Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 1,574,523 | T→A | 100% | L175F (TTA→TTT) | ydeM ← | putative YdeN‑specific sulfatase‑maturating enzyme |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 1,574,523 | 0 | T | A | 96.9% | 848.3 / 11.3 | 261 | L175F (TTA→TTT) | ydeM | putative YdeN‑specific sulfatase‑maturating enzyme |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (5/3); new base A (128/125); total (133/128) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.23e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.91e-01 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 264 total aligned reads displayed.
TTGACATAAACTTGCCATAAGCCGTGGGAGGCACAGAAAAATCAATGATACGGAATGTGTTCTCACTATGACCACTGAAATCAATATTCGGCGTCCCGGTTTCTAGCAATTCGATAAATTGCATATGTTTACTGCCGATAGATTTTAAAAAATGATAAACCTCAAGAGGGTAATGGACATTAACGTTATTAATGACGGTTAACGTATTAAACTCTACTTGATATGATTTCAGACGCTCGATGGCTGCTATCACTTTTGCAAAAGTACCGTTACCTGAATTACTGCGTCTG > CP009273/1574378‑1574667 | ttGACATAAACTTGCCATAAGCCGTGGGAGGCACAGAAAAATCAATGATACGGAATGTGTTCTCACTATGACCACTGAAATCAATATTCGGCGTCCCGGTTTCTAGCAATTCGATAAATTGCATATGTTTACTGCCGATAGATTTTaa > 1:3282524/1‑148 (MQ=255) tAAACTTGCCATAAGCCGTGGGAGGCACAGAAAAATCAATGATACGGAATGTGTTCTCACTATGACCACTGAAATCAATATTCGGCGTCCCGGTTTCTAGCAATTCGATAAATTGCATATGTTTACTGCCGATAGATTTAAAAAAATg > 1:2257382/1‑148 (MQ=255) tAAACTTGCCATAAGCCGTGGGAGGCACAGAAAAATCAATGATACGGAATGTGTTCTCACTATGACCACTGAAATCAATATTCGGCGTCCCGGTTTCTAGCAATTCGATAAATTGCATATGTTTACTGCCGATAGATTTAAAAAAATg < 1:1492158/148‑1 (MQ=255) tAAACTTGCCATAAGCCGTGGGAGGCACAGAAAAATCAATGATACGGAATGTGTTCTCACTATGACCACTGAAATCAATATTCGGCGTCCCGGTTTCTAGCAATTCGATAAATTGCATATGTTTACTGCCGATAGATTTAAAAAAATg > 1:1553622/1‑148 (MQ=255) aaCTTGCCATAAGCCGTGGGAGGCACAGAAAAATCAATGATACGGAATGTGTTCTCACTATGACCACTGAAATCAATATTCGGCGTCCCGGTTTCTAGCAATTCGATAAATTGCATATGTTTACTGCCGATAGATTTAAAAAAATGAt > 2:471160/1‑148 (MQ=255) aCTTGCCATAAGCCGTGGGAGGCACAGAAAAATCAATGATACGGAATGTGTTCTCACTATGACCACTGAAATCAATATTCGGCGTCCCGGTTTCTAGCAATTCGATAAATTGCATATGTTTACTGCCGATAGATTTAAAAAAATGATa < 2:94420/148‑1 (MQ=255) aCTTGCCATAAGCCGTGGGAGGCACAGAAAAATCAATGATACGGAATGTGTTCTCACTATGACCACTGAAATCAATATTCGGCGTCCCGGTTTCTAGCAATTCGATAAATTGCATATGTTTACTGCCGATAGATTTAAAAAAATGATa < 2:1946103/148‑1 (MQ=255) aCTTGCCATAAGCCGTGGGAGGCACAGAAAAATCAATGATACGGAATGTGTTCTCACTATGACCACTGAAATCAATATTCGGCGTCCCGGTTTCTAGCAATTCGATAAATTGCATATGTTTACTGCCGATAGATTTAAAAAAATGATa > 2:336007/1‑148 (MQ=255) aCTTGCCATAAGCCGTGGGAGGCACAGAAAAATCAATGATACGGAATGTGTTCTCACTATGACCACTGAAATCAATATTCGGCGTCCCGGTTTCTAGCAATTCGATAAATTGCATATGTTTACTGCCGATAGATTTAAAAAAATGATa > 1:1828270/1‑148 (MQ=255) aCTTGCCATAAGCCGTGGGAGGCACAGAAAAATCAATGATACGGAATGTGTTCTCACTATGACCACTGAAATCAATATTCGGCGTCCCGGTTTCTAGCAATTCGATAAATTGCATATGTTTACTGCCGATAGATTTAAAAAAATGATa > 2:147273/1‑148 (MQ=255) cTTGCCATAAGCCGTGGGAGGCACAGAAAAATCAATGATACGGAATGTGTTCTCACTATGACCACTGAAATCAATATTCGGCGTCCCGGTTTCTAGCAATTCGATAAATTGCATATGTTTACTGCCGATAGATTTAAAAAAATGATaa < 1:1652118/148‑1 (MQ=255) ttGCCATAAGCCGTGGGAGGCACAGAAAAATCAATGATACGGAATGTGTTCTCACTATGACCACTGAAATCAATATTCGGCGTCCCGGTTTCTAGCAATTCGATAAATTGCATATGTTTACTGCCGATAGATTTAAAAAAATGATaaa > 1:2002379/1‑148 (MQ=255) tGCCATAAGCCGTGGGAGGCACAGAAAAATCAATGATACGGAATGTGTTCTCACTATGACCACTGAAATCAATATTCGGCGTCCCGGTTTCTAGCAATTCGATAAATTGCATATGTTTACTGCCGATAGATTTAAAAAAATGATAAAc > 1:2909153/1‑148 (MQ=255) cATAAGCCGTGGGAGGCACAGAAAAATCAATGATACGGAATGTGTTCTCACTATGACCACTGAAATCAATATTCGGCGTCCCGGTTTCTAGCAATTCGATAAATTGCATATGTTTACTGCCGATAGATTTAAAAAAATGATAAACCTc < 1:1892775/148‑1 (MQ=255) aaGCCGTGGGAGGCACAGAAAAATCAATGATACGGAATGTGTTCTCACTATGACCACTGAAATCAATATTCGGCGTCCCGGTTTCTAGCAATTCGATAAATTGCATATGTTTACTGCCGATAGATTTAAAAAAATGATAAACCTCAag > 2:597908/1‑148 (MQ=255) tGGGAGGCACAGAAAAATCAATGATACGGAATGTGTTCTCACTATGACCACTGAAATCAATATTCGGCGTCCCGGTTTCTAGCAATTCGATAAATTGCATATGTTTACTGCCGATAGATTTAAAAAAATGATAAACCTCAAGAGGGTa < 1:2738633/148‑1 (MQ=255) gggAGGCACAGAAAAATCAATGATACGGAATGTGTTCTCACTATGACCACTGAAATCAATATTCGGCGTCCCGGTTTCTAGCAATTCGATAAATTGCATATGTTTACTGCCGATAGATTTAAAAAAATGATAAACCTCAAGAGGGTaa > 1:1352443/1‑148 (MQ=255) ggAGGCACAGAAAAATCAATGATACGGAATGTGTTCTCACTATGACCACTGAAATCAATATTCGGCGTCCCGGTTTCTAGCAATTCGATAAATTGCATATGTTTACTGCCGATAGATTTAAAAAAATGATAAACCTCAAGAGGGTAAt < 2:1040336/148‑1 (MQ=255) ggAGGCACAGAAAAATCAATGATACGGAATGTGTTCTCACTATGACCACTGAAATCAATATTCGGCGTCCCGGTTTCTAGCAATTCGATAAATTGCATATGTTTACTGCCGATAGATTTAAAAAAATGATAAACCTCAAGAGGGTAAt > 1:260016/1‑148 (MQ=255) 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cAATGATACGGAATGTGTTCTCACTATGACCACTGAAATCAATATTCGGCGTCCCGGTTTCTAGCAATTCGATAAATTGCATATGTTTACTGCCGATAGATTTAAAAAAATGATAAACCTCAAGAGGGTAATGGACATTAACGttatt > 2:1383514/1‑148 (MQ=255) aaTGATACGGAATGTGTTCTCACTATGACCACTGAAATCAATATTCGGCGTCCCGGTTTCTAGCAATTCGATAAATTGCATATGTTTACTGCCGATAGATTTAAAAAAATGATAAACCTCAAGAGGGTAATGGACATTAACGttatta > 1:2417232/1‑148 (MQ=255) gATACGGAATGTGTTCTCACTATGACCACTGAAATCAATATTCGGCGTCCCGGTTTCTAGCAATTCGATAAATTGCATATGTTTACTGCCGATAGATTTAAAAAAATGATAAACCTCAAGAGGGTAATGGACATTAACGTTATTAATg > 1:192002/1‑148 (MQ=255) aCGGAATGTGTTCTCACTATGACCACTGAAATCAATATTCGGCGTCCCGGTTTCTAGCAATTCGATAAATTGCATATGTTTACTGCCGATAGATTTAAAAAAATGATAAACCTCAAGAGGGTAATGGACATTAACGTTATTAATGACg > 2:93222/1‑148 (MQ=255) ggAATGTGTTCTCACTATGACCACTGAAATCAATATTCGGCGTCCCGGTTTCTAGCAATTCGATAAATTGCATATGTTTACTGCCGATAGATTTAAAAAAATGATAAACCTCAAGAGGGTAATGGACATTAACGTTATTAATGACGGt < 2:3514588/148‑1 (MQ=255) 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tATGACCACTGAAATCAAGATTCGGCGTCCCGGTTTCTAGCAATTCGATAAATTGCATATGTTTACTGCCGATAGATTTAAAAAAATGATAAACCTCAAGAGGGTAATGGACATTAACGTTATTAATGACGGTTAACGTATTAAActc < 2:1759854/148‑1 (MQ=255) aTGACCACTGAAATCAATATTCGGCGTCCCGGTTTCTAGCAATTCGATAAATTGCATATGTTTACTGCCGATAGATTTAAAAAAATGATAAACCTCAAGAGGGTAATGGACATTAACGTTATTAATGACGGTTAACGTATTAAActct > 1:406038/1‑148 (MQ=255) aTGACCACTGAAATCAATATTCGGCGTCCCGGTTTCTAGCAATTCGATAAATTGCATATGTTTACTGCCGATAGATTTAAAAAAATGATAAACCTCAAGAGGGTAATGGACATTAACGTTATTAATGACGGTTAACGTATTAAActct < 2:2771796/148‑1 (MQ=255) tGACCACTGAACTCAATATTCGGCGTCCAGGTTTATATCAATTCGATAAATTGCATATGTTTTCTGGATATAGATTTAAAAAAATGTGAAACCTCCAGAGGGTAATGGAGATTAACGTTATTAAGGAAGGTTAACGTATTTATCTCTa < 2:2708405/148‑1 (MQ=255) gACCACTGAAATCAATATTCGGCGTCCCGGTTTCTAGCAATTCGATAAATTGCATATGTTTACTGCCGATAGATTTAAAAAAATGATAAACCTCAAGAGGGTAATGGACATTAACGTTATTAATGACGGTTAACGTATTAAACTCTAc > 1:3494315/1‑148 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |