| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 1,171,215 | C→A | 5.1% | V111V (GTC→GTA) | lolC → | lipoprotein‑releasing system transmembrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,171,215 | 0 | C | A | 5.1% | 607.9 / 8.1 | 157 | V111V (GTC→GTA) | lolC | lipoprotein‑releasing system transmembrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (74/75); new base A (4/4); total (78/79) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 | |||||||||||
Only 100 of 161 total aligned reads displayed.
GATGCCACAGGCAATTCTCTCTTCTGAGCATGGCTCTCTTAACCCGCAGCAACTCCCAGAAACGGCAGTCAAACTGGACGGCGTTAATCGCGTCGCACCTATTACTACCGGTGATGTGGTACTGCAAAGCGCGCGCAGCGTGGCGGTCGGGGTGATGCTCGGTATCGACCCGGCGCAAAAAGATCCACTTACACCGTATCTGGTCAATGTGAAACAAACTGACCTCGAGCCGGGGAAATATAATGTCATCCTCGGCGAACAACTTGCCTCACAGCTAGGCGTTAATCGCGGTGAT > CP009273/1171068‑1171362 | gATGCCACAGGCAATTCTCTCTTCTGAGCATGGCTCTCTTAACCCGCAGCAACTCCCAGAAACGGCAGTCAAACTGGACGGCGTTAATCGCGTCGCACCTATTACTACCGGTGATGTGGTACTGCAAAGCGCGCGCAGCGTGGCGGTc > 1:18339/1‑148 (MQ=255)gATGCCACAGGCAATTCTCTCTTCTGAGCAAGGCTCTCTTAACCCGCAGCAACTCCCAGAAACGGCAGTCAAACTGGACGGCGTTAATCGCGTCGCACCTATTACTACCGGTGATGTGGTACTGCAAAGCGCGCGCAGCGTGGCGGTc > 1:327229/1‑148 (MQ=255) gCCACAGGCAATTCTCTCTTCTGAGCATGGCTCTCTTAACCCGCAGCAACTCCCAGAAACGGCAGTCAAACTGGACGGCGTTAATCGCGTCGCACCTATTACTACCGGTGATGTGGTACTGCAAAGCGCGCGCAGCGTGGCGGTCggg > 2:1724935/1‑148 (MQ=255) ccACAGGCAATTCTCTCTTCTGAGCATGGCTCTCTTAACCCGCAGCAACTCCCAGAAACGGCAGTCAAACTGGACGGCGTTAATCGCGTCGCACCTATTACTACCGGTGATGTGGTACTGCAAAGCGCGCGCAGCGTGGCGGTCgggg > 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tATTACTACCGGTGATGTGGTACTGCAAAGCGCGCGCAGCGTGGCGGTAGGGGTGATGCTCGGTATCGACCCGGCGCAAAAAGATCCACTTACACCGTATCTGGTCAATGTGAAACAAACTGACCTCGAGCCGGGGAAATATAATGTc > 2:2718534/1‑148 (MQ=255) tactacCGGTGATGTGGTACTGCAAAGCGCGCGCAGCGTGGCGGTCGGGGTGATGCTCGGTATCGACCCGGCGCAAAAAGATCCACTTACACCGTATCTGGTCAATGTGAAACAAACTGACCTCGAGCCGGGGAAATATAATGTCATc < 2:2192212/148‑1 (MQ=255) actacCGGTGATGTGGTACTGCAAAGCGCGCGCAGCGTGGCGGTCGGGGTGATGCTCGGTATCGACCCGGCGCAAAAAGATCCACTTACACCGTATCTGGTCAATGTGAAACAAACTGACCTCGAGCCGGGGAAATATAATGTCATcc < 1:785230/148‑1 (MQ=255) tacCGGTGATGTGGTACTGCAAAGCGCGCGCAGCGTGGCGGTCGGGGTGATGCTCGGTATCGACCCGGCGCAAAAAGATCCACTTACACCGTATCTGGTCAATGTGAAACAAACTGACCTCGAGCCGGGGAAATATAATGTCATCCTc < 1:561456/148‑1 (MQ=255) acCGGTGATGTGGTACTGCAAAGCGCGCGCAGCGTGGCGGTAGGGGTGATGCTCGGTATCGACCCGGCGCAAAAAGATCCACTTACACCGTATCTGGTCAATGTGAAACAAACTGACCTCGAGCCGGGGAAATATAATGTCATCCTCg > 2:415835/1‑148 (MQ=255) cGGTGATGTGGTACTGCAAAGCGCGCGCAGCGTGGCGGTAGGGGTGATGCTCGGTATCGACCCGGCGCAAAAAGATCCACTTACACCGTATCTGGTCAATGTGAAACAAACTGACCTCGAGCCGGGGAAATATAATGTCATCCTCGGc > 1:1245477/1‑148 (MQ=255) aTGTGGTACTGCAAAGCGCGCGCAGCGTGGCGGTCGGGGTGATGCTCGGTATCGACCCGGCGCAAAAAGATCCACTTACACCGTATCTGGTCAATGTGAAACAAACTGACCTCGAGCCGGGGAAATATAATGTCATCCTCGGCGaaca > 2:773784/1‑148 (MQ=255) aTGTGGTACTGCAAAGCGCGCGCAGCGTGGCGGTCGGGGTGATGCTCGGTATCGACCCGGCGCAAAAAGATCCACTTACACCGTATCTGGTCAATGTGAAACAAACTGACCTCGAGCCGGGGAAATATAATGTCATCCTCGGCGaaca > 1:2150826/1‑148 (MQ=255) gtgGTACTGCAAAGCGCGCGCAGCGTGGCGGTCGGGGTGATGCTCGGTATCGACCCGGCGCAAAAAGATCCACTTACACCGTATCTGGTCAATGTGAAACAAACTGACCTCGAGCCGGGGAAATATAATGTCATCCTCGGCGaacaac > 1:2633803/1‑148 (MQ=255) aaGCGCGCGCAGCGTGGCGGTCGGGGTGATGCTCGGTATCGACCCGGCGCAAAAAGATCCACTTACACCGTATCTGGTCAATGTGAAACAAACTGACCTCGAGCCGGGGAAATATAATGTCATCCTCGGCGAACAACTTGCCTCACAg > 2:1452408/1‑148 (MQ=255) cgcgcAGCGTGGCGGTCGGGGTGATGCTCGGTATCGACCCGGCGCAAAAAGATCCACTTACACCGTATCTGGTCAATGTGAAACAAACTGACCTCGAGCCGGGGAAATATAATGTCATCCTCGGCGAACAACTTGCCTCACAGCTAgg < 2:3226448/148‑1 (MQ=255) cgcgcAGCGTGGCGGTCGGGGTGATGCTCGGTATCGACCCGGCGCAAAAAGATCCACTTACACCGTATCTGGTCAATGTGAAACAAACTGACCTCGAGCCGGGGAAATATAATGTCATCCTCGGCGAACAACTTGCCTCACAGCTAgg < 2:1453117/148‑1 (MQ=255) cgcAGCGTGGCGGTCGGGGTGATGCTCGGTATCGACCCGGCGCAAAAAGATCCACTTACACCGTATCTGGTCAATGTGAAACAAACTGACCTCGAGCCGGGGAAATATAATGTCATCCTCGGCGAACAACTTGCCTCACAGCTAGGCg < 1:1707677/148‑1 (MQ=255) aGCGTGGCGGTCGGGGTGATGCTCGGTATCGACCCGGCGCAAAAAGATCCACTTACACCGTATCTGGTCAATGTGAAACAAACTGACCTCGAGCCGGGGAAATATAATGTCATCCTCGGCGAACAACTTGCCTCACAGCTAGGCGTTa < 1:1478575/148‑1 (MQ=255) gCGTGGCGGTCGGGGTGATGCTCGGTATCGACCCGGCGCAAAAAGATCCACTTACACCGTATCTGGTCAATGTGAAACAAACTGACCTCGAGCCGGGGAAATATAATGTCATCCTCGGCGAACAACTTGCCTCACAGCTAGGCGTTaa < 1:2216432/148‑1 (MQ=255) gCGTGGCGGTCGGGGTGATGCTCGGTATCGACCCGGCGCAAAAAGATCCACTTACACCGTATCTGGTCAATGTGAAACAAACTGACCTCGAGCCGGGGAAATATAATGTCATCCTCGGCGAACAACTTGCCTCACAGCTAGGCGTTaa > 1:166847/1‑148 (MQ=255) gCGTGGCGGTCGGGGTGATGCTCGGTATCGACCCGGCGCAAAAAGATCCACTTACACCGTATCTGGTCAATGTGAAACAAACTGACCTCGAGCCGGGGAAATATAATGTCATCCTCGGCGAACAACTTGCCTCACAGCTAGGCGTTaa < 2:18339/148‑1 (MQ=255) gCGTGGCGGTCGGGGTGATGCTCGGTATCGACCCGGCGCAAAAAGATCCACTTACACCGTATCTGGTCAATGTGAAACAAACTGACCTCGAGCCGGGGAAATATAATGTCATCCTCGGCGAACAACTTGCCTCACAGCTAGGCGTTaa > 2:1276448/1‑148 (MQ=255) cGTGGCGGTCGGGGTGATGCTCGGTATCGACCCGGCGCAAAAAGATCCACTTACACCGTATCTGGTCAATGTGAAACAAACTGACCTCGAGCCGGGGAAATATAATGTCATCCTCGGCGAACAACTTGCCTCACAGCTAGGCGTTAAt > 1:2475436/1‑148 (MQ=255) gCGGTCGGGGTGATGCTCGGTATCGACCCGGCGCAAAAAGATCCACTTACACCGTATCTGGTCAATGTGAAACAAACTGACCTCGAGCCGGGGAAATATAATGTCATCCTCGGCGAACAACTTGCCTCACAGCTAGGCGTTAATcgcg > 2:3199764/1‑148 (MQ=255) | GATGCCACAGGCAATTCTCTCTTCTGAGCATGGCTCTCTTAACCCGCAGCAACTCCCAGAAACGGCAGTCAAACTGGACGGCGTTAATCGCGTCGCACCTATTACTACCGGTGATGTGGTACTGCAAAGCGCGCGCAGCGTGGCGGTCGGGGTGATGCTCGGTATCGACCCGGCGCAAAAAGATCCACTTACACCGTATCTGGTCAATGTGAAACAAACTGACCTCGAGCCGGGGAAATATAATGTCATCCTCGGCGAACAACTTGCCTCACAGCTAGGCGTTAATCGCGGTGAT > CP009273/1171068‑1171362 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |