| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 1,489,422 | T→A | 7.0% | intergenic (‑94/‑123) | ydcI ← / → ydcJ | putative DNA‑binding transcriptional regulator/putative metalloenzyme |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,489,422 | 0 | T | A | 7.0% | 694.9 / 33.4 | 227 | intergenic (‑94/‑123) | ydcI/ydcJ | putative DNA‑binding transcriptional regulator/putative metalloenzyme |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (110/101); new base A (6/10); total (116/111) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.06e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.89e-01 | |||||||||||
Only 100 of 231 total aligned reads displayed.
TGTATGAAGGTGGCGCAAACGGATGCGCTGACTAAACAGACTATTTTTTTCCATAAGCGATGTTAAAAACGAAGCGGTGTCGCTGACAAGTGAAGTTGTTTGATTATGATAACTTGATTGCAAAATATTATTAACAATTAAAGCAATTATGTTACAGCAAAATGGATAATATTGATGTTTTCGCGGCGAGATCACAGTTTGTAAATTCTTCCCGCAAGAGTGAATGCGGTTACCTACACTCCAGATTACTGACCACTGGAGGCAGACACTATGGCGAACAGCATCACGGCGGAT > CP009273/1489275‑1489568 | aTGAAGGTGGCGCAAACGGATGCGCTGACTAAACAGACTATTTTTTTCCATAAGCGATGTTAAAAACGAAGCGGTGTCGCTGACAAGTGAAGTTGTTTGATTATGATAACTTGATTGCAAAATATTATTAACAATTAAAGCAATTATg > 1:3445841/1‑148 (MQ=255) aTGAAGGTGGCGCAAACGGATGCGCTGACTAAACAGACTATTTTTTTCCATAAGCGATGTTAAAAACGAAGCGGTGTCGCTGACAAGTGAAGTTGTTTGATTATGATAACTTGATTGCAAAATATTATTAACAATTAAAGCAATTATg > 2:1776692/1‑148 (MQ=255) gAAGGTGGCGCAAACGGATGCGCTGACTAAACAGACTATTTTTTTCCATAAGCGATGTTAAAAACGAAGCGGTGTCGCTGACAAGTGAAGTTGTTTGATTATGATAACTTGATTGCAAAATATTATTAACAATTAAAGCAATTATGtt < 2:2388140/148‑1 (MQ=255) gAAGGTGGCGCAAACGGATGCGCTGACTAAACAGACTATTTTTTTCCATAAGCGATGTTAAAAACGAAGCGGTGTCGCTGACAAGTGAAGTTGTTTGATTATGATAACTTGATTGCAAAATATTATTAACAATTAAAGCAATTATGtt 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ttATGTTACAGCAAAATGGATAATATTGATGTTTTCGCGGCGAGATCACAGTTTGTAAATTCTTCCCGCAAGAGTGAATGCGGTTACCTACACTCCAGATTACTGACCACTGGAGGCAGACACTATGGCGAACAGCATCACGGCGGAt > 1:1952969/1‑148 (MQ=255) | TGTATGAAGGTGGCGCAAACGGATGCGCTGACTAAACAGACTATTTTTTTCCATAAGCGATGTTAAAAACGAAGCGGTGTCGCTGACAAGTGAAGTTGTTTGATTATGATAACTTGATTGCAAAATATTATTAACAATTAAAGCAATTATGTTACAGCAAAATGGATAATATTGATGTTTTCGCGGCGAGATCACAGTTTGTAAATTCTTCCCGCAAGAGTGAATGCGGTTACCTACACTCCAGATTACTGACCACTGGAGGCAGACACTATGGCGAACAGCATCACGGCGGAT > CP009273/1489275‑1489568 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |