Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 1,318,829 | G→T | 40.3% | E159* (GAA→TAA) | yciO → | putative RNA binding protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 1,318,829 | 0 | G | T | 40.3% | 262.6 / 239.7 | 233 | E159* (GAA→TAA) | yciO | putative RNA binding protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (57/82); new base T (43/51); total (100/133) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.02e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 |
Only 100 of 243 total aligned reads displayed.
TCTGTTGCAGGAAAAACGCAAAACCATCGGTATGCGTGTGCCTTCTAACCCTATCGCTCAGGCGTTACTTGAAGCATTGGGCGAACCGATGCTTTCCACTTCGCTAATGCTGCCAGGCAGCGAATTTACCGAATCGGACCCGGAAGAAATTAAAGATCGTCTGGAAAAACAGGTAGATTTGATTATTCACGGCGGCTATCTCGGGCAGAAACCGACAACGGTTATTGATCTTACCGATGATACGCCGGTCGTGGTGCGTGAAGGCGTAGGTGATGTGAAGCCTTTCTTATAAC > CP009273/1318684‑1318976 | tCTGTTGCAGGAAAAACGCAAAACCATCGGTATGCGTGTGCCTTCTAACCCTATCGCTCAGGCGTTACTTGAAGCATTGGGCGAACCGATGCTTTCCACTTCGCTAATGCTGCCAGGCAGCGAATTTACCGAATCGGACCCGgaataa > 1:1435940/1‑148 (MQ=255) tCTGTTGCAGGAAAAACGCAAAACCATCGGTATGCGTGTGCCTTCTAACCCTATCGCTCAGGCGTTACTTGAAGCATTGGGCGAACCGATGCTTTCCACTTCGCTAATGCTGCCAGGCAGCGAATTTACCGAATCGGACCCGgaataa > 2:2340020/1‑148 (MQ=255) tCTGTTGCAGGAAAAACGCAAAACCATCGGTATGCGTGTGCCTTCTAACCCTATCGCTCAGGCGTTACTTGAAGCATTGGGCGAACCGATGCTTTCCACTTCGCTAATGCTGCCAGGCAGCGAATTTACCGAATCGGACCCGgaagaa < 2:2635691/148‑1 (MQ=255) cTGTTGCAGGAAAAACGTAAAACCATCGGTATGCGTGTGCCTTCTAACCCTATCGCTCAGGCGTTACTTGAAGCATTGGGCGAACCGATGCTTTCCACTTCGCTAATGCTGCCAGGCAGCGAATTTACCGAATCGGACCCGGAAGaaa > 2:2382619/1‑148 (MQ=255) tGTTGCAGGAAAAACGCAAAACCATCGGTATGCGTGTGCCTTCTAACCCTATCGCTCAGGCGTTACTTGAAGCATTGGGCGAACCGATGCTTTCCACTTCGCTAATGCTGCCAGGCAGCGAATTTACCGAATCGGACCCGGAAGAAAt < 1:341814/148‑1 (MQ=255) gTTGCAGGAAAAACGCAAAACCATCGGTATGCGTGTGCCTTCTAACCCTATCGCTCAGGCGTTACTTGAAGCATTGGGCGAACCGATGCTTTCCACTTCGCTAATGCTGCCAGGCAGCGAATTTACCGAATCGGACCCGGAAGAAAtt > 1:2213196/1‑148 (MQ=255) ggAAAAACGCAAAACCATCGGTATGCGTGTGCCTTCTAACCCTATCGCTCAGGCGTTACTTGAAGCATTGGGCGAACCGATGCTTTCCACTTCGCTAATGCTGCCAGGCAGCGAATTTACCGAATCGGACCCGGAATAAATTAAAGAt < 1:1549238/148‑1 (MQ=255) ggAAAAACGCAAAACCATCGGTATGCGTGTGCCTTCTAACCCTATCGCTCAGGCGTTACTTGAAGCATTGGGCGAACCGATGCTTTCCACTTCGCTAATGCTGCCAGGCAGCGAATTTACCGAATCGGACCCGGAAGAAATTAAAGAt < 1:2345673/148‑1 (MQ=255) ggAAAAACGCAAAACCATCGGTATGCGTGTGCCTTCTAACCCTATCGCTCAGGCGTTACTTGAAGCATTGGGCGAACCGATGCTTTCCACTTCGCTAATGCTGCCAGGCAGCGAATTTACCGAATCGGACCCGGAAGAAATTAAAGAt < 2:2055527/148‑1 (MQ=255) 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agaaATTAAAGATCGTCTGGAAAAACAGGTAGATTTGATTATTCACGGCGGCTATCTCGGGCAGAAACCGACAACGGTTATTGATCTTACCGATGATACGCCGGTCGTGGTGCGTGAAGGCGTAGGTGATGTGAAGCCTTTCTTATaa > 2:2238705/1‑148 (MQ=255) | TCTGTTGCAGGAAAAACGCAAAACCATCGGTATGCGTGTGCCTTCTAACCCTATCGCTCAGGCGTTACTTGAAGCATTGGGCGAACCGATGCTTTCCACTTCGCTAATGCTGCCAGGCAGCGAATTTACCGAATCGGACCCGGAAGAAATTAAAGATCGTCTGGAAAAACAGGTAGATTTGATTATTCACGGCGGCTATCTCGGGCAGAAACCGACAACGGTTATTGATCTTACCGATGATACGCCGGTCGTGGTGCGTGAAGGCGTAGGTGATGTGAAGCCTTTCTTATAAC > CP009273/1318684‑1318976 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |