Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 82,037 | C→T | 100% | intergenic (+238/‑80) | leuO → / → ilvI | global transcription factor/acetolactate synthase 3 large subunit |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 82,037 | 0 | C | T | 96.7% | 763.0 / 12.6 | 240 | intergenic (+238/‑80) | leuO/ilvI | global transcription factor/acetolactate synthase 3 large subunit |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (5/3); new base T (124/108); total (129/111) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.28e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.29e-01 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 245 total aligned reads displayed.
TTTTAGGATTAATTAAAAAAATAGAGAAATTGCTGTAAGTTGTGGGATTCAGCCGATTTATTATCAATTTAATCCTCTGTAATGGAGGATTTTATCGTTTCTTTTCACCTTTCCTCCTGTTTATTCTTATTACCCCGTGTTTATGTCTCTGGCTGCCAATTGCTTAAGCAAGATCGGACGGTTAATGTGTTTTACACATTTTTTCCGTCAAACAGTGAGGCAGGCCATGGAGATGTTGTCTGGAGCCGAGATGGTCGTCCGATCGCTTATCGATCAGGGCGTTAAACAAGT > CP009273/81891‑82181 | ttttAGGATTAATTAAAAAAATAGAGAAATTGCTGTAAGTTGTGGGATTCAGCCGATTTATTATCAATTTAATCCTCTGTAATGGAGGATTTTATCGTTTCTTTTCACCTTTCCTCCTGTTTATTCTTATTACCCCGTGTTTATGtct > 2:2282525/1‑148 (MQ=255) tttAGGATTAATTAAAAAAATAGAGAAATTGCTGTAAGTTGTGGGATTCAGCCGATTTATTATCAATTTAATCCTCTGTAATGGAGGATTTTATCGTTTCTTTTCACCTTTCCTCCTGTTTATTCTTATTACCCCGTGTTTATGtttc < 2:2460742/148‑1 (MQ=255) aGGATTAATTAAAAAAATAGAGAAATTGCTGTAAGTTGTGGGATTCAGCCGATTTATTATCAATTTAATCCTCTGTAATGGAGGATTTTATCGTTTCTTTTCACCTTTCCTCCTGTTTATTCTTATTACCCCGTGTTTATGTTTCTgg < 2:451607/148‑1 (MQ=255) ggATTAATTAAAAAAATAGAGAAATTGCTGTAAGTTGTGGGATTCAGCCGATTTATTATCAATTTAATCCTCTGTAATGGAGGATTTTATCGTTTCTTTTCACCTTTCCTCCTGTTTATTCTTATTACCCCGTGTTTATGTTTCTGGc < 1:332220/148‑1 (MQ=255) ggATTAATTAAAAAAATAGAGAAATTGCTGTAAGTTGTGGGATTCAGCCGATTTATTATCAATTTAATCCTCTGTAATGGAGGATTTTATCGTTTCTTTTCACCTTTCCTCCTGTTTATTCTTATTACCCCGTGTTTATGTTTCTGGc < 2:56615/148‑1 (MQ=255) taattaaAAAAATAGAGAAATTGCTGTAAGTTGTGGGATTCAGCCGATTTATTATCAATTTAATCCTCTGTAATGGAGGATTTTATCGTTTCTTTTCACCTTTCCTCCTGTTTATTCTTATTACCCCGTGTTTATGTTTCTGGCTGcc > 1:1280180/1‑148 (MQ=255) taattaaAAAAATAGAGAAATTGCTGTAAGTTGTGGGATTCAGCCGATTTATTATCAATTTAATCCTCTGTAATGGAGGATTTTATCGTTTCTTTTCACCTTTCCTCCTGTTTATTCTTATTACCCCGTGTTTATGTTTCTGGCTGcc > 1:1473028/1‑148 (MQ=255) aattaaAAAAATAGAGAAATTGCTGTAAGTTGTGGGATTCAGCCGATTTATTATCAATTTAATCATCTGTAATGGAGGATTTTATCGTTTCTTTTCACCTTTCCTCCTGTTTATTCTTATTACACCGTGTTTATGTTTATGGCTGCCa > 1:1590214/1‑148 (MQ=255) aattaaAAAAATAGAGAAATTGCTGTAAGTTGTGGGATTCAGCCGAGTTATTATCAATTTAATCCTCTGTAATGGAGGATTTTATCGTTTCTTTTCACCTTTCCTCCTGGTTATTCTTATTACCCCGTGTTTATGTTTCTGGCTGACa > 1:3014434/1‑148 (MQ=255) 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gggATTCAGCCGATTTATTATCAATTTAATCCTCTGTAATGGAGGATTTTATCGTTTCTTTTCACCTTTCCTCCTGTTTATTCTTATTACCCCGTGTTTATGTTTCTGGCTGCCAATTGCTTAAGCAAGATCGGACGGTTAATGTGtt < 1:3098951/148‑1 (MQ=255) gggATTCAGCCGATTTATTATCAATTTAATCCTCTGTAATGGAGGATTTTATCGTTTCTTTTCACCTTTCCTCCTGTTTATTCTTATTACCCCGTGTTTATGTTTCTGGCTGCCAATTGCTTAAGCAAGATCGGACGGTTAATGTGtt < 2:2167038/148‑1 (MQ=255) gggATTCAGCCGATTTATTATCAATTTAATCCTCTGTAATGGAGGATTTTATCGTTTCTTTTCACCTTTCCTCCTGTTTATTCTTATTACCCCGTGTTTATGTTTCTGGCTGCCAATTGCTTAAGCAAGATCGGACGGTTAATGTGtt > 2:328038/1‑148 (MQ=255) gATTCAGCCGATTTATTATCAATTTAATCCTCTGTAATGGAGGATTTTATCGTTTCTTTTCACCTTTCCTCCTGTTTATTCTTATTACCCCGTGTTTATGTTTCTGGCTGCCAATTGCTTAAGCAATATCGGACGGTTAATGTGtttt > 1:732508/1‑148 (MQ=255) aTTCAGCCGATTTATTATCAATTTAATCCTCTGTAATGGAGGATTTTATCGTTTCTTTTCACCTTTCCTCCTGTTTATTCTTATTACCCCGTGTTTATGTTTCTGGCTGCCAATTGCTTAAGCAAGATCGGACGGTTAATGTGTTTTa < 1:2621628/148‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |