) atttaACATATTTAATAACATTAGACCGCGGGTTAAGCCGCGCACGGTTTTGTTTTCCGTCTGCTCATTGTTCTGCATATTAATTGACATTTCTATAGTTAAAACAACGTGGTGCACCTGGTGCACATTCGGGCATGTTTTGATTGTa < 2:281492/148‑1 (MQ=255) tttaACATATTTAATAACATTAGACCGCGGGTTAAGCCGCGCACGGTTTTGTTTTCCGTCTGCTCATTGTTCTGCATATTAATTGACATTTCTATAGTTAAAACAACGTGGTGCACCTGGTGCACATTCGGGCATGTTTTGATTGTAg < 1:279007/148‑1 (MQ=255) aCATATTTAATAACATTAGACCGCGGGTTAAGCCGCGCACGGTTTTGTTTTCCGTCTGCTCATTGTTCTGCATATTAATTGACATTTCTATAGTTAAAACAACGTGGTGCACCTGGTGCACATTCGGGCATGTTTTGATTGTAGCCGa > 2:2915657/1‑148 (MQ=255) atatTTAATAACATGAGACCGCGGGTTAAGCCGCGCACGGTTTTGTTTTCCGTCTGCTCATTGTTCTGCATATTAATTGACATTTCTATAGTTAAAACAACGTGGTGCACCTGGTGCACATTCGGGCATGTTTTGATTGTAGCCGaaa < 1:2115570/148‑1 (MQ=255) tttAATAACATTAGACCGCGGGTTAAGCCGCGCACGGTTTTGTTTTCCGTCTGCTCATTGTTCTGCATATTAATTGACATTTCTATAGTTAAAACAACGTGGTGCACCTGGTGCACATTCGGGCATGTTTTGATTGTAGCCGAAAaca > 2:1468573/1‑148 (MQ=255) taataaCATTAGACCGCGGGTTAAGCCGCGCACGGTTTTGTTTTCCGTCTGCTCATTGTTCTGCATATTAATTGACATTTCTATAGTTAAAACAACGTGGTGCACCTGGTGCACATTCGGGCATGTTTTGATTGTAGCCGAAAACAcc < 1:2742680/148‑1 (MQ=255) aataaCATTAGACCGCGGGTTAAGCCGCGCACGGTTTTGTTTTCCGTCTGCTCATTGTTCTGCATATTAATTGACATTTCTATAGTTAAAACAACGTGGTGCACCTGGTGCACATTCGGGCATGTTTTGATTGTAGCCGAAAACAccc < 1:2200472/148‑1 (MQ=255) ataaCATTAGACCGCGGGTTAAGCCGCGCACGGTTTTGTTTTCCGTCTGCTCATTGTTCTGCATATTAATTGACATTTCTATAGTTAAAACAACGTGGTGCACCTGGTGCACATTCGGGCATGTTTTGATTGTAGCCGAAAACACCCt > 2:1078872/1‑148 (MQ=255) aCATTAGACCGCGGGTTAAGCCGCGCACGGTTTTGTTTTCCGTCTGCTCATTGTTCTGCATATTAATTGACATTTCTATAGTTAAAACAACGTGGTGCACCTGGTGCACATTCGGGCATGTTTTGATTGTAGCCGAAAACACCCTTcc < 2:2103950/148‑1 (MQ=255) aCATTAGACCGCGGGTTAAGCCGCGCACGGTTTTGTTTTCCGTCTGCTCATTGTTCTGCATATTAATTGAAATTTCTATAGTTAAAACAACGTGGTGCACCTGGTGCACATTCGGGCATGTTTTGATTGTAGCCGAAAACACCCTTcc < 1:1615126/148‑1 (MQ=255) aTTAGACCGCGGGTTAAGCCGCGCACGGTTTTGTTTTCCGTCTGCTCATTGTTCTGCATATTAATTGACATTTCTATAGTTAAAACAACGTGGTGCACCTGGTGCACATTCGGGCATGTTTTGATTGTAGCCGAAAACACCCTTCCta > 1:1051346/1‑148 (MQ=255) tAGACCGCGGGTTAAGCCGCGCACGGTTTTGTTTTCCGTCTGCTCATTGTTCTGCATATTAATTGACATTTCTATAGTTAAAACAACGTGGTGCACCTGGTGCACATTCGGGCATGTTTTGATTGTAGCCGAAAACACCCTTCCtata > 1:447009/1‑148 (MQ=255) tAGACCGCGGGTTAAGCCGCGCACGGTTTTGTTTTCCGTCTGCTCATTGTTCTGCATATTAATTGACATTTCTATAGTTAAAACAACGTGGTGCACCTGGTGCACATTCGGGCATGTTTTGATTGTAGCCGAAAACACCCTTCCtata < 2:3123024/148‑1 (MQ=255) tAGACCGCGGGTTAAGCCGCGCACGGTTTTGTTTTCCGTCTGCTCATTGTTCTGCATATTAATTGACATTTCTATAGTTAAAACAACGTGGTGCACCTGGTGCACATTCGGGCATGTTTTGATTGTAGCCGAAAACACCCTTCCtata > 1:1692829/1‑148 (MQ=255) tAGACCGCGGGTTAAGCCGCGCACGGTTTTGTTTTCCGTCTGCTCATTGTTCTGCATATTAATTGACATTTCTATAGTTAAAACAACGTGGTGCACCTGGTGCACATTCGGGCATGTTTTGATTGTAGCCGAAAACACCCTTCCtata > 1:2448698/1‑148 (MQ=255) gACCGCGGGTTAAGCCGCGCACGGTTTTGTTTTCCGTCTGCTCATTGTTCTGCATATTAATTGACATTTCTATAGTTAAAACAACGTGGTGCACCTGGTGCACATTCGGGCATGTTTTGATTGTAGCCGAAAACACCCTTCCTATACt < 2:1881101/148‑1 (MQ=255) ccGCGGGTTAAGCCGCGCACGGTTTTGTTTTCCGTCTGCTCATTGTTCTGCATATTAATTGACATTTCTATAGTTAAAACAACGTGGTGCACCTGGTGCACATTCGGGCATGTTTTGATTGTAGCCGAAAACACCCTTCCTATACTGa < 1:2444470/148‑1 (MQ=255) cgGGTTAAGCCGCGCACGGTTTTGTTTTCCGTCTGCTCATTGTTCTGCATATTAATTGACATTTCTATAGTTAAAACAACGTGGTGCACCTGGTGCACATTCGGGCATGTTTTGATTGTAGCCGAAAACACCCTTCCTATACTGAgcg > 2:2623460/1‑148 (MQ=255) ttAAGCCGCGCACGGTTTTGTTTTCCGTCTGCTCATTGTTCTGCATATTAATTGACATTTCTATAGTTAAAACAACGTGGTGCACCTGGTGCACATTCGGGCATGTTTTGATTGTAGCCGAAAACACCCTTCCTATACTGAGCGcaca < 1:3163846/148‑1 (MQ=255) tAAGCCGCGCACGGTTTTGTTTTCCGTCTGCTCATTGTTCTGCATATTAATTGACATTTCTATAGTTAAAACAACGTGGTGCACCTGGTGCACATTCGGGCATGTTTTGATTGTAGCCGAAAACACCCTTCCTATACTGAGCGCACaa < 1:1654431/148‑1 (MQ=255) aGCCGCGCACGGTTTTGTTTTGCTTCTGCTCATTGTTCTTCATATTAATTGAGATTTCTATAGTTAAAACAACGTGGTGCACCTGGTGCACATTCGGGCATGTTTTGATTGTAGCCGAAAACACCCTTCCTATACTGAGCGCACAATa < 2:1538494/148‑1 (MQ=255) gCCGCGCACGGTTTTGTTTTCCGTCTGCTCATTGTTCTGCATATTAATTGACATTTCTATAGTTAAAACAACGTGGTGCACCTGGTGCACATTCGGGCATGTTTTGATTGTAGCCGAAAACACCCTTCCTATACTGAGCGCACAATaa < 2:440493/148‑1 (MQ=255) gcgcACGGTTTTGTTTTCCGTCTGCTCATTGTTCTGCATATTAATTGACATTTCTATAGTTAAAACAACGTGGTGCACCTGGTGCACATTCGGGCATGTTTTGATTGTAGCCGAAAACACCCTTCCTATACTGAGCGCACAATaaaaa > 1:2717486/1‑148 (MQ=255) gcACGGTTTTGTTTTCCGTCTGCTCATTGTTCTGCATATTAATTGACATTTCTATAGTTAAAACAACGTGGTGCACCTGGTGCACATTCGGGCATGTTTTGATTGTAGCCGAAAACACCCTTCCTATACTGAGCGCACAATAAAAAAt < 1:2305735/148‑1 (MQ=255) gcACGGTTTTGTTTTCCGTCTGCTCATTGTTCTGCATATTAATTGACATTTCTATAGTTAAAACAACGTGGTGCACCTAGTGCACATTCGGGCATGTTTTGATTGTAGCCGAAAACACCCTTCCTATACTGAGCGCACAATAAAAAAt < 1:3038137/148‑1 (MQ=255) aCGGTTTTGTTTTCCGTCTGCTCATTGTTCTGCATATTAATTGACATTTCTATAGTTAAAACAACGTGGTGCACCTGGTGCACATTCGGGCATGTTTTGATTGTAGCCGAAAACACCCTTCCTATACTGAGCGCACAATAAAAAATCa < 2:2421024/148‑1 (MQ=255) aCGGTTTTGTTTTCCGTCTGCTCATTGTTCTGCATATTAATTGACATTTCTATAGTTAAAACAACGTGGTGCACCTGGTGCACATTCGGGCATGTTTTGATTGTAGCCGAAAACACCCTTCCTATACTGAGCGCACAATAAAAAATCa > 1:1723894/1‑148 (MQ=255) cGGTTTTGTTTTCCGTCTGCTCATTGTTCTGCATATTAATTGACATTTCTATAGTTAAAACAACGTGGTGCACCTGGTGCACATTCGGGCATGTTTTGATTGTAGCCGAAAACACCCTTCCTATACTGAGCGCACAATAAAAAATCAt > 2:686173/1‑148 (MQ=255) ggTTTTGTTTTCCGTCTGCTCATTGTTCTGCATATTAATTGACATTTCTATAGTTAAAACAACGTGGTGCACCTGGTGCACATTCGGGCATGTTTTGATTGTAGCCGAAAACACCCTTCCTATACTGAGCGCACAATAAAAAATCAtt < 1:2017835/148‑1 (MQ=255) ttGTTTTCCGTCTGCTCATTGTTCTGCATATTAATTGACATTTCTATAGTTAAAACAACGTGGTGCACCTGGTGCACATTCGGGCATGTTTTGATTGTAGCCGAAAACACCCTTCCTATACTGAGCGCACAATAAAAAATCATTTACa > 1:2885549/1‑148 (MQ=255) | TCCTGCAGCGTCTCCAGCAGTCGCCGCACAGTGGTGCGATGCAGGCCGCTGAGTTCCGCCAGCAGCCCGACGCTGGCACCGCCATCAAGTTTATTTAACATATTTAATAACATTAGACCGCGGGTTAAGCCGCGCACGGTTTTGTATTCCGTCTGCTCATTGTTCTGCATATTAATTGACATTTCTATAGTTAAAACAACGTGGTGCACCTGGTGCACATTCGGGCATGTTTTGATTGTAGCCGAAAACACCCTTCCTATACTGAGCGCACAATAAAAAATCATTTACA > CP009273/362484‑362772 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |