| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 372,581 | G→T | 100% | A118A (GCG→GCT) | yaiL → | DUF2058 family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 372,581 | 0 | G | T | 97.5% | 624.1 / 6.3 | 199 | A118A (GCG→GCT) | yaiL | DUF2058 family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/3); new base T (95/99); total (97/102) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.91e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 199 total aligned reads displayed.
AAGCTCAGGTGAAGCAGCTTATTGAAATGAACCGAATCACCATTGCCAATGGCGATATTGGTTTTAACTTCACTGACGGCAATCTGATTAAGAAGATTTTTGTCGATAAGCTCACACAGGCGCAGTTGATTAATGGTCGTCTGGCGATTGCCCGCTTGTTGGTCGATAACAATAGCGAAGGTGAATACGCCATTATTCCCGCCAGCGTTGCCGATAAAATTGCTCAGCGCGATGCCAGCAGTATAGTGTTGCACAGCGCGCTCAGCGCCGAAGAGCAGGATGAAGACGAC > CP009273/372436‑372725 | aaGCTCAGGTGAAGCAGCTTATTGAAATGAACCGAATCACCATTGCCAATGGCGATATTGGTTTTAACTTCACTGACGGCAATCTGATTAAGAAGATTTTTGTCGATAAGCTCACACAGGCGCAGTTGATTAATGGTCGTCTGGCTAt < 1:503386/148‑1 (MQ=255) gCTCAGGTGAAGCAGCTTATTGAAATGAACCGAATCACCATTGCCAATGGCGATATTGGTTTTAACTTCACTGACGGCAATCTGATTAAGAAGATTTTTGTCGATAAGCTCACACAGGCGCAGTTGATTAATGGTCGTCTGGCTATTg < 1:69831/148‑1 (MQ=255) gCTCAGGTGAAGCAGCTTATTGAAATGAACCGAATCACCATTGCCAATGGCGATATTGGTTTTAACTTCACTGACGGCAATCTGATTAAGAAGATTTTTGTCGATAAGCTCACACAGGCGCAGTTGATTAATGGTCGTCTGGCTATTg > 2:2806526/1‑148 (MQ=255) tCAGGTGAAGCAGCTTATTGAAATGAACCGAATCACCATTGCCAATGGCGATATTGGTTTTAACTTCACTGACGGCAATCTGATTAAGAAGATTTTTGTCGATAAGCTCACACAGGCGCAGTTGATTAATGGTCGTCTGGCTATTGcc < 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cTCACACAGGCGCAGTTGATTAATGGTCGTCTGGCTATTGCCCGCTTGTTGGTCGATAACAATAGCGAAGGTGAATACGCCATTATTCCCGCCAGCGTTGCCGATAAAATTGCTCAGCGCGATGCCAGCAGTATAGTGTTGCACAgcg < 1:1953512/148‑1 (MQ=255) acacaGGCGCAGTTGATTAATGGTCGTCTGGCTATTGCCCGCTTGTTGGTCGATAACAATAGCGAAGGTGAATACGCCATTATTCCCGCCAGCGTTGCCGATAAAATTGCTCAGCGCGATGCCAGCAGTATAGTGTTGCACAgcgcgc > 1:2279828/1‑148 (MQ=255) acacaGGCGCAGTTGATTAATGGTCGTCTGGCTATTGCCCGCTTGTTGGTCGATAACAATAGCGAAGGTGAATACGCCATTATTCCCGCCAGCGTTGCCGATAAAATTGCTCAGCGCGATGCCAGCAGTATAGTGTTGCACAgcgcgc > 2:1137102/1‑148 (MQ=255) cacaGGCGCAGTTGATTAATGGTCGTCTGGCTATTGCCCGCTTGTTGGTCGATAACAATAGCGAAGGTGAATACGCCATTATTCCCGCCAGCGTTGCCGATAAAATTGCTCAGCGCGATGCCAGCAGTATAGTGTTGCACAGCGCGCt > 1:1949534/1‑148 (MQ=255) acaGGCGCAGTTGATTAATGGTCGTCTGGCTATTGCCCGCTTGTTGGTCGATAACAATAGCGAAGGTGAATACGCCATTATTCCCGCCAGCGTTGCCGATAAAATTGCTCAGCGCGATGCCAGCAGTATAGTGTTGCACAGCGCGCTc > 2:2839899/1‑148 (MQ=255) acaGGCGCAGTTGATTAATGGTCGTCTGGCTATTGCCCGCTTGTTGGTCGATAACAATAGCGAAGGTGAATACGCCATTATTCCCGCCAGCGTTGCCGATAAAATTGCTCAGCGCGATGCCAGCAGTATAGTGTTGCACAGCGCGCTc > 2:2840810/1‑148 (MQ=255) aGGCTCAGTTGATTAATGGTCGTCTGGCTATTGCCCGCTTGTTGGTCGATAACAATAGCGAAGGTGAATACGCCATTATTCCCGCCAGCGTTGCCGATAAAATTGCTCAGCGCGATGCCAGCAGTATAGTGTTGCACAGCGCGCTCAg < 2:614654/148‑1 (MQ=255) aGGCTCAGTTGATTAATGGTCGTCTGGCTATTGCCCGCTTGTTGGTCGATAACAATAGCGAAGGTGAATACGCCATTATTCCCGCCAGCGTTGCCGATAAAATTGCTCAGCGCGATGCCAGCAGTATAGTGTTGCACAGCGCGCTCAg < 2:1101845/148‑1 (MQ=255) aGGCGCAGTTGATTAATGGTCGTCTGGCTATTGCCCGCTTGTTGGTCGATAACAATAGCGAAGGTGAATACGCCATTATTCCCGCCAGCGTTGCCGATAAAATTGCTCAGCGCGATGCCAGCAGTATAGTGTTTCACAGCGCGCTCAg > 1:3485655/1‑148 (MQ=255) gTTGATTAATGGTCGTCTGGCTATTGCCCGCTTGTTGGTCGATAACAATAGCGAAGGTGAATACGCCATTATTCCCGCCAGCGTTGCCGATAAAATTGCTCAGCGCGATGCCAGCAGTATAGTGTTGCACAGCGCGCTCAGCGCCGaa > 1:103311/1‑148 (MQ=255) ttGATTAATGGTCGTCTGGCTATTGCCCGCTTGTTGGTCGATAACAATAGCGAAGGTGAATACGCCATTATTCCCGCCAGCGTTGCCGATAAAATTGCTCAGCGCGATGCCAGCAGTATAGTGTTGCACAGCGCGCTCAGCGCCGAag < 1:1141351/148‑1 (MQ=255) ttGATTAATGGTCGTCTGGCTATTGCCCGCTTGTTGGTCGATAACAATAGCGAAGGTGAATACGCCATTATTCCCGCCAGCGTTGCCGATAAAATTGCTCAGCGCGATGCCAGCAGTATAGTGTTGCACAGCGCGCTCAGCGCCGAag < 1:445111/148‑1 (MQ=255) tGATTAATGGTCGTCTGGCTATTGCCCGCTTGTTGGTCGATAACAATAGCGAAGGTGAATACGCCATTATTCCCGCCAGCGTTGCCGATAAAATTGCTCAGCGCGATGCCAGCAGTATAGTGTTGCACAGCGCGCTCAGCGCCGAaga < 1:608350/148‑1 (MQ=255) aTTAATGGTCGTCTGGCTATTGCCCGCTTGTTGGTCGATAACAATAGCGAAGGTGAATACGCCATTATTCCCGCCAGCGTTGCCGATAAAATTGCTCAGCGCGATGCCAGCAGTATAGTGTTGCACAGCGCGCTCAGCGCCGAAGAGc > 1:2505557/1‑148 (MQ=255) aTTAATGGTCGTCTGGCTAGTGCCCGCTTGTTGGTCGATAACAATAGCGAAGGTGAATACGCCATTATTCCCGCCAGCGTTGCCGATAAAATTGCTCAGCGCGATGCCAGCAGTATAGTGTTGCACAGCGCGCTCAGCGCCGAAGAGc < 2:2026882/148‑1 (MQ=255) aTGGTCGTCTGGCTATTGCCCGCTTGTTGGTCGATAACAATAGCGAAGGTGAATACGCCATTATTCCCGCCAGCGTTGCCGATAAAATTGCTCAGCGCGATGCCAGCAGTATAGTGTTGCACAGCGCGCTCAGCGCCGAAGAGCAGGa < 2:99359/148‑1 (MQ=255) cTGGCTATTGCCCGCTTGTTGGTCGATAACAATAGCGAAGGTGAATACGCCATTATTCCCGCCAGCGTTGCCGATAAAATTGCTCAGCGCGATGCCAGCAGTATAGTGTTGCACAGCGCGCTCAGCGCCGAAGAGCAGGATGAAgacg < 1:2423320/148‑1 (MQ=255) tGGCTATTGCCCGCTTGTTGGTCGATAACAATAGCGAAGGTGAATACGCCATTATTCCCGCCAGCGTTGCCGATAAAATTGCTCAGCGCGATGCCAGCAGTATAGTGTTGCACAGCGCGCTCAGCGCCGAAGAGCAGGATGAAgacga < 1:802550/148‑1 (MQ=255) ggCTATTGCCCGCTTGTTGGTCGATAACAATAGCGAAGGTGAATACGCCATTATTCCCGCCAGCGTTGCCGATAAAATTGCTCAGCGCGATGCCAGCAGTATAGTGTTGCACAGCGCGCTCAGCGCCGAAGAGCAGGATGAAgacgac > 2:518705/1‑148 (MQ=255) ggCTATTGCCCGCTTGTTGGTCGATAACAATAGCGAAGGTGAATACGCCATTATTCCCGCCAGCGTTGCCGATAAAATTGCTCAGCGCGATGCCAGCAGTATAGTGTTGCACAGCGCGCTCAGCGCCGAAGAGCAGGATGAAgacgac > 1:1233983/1‑148 (MQ=255) ggCTATTGCCCGCTTGTTGGTCGATAACAATAGCGAAGGTGAATACGCCATTATTCCCGCCAGCGTTGCCGATAAAATTGCTCAGCGCGATGCCAGCAGTATAGTGTTGCACAGCGCGCTCAGCGCCGAAGAGCAGGATGAAgacgac > 1:2925464/1‑148 (MQ=255) | AAGCTCAGGTGAAGCAGCTTATTGAAATGAACCGAATCACCATTGCCAATGGCGATATTGGTTTTAACTTCACTGACGGCAATCTGATTAAGAAGATTTTTGTCGATAAGCTCACACAGGCGCAGTTGATTAATGGTCGTCTGGCGATTGCCCGCTTGTTGGTCGATAACAATAGCGAAGGTGAATACGCCATTATTCCCGCCAGCGTTGCCGATAAAATTGCTCAGCGCGATGCCAGCAGTATAGTGTTGCACAGCGCGCTCAGCGCCGAAGAGCAGGATGAAGACGAC > CP009273/372436‑372725 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |