| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 700,407 | C→A | 57.7% | N336K (AAC→AAA) | nagE → | fused N‑acetyl glucosamine specific PTS enzyme: IIC, IIB, and IIA components |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009273 | 700,407 | 0 | C | A | 57.7% | 21.2 / 232.7 | 170 | N336K (AAC→AAA) | nagE | fused N‑acetyl glucosamine specific PTS enzyme: IIC, IIB, and IIA components |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (34/36); new base A (49/48); total (83/87) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.76e-01 | |||||||||||
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Only 100 of 173 total aligned reads displayed.
TGCTCCGCTGCTGTACCTCCTGCACGCACTGCTGACCGGTATCAGCCTGTTTGTGGCAACGCTGCTGGGTATCCACGCGGGCTTCTCTTTCTCTGCGGGGGCTATCGACTACGCGTTGATGTATAACCTGCCGGCCGCCAGCCAGAACGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCGTTACTGAAGAAGCCAACAGCAACACT > CP009273/700260‑700554 | tGCTCCGCTGCTGTACCTCCTGCACGCACTGCTGACCGGTATCAGCCTGTTTGTGGCAACGCTGCTGGGTATCCACGCGGGCTTCTCTTTCTCTGCGGGGGCTATCGACTACGCGTTGATGTATAACCTGCCGGCCGCCAGCCAGAAc > 1:3104927/1‑148 (MQ=255) cTCCGCTGCTGTACCTCCTGCACGCACTGCTGACCGGTATCAGCCTGTTTGTGGCAACGCTGCTGGGTATCCACGCGGGCTTCTCTTTCTCTGCGGGGGCTATCGACTACGCGTTGATGTATAACCTGCCGGCCGCCAGCCAGAACGt > 2:2226675/1‑148 (MQ=255) gctgctGTACCTCCTGCACGCACTGCTGACCGGTATCAGCCTGTTTGTGGCAACGCTGCTGGGTATCCACGCGGGCTTCTCTTTCTCTGCGGGGGCTATCGACTACGCGTTGATGTATAACCTGCCGGCCGCCAGCCAGAACGTCTgg > 1:790595/1‑148 (MQ=255) gctgctGTACCTCCTGCACGCACTGCTGACCGGTATCAGCCTGTTTGTGGCAACGCTGCTGGGTATCCACGCGGGCTTCTCTTTCTCTGCGGGGGCTATCGACTACGCGTTGATGTATAACCTGCCGGCCGCCAGCCAGAAAGTCTgg < 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tataACCTGCCGGCCGCCAGCCAGAAAGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCg > 2:1023447/1‑148 (MQ=255) ataCCCTGCCGGCCGCCAGCCAGAAAGTCTGGATGCTGCTGGTGTTGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGAATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCGt < 1:1735655/148‑1 (MQ=255) ataACCTGCCGGCCGCCAGCCAGAAAGTCTGGATGCTGCTGGTGTTGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCGt < 1:3142193/148‑1 (MQ=255) ataACCTGCCGGCCGCCAGCCAGAAAGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCGt > 2:176724/1‑148 (MQ=255) taACCTGCCGGCCGCCAGCCAGAAAGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCGtt > 1:791078/1‑148 (MQ=255) aCCTGCCGGCCGCCAGCCAGAACGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCGTTAc > 1:1921469/1‑148 (MQ=255) aCCTGCCGGCCGCCAGCCAGAAAGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCGTTAc > 2:2252246/1‑148 (MQ=255) cTGCCGGCCGCCAGCCAGAACGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCGTTACTg > 2:3058495/1‑148 (MQ=255) cTGCCGGCCGCCAGCCAGAACGGCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGAGAAAGAAGACGAGATCGTTAcgg > 2:3058527/1‑146 (MQ=255) cggccgCCAGCCAGAACGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCGTTACTgaaga < 1:2359191/148‑1 (MQ=255) 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cGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCGTTACTGAAGAAGCCAACAGCAACACt > 1:206510/1‑148 (MQ=255) | TGCTCCGCTGCTGTACCTCCTGCACGCACTGCTGACCGGTATCAGCCTGTTTGTGGCAACGCTGCTGGGTATCCACGCGGGCTTCTCTTTCTCTGCGGGGGCTATCGACTACGCGTTGATGTATAACCTGCCGGCCGCCAGCCAGAACGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCGTTACTGAAGAAGCCAACAGCAACACT > CP009273/700260‑700554 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |