Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP009273 | 837,716 | G→T | 100% | intergenic (‑204/‑72) | mcbA ← / → rlmF | colanic acid mucoidy stimulation protein/23S rRNA m(6)A1618 methyltransferase, SAM‑dependent |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 837,716 | 0 | G | T | 96.7% | 757.1 / 14.0 | 244 | intergenic (‑204/‑72) | mcbA/rlmF | colanic acid mucoidy stimulation protein/23S rRNA m(6)A1618 methyltransferase, SAM‑dependent |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (4/4); new base T (144/92); total (148/96) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.15e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 244 total aligned reads displayed.
AAATGACGCAAAAAATTGACAGAGATGTGCTTATTTTTTGAACGATATATTTTTACAAAATAAGACAAATCAATGACATGCATAATGCTGATTTTTATGATGAATTGCCATAAACCATAGCCATGTTAAGGTTTTGGGGAATGATAAACGCAGCCAGATATTTACCCTGTCGCGTTATGCGGGTATCTTACGCCGCTGCTTAAAGGAGAATGCTATGTCCGCCCAGAAACCGGGGTTGCATCCGCGCAACCGTCATCACAGCCGCTACGATCTCGCCACGCTTTGT > CP009273/837574‑837859 | aaTGACGCAAAAAATTGACAGAGATGTGCTTATTTTTTGAACGATATATTTTTACAAAATAAGACAAATCAATGACATGCATAATGCTGATTTTTATGATGAATTGCCATAAACCATAGCCATGTTAAGGTTTTGGGGAATTATAAAc > 1:1191678/1‑148 (MQ=255) tGACGCAAAAAATTGACAGAGATTTGCTTATTTTTTGAACGATATATTTTTACAAAATAAGACAAATCAATGACATGCATAATGCTGATTTTTATGATGAATTGCCATAAACCATAGCCATGTTAAGGTTTTGGGGAATTATAAACGc < 2:2603047/148‑1 (MQ=255) tGACGCAAAAAATTGACAGAGATGTGCTTATTTTTTGAACGATATATTTTTACAAAATAAGACAAATCAATGACATGCATAATGCTGATTTTTATGATGAATTGCCATAAACCATAGCCATGTTAAGGTTTTGGGGAATTATAAACGc > 2:1437941/1‑148 (MQ=255) tGACGCAAAAAATTGACAGAGATGTGCTTATTTTTTGAACGATATATTTTTACAAAATAAGACAAATCAATGACATGCATAATGCTGATTTTTATGATGAATTGCCATAAACCATAGCCATGTTAAGGTTTTGGGGAATTATAAACGc < 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |