Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 888,964 | C→T | 100% | intergenic (+75/‑276) | ybjN → / → potF | negative regulator of motility; multicopy suppressor of coaA(Ts)/putrescine transporter subunit: periplasmic‑binding component of ABC superfamily |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 888,964 | 0 | C | T | 97.3% | 706.9 / 7.5 | 218 | intergenic (+75/‑276) | ybjN/potF | negative regulator of motility; multicopy suppressor of coaA(Ts)/putrescine transporter subunit: periplasmic‑binding component of ABC superfamily |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (4/2); new base T (94/118); total (98/120) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.12e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.84e-01 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Polymorphic base substitution creates a homopolymer stretch. |
Only 100 of 219 total aligned reads displayed.
CCATCAACTGCTGTTACCGACTGATGATGAAGGGCAAAACAACGTTACCGAAAACTATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTCTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATAAAAATTTGTTAAATACCGTTTTTTAATCCGAGCTATAGTCTCAAACCCTGGCTAAAGTTATTCTTGCGATGCTTTTATATA > CP009273/888820‑889107 | ccATCAACTGCTGTTACCGACTGATGATGAAGGGCAAAACAACGTTACCGAAAACTATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTa > 1:2050407/1‑148 (MQ=255) cATCAACTGCTGTTACCGACTGATGATGAAGGGCAAAACAACGTTACCGAAAACTATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTaa < 1:3326248/148‑1 (MQ=255) aTCAACTGCTGTTACCGACTGATGATGAAGGGCAAAACAACGTTACCGAAAACTATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTaaa > 2:2353906/1‑148 (MQ=255) aCTGCTGTTACCGACTGATGATGAAGGGCAAAACAACGTTACCGAAAACTATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGatt < 1:1139357/148‑1 (MQ=255) aCTGCTGTTACCGACTGATGATGAAGGGCAAAACAACGTTACCGAAAACTATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGatt > 1:1458666/1‑148 (MQ=255) ctgctgTTACCGACTGATGATGAAGGGCAAAACAACGTTACCGAAAACTATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGatta < 2:3381195/148‑1 (MQ=255) ctgctgTTACCGACTGATGATGAAGGGCAAAACAACGTTACCGAAAACTATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGatta < 2:1613680/148‑1 (MQ=255) tgctgTTACCGACTGATGATGAAGGGCAAAACAACGTTACCGAAAACTATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGattat > 2:678108/1‑148 (MQ=255) gTTACCGACTGATGATGAAGGGCAAAACAACGTTACCGAAAACTATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCa > 1:1366548/1‑148 (MQ=255) tACCGACTGATGATGAAGGGCAAAACAACGTTACCGAAAACTATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACt > 1:1801015/1‑148 (MQ=255) aCCGACTGATGATGAAGGGCAAAACAACGTTACCGAAAACTATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACtt > 2:1992714/1‑148 (MQ=255) aCCGACTGATGATGAAGGGCAAAACAACGTTACCGAAAACTATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACtt > 2:2046542/1‑148 (MQ=255) aCCGACTGATGATGAAGGGCAAAACAACGTTACCGAAAACTATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACtt > 2:1051185/1‑148 (MQ=255) tgatgatgaAGGGCAAAACAACGTTACCGAAAACTATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTtg < 2:933131/148‑1 (MQ=255) tgatgatgaAGGGCAAAACAACGTTACCGAAAACTATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTtg < 2:693899/148‑1 (MQ=255) tgatgaAGGGCAAAACAACGTTACCGAAAACTATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTgtgt < 1:760197/148‑1 (MQ=255) atgaAGGGCAAAACAACGTTACCGAAAACTATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCg < 1:393107/148‑1 (MQ=255) tgaAGGGCAAAACAACGTTACCGAAAACTATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGa < 2:1163860/148‑1 (MQ=255) tgaAGGGCAAAACAACGTTACCGAAAACTATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGa < 2:3391056/148‑1 (MQ=255) gggCAAAACAACGTTACCGAAAACTATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTCTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTg > 2:571320/1‑148 (MQ=255) ggCAAAACAACGTTACCGAAAACTATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTgg > 1:1355368/1‑148 (MQ=255) ggCAAAACAACGTTACCGAAAACTATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTgg < 1:2255074/148‑1 (MQ=255) cAAAACAACGTTACCGAAAACTATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCt > 2:3235999/1‑148 (MQ=255) aacaacGTTACCGAAAACTATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCAc < 1:2754651/124‑1 (MQ=255) aacaacGTTACCGAAAACTATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTa < 1:3150210/148‑1 (MQ=255) aacaacGTTACCGAAAACTATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTa < 2:2758693/148‑1 (MQ=255) aacGTTACCGAAAACTATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATca > 1:1008712/1‑148 (MQ=255) aacGTTACCGAAAACTATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATca > 1:2520415/1‑148 (MQ=255) aacGTTACCGAAAACTATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTGTATca > 2:2796422/1‑148 (MQ=255) cGTTACCGAAAACTATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATcaca < 1:860552/148‑1 (MQ=255) cGTTACCGAAAACTATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATcaca > 2:222183/1‑148 (MQ=255) aCCGAAAACTATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATaga > 2:1955701/1‑148 (MQ=255) aCCGAAAACTATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATaga > 1:1434443/1‑148 (MQ=255) ccGAAAACTATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTATAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATagag > 1:1277452/1‑148 (MQ=255) ccGAAAACTATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATagag > 1:1335869/1‑148 (MQ=255) cGAAAACTATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGc > 2:2498651/1‑148 (MQ=255) aaaCTATTTCCTCCACTGATCACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCaaa < 2:802365/148‑1 (MQ=255) aaaCTATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTGTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCaaa > 1:2125549/1‑148 (MQ=255) aaaCTATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCaaa > 2:2667031/1‑148 (MQ=255) aaCTATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAat > 1:682200/1‑148 (MQ=255) aaCTATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAat < 2:652800/148‑1 (MQ=255) aCTATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAata < 2:1677723/148‑1 (MQ=255) aCTATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAata > 1:104262/1‑148 (MQ=255) ttCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCAt < 1:1917013/148‑1 (MQ=255) ttCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCAt > 2:3343245/1‑148 (MQ=255) tccACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATaaaa > 1:2651939/1‑148 (MQ=255) ccACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCGGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTTACCTTTTTTTAAAGATTATTTGACTTCTCTTGTGTCGATTTTGGTTTATCACATAGAGCAAAAATGGATaaaaa > 1:1521070/1‑148 (MQ=255) aCTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATAAAAAtt < 2:475312/148‑1 (MQ=255) cTGATAACTCCTTTCGAGCTCGCTGTCTCTGGTTCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGATTTGAACCTTTTTTTAAAGATTTTTTCACTTCTATTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATAAAAAttt < 1:3235087/148‑1 (MQ=255) cTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATAAAAAttt < 1:2903983/148‑1 (MQ=255) aTAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATAAAAATTTGtt > 1:1667037/1‑148 (MQ=255) aTAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAAGTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATAAAAATTTGtt > 1:1667043/1‑148 (MQ=255) aaCTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTGTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAAAATGCATAAAAATTTGTTaa > 1:1841860/1‑148 (MQ=255) aaCTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATAAAAATTTGTTaa > 2:1853393/1‑148 (MQ=255) aaCTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATAAAAATTTGTTaa < 1:1048502/148‑1 (MQ=255) aCTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATAAAAATTTGTTaaa > 1:3101794/1‑148 (MQ=255) cTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATAAAAATTTGTTAAAt < 2:205820/148‑1 (MQ=255) tCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATAAAAATTTGTTAAATa < 2:360521/148‑1 (MQ=255) ccTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATAAAAATTTGTTAAATAc > 2:2316262/1‑148 (MQ=255) tttCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGGTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTATCCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTATTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATTGTGCAAATATGCATATAAATTTGTTAAATACCg < 2:1739546/148‑1 (MQ=255) tttCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATAAAAATTTGTTAAATACCg < 1:716289/148‑1 (MQ=255) tCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATAAAAATTTGTTAAATACCGtt < 2:200375/148‑1 (MQ=255) tCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATAAAAATTTGTTAAATACCGtt < 2:1304192/148‑1 (MQ=255) cGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATAAAAATTTGTTAAATACCGTTTTTTAAt < 2:79564/148‑1 (MQ=255) aGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATAAAAATTTGTTAAATACCGTTTTTTAATCCg < 1:1832390/148‑1 (MQ=255) gTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATAAAAATTTGTTAAATACCGTTTTTTAATCCGa < 1:2219858/148‑1 (MQ=255) tCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTCTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATAAAAATTTGTTAAATACCTTTTTTTAATCCGAg > 1:3052152/1‑148 (MQ=255) cTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATAAAAATTTGTTAAATACCGTTTTTTAATCCGAGCta < 2:1169156/148‑1 (MQ=255) cTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATAAAAATTTGTTAAATACCGTTTTTTAATCCGAGCta < 2:2251542/148‑1 (MQ=255) ggTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATAAAAATTTGTTAAATACCGTTTTTTAATCCGAGCtata < 2:1524711/148‑1 (MQ=255) gTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATAAAAATTTGTTAAATACCGTTTTTTAATCCGAGCTATAg < 1:2770720/148‑1 (MQ=255) tGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATAAAAATTTGTTAAATACCGTTTTTTAATCCGAGCTATAGt < 2:58774/148‑1 (MQ=255) ggCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATAAAAATTTGTTAAATACCGTTTTTTAATCCGAGCTATAGTCTCaaa < 1:511576/148‑1 (MQ=255) ggCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATAAAAATTTGTTAAATACCGTTTTTTAATCCGAGCTATAGTCTCaaa > 2:3311894/1‑148 (MQ=255) gCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATAAAAATTTGTTAAATACCGTTTTTTAATCCGAGCTATAGTCTCAAAc < 1:171542/148‑1 (MQ=255) gCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATAAAAATTTGTTAAATACCGTTTTTTAATCCGAGCTATAGTCTCAAAc > 1:1655385/1‑148 (MQ=255) cTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATAAAAATTTGTTAAATACCGTTTTTTAATCCGAGCTATAGTCTCAAAcc < 2:2205832/148‑1 (MQ=255) cTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATAAAAATTTGTTAAATACCGTTTTTTAATCCGAGCTATAGTCTCAAAcc < 1:1992718/148‑1 (MQ=255) cTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATAAAAATTTGTTAAATACCGTTTTTTAATCCGAGCTATAGTCTCAAAcc < 2:2589857/148‑1 (MQ=255) cgcgcTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATAAAAATTTGTTAAATACCGTTTTTTAATACGAGCTATAGTCTCAAACCATg > 2:3071839/1‑148 (MQ=255) cgcTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATAAAAATTTGTTAAATACCGTTTTTTAATCCGAGCTATAGTCTCAAACCCTGGc < 1:1010110/148‑1 (MQ=255) tGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATAAAAATTTGTTAAATACCGTTTTTTAATCCGAGCTATAGTCTCAAACCCTGGCTaa < 1:2536570/148‑1 (MQ=255) tGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATAAAAATTTGTTAAATACCGTTTTTTAATCCGAGCTATAGTCTCAAACCCTGGCTaa > 1:2398412/1‑148 (MQ=255) tGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATAAAAATTTGTTAAATACCGTTTTTTAATCCGAGCTATAGTCTCAAACCCTGGCTaa > 1:3552321/1‑148 (MQ=255) aaTTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATAAAAATTTGTTAAATACCGTTTTTTAATCCGAGCTATAGTCTCAAACCCTGGCTAAAGTTa < 2:1594092/148‑1 (MQ=255) ttATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATAAAAATTTGTTAAATACCGTTTTTTAATCCGAGCTATAGTCTCAAACCCTGGCTAAAGTTAtt < 2:745303/148‑1 (MQ=255) tATCTGCTGTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATAAAAATTTGTTAAATACCGTTTTTTAATCCGAGCTATAGTCTCAAACCCTGGCTAAAGTTATTc > 1:3458187/1‑148 (MQ=255) ctgctgTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATAAAAATTTGTTAAATACCGTTTTTTAATCCGAGCTATAGTCTCAAACCCTGGCTAAAGTTATTCTTg < 1:867402/148‑1 (MQ=255) gctgTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATAAAAATTTGTTAAATACCGTTTTTTAATCCGAGCTATAGTCTCAAACCCTGGCTAAAGTTATTCTTGCg > 1:849667/1‑148 (MQ=255) gctgTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATAAAAATTTGTTAAATACCGTTTTTTAATCCGAGCTATAGTCTCAAACCCTGGCTAAAGTTATACTTGCg > 2:3194721/1‑148 (MQ=255) ctgTTTTTAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATAAAAATTTTTTAAATACCATTTTTTAATCCGAGCTATATTCTCAAACCCTTGCTAAAGTTATTCTTGCGa > 1:3285730/1‑148 (MQ=255) ctgTTTTTAACCATTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATAAAAATTTGTTAAATACCGTTTTTTAATCCGAGCTATAGTCTCAAACCCTGGCTAAAGTTATTCTTGCGa < 2:1157909/148‑1 (MQ=255) tttAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATAAAAATTTGTTAAATACCGTTTTTTAATCCGAGCTATAGTCTCAAACCCTGGCTAAAGTTATTCTTGCGATGCtt < 2:34624/148‑1 (MQ=255) tttAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATAAAAATTTGTTAAATACCGTTTTTTAATCCGAGCTATAGTCTCAAACCCTGGCTAAAGTTATTCTTGCGATGCtt < 2:1716192/148‑1 (MQ=255) ttAACCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATAAAAATTTGTTAAATACCGTTTTTTAATCCGAGCTATAGTCTCAAACCCTGGCTAAAGTTATTCTTGCGATGCttt < 1:3054531/148‑1 (MQ=255) aaCCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATAAAAATTTGTTAAATACCGTTTTTTAATCCGAGCTATAGTCTCAAACCCTGGCTAAAGTTATTCTTGCGATGCTTTta < 2:1109361/148‑1 (MQ=255) aaCCTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATAAAAATTTGTTAAATACCGTTTTTTAATCCGAGCTATAGTCTCAAACCCTGGCTAAAGTTATTCTTGCGATGCTTTta < 2:2887342/148‑1 (MQ=255) ccTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATAAAAATTTGTTAAATACCGTTTTTTAATCCGAGCTATAGTCTCAAACCCTGGCTAAAGTTATTCTTGCGATGCTTTtata > 2:545311/1‑148 (MQ=255) ccTTTTTTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATAAAAATTTGTTAAATACCGTTTTTTAATCCGAGCTATAGTCTCAAACCCTGGCTAAAGTTATTCTTGCGATGCTTTtata < 1:2921686/148‑1 (MQ=255) ttttttTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATAAAAATTTGTTAAATACCGTTTTTTAATCCGAGCTATAGTCTCAAACCCTGGCTAAAGTTATTCTTGCGATGCTTTtatata > 1:2150508/1‑148 (MQ=255) | CCATCAACTGCTGTTACCGACTGATGATGAAGGGCAAAACAACGTTACCGAAAACTATTTCCTCCACTGATAACTCCTTTCGAGCACGCAGTCGCTGGTGCAGTGGCTGCGCGCTGCAAAATTATCTGCTGTTTTTAACCTTTTCTTAAAGATTATTTCACTTCTCTTGTGTCGATTTGGCTTTATCACATAGAGCAAATATGCATAAAAATTTGTTAAATACCGTTTTTTAATCCGAGCTATAGTCTCAAACCCTGGCTAAAGTTATTCTTGCGATGCTTTTATATA > CP009273/888820‑889107 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |