Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 103,352 | C→A | 39.7% | I103I (ATC→ATA) | lpxC → | UDP‑3‑O‑acyl N‑acetylglucosamine deacetylase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 103,352 | 0 | C | A | 39.7% | 252.2 / 198.7 | 201 | I103I (ATC→ATA) | lpxC | UDP‑3‑O‑acyl N‑acetylglucosamine deacetylase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (71/50); new base A (36/44); total (107/94) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.20e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 205 total aligned reads displayed.
CAAATCTGTGCGTGATACCATGCTCTGTACGTGTCTGGTCAACGAGCATGATGTACGGATTTCAACCGTAGAGCACCTCAATGCTGCTCTCGCGGGCTTGGGCATCGATAACATTGTTATCGAAGTTAACGCGCCGGAAATCCCGATCATGGACGGCAGCGCCGCTCCGTTTGTATACCTGCTGCTTGACGCCGGTATCGACGAGTTGAACTGCGCCAAAAAATTTGTTCGCATCAAAGAGACTGTTCGTGTCGAAGATGGCGATAAGTGGGCTGAATTTAAGCCGTACAATGGT > CP009273/103205‑103499 | cAAATCTGTGCGTGATACCATGCTCTGTACGTGTCTGGTCAACGAGCATGATGTACGGATTTCAACCGTAGAGCACCTCAATGCTGCTCTCGCGGGCTTGGGCATCGATAACATTGTTATCGAAGTTAACGCGCCGGAAATCCCGATc < 2:2550310/148‑1 (MQ=255) cTGTGCGTGATACCATGCTCTGTACGTGTCTGGTCAACGAGCATGATGTACGGATTTCAACCGTAGAGCACCTCAATGCTGCTCTCGCGGGCTTGGGCATCGATAACATTGTTATCGAAGTTAACGCGCCGGAAATCCCGATAATGGa < 2:1246859/148‑1 (MQ=255) cTGTGCGTGATACCATGCTCTGTACGTGTCTGGTCAACGAGCATGATGTACGGATTTCAACCGTAGAGCACCTCAATGCTGCTCTCGCGGGCTTGGGCATCGATAACATTGTTATCGAAGTTAACGCGCCGGAAATCCCGAGCATGGa > 1:2420983/1‑148 (MQ=255) cTGTGCGTGAAACCATGCTCTGTACGAGTCTGGTCAACGAGCATGATGTACGGATTTCAACCGTAGAGCACCTCAATGCTGCTCTCGCGGGCTTGGGCATCGATAACATTGTTATCGAAGTTAACGCGCCGGACATCCCGATCATGGa > 1:1356961/1‑148 (MQ=255) aTACCATGCTCTGTACGTGTCTGGTCAACGAGCATGATGTACGGATTTCAACCGTAGAGCACCTCAATGCTGCTCTCGCGGGCTTGGGCATCGATAACATTGTTATCGAAGTTAACGCGCCGGAAATCCCGATCATGGACGGCAgcgc > 2:199525/1‑148 (MQ=255) tACCATGCTCTGTACGTGTCTGGTCAACGAGCATGATGTACGGATTTCAACCGTAGAGCACCTCAATGCTGCTCTCGCGGGCTTGGGCATCGATAACATTGTTATCGAAGTTAACGCGCCGGAAATCCCGATCATGGACGGCAGcgcc > 2:255811/1‑148 (MQ=255) aCCATGCTCTGTACGTGTCTGGTCAACGAGCATGATGTACGGATTTCAACCGTAGAGCACCTCAATGCTGCTCTCGCGGGCTTGGGCATCGATAACATTGTTATCGAAGTTAACGCGCCGGAAATCCCGATCATGGACGGCAGcgccg < 1:1088908/148‑1 (MQ=255) aTGCTCTGTACGTGTCTGGTCAACGAGCATGATGTACGGATTTCAACCGTAGAGCACCTCAATGCTGCTCTCGCGGGCTTGGGCATCGATAACATTGTTATCGAAGTTAACGCGCCGGAAATCCCGATCATGGACGGCAGCGCCGCTc > 1:2843600/1‑148 (MQ=255) ctctGTACGTGTCTGGTCAACGAGCATGATGTACGGATTTCAACCGTAGAGCACCTCAATGCTGCTCTCGCGGGCTTGGGCATCGATAACATTGTTATCGAAGTTAACGCGCCGGAAATCCCGATAATGGACGGCAGCGCCGCTCCGt < 1:1912680/148‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |