| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 816,302 | G→T | 100% | R18S (AGG→AGT) | ybhM → | UPF0005 family inner membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 816,302 | 0 | G | T | 97.8% | 695.9 / 4.6 | 222 | R18S (AGG→AGT) | ybhM | UPF0005 family inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (4/1); new base T (125/92); total (129/93) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.02e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Only 100 of 224 total aligned reads displayed.
TCTGTATCCATAAATGCAAAAGTATTTTGTATGCGTGGTTTTAAATTTATTGATGGTGAATATTAATA‑TTTTTTCTAAGGATAACTAAAAGAATGGAATCATACTCGCAAAACAGCAATAAATTAGATTTTCAGCACGAGGCCAGGATATTAAACGGTATATGGCTCATTACCGCTTTAGGTTTGGTGGCAACCGCAGGACTAGCCTGGGGAGCTAAGTATATCGAAATTACGGCAACCAAATATGATTCACCACCAATGTATGTCGCCATAGGGTTATTATTACTTT > CP009273/816157‑816444 | tCTGTATCCATAAATGCAAAAGTATTTTGTATGCGTGGTTTTAAATTTATTGATGGTGAATATTAATA‑TTTTTTCTAAGGATAACTAAAAGAATGGAATCATACTCGCAAAACAGCAATAAATTAGATTTTCAGCACGAGGCCAGTat < 2:26631/148‑1 (MQ=255)tCTGTATCCATAAATGCAAAAGTATTTTGTATGCGTGGTTTTAAATTTATTGATGGTGAATATTAATA‑TTTTTTCTAAGGATAACTAAAAGAATGGAATCATACTCGCAAAACAGCAATAAATTAGATTTTCAGCACGAGGCCAGTat < 1:1544657/148‑1 (MQ=255) cTGTATCCATAAATGCAAAAGTATTTTGTATGCGTGGTTTTAAATTTATTGATGGTGAATATTAATA‑TTTTTTCTAAGGATAACTAAAAGAATGGAATCATACTCGCAAAACAGCAATAAATTAGATTTTCAGCACGAGGCCAGtata > 2:2209344/1‑148 (MQ=255) cTGTATCCATAAATGCAAAAGTATTTTGTATGCGTGGTTTTAAATTTATTGATGGTGAATATTAATA‑TTTTTTCTAAGGATAACTAAAAGAATGGAATCATACTCGCAAAACAGCAATAAATTAGATTTTCAGCACGAGGCCAGtata < 2:2049519/148‑1 (MQ=255) gTATCCATAAATGCAAAAGTATTTTGTATGCGTGGTTTTAAATTTATTGATGGTGAATATTAATA‑TTTTTTCTAAGGATAACTAAAAGAATGGAATCATACTCGCAAAACAGCAATAAATTAGATTTTCAGCACGAGGCCAGTATAtt > 2:1746827/1‑148 (MQ=255) tATCCATAAATGCAAAAGTATTTTGTATGCGTGGTTTTAAATTTATTGATGGTGAATATTAATA‑TTTTTTCTAAGGATAACTAAAAGAATGGAATCATACTCGCAAAACAGCAATAAATTAGATTTTCAGCACGAGGCCAGTATATTa > 2:3228170/1‑148 (MQ=255) aTCCATAAATGCAAAAGTATTTTGTATGCGTGGTTTTAAATTTATTGATGGTGAATATTAATA‑TTTTTTCTAAGGATAACTAAAAGAATGGAATCATACTCGCAAAACAGCAATAAATTAGATTTTCAGCACGAGGCCAGTATATTaa > 2:1892277/1‑148 (MQ=255) cATAAATGCAAAAGTATTTTGTATGCGTGGTTTTAAATTTATTGATGGTGAATATTAATA‑TTTTTTCTAAGGATAACTAAAAGAATGGAATCATACTCGCAAAACAGCAATAAATTAGATTTTCAGCACGAGGCCAGTATATTAAACg < 1:391485/148‑1 (MQ=255) cATAAATGCAAAAGTATTTTGTATGCGTGGTTTTAAATTTATTGATGGTGAATATTAATA‑TTTTTTCTAAGGATAACTAAAAGAATGGAATCATACTCGCAAAACAGCAATAAATTAGATTTTCAGCACGAGGCCAGTATATTAAACg < 2:1576450/148‑1 (MQ=255) 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ggCCAGTATATTAAACGGTATATGGCTCATTACCGCTTTAGGTTTGGTGGCAACCGCAGGACTAGCCTGGGGAGCTAAGTATATCGAAATTACGGCAACCAAATATGATTCACCACCAAGGTATGTCGCCATAGGGTTATTATTACtt > 1:2745262/1‑148 (MQ=255) | TCTGTATCCATAAATGCAAAAGTATTTTGTATGCGTGGTTTTAAATTTATTGATGGTGAATATTAATA‑TTTTTTCTAAGGATAACTAAAAGAATGGAATCATACTCGCAAAACAGCAATAAATTAGATTTTCAGCACGAGGCCAGGATATTAAACGGTATATGGCTCATTACCGCTTTAGGTTTGGTGGCAACCGCAGGACTAGCCTGGGGAGCTAAGTATATCGAAATTACGGCAACCAAATATGATTCACCACCAATGTATGTCGCCATAGGGTTATTATTACTTT > CP009273/816157‑816444 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |