Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 1,261,810 | G→A | 100% | A87A (GCG→GCA) | prmC → | N5‑glutamine methyltransferase, modifies release factors RF‑1 and RF‑2 |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 1,261,810 | 0 | G | A | 97.2% | 536.9 / 5.3 | 177 | A87A (GCG→GCA) | prmC | N5‑glutamine methyltransferase, modifies release factors RF‑1 and RF‑2 |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (3/2); new base A (97/74); total (101/76) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.85e-01 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 177 total aligned reads displayed.
TTCTCGCCTTTGGTGAAACGCAGCTGACTGACGAACAATGTCAGCAACTTGATGCGCTACTGACACGTCGTCGCGATGGTGAACCCATTGCTCATTTAACCGGGGTGCGAGAATTCTGGTCGTTGCCGTTATTTGTTTCGCCAGCGACCTTAATTCCGCGCCCGGATACGGAGTGTCTGGTGGAGCAGGCACTGGCGCGGTTGCCTGAACAACCTTGCCGTATTCTCGATCTCGGGACGGGTACCGGGGCGATTGCGCTTGCGCTGGCTAGCGAGCGCCCGGACTGCGAA > CP009273/1261665‑1261954 | tctcGCCTTTGGTGAAACGCAGCTGACTGACGAACAATGTCAGCAACTTGATGCGCTACTGACACGTCGTCGCGATGGTGAACCCATTGCTCATTTAACCGGGGTGCGAGAATTCTGGTCGTTGCCGTTATTTGTTTCGCCAGCAAcc < 2:1014186/148‑1 (MQ=255) tttGGTGAAACGCAGCTGACTGACGAACAATGTCAGCAACTTGATGCGCTACTGACACGTCGTCGCGATGGTGAACCCATTGCTCATTTAACCGGGGTGCGAGAATTCTGGTCGTTGCCGTTATTTGTTTAGCCAGCAACCTTAATTc > 1:1862090/1‑148 (MQ=255) ttGGTGAAACGCAGCTGACTGACGAACAATGTCAGCAACTTGATGCGCTACTGACACGTCGTCGCGATGGTGAACCCATTGCTCATTTAACCGGGGTGCGAGAATTCTGGTCGTTGCCGTTATTTGTTTGGCCAGCAACCATAAttac > 1:1507878/1‑146 (MQ=255) gAAACGCAGCTGACTGACGAACAATGTCAGCAACTTGATGCGCTACTGACACGTCGTCGCGATGGTGAACCCATTGCTCATTTAACCGGGGTGCGAGAATTCTGGTCGTTGCCGTTATTTGTTTCGCCAGCAACCTTAATTCCGCGcc < 2:640544/148‑1 (MQ=255) cGCAGCTGACTGACGAACAATGTCAGCAACTTGATGCGCTACTGACACGTCGTCGCGATGGTGAACCCATTGCTCATTTAACCGGGGTGCGAGAATTCTGGTCGTTGCCGTTATTTGTTTCGCCAGCAACCTTAATTCCGCGCCCGGa < 2:59783/148‑1 (MQ=255) cGCAGCTGACTGACGAACAATGTCAGCAACTTGATGCGCTACTGACACGTCGTCGCGATGGTGAACCCATTGCTCATTTAACCGGGGTGCGAGAATTCTGGTCGTTGCCGTTATTTGTTTCGCCAGCAACCTTAATTCCGCGCCCGGa > 1:2711039/1‑148 (MQ=255) cGCAGCTGACTGACGAACAATGTCAGCAACTTGATGCGCTACTGACACGTCGTCGCGATGGTGAACCCATTGCTCATTTAACCGGGGTGCGAGAATTCTGGTCGTTGCCGTTATTTGTTTCGCCAGCAACCATAATTCCGCGCCCGGa > 1:2182443/1‑148 (MQ=255) cGCAGCTGACTGACGAACAATGTCAGCAACTTGATGCGCTACTGACACGTCGTCGCGATGGTGAACCCATTGCTCATTTAACCGGGGTGCGAGAATTCTGGTCGTTGCCGTTATTTGTTTCGCCACCAACCTTAATTAAGCGCCCggc > 1:346183/1‑147 (MQ=255) gCTGACTGACGAACAATGTCAGCAACTTGATGCGCTACTGACACGTCGTCGCGATGGTGAACCCATTGCTCATTTAACCGGGGTGCGAGAATTCTGGTCGTTGCCGTTATTTGTTTCGCCAGCAACCTTAATTCCGCGCCCGGATACg > 1:1773013/1‑148 (MQ=255) gactgacGAACAATGTCAGCAACTTGATGCGCTACTGACACGTCGTCGCGATGGTGAACCCATTGCTCATTTAACCGGGGTGCGAGAATTCTGGTCGTTGCCGTTATTTGTTTCGCCAGCAACCTTTATTCCGCGCCCGGATACGGAg < 2:3403256/148‑1 (MQ=255) gactgacGAACAATGTCAGCAACTTGATGCGCTACTGACACGTCGTCGCGATGGTGAACCCATTGCTCATTTAACCGGGGTGCGAGAATTCTGGTCGTTGCCGTTATTTGTTTCGCCAGCAACCTTAATTCCGCGCCCGGATACGGAg > 1:2947307/1‑148 (MQ=255) actgacGAACAATGTCAGCAACTTGATGCGCTACTGACACGTCGTCGCGATGGTGAACCCATTGCTCATTTAACCGGGGTGCGAGAATTCTGGTCGTTGCCGTTATTTGTTTCGCCAGCAACCTTAATTCCGCGCCCGGATACGGAgt > 2:3399454/1‑148 (MQ=255) actgacGAACAATGTCAGCAACTTGATGCGCTACTGACACGTCGTCGCGATGGTGAACCCATTGCTCATTTAACCGGGGTGCGAGAATTCTGGTCGTTGCCGTTATTTGTTTCGCCAGCAACCTTAATTCCGCGCCCGGATACGGAgt > 2:3347338/1‑148 (MQ=255) actgacGAACAATGTCAGCAACTTGATGCGCTACTGACACGTCGTCGCGATGGTGAACCCATTGCTCATTTAACCGGGGTGCGAGAATTCTGGTCGTTGCCGTTATTTGTTTCGCCAGCAACCTTAATTCCGCGCCCGGATACGGAgt > 2:562929/1‑148 (MQ=255) ctgacGAACAATGTCAGCAACTTGATGCGCTACTGACACGTCGTCGCGATGGTGAACCCATTGCTCATTTAACCGGGGTGCGAGAATTCTGGTCGTTGCCGTTATTTGTTTCGCCAGCAACCTTAATTCCGCGCCCGGATACGGAgtg > 2:3318216/1‑148 (MQ=255) tgacGAACAATGTCAGCAACTTGATGCGCTACTGACACGTCGTCGCGATGGTGAACCCATTGCTCATTTAACCGGGGTGCGAGAATTCTGGTCGTTGCCGTTATTTGTTTCGCCAGCAACCTTAATTCCGCGCCCGGATACGGAgtgt < 1:3353281/148‑1 (MQ=255) tgacGAACAATGTCAGCAACTTGATGCGCTACTGACACGTCGTCGCGATGGTGAACCCATTGCTCATTTAACCGGGGTGCGAGAATTCTGGTCGTTGCCGTTATTTGTTTCGCCAGCAACCTTAATTCCGCGCCCGGATACGGAgtgt > 2:2829052/1‑148 (MQ=255) acGAACAATGTCAGCAACTTGATGCGCTACTGACACGTCGTCGCGATGGTGAACCCATTGCTCATTTAACCGGGGTGCGAGAATTCTGGTCGTTGCCGTTATTTGTTTCGCCAGCAACCTTAATTCCGCGCCCGGATACGGAGTGTCt < 1:3081768/148‑1 (MQ=255) cGAACAATGTCAGCAACTTGATGCGCTACTGACACGTCGTCGCGATGGTGAACCCATTGCTCATTTAACCGGGGTGCGAGAATTCTGGTCGTTGCCGTTATTTGTTTCGCCAGCAACCTTAATTCCGCGCCCGGATACGGAGTGTCtg < 1:1303945/148‑1 (MQ=255) 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cAATGTCAGCAACTTGATGCGCTACTGACACGTCGTCGCGATGGTGAACCCATTGCTCATTTAACCGGGGTGCGAGAATTCTGGTCGTTGCCGTTATTTGTTTCGCCAGCAACCTTAATTACGCGCCCGGATACGGAGTGGCtggtgg > 1:684322/1‑148 (MQ=255) tGTCAGCAACTTGATGCGCTACTGACACGTCGTCGCGATGGTGAACCCATTGCTCATTTAACCGGGGTGCGAGAATTCTGGTCGTTGCCGTTATTTGTTTCGCCAGCAACCTTAATTCCGCGCCCGGATACGGAGTGTCTGGTGGAGc < 2:573649/148‑1 (MQ=255) gTCAGCAACTTGATGCGCTACTGACACGTCGTCGCGATGGTGAACCCATTGCTCATTTAACCGGGGTGCGAGAATTCTGGTCGTTGCCGTTATTTGTTTCGCCAGCAACCATAATTCCGCGCCCGGATACGGAGTGTCTGGTGGAGCa > 1:1001619/1‑148 (MQ=255) cTTGATGCGCTACTGACACGTCGTCGCGATGGTGAACCCATTGCTCATTTAACCGGGGTGCGAGAATTCTGGTCGTTGCCGTTATTTGTTTCGCCAGCAACCTTAATTCCGCGCCCGGATACGGAGTGTCTGGTGGAGCAGGCACTgg > 1:1432359/1‑148 (MQ=255) aTGCGCTACTGACACGTCGTCGCGATGGTGAACCCATTGCTCATTTAACCGGGGTGCGAGAATTCTGGTCGTTGCCGTTATTTGTTTCGCCAGCAACCATAATTCCGCGCCCGGATACGGAGTGTCTGGTGGAGCAGGCACTGGcgcg > 1:3009376/1‑148 (MQ=255) aTGCGCTACTGACACGTCGTCGCGATGGTGAACCCATTGCTCATTTAACCGGGGTGCGAGAATTCTGGTCGTTGCCGTTATTTGTTTAGCCCGCAACCTTAATTCCGCGCCCGGATACGGAGTGTCTGGTGGAGCAGGCACTGGcgcg > 1:1007069/1‑148 (MQ=255) tGCGCTACTGACACGTCGTCGCGATGGTGAACCCATTGCTCATTTAACCGGGGTGCGAGAATTCTGGTCGTTGCCGTTATTTGTTTCGCCAGCAACCTTAATTCCGCGCCCGGATACGGAGTGTCTGGTGGAGCAGGCACTGGCGCgg < 1:1142561/148‑1 (MQ=255) gcgcTACTGACACGTCGTCGCGATGGTGAACCCATTGCTCATTTAACCGGGGTGCGAGAATTCTGGTCGTTGCCGTTATTTGTTTCGCCAGCAACCTTAATTCCGCGCCCGGATACGGAGTGTCTGGTGGAGCAGGCACTGGCGCGGt < 2:1668850/148‑1 (MQ=255) tACTGACACGTCGTCGCGATGGTGAACCCATTGCTCATTTAACCGGGGTGCGAGAATTCTGGTCGTTGCCGTTATTTGTTTCGCCAGCAACCTTAATTCCGCGCCCGGATACGGAGTGTCTGGTGGAGCAGGCACTGGCGCGGTTGcc < 2:555469/148‑1 (MQ=255) tACTGACACGTCGTCGCGATGGTGAACCCATTGCTCATTTAACCGGGGTGCGAGAATTCTGGTCGTTGCCGTTATTTGTTTCGCCAGCAACCTTAATTCCGCGCCCGGATACGGAGTGTCTGGTGGAGCAGGCACTGGCGCGGTTGcc < 2:2505340/148‑1 (MQ=255) 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tGGTGAACCCATTGCTCATTTAACCGGGGTGCGAGAATTCTGGTCGTTGCCGTTATTTGTTTCGCCAGCAACCTTAATTCCGCGCCCGGATACGGAGTGTCTGGTGGAGCAGGCACTGGCGCGGTTGCCTGAACAACCTTGCCGTAtt < 2:932196/148‑1 (MQ=255) tGGTGAACCCATTGCTCATTTAACCGGGGTGCGAGAATTCTGGTCGTTGCCGTTATTTGTTTCGCCAGCAACCTTAATTCCGCGCCCGGATACGGAGTGTCTGGTGGAGCAGGCACTGGCGCGGTTGCCTGAACAACCTTGCCGTAtt > 2:3544033/1‑148 (MQ=255) tGGTGAACCCATTGCTCATTTAACCGGGGTGCGAGAATTCTGGTCGTTGCCGTTATTTGTTTCGCCAGCAACCATAATTACGCGCCCCGATACGGAGTGTCTGGTGGTGCAGGCACTGGCGCGGTTGCCAGAACAACCTTGCCGTAtt > 1:2738735/1‑148 (MQ=255) ggTGAACCCATTGCTCATTTAACCGGGGTGCGAGAATTCTGGTCGTTGCCGTTATTTGTTTCGCCAGCAACCTTAATTCCGCGCCCGGATACGGAGTGTCTGGTGGAGCAGGCACTGGCGCGGTTGCCTGAACAACCTTGCCGTATtc < 1:3248314/148‑1 (MQ=255) ggTGAACCCATTGCTCATTTAACCGGGGTGCGAGAATTCTGGTCGTTGCCGTTATTTGTTTCGCCAGCAACCTTAATTCCGCGCCCGGATACGGAGAGTCTGGTGTAGCAGGCAATGGCGCGGTTGCCTGAACAACCAAGCCGTAAtc > 2:1905150/1‑148 (MQ=255) 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ttCTGGTCGTTGCCGTTATTTGTTTCGCCAGCAACCTTAATTCCGCGCCCGGATACGGAGTGTCTGGTGGAGCAGGCACTGGCGCGGTTGCCTGAACAACCTTGCCGTATTCTCGATCTCGGGACGGGTACCGGGGCGAttgcgcttg < 1:1916996/148‑1 (MQ=255) ttCTGGTCGTTGCCGTTATTTGTTTCGCCAGCAACCTTAATTCCGCGCCCGGATACGGAGTGTCTGGTGGAGCAGGCACTGGCGCGGTTGCCTGAACAACCTTGCCGTATTCTCGATCTCGGGACGGGTACCGGGGCGAttgcgcttg < 1:1465671/148‑1 (MQ=255) cTGGTCGTTGCCGTTATTTGTTTCGCCAGCGACCTTAATTCCGCGCCCGGATACGGAGTGTCTGGTGGAGCAGGCACTGGCGCGGTTGCCTGAACAACCTTGCCGTATTCTCGATCTCGGGACGGGTACCGGGGCGAttgcgcttgcg < 2:3375624/148‑1 (MQ=255) cTGGTCGTTGCCGTTATTTGTTTCGCCAGCAACCTTAATTCCGCGCCCGGATACGGAGTGTCTGGTGGAGCAGGCACTGGCGCGGTTGCCTGAACAACCTTGCCGTATTCTCGATCTCGGGACGGGTACCGGGGCGAttgcgcttgcg < 1:677350/148‑1 (MQ=255) gTCGTTGCCGTTATTTGTTTCGCCAGCAACCTTAATTCCGCGCCCGGATACGGAGTGTCTGGTGGAGCAGGCACTGGCGCGGTTGCCTGAACAACCTTGCCGTATTCTCGATCTCGGGACGGGTACCGGGGCGATTGCGCTTGCGCTg > 2:779477/1‑148 (MQ=255) 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tttGTTTCGCCAGCAACCTTAATTCCGCGCCCGGATACGGAGTGTCTGGTGGAGCAGGCACTGGCGCGGTTGCCTGAACAACCTTGCCGTATTCTCGATCTCGGGACGGGTACCGGGGCGATTGCGCTTGCGCTGGCTAGCTAGCGcc < 2:2981683/148‑1 (MQ=255) ttGTTTCGCCAGCAACCTTAATTCCGCGCCCGGATACGGAGTGTCTGGTGGAGCAGGCACTGGCGCGGTTGCCTGAACAACCTTGCCGTATTCTCGATCTCGGGACGGGTACCGGGGCGATTGCGCTTGCGCTGGCTAGCGAGCGccc > 2:2458223/1‑148 (MQ=255) tGTTTCGCCAGCAACCTTAATTCCGCGCCCGGATACGGAGTGTCTGGTGGAGCAGGCACTGGCGCGGTTGCCTGAACAACCTTGCCGTATTCTCGATCTCGGGACGGGTACCGGGGCGATTGCGCTTGCGCTGGCTAGCGAGCGCCCg > 1:2393061/1‑148 (MQ=255) tGTTTCGCCAGCAACCTTAATTCCGCGCCCGGATACGGAGTGTCTGGTGGAGCAGGCACTGGCGCGGTTGCCTGAACAACCTTGCCGTATTCTCGATCTCGGGACGGGTACCGGGGCGATTGCGCTTGCGCTGGCTAGCGAGCGCCCg > 1:1697697/1‑148 (MQ=255) tGTTTCGCCAGCAACCTTAATTCCGCGCCCGGATACGGAGTGTCTGGTGGAGCAGGCACTGGCGCGGTTGCCTGAACAACCTTGCCGTATTCTCGATCTCGGGACGGGTACCGGGGCGATTGCGCTTGCGCTGGCTAGCGAGCGCCCg < 2:1845118/148‑1 (MQ=255) 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aGCAACCTTAATTCCGCGCCCGGATACGGAGTGTCTGGTGGAGCAGGCACTGGCGCGGTTGCCTGAACAACCTTGCCGTATTCTCGATCTCGGGACGGGTACCGGGGCGATTGCGCTTGCGCTGGCTAGCGAGCGCCCGGACTGCGaa < 1:472133/148‑1 (MQ=255) | TTCTCGCCTTTGGTGAAACGCAGCTGACTGACGAACAATGTCAGCAACTTGATGCGCTACTGACACGTCGTCGCGATGGTGAACCCATTGCTCATTTAACCGGGGTGCGAGAATTCTGGTCGTTGCCGTTATTTGTTTCGCCAGCGACCTTAATTCCGCGCCCGGATACGGAGTGTCTGGTGGAGCAGGCACTGGCGCGGTTGCCTGAACAACCTTGCCGTATTCTCGATCTCGGGACGGGTACCGGGGCGATTGCGCTTGCGCTGGCTAGCGAGCGCCCGGACTGCGAA > CP009273/1261665‑1261954 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |