Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 1,590,878 | A→T | 100% | pseudogene (1367/5323 nt) | yneO ← | pseudogene, AidA homolog |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 1,590,878 | 0 | A | T | 96.9% | 720.8 / 7.3 | 231 | pseudogene (1367/5323 nt) | yneO | pseudogene, AidA homolog |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (5/3); new base T (102/121); total (107/124) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.77e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 234 total aligned reads displayed.
TTAACTATCCCCTTACCGGAGGCATTTCCTCCGATAAATCCATAGCCCGTTGAATTAAGGGTGGCACCATTACTGACATTTACGATACCGCTACCAAAATTACCGACATTGATACCCACAGTATCGAACGATGATGTCGCATCCATCAGGTTCAGTGTGCCGATACCGCTTGCTTTATCGCCCAAAAAAGTAATATTTTGCGATACGAACTTACCGCCATCGCTAATATTGAGGTTTCCGACGCCCGCAACACCAATGGTGGTATAGACATTCTTATTGACCTCCCACA > CP009273/1590734‑1591022 | tAACTATCCCCTTACCGGAGGCATTTCCTCCGATAAATCCATAGCCCGTTGAATTAAGGGTGGCACCATTACTGACATTTACGATACCGCTACCAAAATTACCGACATTGATACCCACAGTATCGAACGATGATGTCGCATCCTTCAg > 1:2130452/1‑148 (MQ=255) aCTATCCCCTTACCGGAGGCATTTCCTCCGATAAATCCATAGCCCGTTGAATTAAGGGTGGCACCATTACTGACATTTACGATACCGCTACCAAAATTACCGACATTGCTACCCACAGTATCGAACGATGATGTCGCCTCCTTCAGGt > 2:166552/1‑148 (MQ=255) tATCCCCTTACCGGAGGCATTTCCTCCGATAAATCCATAGCCCGTTGAATTAAGGGTGGCACCATTACTGACATTTACGATACCGCTACCAAAATTACCGACATTGATACCCACAGTATCGAACGATGATGTCGCATCCTTCAGGTTc < 1:2730363/148‑1 (MQ=255) aTCCCCTTACCGGAGGCATTTCCTCCGATAAATCCATAGCCCGTTGAATTAAGGGTGGCACCATTACTGACATTTACGATACCGCTACCAAAATTACCGACATTGATACCCACAGTATCGAACGATGATGTCGCATCCTTCAGGTTCa > 1:3526189/1‑148 (MQ=255) aTCCCCTTACCGGAGGCATTTCCTCCGATAAATCCATAGCCCGTTGAATTAAGGGTGGCACCATTACTGACATTTACGATACCGCTACCAAAATTACCGACATTGATACCCACAGTATCGAACGATGATGTCGCATCCTTCAGGTTCa < 1:818494/148‑1 (MQ=255) tCCCCTTACCGGAGGCATTTCCTCCGATAAATCCATAGCCCGTTGAATTAAGGGTGGCACCATTACTGACATTTACGATACCGCTACCAAAATTACCGACATTGATACCCACAGTATCGAACGATGATGTCGCATCCTTCAGGTTCAg > 1:1078572/1‑148 (MQ=255) tCCCCTTACCGGAGGCATTTCCTCCGATAAATCCATAGCCCGTTGAATTAAGGGTGGCACCATTACTGACATTTACGATACCGCTACCAAAATTACCGACATTGATACCCACAGTATCGAACGATGATGTCGCATCCTTCAGGTTCAg > 1:1691988/1‑148 (MQ=255) cccTTACCGGAGGCATTTCCTCCGATAAATCCATAGCCCGTTGAATTAAGGGTGGCACCATTACTGACATTTACGATACCGCTACCAAAATTACCGACATTGATACCCACAGTATCGAACGATGATGTCGCATCCTTCAGGTTCAgtg < 1:925049/148‑1 (MQ=255) cccGTACCGGAGGCATTTCCTCCGATAAATCCAGAGCCCGTTGAATTAAGGGTGGCACCATTACTGACATTTACGATACCGCTACCAAAATTACCGACATTGATACCCACAGTATCGAACGATGATGTCGCATCCTTCAGGTTCAgtg < 2:2145723/148‑1 (MQ=255) ccTTACCGGATGCATTTCCTCCGATAAATCCATAGCCCGTTGAATTAAGGGTGGCACCATTACTGACATTTACGATACCGCTACCAAAATTACCGACATTGATACCCACAGTATCGAACGATGATGTCGCATCCTTCAGGTTCAgtgt < 1:2779711/148‑1 (MQ=255) ttACCGGAGGCATTTCCTCCGATAAATCCATAGCCCGTTGAATTAAGGGTTGCAACATTACTGACATTTACGATACCGCTACAAAAATTAACGACATTGATACCCACAGTATCGAACGATGATGTCGCATCCTTCAGGTTCAGTGTGc < 1:482283/148‑1 (MQ=255) ttACCGGAGGCATTTCCTCCGATAAATCCATAGCCCGTTGAATTAAGGGTGGCACCATTACTGACATTTACGATACCGCTACCAAAATTACCGACATTGATACCCACAGTATCGAACGATGATGTCGCATCCTTCAGGTTCAGTGTGc > 1:642691/1‑148 (MQ=255) ttACCGGAGGCATTTCCTCCGATAAATCCATAGCCCGTTGAATTAAGGGTGGCACCATTACTGACATTTACGATACCGCTACCAAAATTACCGACATTGATACCCACAGTATCGAACGATGATGTCGCATCCTTCAGGTTCAGTGTGc > 1:588999/1‑148 (MQ=255) aCCGGAGGCATTTCCTCCGATAAATCCATAGCCCGTTGAATTAAGGGTGGCACCATTACTGACATTTACGATACCGCTACCAAAATTACCGACATTGATACCCACAGTATCGAACGATGATGTCGCATCCTTCAGGTTCAGTGTGCCg < 2:1880420/148‑1 (MQ=255) aCCGGAGGCATTTCCTCCGATAAATCCATAGCCCGTTGAATTAAGGGTGGCACCATTACTGACATTTACGATACCGCTACCAAAATTACCGACATTGATACCCACAGTATCGAACGATGATGTCGCATCCTTCAGGTTCAGTGTGCCg < 2:76080/148‑1 (MQ=255) ccGGAGGCATTTCCTCCGATAAATCCATAGCCCGTTGAATTAAGGGTGGCACCATTACTGACATTTACGATACCGCTACCAAAATTACCGACATTGATACCCACAGTATCGAACGATGATGTCGCATCCTTCAGGTTCAGTGTGCCGa < 1:1082365/148‑1 (MQ=255) cGGAGGCATTTCCTCCGATAAATCCATAGCCCGTTGAATTAAGGGTGGCACCATTACTGACATTTACGATACCGCTACCAAAATTACCGACATTGATACCCACAGTATCGAACGATGATGTCGCATCCTTCAGGTTCAGTGTGCCGAt < 1:2531141/148‑1 (MQ=255) ggAGGCATTTCCTCCGATAAATCCATAGCCCGTTGAATTAAGGGTGGCACCATTACTGACATTTACGATACCGCTACCAAAATTACCGACATTGATACCCACAGTATCGAACGATGATGTCGCATCCTTCAGGTTCAGTGTGCCGATa > 2:1474340/1‑148 (MQ=255) ggAGGCATTTCCTCCGATAAATCCATAGCCCGTTGAATTAAGGGTGGCACCATTACTGACATTTACGATACCGCTACCAAAATTACCGACATTGATACCCACAGTATCGAACGATGATGTCGCATCCTTCAGGTTCAGTGTGCCGATa < 2:3253566/148‑1 (MQ=255) ggAGGCATTTCCTCCGATAAATCCATAGCCCGTTGAATTAAGGGTGGCACCATTACTGACATTTACGATACCGCTACCAAAATTACCGACATTGATACCCACAGTATCGAACGATGATGTCGCATCCATCAGGTTCAGTGTGCCGATa < 2:843728/148‑1 (MQ=255) gAGGCATTTCCTCCGATAAATCCATAGCCCGTTGAATTAAGGGTGGCACCATTACTGACATTTACGATACCGCTACCAAAATTACCGACATTGATACCCACAGTATCGAACGATGATGTCGCATCCTTCAGGTTCAGTGTGCCGATAc > 1:3330612/1‑148 (MQ=255) aGGCATTTCCTCCGATAAATCCATAGCCCGTTGAATTAAGGGTGGCACCATTACTGACATTTACGATACCGCTACCAAAATTACCGACATTGATACCCACAGTATCGAACGATGATGTCGCATCCTTCAGGTTCAGTGTGCCGATAcc > 1:696231/1‑148 (MQ=255) gCATTTCCTCCGATAAATCCATAGCCCGTTGAATTAAGGGTGGCACCATTACTGACATTTACGATACCGCTACCAAAATTACCGACATTGATACCCACAGTATCGAACGATGATGTCGCATCCTTCAGGTTCAGTGTGCCGATACCgc < 2:2484778/148‑1 (MQ=255) gCATTTCCTCCGATAAATCCATAGCCCGTTGAATTAAGGGTGGCACCATTACTGACATTTACGATACCGCTACCAAAATTACCGACATTGATACCCACAGTATCGAACGATGATGTCGCATCCTTCAGGTTCAGTGTGCCGATACCgc < 2:2630722/148‑1 (MQ=255) 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tAAATCCATAGCCCGTTGAATTAAGGGTGGCACCATTACTGACATTTACGATACCGCTACCAAAATTACCGACATTGATACCCACAGTATCGAACGATGATGTCGCATCCTTCAGGTTCAGTGTGCCGATACCGCTTGCTTTATCGcc < 1:1740548/148‑1 (MQ=255) aaaTCCATAGCCCGTTGAATTAAGGGTGGCACCATTACTGACATTTACGATACCGCTACCAAAATTACCGACATTGATACCCACAGTATCGAACGATGATGTCGCATCCTTCAGGTTCAGTGTGCCGATACCGCTTGCTTTATCGccc > 2:3007079/1‑148 (MQ=255) aaaTCCATAGCCCGTTGAATTAAGGGTGGCACCATTACTGACATTTACGATACCGCTACCAAAATTACCGACATTGATACCCACAGTATCGAACGATGATGTCGCATCCTTCAGGTTCAGTGTGCCGATACCGCTTGCTTTATCGccc > 2:876944/1‑148 (MQ=255) aTCCATAGCCCGTTGAATTAAGGGTGGCACCATTACTGACATTTACGATACCGCTACCAAAATTACCGACATTGATACCCACAGTATCGAACGATGATGTCGCATCCTTCAGGTTCAGTGTGCCGATACCGCTTGCTTTATCGCCCaa < 2:222282/148‑1 (MQ=255) tCCATAGCCCGTTGAATTAAGGGTGGCACCATTACTGACATTTACGATACCGCTACCAAAATTACCGACATTGATACCCACAGTATCGAACGATGATGTCGCATCCTTCAGGTTCAGTGTGCCGATACCGCTTGCTTTATCGCCCaaa > 2:3134334/1‑148 (MQ=255) 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tACTGACATTTACGATACCGCTACCAAAATTACCGACATTGATACCCACAGTATCGAACGATGATGTCGCATCCTTCAGGTTCAGTGTGCCGATACCGCTTGCTTTATCGCCCAAAAAAGTAATATTTTGCGATACGAACTTACCGcc > 2:1304913/1‑148 (MQ=255) tACTGACATTTACGATACCGCTACCAAAATTACCGACATTGATACCCACAGTATCGAACGATGATGTCGCATCCTTCAGGTTCAGTGTGCCGATACCGCTTGCTTTATCGCCCAAAAAAGTAATATTTTGCGATACGAACTTACCGcc > 2:736047/1‑148 (MQ=255) tACTGACATTTACGATACCGCTACCAAAATTACCGACATTGATACCCACAGTATCGAACGATGATGTCGCATCCTTCAGGTTCAGTGTGCCGATACCGCTTGCTTTATCGCCCAAAAAAGTAATATTTTGCGATACGAACTTACCGcc > 1:2934708/1‑148 (MQ=255) cTGACATTTACGATACCGCTACCAAAATTACCGACATTGATACCCACAGTATCGAACGATGATGTCGCATCCTTCAGGTTCAGTGTGCCGATACCGCTTGCTTTATCGCCCAAAAAAGTAATATTTTGCGATACGAACTTACCGCCAt > 1:1988862/1‑148 (MQ=255) aCATTTACGATACCGCTACCAAAATTACCGACATTGATACCCACAGTATCGAACGATGATGTCGCATCCTTCAGGTTCAGTGTGCCGATACCGCTTGCTTTATCGCCCAAAAAAGTAATATTTTGCGATACGAACTTACCGCCATCGc < 2:1575139/148‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |