| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 5,799 | C→A | 16.0% | E221* (GAA→TAA) | yaaA ← | peroxide resistance protein, lowers intracellular iron |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 5,799 | 0 | C | A | 16.0% | 642.3 / 24.9 | 237 | E221* (GAA→TAA) | yaaA | peroxide resistance protein, lowers intracellular iron |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (140/51); new base A (2/43); total (142/95) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.08e-18 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 237 total aligned reads displayed.
TTCACGCCGCATCCGGCATTGACTGCAAACTTAACGCTGCTCGTAGCGTTTAAACACCAGTTCGCCATTGCTGGAGGAATCTTCATCAAAGAAGTAACCTTCGCTATTAAAACCAGTCAGTTGCTCTGGTTTGGTCAGCCGATTTTCAATAATGAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCTGATGATCTTAAATTTGCCGTTCTTCTCATCGAGGAACACCGGCTTGATAATCTCGGCATTCAATTTCTTCGGCTTCACCGATTTAAAATACTCATCTG > CP009273/5653‑5945 | ttCACGCCGCATCCGGCATTGACTGCAAACTTAACGCTGCTCGTAGCGTTTAAACACCAGTTCGCCATTGCTGGAGGAATCTTCATCAAAGAAGTAACCTTCGCTATTAAAACCAGTCAGTTGCTCTGGTTTGGTCAGCCGATTTTCa < 1:2864620/148‑1 (MQ=255) tCACGCCGCATCCGGCATTGACTGCAAACTTAACGCTGCTCGTAGCGTTTAAACACCAGTTCGCCATTGCTGGAGGAATCTTCATCAAAGAAGTAACCTTCGCTATTAAAACCAGTCAGTTGCTCTGGTTTGGTCAGCCGATTTTCaa > 2:181015/1‑148 (MQ=255) tCACGCCGCATCCGGCATTGACTGCAAACTTAACGCTGCTCGTAGCGTTTAAACACCAGTTCGCCATTGCTGGAGGAATCTTCATCAAAGAAGTAACCTTCGCTATTAAAACCAGTCAGTTGCTCTGGTTTGGTCAGCCGATTTTCaa > 2:1898657/1‑148 (MQ=255) tCACGCCGCATCCGGCATTGACTGCAAACTTAACGCTGCTCGTAGCGTTTAAACACCAGTTCGCCATTGCTGGAGGAATCTTCATCAAAGAAGTAACCTTCGCTATTAAAACCAGTCAGTTGCTCTGGTTTGGTCAGCCGATTTTCaa > 1:2111617/1‑148 (MQ=255) aCGCCGCATCCGGCATTGACTGCAAACTTAACGCTGCTCGTAGCGTTTAAACACCAGTTCGCCATTGCTGGAGGAATCTTCATCAAAGAAGTAACCTTCGCTATTAAAACCAGTCAGTTGCTCTGGTTTGGTCAGCCGATTTTCaata < 2:2852982/148‑1 (MQ=255) aCGCCGCATCCGGCATTGACTGCAAACTTAACGCTGCTCGTAGCGTTTAAACACCAGTTCGCCATTGCTGGAGGAATCTTCATCAAAGAAGTAACCTTCGCTATTAAAACCAGTCAGTTGCTCTGGTTTGGTCAGCCGATTTTCaata > 1:1897579/1‑148 (MQ=255) cgccgcATCCGGCATTGACTGCAAACTTAACGCTGCTCGTAGCGTTTAAACACCAGTTCGCCATTGCTGGAGGAATCTTCATCAAAGAAGTAACCTTCGCTATTAAAACCAGTCAGTTGCTCTGGTTTGGTCAGCCGATTTTCaataa > 1:385631/1‑148 (MQ=255) gcATCCGGCATTGACTGCAAACTTAACGCTGCTCGTAGCGTTTAAACACCAGTTCGCCATTGCTGGAGGAATCTTCATCAAAGAAGTAACCTTCGCTATTAAAACCAGTCAGTTGCTCTGGTTTGGTCAGCCGATTTTCAATAATGaa < 2:1874689/148‑1 (MQ=255) cATCCGGCATTGACTGCAAACTTAACGCTGCTCGTAGCGTTTAAACACCAGTTCGCCATTGCTGGAGGAATCTTCATCAAAGAAGTAACCTTCGCTATTAAAACCAGTCAGTTGCTCTGGTTTGGTCAGCCGATTTTCAATAATGaaa < 1:3361921/148‑1 (MQ=255) aTCCGGCAATGACTGCAAACATAACGCAGCTCGTATCGTTTAAAAACCAGTTCGCCAATGCTGGAGGAAAATTCAACAAAGAAATAACCTTAGCTATTAAAACCAGTAAGTTTCTGTGGTTTGGTCAGCCGATTTTCaataaataaaa > 2:3271151/1‑142 (MQ=255) cATTGACTGCAAACTTAACGCTGCTCGTAGCGTTTAAACACCAGTTCGCCATTGCTGGAGGAATCTTCATCAAAGAAGTAACCTTCGCTATTAAAACCAGTCAGTTGCTCTGGTTTGGTCAGCCGATTTTCAATAATGAAACGACtca > 1:1318241/1‑148 (MQ=255) aTTGACTGCAAACTTAAGGCTGCTCGTAGCGTTTAAACCCCAGTTCGCCATTGCTGGAGTAATCTTCATCAAAGAAGTAACCTTCGCTATTAAAACCAGTCTGTTGCTGTGTTTTGGTCAGCCTATTTTAAATAATGAAACGACtcat < 2:267280/148‑1 (MQ=255) ttGACTGCAAACTTAACGCTGCTCGTAGCGTTTAAACACCAGTTCGCCATTGCTGGAGGAATCTTCATCAAAGAAGTAACCTTCGCTATTAAAACCAGTCAGTTGCTCTGGTTTGGTCAGCCGATTTTCAATAATGAAACGACtcatc > 1:834414/1‑148 (MQ=255) tGACTGCAAACTTAACGCTGCTCGTAGCGTTTAAACACCAGTTCGCCATTGCTGGAGGAATCTTCATCAAAGAAGTAACCTTCGCTATTAAAACCAGTCAGTTGCTCTGGTTTGGTCAGCCGATTTTCAATAATGAAACGACtcatca > 1:199940/1‑148 (MQ=255) agtgaaaaCTTAACGCTGCTCGTAGCTTTTAAACACCTGTTCGCAATTGCTGGAGTAATCTTAATAAAAGAAGTAACTTTCGCTATAAAAACCAGTCATTTGCTGTGGTTTGGTCAGCCTTTTTTAAATAATGAAACGACtcatcaca < 2:1959820/143‑3 (MQ=255) aCTGCAAACTTAACGCTGCTCGTAGCGTTTAAACACCAGTTCGCCATTGCTGGAGGAATCTTCATCAAAGAAGTAACCTTCGCTATTAAAACCAGTCAGTTGCTCTGGTTTGGTCAGCCGATTTTCAATAATGAAACGACTCATCAGa > 1:3563764/1‑148 (MQ=255) cTGCAAACTTAACGCTGCTCGTAGCGTTTAAACACCAGTTCGCCATTGCTGGAGGAATCTTCATCAAAGAAGTAACCTTCGCTATTAAAACCAGTCAGTTGCTCTGGTTTGGTCAGCCGATTTTCAATAATGAAACGACTCATCAGAc > 2:2199935/1‑148 (MQ=255) cAAACTTAACGCTGCTCGTAGCGTTTAAACACCAGTTCGCCATTGCTGGAGGAATCTTCATCAAAGAAGTAACCTTCGCTATTAAAACCAGTCAGTTGCTCTGGTTTGGTCAGCCGATTTTCAATAATGAAACGACTCATCAGACcgc > 2:1510421/1‑148 (MQ=255) cAAACTTAACGCTGCTCGTAGCGTTTAAACACCAGTTCGCCATTGCTGGAGGAATCTTCATCAAAGAAGTAACCTTCGCTATTAAAACCAGTCAGTTGCTCTGGTTTGGTCAGCCGATTTTCAATAATGAAACGACTCATCAGACcgc > 2:3280678/1‑148 (MQ=255) aCTTAACGCTGCTCGTAGCGTTTAAACACCAGTTCGCCATTGCTGGAGGAATCTTCATCAAAGAAGTAACCTTCGCTATTAAAACCAGTCAGTTGCTCTGGTTTGGTCAGCCGATTTTCAATAATGAAACGACTCATCAGACCGCGTg > 1:1633294/1‑148 (MQ=255) aaagggtgctCGTCGCTTTTAAACCCCCGTTCGCCTTTGCTGGAGTAATCTTCATCAACCAAGTAACCTTCGCTATTAAAACCAGTCATTTGCTCTGTTTTGGTCCGCCTTTTTTATATATTGAAACGACTCATCAGACCGCGTGCtt < 2:3231606/142‑1 (MQ=255) ccGCTGCTCGTAGCTTTTAAACCCCAGTTCGCCTTTGCTGGAGTAATATACATAAAAGAAGTAACCTGCGATATTAAAACCAGTCTGTTGCTCTGTTTTGTTCAGCCTATTTTAAATAATTAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTc < 2:2752739/147‑1 (MQ=255) gctCGTAGCGTTTAAACACCAGTTCGCCATTGCTGGAGGAATCTTCATCAAAGAAGTAACCTTCGCTATTAAAACCAGTCAGTTGCTCTGGTTTGGTCAGCCGATTTTCAATAATGAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGc > 2:1819419/1‑148 (MQ=255) gctCGTAGCGTTTAAACACCAGTTCGCCATTGCTGGAGGAATCTTCATCAAAGAAGTAACCTTCGCTATTAAAACCAGTCAGTTGCTCTGGTTTGGTCAGCCGATTTTCAATAATGAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGc > 1:1431656/1‑148 (MQ=255) gctCGTAGCGTTTAAACACCACTTCGCCATTGCTGGAGGAATCTTCATCAAAGAAGTAACCTTCGCTATTAAAACCAGTCAGTTGCTCTGGTTTGGTCAGCCGATTTTCAATAATGAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGc > 2:1196200/1‑148 (MQ=255) cGTAGCGTTTAAACACCAGTTCGCCATTGCTGGAGGAATCTTCATCAAAGAAGTAACCTTCGCTATTAAAACCAGTCAGTTGCTCTGGTTTGGTCAGCCGATTTTCAATAATGAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTa > 1:3401657/1‑148 (MQ=255) tAGCGTTTAAACACCAGTTCGCCTTTGCTGGAGTAATCTACATCAAAGAAGAAACCTTCGCTATTAAAACCAGTCTGTTGCTGTGTTTTGGACAGCCGATTTTCAATAATCAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGa < 2:1620526/148‑1 (MQ=255) tAGCGTTAAAACACCCGTTCGCCATTGCTGGAGGAATCTTCATCAAAGAAGTAACCTTCGCTATTAAAACCAGTCAGTTGCTCTGGTTTGGTCAGCCTATTTTAAATAATGAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGa < 2:1972932/148‑1 (MQ=255) tttttttAAACACATGTTCGCATTTGGTGTATGAATATTAAAAAAAGATTAAACCTTCTATATAAAAACCTTTCTTTTGCTCTGTTTTGGTCAGCTTATTTTAAATAATCACACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGaa < 1:2161703/144‑1 (MQ=255) gCGTTTAAACACCAGTTCGCCATTGCTGGAGGAATCTTCATCAAAGAAGTAACCTTCGCTATTAAAACCAGTCAGTTGCTCTGGTTTGGTCAGCCGATTTTCAATAATGAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAg > 1:2762993/1‑148 (MQ=255) gCGTTTAAACACCAGTTCGCCATTGCTGGAGGAATCTTCATCAAAGAAGTAACCTTCGCTATTAAAACCAGTCAGTTGCTCTGGTTTGGTCAGCCGATTTTCAATAATGAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAg > 1:2959629/1‑148 (MQ=255) tttAAACACCAGTTCGCCATTGCTGGAGGAATCTTCATCAAAGAAGTAACCTTCGCTATTAAAACCAGTCAGTTGCTCTGGTTTGGTCAGCCGATTTTCAATAATGAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCtg > 1:711219/1‑148 (MQ=255) ttAAACACCAGTTCGCCATTGCTGGAGGAATCTTCATCAAAGAAGTAACCTTCGCTATTAAAACCAGTCAGTTGCTCTGGTTTGGTCAGCCGATTTTCAATAATGAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCtga < 2:553359/148‑1 (MQ=255) tAAACACCAGTTCGCCATTGCTGGAGGAATCTTCATCAAAGAAGTAACCTTCGCTATTAAAACCAGTCAGTTGCTCTGGTTTGGTCAGCCGATTTTCAATAATGAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCtgat > 1:908016/1‑148 (MQ=255) aaaCACCTGTTCGCCTTTGCTGGTGGAATTTTCATAAAACAATTAACCTTCGATATTAAAACCAGTCTGTTGCTTTGGTTTGGTCCGCCTATTTTAAATAATTAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCtgatg < 2:1022743/148‑1 (MQ=255) aaCACCAGTTCGCCATTGCTGGAGGAATCTTCATCAAAGAAGTAACCTTCGCTATTAAAACCCGTCCGTTGCTCTGGTTTGGTCAGCCGATTTTCAATAATGAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCtgatga < 2:1715660/148‑1 (MQ=255) cacCAGTTCGCCATTGCTGGAGGAATCTTCATCAAAGAAGTAACCTTCGCTATTAAAACCAGTCAGTTGCTCTGGTTTGGTCAGCCGATTTTCAATAATGAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCTGATGATc > 2:2913590/1‑148 (MQ=255) atttCGCCATTGCTGGAGGAATCTTCATCAAAGAAGTAACCTTCGATATTAAAACCAGTCAGTTGCTCTGGTTTGGTCAGCCGATTTTCAATAATGAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCTGATGATCTTaa < 2:2361799/146‑1 (MQ=255) gCCATTGCTGGAGGAATCTTCATCAAAGAAGTAACCTTCGCTATTAAAACCAGTCAGTTGCTCTGGTTTGGTCAGCCGATTTTAAATAATGAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCTGATGATCTTAAATTTg < 2:1731215/148‑1 (MQ=255) ccATTGCTGGAGGAATCTTCATCAAAGAAGTAACCTTCGCTATTAAAACCAGTCAGTTGCTCTGGTTTGGTCAGCCGATTTTCAATAATGAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCTGATGATCTTAAATTTGc > 2:1781027/1‑148 (MQ=255) ttGCTGGAGGAATCTTCATCAAAGAAGTAACCTTCGCTATTAAAACCAGTCAGTTGCTCTGGTTTGGTCAGCCGATTTTCAATAATGAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCTGATGATCTTAGATTTGCCGt > 1:3033017/1‑148 (MQ=255) tGCTGGAGGAATCTTCATCAAAGAAGTAACCTTCGCTATTAAAACCAGTCAGTTGCTCTGGTTTGGTCAGCCGATTTTCAATAATGAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCTGATGATCTTAAATTTGCCGtt > 2:495966/1‑148 (MQ=255) cTGGAGGAATCTTCATCAAAGAAGTAACCTTCGCTATTAAAACCAGTCAGTTGCTCTGGTTTGGTCAGCCGATTTTCAATAATGAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCTGATGATCTTAAATTTGCCGttct > 2:3381325/1‑148 (MQ=255) gaggaATCTTCATCAAAGAAGTAACCTTCGCTATTAAAACCAGTCAGTTGCTCTGGTTTGGTCAGCCGATTTTCAATAATGAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCTGATGATCTTAAATTTGCCGTtcttct > 1:1702486/1‑148 (MQ=255) ggaATCTTCATCAAAGAAGTAACCTTCGCTATTAAAACCAGTCAGTTGCTCTGGTTTGGTCAGCCGATTTTCAATAATGAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCTGATGATCTTAAATTTGCCGTTCTTCTCa > 2:658439/1‑148 (MQ=255) gaATCTTCATCAAAGAAGTAACCTTCGCTATTAAAACCAGTCAGTTGCTCTGGTTTGGTCAGCCGATTTTCAATAATGAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCTGATGATCTTAAATTTGCCGTTCTTCTCAt > 2:667737/1‑148 (MQ=255) gaATCTTCATCAAAGAAGTAACCTTCGCTATTAAAACCAGTCAGTTGCTCTGGTTTGGTCAGCCGATTTTCAATAATGAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCTGATGATCTTAAATTTGCCGTTCTTCTCAt > 2:165043/1‑148 (MQ=255) gaATCTTCATCAAAGAAGTAACCTTCGCTATTAAAACCAGTCAGTTGCTCTGGTTTGGTCAGCCGATTTTCAATAATGAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCTGATGATCTTAAATTTGCCGTTCTTCTCAt > 2:1406262/1‑148 (MQ=255) gaATCTTCATCAAAGAAGTAACCTTCGCTATTAAAACCAGTCAGTTGCTCTGGTTTGGTCAGCCGATTTTCAATAATGAAACGACTCATCAGACCGCGAGCTATCTTAGCGTAGAAGCTGATGATCTTAAATTTGCCGTTCTTCTCAt > 2:2766182/1‑148 (MQ=255) aaTCTTCATCAAAGAAGTAACCTTCGCTATTAAAACCAGTCAGTTGCTCTGGTTTGGTCAGCCGATTTTCAATAATGAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCTGATGATCTTAAATTTGCCGTTCTTCTCATc > 2:3021116/1‑148 (MQ=255) tCTTCATCAAAGAAGTAACCTTCGCTATTAAAACCAGTCAGTTGCTCTGGTTTGGTCAGCCGATTTTCAATAATGAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCTGATGATCTTAAATTTGCCGTTCTTCTCATCGa > 1:2897529/1‑148 (MQ=255) tCTTCATCAAAGAAGTAACCTTCGCTATTAAAACCAGTCAGTTGCTCTGGTTTGGTCAGCCGATTTTCAATAATGAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCTGATGATCTTAAATTTGCCGTTCTTCTCATCGa > 1:217532/1‑148 (MQ=255) tCTTCATCAAAGAAGTAACCTTCGCTATTAAAACCAGTCAGTTGCTCTGGTTTGGTCAGCCGATTTTCAATAATGAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCTGATGATCTTAAATTTGCCGTTCTTCTCATAGa > 1:1152914/1‑148 (MQ=255) ctaaaaaaaaGATTTAACCTTCGCTATTAAAACCAGTCAGTTGCTCTGTTTTGGTCAGCCGATTTTCAATAATGAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCTGATGATCTTAAATTTGCCGTTCTTCTCATCGAg < 2:1293558/141‑1 (MQ=255) cTTCATCAAAGAAGTAACCTTCGCTATTAAAACCAGTCAGTTGCTCTGGTTTGGTCAGCCGATTTTCAATAATGAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCTGATGATCTTAAATTTGCCGTTCTTCTCATCGAg > 2:114062/1‑148 (MQ=255) ttCATCAAAGAAGTAACCTTCGCTATTAAAACCAGTCAGTTGCTCTGGTTTGGTCAGCCGATTTTCAATAATGAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCTGATGATCTTAAATTTGCCGTTCTTCTCATCGAgg < 2:3092278/148‑1 (MQ=255) tcatcaAAGAAGTAACCTTCGCTATTAAAACCAGTCAGTTGCTCTGGTTTGGTCAGCCGATTTTCAATAATGAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCTGATGATCTTAAATTTGCCGTTCTTCTCATCGAGGa > 2:381001/1‑148 (MQ=255) tcatcaAAGAAGTAACCTTCGATATTAAAACCAGTCTGTTGCTCTGTTTTGGTCAGCCTATTTTCAATATTGAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCTGATGATCTTAAATTTGCCGTTCTTCTCATCGAGGa < 2:979689/148‑1 (MQ=255) catcaAAGAAGTAACCTTCGCTATTAAAACCAGTCAGTTGCTCTGGTTTGGTCAGCCGATTTTCAATAATGAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCTGATGATCTTAAATTTGCCGTTCTTCTCATCGAGGaa > 1:2501622/1‑148 (MQ=255) caacacagacgTACCCTGCGCTATTAAAACCAGTCAGTTGCTCTGGTTTGGTCAGCCGATTTTCAATAATGACACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCTGATGATCTTAAATTTGCCGTTCTTCTCATCGAGGaa < 2:852753/142‑1 (MQ=255) tcaAAGAAGTAACCTTCGCTATTAAAACCAGTCAGTTGCTCTGGTTTGGTCAGCCGATTTTCAATAATGAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCTGATGATCTTAAATTTGCCGTTCTTCTCATCGAGGAaca > 1:1156462/1‑148 (MQ=255) caAAGAAGTAACCTTCGCTATTAAAACCAGTCAGTTGCTCTGGTTTGGTCAGCCGATTTTCAATAATGAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCTGATGATCTTAAATTTGCCGTTCTTCTCATCGAGGAacac > 1:2959379/1‑148 (MQ=255) aaaGAAGTAACCTTCGCTATTAAAACCAGTCAGTTGCTCTGGTTTGGTCAGCCGATTTTCAATAATGAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCTGATGATCTTAAATTTGCCGTTCTTCTCATCGAGGAACAcc > 2:132926/1‑148 (MQ=255) aagaagTAACCTTCGCTATTAAAACCAGTCAGTTGCTCTGGTTTGGTCAGCCGATTTTCAATAATGAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCTGATGATCTTAAATTTGCCGTTCTTCTCATCGAGGAACACCg > 2:1860439/1‑148 (MQ=255) agaagTAACCTTCGCTATTAAAACCAGTCAGTTGCTCTGGTTTGGTCAGCCGATTTTCAATAATGAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCTGATGATCTTAAATTTGCCGTTCTTCTCATCGAGGAACACCgg > 2:1439215/1‑148 (MQ=255) gaagTAACCTTCGCTATTAAAACCAGTCAGTTGCTCTGGTTTGGTCAGCCGATTTTCAATAATGAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCTGATGATCTTAAATTTGCCGTTCTTCTCATCGAGGAACACCGGc > 1:2364806/1‑148 (MQ=255) aagTAACCTTCGCTATTAAAACCAGTCAGTTGCTCTGGTTTGGTCAGCCGATTTTCAATAATGAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCTGATGATCTTAAATTTGCCGTTCTTCTCATCGAGGAACACCGGCt < 2:3401657/148‑1 (MQ=255) aagTAACCTTCGCTATTAAAACCAGTCAGTTGCTCTGGTTTGGTCAGCCGATTTTCAATAATGAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCTGATGATCTTAAATTTGCCGTTCTTCTCATCGAGGAACACCGGCt > 1:59760/1‑148 (MQ=255) tAACCTTCGCTATTAAAACCAGTCAGTTGCTCTGGTTTGGTCAGCCGATTTTCAATAATGAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCTGATGATCTTAAATTTGCCGTTCTTCTCATCGAGGAACACCGGCTTGa > 1:563578/1‑148 (MQ=255) ccgttCGATATTAAACCCAGTCTGTTGCTGTGTTTTGGTCCGCTGTTTTTAAATAATGACACGACTCATCAGACCGCGTGCCTTCTTAGCGTAGAAGCTGATGATCTTAAATTTGCCGTTCTTCTCATCGAGGAACACCGGCTTGATa < 1:2755317/145‑1 (MQ=255) aCCTTCGCTATTAAAACCAGTCAGTTGCTCTGGTTTGGTCAGCCGATTTTCAATAATGAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCTGATGATCTTAAATTTGCCGTTCTTCTCATCGAGGAACACCGGCTTGATa > 2:969812/1‑148 (MQ=255) ccTTCGCTATTAAAACCAGTCAGTTGCTCTGGTTTGGTCAGCCGATTTTCAATAATGAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCTGATGATCTTAAATTTGCCGTTCTTCTCATCGAGGAACACCGGCTTGATaa > 1:174242/1‑148 (MQ=255) cGCTATTAAAACCAGTCAGTTGCTCTGGTTTGGTCAGCCGATTTTCAATAATGAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCTGATGATCTTAAATTTGCCGTTCTTCTCATCGAGGAACACCGGCTTGATAAtctc > 1:2591773/1‑148 (MQ=255) tATTAAAACCAGTCAGTTGCTCTGGTTTGGTCAGCCGATTTTCAATAATGAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCTGATGATCTTAAATTTGCCGTTCTTCTCATCGAGGAACACCGGCTTGATAATCTCGGc < 2:2865466/148‑1 (MQ=255) ttAAAACCAGTCAGTTGCTCTGGTTTGGTCAGCCGATTTTAAATAATGAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCTGATGATCTTAAATTTGCCGTTCTTCTCATCGAGGAACACCGGCTTGATAATCTCGGCAt > 1:808881/1‑148 (MQ=255) ccAGTCTGTTGCTCTGTTTTGGTCACCCTATTTAAAATAATGAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCTGATGATCTTAAATTTGCCGTTCTTCTCATCGAGGAACACCGGCTTGATAATCTCGGCATTCAAtt < 2:2119690/148‑1 (MQ=255) ccAGTCAGTGGCTCTGGTTTGGTCAGCCGTTTTTCAATAATGAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCTGATGATCTTAAATTTGCCGTTCTTCTCATCGAGGAACACCGGCTTGATAATCTCGGCATTCAAtt < 2:110571/148‑1 (MQ=255) cagtgtgtTGCTTTGGTTTGGTCAGCGTTTTTTAAATAATCACACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCTGATGATCTTAAATTTGCCGTTCTTCTCATCGAGGAACACCGGCTTGATAATCTCGGCATTCAAttt < 1:2562877/142‑1 (MQ=255) gtctgtTGCTGTGTTTTGTCCAGCCTATTTTAAATAATCACACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCTGATGATCTTAAATTTGCCGTTCTTCTCATCGAGGAACACCGGCTTGATAATCTCGGCATTCAATttct < 1:2130165/148‑1 (MQ=255) tcagtTGCTCTGGTTTGGTCAGCCGATTTTCAATAATGAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCTGATGATCTTAAATTTGCCGTTCTTCTCATCGAGGAACACCGGCTTGATAATCTCGGCATTCAATttctt > 2:41976/1‑148 (MQ=255) tcagtTGCTCTGGTTTGGTCAGCCGATTTTCAATAATGAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCTGATGATCTTAAATTTGCCGTTCTTCTCATCGAGGAACACCGGCTTGATAATCTCGGCATTCAATttctt < 2:3546259/148‑1 (MQ=255) tcagtTGCTCTGGTTTGGTCAGCCGATTTTCAATAATGAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCTGATGATCTTAAATTTGCCGTTCTTCTCATCGAGGAACACCGGCTTGATAATCTCGGCATTCAATttctt > 1:3112309/1‑148 (MQ=255) ttGCTCTGTTTTGTTCAGCCTTTTTAAAATAATGACACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCTGATGATCTTAAATTTGCCGTTCTTCTCATCGAGGAACACCGGCTTGATAATCTCGGCATTCAATTTCTTCGGc < 1:1694020/148‑1 (MQ=255) ttGCTCTGGTTTGGTCAGCCGATTTTCAATAATGAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCTGATGATCTTAAATTTGCCGTTCTTCTCATCGAGGAACACCGGCTTGATAATCTCGGCATTCAATTTCTTCGGc > 2:3152586/1‑148 (MQ=255) ttGCTCTGGTTTGGTCAGCCGATTTTCAATAATGAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCTGATGATCTTAAATTTGCCGTTCTTCTCATCGAGGAACACCGGCTTGATAATCTCGGCATTCAATTTCTTCGGc > 1:1445132/1‑148 (MQ=255) tGCTGTGTTTTGGACAGCCTATTTTCAATAATGAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCTGATGATCTTAAATTTGCCGTTCTTCTCATCGAGGAACACCGGCTTGATAATCTCGGCATTCAATTTCTTCGGCt < 1:3256158/148‑1 (MQ=255) tGCTCTGGTTTGGTCAGACGATTTTCAATAATTAAACGAATCATCAGACAGCGTGCTTTCTTAGCTTAGAAGCTGATGATCTTAAATTTGCCGATCTTATCATAGATTAACACAGGCTTGATAATATCGGCATTCAATTTCTTCggat > 2:2522025/1‑146 (MQ=255) ctctGTTTTGGACAGCCTATTTTAAATAATGAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCTGATGATCTTAAATTTGCCGTTCTTCTCATCGAGGAACACCGGCTTGATAATCTCGGCATTCAATTTCTTCGGCTTc < 2:3352145/148‑1 (MQ=255) ctctGGTTTGGTCAGCCGATTTACAATAATGAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCTGATGATCTTAAATTTGCCGTTCTTCTCATCGAGGAACACCGGCTTGATAATCTCGGCATTCAATTTCTTCGGCTTc < 1:2201316/148‑1 (MQ=255) tgtgttttGTTCAGCCTTTTTAAAATAATTAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCTGATGATCTTAAATTTGCCGTTCTTCTCATCGAGGAACACCGGCTTGATAATCTCGGCATTCAATTTCTTCGGCTTCa < 1:2450367/143‑1 (MQ=255) ctGGTTTGGTCAGCCGATTTTCAATAATGAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCTGATGATCTTAAATTTGCCGTTCTTCTCATCGAGGAACACCGGCTTGATAATCTCGGCATTCAATTTCTTCGGCTTCAc > 2:3015659/1‑148 (MQ=255) ggTTTGGTCAGCCGATTTTCAATAATGAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCTGATGATCTTAAATTTGCCGTTCTTCTCATCGAGGAACACCGGCTTGATAATCTCGGCATTCAATTTCTTCGGCTTCACCg > 2:933634/1‑148 (MQ=255) ggTTTGGACAGCCTATTTTAAATAATCACACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCTGATGATCTTAAATTTGCCGTTCTTCTCATCGAGGAACACCGGCTTGATAATCTCGGCATTCAATTTCTTCGGCTTCACCg < 1:466051/148‑1 (MQ=255) tttGGTCCGCCTTTTTTCAATAATGAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCTGATGATCTTAAATTTGCCGTTCTTCTCATCGAGGAACACCGGCTTGATAATCTCGGCATTCAATTTCTTCGGCTTCACCGAt < 1:1473520/148‑1 (MQ=255) tttGGTCAGCCTTTTTAAAATAATCACACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCTGATGATCTTAAATTTGCCGTTCTTCTCATCGAGGAACACCGGCTTGATAATCTCGGCATTCAATTTCTTCGGCTTCACCGAt < 1:960459/148‑1 (MQ=255) cGATTTTCAATAATGAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCTGATGATCTTAAATTTGCCGTTCTTCTCATCGAGGAACACCGGCTTGATAATCTCGGCATTCAATTTCTTCGGCTTCACCGATTTAAAATACt < 2:695758/148‑1 (MQ=255) ttttAAATAATGAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCTGATGATCTTAAATTTGCCGTTCTTCTCATCGAGGAACACCGGCTTGATAATCTCGGCATTCAATTTCTTCGGCTTCACCGATTTAAAATACTCAt < 2:255386/148‑1 (MQ=255) tttCAATAATGAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCTGATGATCTTAAATTTGCCGTTCTTCTCATCGAGGAACACCGGCTTGATAATCTCGGCATTCAATTTCTTCGGCTTCACCGATTTAAAATACTCATc > 2:14848/1‑148 (MQ=255) ttCAATAATGAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCTGATGATCTTAAATTTGCCGTTCTTCTCATCGAGGAACACCGGCTTGATAATCTCGGCATTCAATTTCTTCGGCTTCACCGATTTAAAATACTCATCt > 2:2067431/1‑148 (MQ=255) tCAATAATGAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCTGATGATCTTAAATTTGCCGTTCTTCTCATCGAGGAACACCGGCTTGATAATCTCGGCATTCAATTTCTTCGGCTTCACCGATTTAAAATACTCATCTg < 2:873068/148‑1 (MQ=255) | TTCACGCCGCATCCGGCATTGACTGCAAACTTAACGCTGCTCGTAGCGTTTAAACACCAGTTCGCCATTGCTGGAGGAATCTTCATCAAAGAAGTAACCTTCGCTATTAAAACCAGTCAGTTGCTCTGGTTTGGTCAGCCGATTTTCAATAATGAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCTGATGATCTTAAATTTGCCGTTCTTCTCATCGAGGAACACCGGCTTGATAATCTCGGCATTCAATTTCTTCGGCTTCACCGATTTAAAATACTCATCTG > CP009273/5653‑5945 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |