| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 93,391 | G→T | 100% | T301T (ACG→ACT) | mraY → | phospho‑N‑acetylmuramoyl‑pentapeptide transferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 93,391 | 0 | G | T | 96.4% | 503.8 / 9.5 | 167 | T301T (ACG→ACT) | mraY | phospho‑N‑acetylmuramoyl‑pentapeptide transferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/4); new base T (72/88); total (75/92) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.93e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.56e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 170 total aligned reads displayed.
TCCTGTGGTTTAACACCTATCCGGCGCAGGTCTTTATGGGCGATGTAGGTTCGCTGGCGTTAGGTGGTGCGTTAGGCATTATCGCCGTACTGCTACGTCAGGAATTCCTGCTGGTGATTATGGGGGGCGTGTTCGTGGTAGAAACGCTTTCTGTCATCCTGCAGGTCGGCTCCTTTAAACTGCGCGGACAACGTATTTTCCGCATGGCACCGATTCATCACCACTATGAACTGAAAGGCTGGCCGGAACCGCGCGTCATTGTGCGTTTCTGGATTATTTCGCTGATGCT > CP009273/93246‑93534 | tCCTGTGGTTTAACACCTATCCGGCGCAGGTCTTTATGGGCGATGTAGGTTCGCTGGCGTTAGGTGGTGCGTTAGGCATTATCGCCGTACTGCTACGTCAGGAATTCCTGCTGGTGATTATGGGGGGCGTGTTCGTGGTAGAAActct > 2:744894/1‑148 (MQ=255)tCCTGTGGTTTAACACCTATCCGGCGCAGGTCTTTATGGGCGATGTAGGTTCGCTGGCGTTAGGTGGTGCGTTAGGCATTATCGCCGTACTGCTACGTCAGGAATTCCTGCTGGTGATTATGGGGGGCGTGTTCGTGGTAGAAActct > 2:277160/1‑148 (MQ=255) cTGTGGTTTAACACCTATCCGGCGCAGGTCTTTATGGGCGATGTAGGTTCGCTGGCGTTAGGTGGTGCGTTAGGCATTATCGCCGTACTGCTACGTCAGGAATTCCTGCTGGTGATTATGGGGGGCGTGTTCGTGGTAGAAACTCttt < 1:2796559/148‑1 (MQ=255) cTGTGGTTTAACACCTATCCGGCGCAGGTCTTTATGGGCGATGTAGGTTCGCTGGCGTTAGGTGGTGCGTTAGGCATTATCGCCGTACTGCTACGTCAGGAATTCCTGCTGGTGATTATGGGGGGCGTGTTCGTGGTAGAAACTCttt < 1:2796556/148‑1 (MQ=255) tgtgGTTTAACACCTATCCGGCGCAGGTCTTTATGGGCGATGTAGGTTCGCTGGCGTTAGGTGGTGCGTTAGGCATTATCGCCGTACTGCTACGTCAGGAATTCCTGCTGGTGATTATGGGGGGCGTGTTCGTGGTAGAAACTCTTTc < 2:609307/148‑1 (MQ=255) gTTTAACACCTATCCGGCGCAGGTCTTTATGGGCGATGTAGGTTCGCTGGCGTTAGGTGGTGCGTTAGGCATTATCGCCGTACTGCTACGTCAGGAATTCCTGCTGGTGATTATGGGGGGCGTGTTCGTGGTAGAAACTCTTTCTGTc < 2:2604141/148‑1 (MQ=255) gTTTAACACCTATCCGGCGCAGGTCTTTATGGGCGATGTAGGTTCGCTGGCGTTAGGTGGTGCGTTAGGCATTATCGCCGTACTGCTACGTCAGGAATTCCTGCTGGTGATTATGGGGGGCGTGTTCGTGGTAGAAACTCTTTCTGTc < 2:205303/148‑1 (MQ=255) tttAACACCTATCCGGCGCAGGTCTTTATGGGCGATGTAGGTTCGCTGGCGTTAGGTGGTGCGTTAGGCATTATCGCCGTACTGCTACGTCAGGAATTCCTGCTGGTGATTATGGGGGGCGTGTTCGTGGTAGAAACTCTTTCTGTCa > 1:393675/1‑148 (MQ=255) tAACACCTATCCGGCGCAGGTCTTTATGGGCGATGTAGGTTCGCTGGCGTTAGGTGGTGCGTTAGGCATTATCGCCGTACTGCTACGTCAGGAATTCCTGCTGGTGATTATGGGGGGCGTGTTCGTGGTAGAAACTCTTTCTGTCATc < 1:1692633/148‑1 (MQ=255) tAACACCTATCCGGCGCAGGTCTTTATGGGCGATGTAGGTTCGCTGGCGTTAGGTGGTGCGTTAGGCATTATCGCCGTACTGCTACGTCAGGAATTCCTGCTGGTGATTATGGGGGGCGTGTTCGTGGTAGAAACTCTTTCTGTCATc < 1:71285/148‑1 (MQ=255) cacCTATCCGGCGCAGGTCTTTATGGGCGATGTAGGTTCGCTGGCGTTAGGTGGTGCGTTAGGCATTATCGCCGTACTGCTACGTCAGGAATTCCTGCTGGTGATTATGGGGGGCGTGTTCGTGGTAGAAACTCTTTCTGTCATCCTg < 1:1116071/148‑1 (MQ=255) cacCTATCCGGCGCAGGTCTTTATGGGCGATGTAGGTTCGCTGGCGTTAGGTGGTGCGTTAGGCATTATCGCCGTACTGCTACGTCAGGAATTCCTGCTGGTGATTATGGGGGGCGTGTTCGTGGTAGAAACTCTTTCTGTCATCCTg > 2:467722/1‑148 (MQ=255) cacCTATCCGGCGCAGGTCTTTATGGGCGATGTAGGTTCGCTGGCGTTAGGTGGTGCGTTAGGCATTATCGCCGTACTGCTACGTCAGGAATTCCTGCTGGTGATTATGGGGGGCGTGTTCGTGGTAGAAACTCTTTCTGTCATCCTg < 1:1113550/148‑1 (MQ=255) ccTATCCGGCGCAGGTCTTTATGGGCGATGTAGGTTCGCTGGCGTTAGGTGGTGCGTTAGGCATTATCGCCGTACTGCTACGTCAGGAATTCCTGCTGGTGATTATGGGGGGCGTGTTCGTGGTAGAAACTCTTTCTGTCATCCTGCa < 1:731932/148‑1 (MQ=255) aTCCGGCGCAGGTCTTTATGGGCGATGTAGGTTCGCTGGCGTTAGGTGGTGCGTTAGGCATTATCGCCGTACTGCTACGTCAGGAATTCCTGCTGGTGATTATGGGGGGCGTGTTCGTGGTAGAAACTCTTTCTGTCATCCTGCAGGt < 1:2794608/148‑1 (MQ=255) tCCGGCGCAGGTCTTTATGGGCGATGTAGGTTCGCTGGCGTTAGGTGGTGCGTTAGGCATTATCGCCGTACTGCTACGTCAGGAATTCCTGCTGGTGATTATGGGGGGCGTGTTCGTGGTAGAAACTCTTTCTGTCATCCTGCAGGTc > 1:1276823/1‑148 (MQ=255) ccGGCGCAGGTCTTTATGGGCGATGTAGGTTCGCTGGCGTTAGGTGGTGCGTTAGGCATTATCGCCGTACTGCTACGTCAGGAATTCCTGCTGGTGATTATGGGGGGCGTGTTCGTGGTAGAAACTCTTTCTGTCATCCTGCAGGTCg > 2:311277/1‑148 (MQ=255) ccGGCGCAGGTCTTTATGGGCGATGTAGGTTCGCTGGCGTTAGGTGGTGCGTTAGGCATTATCGCCGTACTGCTACGTCAGGAATTCCTGCTGGTGATTATGGGGGGCGTGTTCGTGGTAGAAACTCTTTCTGTCATCCTGCAGGTCg > 2:729482/1‑148 (MQ=255) ggCGCAGGTCTTTATGGGCGATGTATGTTCGCTGGCGTTAGGTGGTGCGTTAGGCATTATCGCCGTACTGCTACGTCAGGAATTCCTGCTGGTGATTATGGGGGGCGTGTTCGTGGTAGAAACTCTTTCTGTCATCCTGCAGGTCGGc > 2:994873/1‑148 (MQ=255) cgcAGGTCTTTATGGGCGATGTAGGTTCGCTGGCGTTAGGTGGTGCGTTAGGCATTATCGCCGTACTGCTAAGTCAGGAATTCCTGCTGGTGATTATGGGGGGCGTGTTCGTGGTAGAAACTCTTTCTGTCATCCTGCAGGTCGGCTc > 2:3068964/1‑148 (MQ=255) gcAGGTCTTTATGGGCGATGTAGGTTCGCTGGCGTTAGGTGGTGCGTTAGGCATTATCGCCGTACTGCTACGTCAGGAATTCCTGCTGGTGATTATGGGGGGCGTGTTCGTGGTAGAAACTCTTTCTGTCATCCTGCAGGTCGGCTcc < 1:1471828/148‑1 (MQ=255) gcAGGTCTTTATGGGCGATGTAGGTTCGCTGGCGTTAGGTGGTGCGTTAGGCATTATCGCCGTACTGCTACGTCAGGAATTCCTGCTGGTGATTATGGGGGGCGTGTTCGTGGTAGAAACTCTTTCTGTCATCCTGCAGGTCGGCTcc < 2:448778/148‑1 (MQ=255) gcAGGTCTTTATGGGCGATGTAGGTTCGCTGGCGTTAGGTGGTGCGTTAGGCATTATCGCCGTACTGCTACGTCAGGAATTCCTGCTGGTGATTATGGGGGGCGTGTTCGTGGTAGAAACGCTTTCTGTCATCCTGCAGGTCGGCTcc < 2:3454019/148‑1 (MQ=255) cAGGTCTTTATGGGCGATGTAGGTTCGCTGGCGTTAGGTGGTGCGTTAGGCATTATCGCCGTACTGCTCCGTCAGGAATTCCTGCTGGTGATTATGGGGGGCGTGTTCGTGGTAGAAACTCTTTCTGTCATCCTGCAGGTCGGCTCCt > 2:1203048/1‑148 (MQ=255) cAGGTCTTTATGGGCGATGTAGGTTCGCTGGCGTTAGGTGGTGCGTTAGGCATTATCGCCGTACTGCTACGTCAGGAATTCCTGCTGGTGATTATGGGGGGCGTGTTCGTGGTAGAAACTCTTTCTGTCATCCTGCAGGTCGGCTCCt > 1:2448631/1‑148 (MQ=255) cAGGTCTTTATGGGCGATGTAGGTTCGCTGGCGTTAGGTGGTGCGTTAGGCATTATCGCCGTACTGCTACGTCAGGAATTCCTGCTGGTGATTATGGGGGGCGTGTTCGTGGTAGAAACTCTTTCTGTCATCCTGCAGGTCGGCTCCt < 1:1792572/148‑1 (MQ=255) gTCTTTATGGGCGATGTAGGTTCGCTGGCGTTAGGTGGTGCGTTAGGCATTATCGCCGTACTGCTACGTCAGGAATTCCTGCTGGTGATTATGGGGGGCGTGTTCGTGGTAGAAACTCTTTCTGTCATCCTGCAGGTCGGCTCCTTTa < 1:811047/148‑1 (MQ=255) cTTTATGGGCGATGTAGGTTCGCTGGCGTTAGGTGGTGCGTTAGGCATTATCGCCGTACTGCTACGTCAGGAATTCCTGCTGGTGATTATGGGGGGCGTGTTCGTGGTAGAAACTCTTTCTGTCATCCTGCAGGTCGGCTCCTTTaaa < 2:2657972/148‑1 (MQ=255) tATGGGCGATGTAGGTTCGCTGGCGTTAGGTGGTGCGTTAGGCATTATCGCCGTACTGCTACGTCAGGAATTCCTGCTGGTGATTATGGGGGGCGTGTTCGTGGTAGAAACTCTTTCTGTCATCCTGCAGGTCGGCTCCTTTAAACTg < 1:904870/148‑1 (MQ=255) tGGGCGATGTAGGTTCGCTGGCGTTAGGTGGTGCGTTAGGCATTATCGCCGTACTGCTACGTCAGGAATTCCTGCTGGTGATTATGGGGGGCGTGTTCGTGGTAGAAACTCTTTCTGTCATCCTGCAGGTCGGCTCCTTTAAACTgcg < 1:415099/148‑1 (MQ=255) ggCGATGTAGGTTCGCTGGCGTTAGGTGGTGCGTTAGGCATTATCGCCGTACTGCTACGTCAGGAATTCCTGCTGGTGATTATGGGGGGCGTGTTCGTGGTAGAAACTCTTTCTGTCATCCTGCAGGTCGGCTCCTTTAAACTGcgcg > 1:2789763/1‑148 (MQ=255) ggCGATGTAGGTTCGCTGGCGTTAGGTGGTGCGTTAGGCATTATCGCCGTACTGCTACGTCAGGAATTCCTGCTGGTGATTATGGGGGGCGTGTTCGTGGTAGAAACTCTTTCTGTCATCCTGCAGGTCGGCTCCTTTAAACTGcgcg > 1:151173/1‑148 (MQ=255) gCGATGTAGGTTCGCTGGCGTTAGGTGGTGCGTTAGGCATTATCGCCGTACTGCTACGTCAGGAATTCCTGCTGGTGATTATGGGGGGCGTGTTCGTGGTAGAAACGCTTTCTGTCATCCTGCAGGTCGGCTCCTTTAAACTGCGCgg > 1:1968318/1‑148 (MQ=255) tGTAGGTTCGCTGGCGTTAGGTGGTGCGTTAGGCATTATCGCCGTACTGCTACGTCAGGAATTCCTGCTGGTGATTATGGGGGGCGTGTTCGTGGTAGAAACTCTTTCTGTCATCCTGCAGGTCGGCTCCTTTAAACTGCGCGGACaa < 1:212705/148‑1 (MQ=255) aGGTTCGCTGGCGTTAGGTGGTGCGTTAGGCATTATCGCCGTACTGCTACGTCAGGAATTCCTGCTGGTGATTATGGGGGGCGTGTTCGTGGTAGAAACTCTTTCTGTCATCCTGCAGGTCGGCTCCTTTAAACTGCGCGGACAACGt > 1:3412126/1‑148 (MQ=255) aGGTTCGCTGGCGTTAGGTGGTGCGTTAGGCATTATCGCCGTACTGCTACGTCAGGAATTCCTGCTGGTGATTATGGGGGGCGTGTTCGTGGTAGAAACTCTTTCTGTCATCCTGCAGGTCGGCTCCTTTAAACTGCGCGGACAACGt < 2:1498892/148‑1 (MQ=255) aGGTTCGCTGGCGTTAGGTGGTGCGTTAGGCATTATCGCCGTACTGCTACGTCAGGAATTCCTGCTGGTGATTATGGGGGGCGTGTTCGTGGTAGAAACTCTTTCTGTCATCCTGCAGGTCGGCTCCTTTAAACTGCGCGGACAACGt > 2:267917/1‑148 (MQ=255) ttCGCTGGCGTTAGGTGGTGCGTTAGGCATTATCGCCGTACTGCTACGTCAGGAATTCCTGCTGGTGATTATGGGGGGCGTGTTCGTGGTAGAAACTCTTTCTGTCATCCTGCAGGTCGGCTCCTTTAAACTGCGCGGACAACGTAtt > 2:586052/1‑148 (MQ=255) tCGCTGGCGTTAGGTGGTGCGTTAGGCATTATCGCCGTACTGCTACGTCAGGAATTCCTGCTGGTGATTATGGGGGGCGTGTTCGTGGTAGAAACTCTTTCTGTCATCCTGCAGGTCGGCTCCTTTAAACTGCGCGGACAACGTAttt < 2:1378332/148‑1 (MQ=255) tCGCTGGCGTTAGGTGGTGCGTTAGGCATTATCGCCGTACTGCTACGTCAGGAATTCCTGCTGGTGATTATGGGGGGCGTGTTCGTGGTAGAAACTCTTTCTGTCATCCTGCAGGTCGGCTCCTTTAAACTGCGCGGACAACGTAttt > 2:1717578/1‑148 (MQ=255) tCGCTGGCGTTAGGTGGTGCGTTAGGCATTATCGCCGTACTGCTACGTCAGGAATTCCTGCTGGTGATTATGGGGGGCGTGTTCGTGGTAGAAACTCTTTCTGTCATCCTGCAGGTCGGCTCCTTTAAACTGCGCGGACAACGTAttt > 1:118896/1‑148 (MQ=255) tCGCTGGCGTTAGGTGGTGCGTTAGGCATTATCGCCGTACTGCTACGTCAGGAATTCCTGCTGGTGATTATGGGGGGCGTGTTCGTGGTAGAAACTCTTTCTGTCATCCTGCAGGTCGGCTCCTTTAAACTGCGCGGACAACGTAttt > 1:2500539/1‑148 (MQ=255) cGCTGGCGTTAGGTGGTGCGTTAGGCTTTATCGCCGTACTGCTTCGTCAGGAATTCCTGCTGGTGATTATGGGGGGCGTGTTCGTGGTAGAAACTCTTTCTGTCATCCTGCAGGTCGGCTCCTTTAAACTGCGCGGACAACGTAtttt < 1:3429451/148‑1 (MQ=255) tGGCGTTAGGTGGTGCGTTAGGCATTATCGCCGTACTGCTACGTCAGGAATTCCTGCTGGTGATTATGGGGGGCGTGTTCGTGGTAGAAACTCTTTCTGTCATCCTGCAGGTCGGCTCCTTTAAACTGCGCGGACAACGTATTTTCCg < 2:2314530/148‑1 (MQ=255) cGTTAGGTGGTGCGTTAGGCATTATCGCCGTACTGCTACGTCAGGAATTCCTGCTGGTGATTATGGGGGGCGTGTTCGTGGTAGAAACTCTTTCTGTCATCCTGCAGGTCGGCTCCTTTAAACTGCGCGGACAACGTATTTTCCGCAt > 2:242544/1‑148 (MQ=255) ttAGGTGGTGCGTTAGGCATTATCGCCGTACTGCTACGTCAGGAATTCCTGCTGGTGATTATGGGGGGCGTGTTCGTGGTAGAAACTCTTTCTGTCATCCTGCAGGTCGGCTCCTTTAAACTGCGCGGACAACGTATTTTCCGCATgg < 1:637710/148‑1 (MQ=255) ggtggtGCGTTAGGCATTATCGCCGTACTGCTACGTCAGGAATTCCTGCTGGTGATTATGGGGGGCGTGTTCGTGGTAGAAACTCTTTCTGTCATCCTGCAGGTCGGCTCCTTTAAACTGCGCGGACAACGTATTTTCCGCATGGCAc > 2:3191038/1‑148 (MQ=255) tggtgCGTTAGGCATTATCGCCGTACTGCTACGTCAGGAATTCCTGCTGGTGATTATGGGGGGCGTGTTCGTGGTAGAAACTCTTTCTGTCATCCTGCAGGTCGGCTCCTTTAAACTGCGCGGACAACGTATTTTCCGCATGGCACCg > 2:1916027/1‑148 (MQ=255) ggtgCGTTAGGCATTATCGCCGTACTGCTACGTCAGGAATTCCTGCTGGTGATTATGGGGGGCGTGTTCGTGGTAGAAACTCTTTCTGTCATCCTGCAGGTCGGCTCCTTTAAACTGCGCGGACAACGTATTTTCCGCATGGCACCGa > 2:3263622/1‑148 (MQ=255) 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tATCGCCGTACTGCTACGTCAGGAATTCCTGCTGGTGATTATGGGGGGCGTGTTCGTGGTAGAAACTCTTTCTGTCATCCTGCAGGTCGGCTCCTTTAAACTGCGCGGACAACGTATTTTCCGCATGGCACCGATTCATCACCACTAt > 1:2499358/1‑148 (MQ=255) aTCGCCGTACTGCTACGTCAGGAATTCCTGCTGGTGATTATGGGGGGCGTGTTCGTGGTAGAAACTCTTTCTGTCATCCTGCAGGTCGGCTCCTTTAAACTGCGCGGACAACGTATTTTCCGCATGGCACCGATTCATCACCACTATg > 1:2661887/1‑148 (MQ=255) cGCCGTACTGCTACGTCAGGAATTCCTGCTGGTGATTATGGGGGGCGTGTTCGTGGTAGAAACTCTTTCTGTCATCCTGCAGGTCGGCTCCTTTAAACTGCGCGGACAACGTATTTTCCGCATGGCACCGATTCATCACCACTATGaa < 1:945946/148‑1 (MQ=255) cGCCGTACTGCTACGTCAGGAATTCCTGCTGGTGATTATGGGGGGCGTGTTCGTGGTAGAAACTCTTTCTGTCATCCTGCAGGTCGGCTCCTTTAAACTGCGCGGACAACGTATTTTCCGCATGGCACCGATTCATCACCACTATGaa < 1:1228692/148‑1 (MQ=255) cGCCGTACTGCTACGTCAGGAATTCCTGCTGGTGATTATGGGGGGCGTGTTCGTGGTAGAAACTCTTTCTGTCATCCTGCAGGTCGGCTCCTTTAAACTGCGCGGACAACGTATTTTCCGCATGGCACCGATTCATCACCACTATGaa < 1:1228161/148‑1 (MQ=255) 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aaaCTCTTTCTGTCATCCTGCAGGTCGGCTCCTTTAAACTGCGCGGACAACGTATTTTCCGCATGGCACCGATTCATCACCACTATGAACTGAAAGGCTGGCCGGAACCGCGCGTCATTGTGCGTTTCTGGATTATTTCGCTGATGCt > 1:451350/1‑148 (MQ=255) | TCCTGTGGTTTAACACCTATCCGGCGCAGGTCTTTATGGGCGATGTAGGTTCGCTGGCGTTAGGTGGTGCGTTAGGCATTATCGCCGTACTGCTACGTCAGGAATTCCTGCTGGTGATTATGGGGGGCGTGTTCGTGGTAGAAACGCTTTCTGTCATCCTGCAGGTCGGCTCCTTTAAACTGCGCGGACAACGTATTTTCCGCATGGCACCGATTCATCACCACTATGAACTGAAAGGCTGGCCGGAACCGCGCGTCATTGTGCGTTTCTGGATTATTTCGCTGATGCT > CP009273/93246‑93534 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |