| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 1,514,060 | A→T | 19.4% | P259P (CCA→CCT) | curA → | curcumin/dihydrocurcumin reductase, NADPH‑dependent |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,514,060 | 0 | A | T | 19.4% | 516.4 / 115.1 | 217 | P259P (CCA→CCT) | curA | curcumin/dihydrocurcumin reductase, NADPH‑dependent |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (93/82); new base T (26/16); total (119/98) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.88e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.65e-01 | |||||||||||
Only 100 of 217 total aligned reads displayed.
GCGAAAGCGTGCCCAAAAGGTATTGATATCTATTATGAAAACGTGGGCGGTAAGGTATTCGATGCGGTGCTACCGTTACTTAATACATCTGCGCGCATTCCCGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCACCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTCAGGATTATGGTCACCGCATCCATGAGTTTCAGAGGGAGATGGGGCAATGGGTGAAAGAGGATA > CP009273/1513917‑1514202 | gCGAAAGCGTGCCCAAAAGGTATTGATATCTATTATGAAAACGTGGGCGGTAAGGTATTCGATGCGGTGCTACCGTTACTTAATACATCTGCGCGCATTCCCGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCACCCg > 1:2607659/1‑148 (MQ=255) aaGCGTGCCCAAAAGGTATTGATATCTATTATGAAAACGTGGGCGGTAAGGTATTCGATGCGGTGCTACCGTTACTTAATACATCTGCGCGCATTCCCGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCACCCGGTcc > 2:1839478/1‑148 (MQ=255) aGCGTGCCCAAAAGGTATTGATATCTATTATGAAAACGTGGGCGGTAAGGTATTCGATGCGGTGCTACCGTTACTTAATACATCTGCGCGCATTCCCGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCACCCGGTCCg > 1:2389652/1‑148 (MQ=255) cGTGCCCAAAAGGTATTGATATCTATTATGAAAACGTGGGCGGTAAGGTATTCGATGCGGTGCTACCGTTACTTAATACATCTGCGCGCATTCCCGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCACCCGGTCCGGa < 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aaaGGTATTGATATCTATTATGAAAACGTGGGCGGTAAGGTATTCGATGCGGTGCTACCGTTACTTAATACATCTGCGCGCATTCCCGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCTCCCGGTCCGGATCGTTTAc < 2:3357273/148‑1 (MQ=255) aaaGGTATTGATATCTATTATGAAAACGTGGGCGGTAAGGTATTCGATGCGGTGCTACCGTTACTTAATACATCTGCGCGCATTCCCGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCTCCCGGTCCGGATCGTTTAc > 2:1545294/1‑148 (MQ=255) aaaGGTATTGATATCTATTATGAAAACGTGGGCGGTAAGGTATTCGATGCGGTGCTACCGTTACTTAATACATCTGCGCGCATTCCCGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCACCCGGTCCGGATCGTTTAc < 2:1666731/148‑1 (MQ=255) ggTATTGATATCTATTATGAAAACGTGGGCGGTAAGGTATTCGATGCGGTGCTACCGTTACTTAATACATCTGCGCGCATTCCCGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCACCCGGTCCGGATCGTTTACctc > 2:846270/1‑148 (MQ=255) gTATTGATATCTATTATGAAAACGTGGGCGGTAAGGTATTCGATGCGGTGCTACCGTTACTTAATACATCTGCGCGCATTCCCGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCACCCGGTCCGGATCGTTTACctct < 2:1444044/148‑1 (MQ=255) 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cccGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCTCCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTCAGGATTATGGTCACCGCATCCATg > 2:1858501/1‑148 (MQ=255) ccGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCTCCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTCAGGATTATGGTCACCGCATCCATGa < 2:1710299/148‑1 (MQ=255) cGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCACCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTCAGGATTATGGTCACCGCATCCATGAg < 2:136640/148‑1 (MQ=255) gTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCTCCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTCAGGATTATGGTCACCGCATCCATGAGt < 1:1859697/148‑1 (MQ=255) tCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCACCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTCAGGATTATGGTCACCGCATCCATGAGtt < 2:673883/148‑1 (MQ=255) tCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCACCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTCAGGATTATGGTCACCGCATCCATGAGtt > 2:2356689/1‑148 (MQ=255) tCTGCGGATGAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCTCCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTCAGGATTATGGTCACCGCATCCATGAGtt < 2:2459904/148‑1 (MQ=255) cTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCTCCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTCAGGATTATGGTCACCGCATCCATGAGttt > 2:432845/1‑148 (MQ=255) cTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCACCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTCAGGATTATGGTCACCGCATCCATGAGttt > 1:3433309/1‑148 (MQ=255) cTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCACCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTCAGGATTATGGTCACCGCATCCATGAGttt < 2:617909/148‑1 (MQ=255) tGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCTCCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTCAGGATTATGGTCACCGCATCCATGAGTTTc > 2:2740032/1‑148 (MQ=255) gCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCACCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTCAGGATTATGGTCACCGCATCCATGAGTTTCa > 2:2871346/1‑148 (MQ=255) gATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCACCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTCAGGATTATGGTCACCGCATCCATGAGTTTCagag < 2:2214609/148‑1 (MQ=255) aTTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCACCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTCAGGATTATGGTCACCGCATCCATGAGTTTCAGAgg > 2:853429/1‑148 (MQ=255) ttAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCTCCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTCAGGATTATGGTCACCGCATCCATGAGTTTCAGAggg > 1:2565636/1‑148 (MQ=255) ttAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCACCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTCAGGATTATGGTCACCGCATCCATGAGTTTCAGAggg < 2:3096417/148‑1 (MQ=255) gTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCACCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTCAGGATTATGGTCACCGCATCCATGAGTTTCAGAGGgata > 1:54008/1‑146 (MQ=255) cagcTATAACGCTACAGAGCTACCACCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTCAGGATTATGGTCACCGCATCCATGAGTTTCAGAGGGATATgggg < 2:1009740/148‑1 (MQ=255) gcTATAACGCTACAGAGCTACCACCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTCAGGATTATGGTCACCGCATCCATGAGTTTCAGAGGGATATGGGGCa > 1:672031/1‑148 (MQ=255) cTATAACGCTACAGAGCTACCACCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTCAGGATTATGGTCACCGCATCCATGAGTTTCAGAGGGATATGGGGCaa > 1:3011661/1‑148 (MQ=255) taACGCTACAGAGCTACCACCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTCAGGATTATGGTCACCGCATCCATGAGTTTCAGAGGGATATGGGGCAATgg > 1:298802/1‑148 (MQ=255) taACGCTACAGAGCTACCACCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTCAGGATTATGGTCACCGCATCCATGAGTTTCAGAGGGATATGGGGCAATgg < 1:597789/148‑1 (MQ=255) aCGCTACAGAGCTACCACCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTCAGGATTATGGTCACCGCATCCATGAGTTTCAGAGGGATATGGGGCAATGGGt > 1:3310759/1‑148 (MQ=255) aCGCTACAGAGCTACCACCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTCAGGATTATGGTCACCGCATCCATGAGTTTCAGAGGGATATGGGGCAATGGGt > 2:1874459/1‑148 (MQ=255) cAGAGCTACCTCCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTCAGGATTATGGTCACCGCATCCATGAGTTTCAGAGGGATATGGGGCAATGGGTGAAaga > 1:3290494/1‑148 (MQ=255) cTACCACCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTCAGGATTATGGTCACCGCATCCATGAGTTTCAGAGGGATATGGGGCACTGGGTGAAAGAGGATa > 1:1543134/1‑148 (MQ=255) | GCGAAAGCGTGCCCAAAAGGTATTGATATCTATTATGAAAACGTGGGCGGTAAGGTATTCGATGCGGTGCTACCGTTACTTAATACATCTGCGCGCATTCCCGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCACCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTCAGGATTATGGTCACCGCATCCATGAGTTTCAGAGGGAGATGGGGCAATGGGTGAAAGAGGATA > CP009273/1513917‑1514202 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |