| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 731,253 | G→A | 6.3% | A50T (GCC→ACC) | ybfC → | putative periplasmic protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 731,253 | 0 | G | A | 6.3% | 886.5 / 29.2 | 254 | A50T (GCC→ACC) | ybfC | putative periplasmic protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (114/122); new base A (5/11); total (121/133) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.07e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.48e-01 | |||||||||||
Only 100 of 261 total aligned reads displayed.
ATGAAAAGAGTTTTGTTCTTTTTGCTGATGATATTTGTTAGTTTTGGTGTTATAGCTGATTGCGAAATACAAGCTAAAGATCATGATTGTTTTACTATTTTCGCTAAGGGTACTATTTTTTCCGCGTTTCCTGTCTTAAATAATAAAGCCATGTGGAGATGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCGGGGCGAGACTCTTAATTCGCGTCGGGTCACTACGCCTTAATGAAAATCATGCCA > CP009273/731106‑731400 | aTGAAAAGAGTTTTGTTCTTTTTGCTGATGATATTTGTTAGTTTTGGTGTTATAGCTGATTGCGAAATACAAGCTAAAGATCATGATTGTTTTACTATTTTCGCTAAGGGTACTATTTTTTCCGCGTTTCCTGTCTTAAATAATAAAg < 2:2658287/148‑1 (MQ=255)aTGAAAAGAGTTTTGTTCTTTTTGCTGATGATATTTGTTAGTTTTGGTGTTATAGCTGATTGCGAAATACAAGCTAAAGATCATGATTGTTTTACTATTTTCGCTAAGGGTACTATTTTTTCCGCGTTTCCTGTCTTAAATAATAAAg > 2:1151223/1‑148 (MQ=255) tGAAAAGAGTTTTGTTCTTTTTGCTGATGATATTTGTTAGTTTTGGTGTTATAGCTGATTGCGAAATACAAGCTAAAGATCATGATTGTTTTACTATTTTCGCTAAGGGTACTATTTTTTCCGCGTTTCCTGTCTTAAATAATAAAGc > 2:1215232/1‑148 (MQ=255) aaaaGAGTTTTGTTCTTTTTGCTGATGATATTTGTTAGTTTTGGTGTTATAGCTGATTGCGAAATACAAGCTAAAGATCATGATTGTTTTACTATTTTCGCTAAGGGTACTATTTTTTCCGCGTTTCCTGTCTTAAATAATAAAGCCa < 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gCCATGTGGAGATGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCGGGGCGAGACTCTTAATTCGCGTCGGGTCACTACGCCTTAATGAAAATCATGCCa > 2:2940860/1‑148 (MQ=255) | ATGAAAAGAGTTTTGTTCTTTTTGCTGATGATATTTGTTAGTTTTGGTGTTATAGCTGATTGCGAAATACAAGCTAAAGATCATGATTGTTTTACTATTTTCGCTAAGGGTACTATTTTTTCCGCGTTTCCTGTCTTAAATAATAAAGCCATGTGGAGATGGTATCAGAATGAGGACATCGGTGAGTATTATTGGCAAACAGAACTGGGTACATGTAAAAATAATAAATTCACACCAAGCGGGGCGAGACTCTTAATTCGCGTCGGGTCACTACGCCTTAATGAAAATCATGCCA > CP009273/731106‑731400 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |