Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 1,622,209 | G→T | 21.1% | V146F (GTT→TTT) | ydfG → | NADP‑dependent 3‑hydroxy acid dehydrogenase; malonic semialdehyde reductase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 1,622,209 | 0 | G | T | 21.1% | 558.3 / 99.1 | 213 | V146F (GTT→TTT) | ydfG | NADP‑dependent 3‑hydroxy acid dehydrogenase; malonic semialdehyde reductase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (71/97); new base T (24/21); total (95/118) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.37e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.78e-01 |
Only 100 of 219 total aligned reads displayed.
AAGACTGGGAAACGATGATTGATACCAACAACAAAGGCCTGGTATATATGACGCGCGCCGTCTTACCGGGTATGGTTGAACGTAATCATGGTCATATTATTAACATTGGCTCAACGGCAGGTAGCTGGCCGTATGCCGGTGGTAACGTTTACGGTGCGACGAAAGCGTTTGTTCGTCAGTTTAGCCTGAATCTGCGTACGGATCTGCATGGTACGGCGGTGCGCGTCACCGACATCGAACCGGGTCTGGTGGGTGGTACCGAGTTTTCCAATGTCCGCTTTAAAGGCGATGACG > CP009273/1622063‑1622356 | aaGACTGGGAAACGATGATTGATACCAACAACAAAGGCCTGGTATATATGACGCGCGCCGTCTTACCGGGTATGGTTGAACGTAATCATGGTCATATTATTAACATTGGCTCAACGGCAGGTAGCTGGCCGTATGCCGGTGGTAACGt < 1:284294/148‑1 (MQ=255) aaGACTGGGAAACGATGATTGATACCAACAACAAAGGCCTGGTATATATGACGCGCGCCGTCTTACCGGGTATGGTTGAACGTAATCATGGTCATATTATTAACATTGGCTCAACGGCAGGTAGCTGGCCGTATGCCGGTGGTAACGt > 1:1663975/1‑148 (MQ=255) gACTGGGAAACGATGATTGATACCAACAACAAAGGCCTGGTATATATGACGCGCGCCGTCTTACCGGGTATGGTTGAACGTAATCATGGTCATATTATTAACATTGGCTCAACGGCAGGTAGCTGGCCGTATGCCGGTGGTAACtttt > 2:2838069/1‑148 (MQ=255) aCTGGGAAACGATGATTGATACCAACAACAAAGGCCTGGTATATATGACGCGCGCCGTCTTACCGGGTATGGTTGAACGTAATCATGGTCATATTATTAACATTGGCTCAACGGCAGGTAGCTGGCCGTATGCCGGTGGTAACGTTTa 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cTGGCCGTATGCCGGTGGTAACGTTTACGGTGCGACGAAAGCGTTTGTTCGTCAGTTTAGCCTGAATCTGCGTACGGATCTGCATGGTACGGCGGTGCGCGTCACCGACATCGAACCGGGTCTGGTGGGTGGTACCGAGTTTTCCAAt > 2:3048777/1‑148 (MQ=255) gCCGTATGCCGGTGGTAACGTTTACGGTGCGACGAAAGCGTTTGTTCGTCAGTTTAGCCTGAATCTGCGTACGGATCTGCATGGTACGGCGGTGCGCGTCACCGACATCGAACCGGGTCTGGTGGGTGGTACCGAGTTTTCCAATGTc > 1:1566381/1‑148 (MQ=255) gCCGTATGCCGGTGGTAACGTTTACGGTGCGACGAAAGCGTTTGTTCGTCAGTTTAGCCTGAATCTGCGTACGGATCTGCATGGTACGGCGGTGCGCGTCACCGACATCGAACCGGGTCTGGTGGGTGGTACCGAGTTTTCCAATGTc > 1:1454854/1‑148 (MQ=255) tATGCCGGTGGTAACGTTTACGGTGCGACGAAAGCGTTTGTTCGTCAGTTTAGCCTGAATCTGCGTACGGATCTGCATGGTACGGCGGTGCGCGTCACCGACATCGAACCGGGTCTGGTGGGTGGTACCGAGTTTTCCAATGTCCGCt < 1:2398/148‑1 (MQ=255) aTGCCGGTGGTAACGTTTACGGTGCGACGAAAGCGTTTGTTCGTCAGTTTAGCCTGAATCTGCGTACGGATCTGCATGGTACGGCGGTGCGCGTCACCGACATCGAACCGGGTCTGGTGGGTGGTACCGAGTTTTCCAATGTCCGCtt > 2:2816576/1‑148 (MQ=255) 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aCGTTTACGGTGCGACGAAAGCGTTTGTTCGTCAGTTTAGCCTGAATCTGCGTACGGATCTGCATGGTACGGCGGTGCGCGTCACCGACATCGAACCGGGTCTGGTGGGTGGTACCGAGTTTTCCAATGTCCGCTTTAAAGGCGATGa < 1:29602/148‑1 (MQ=255) | AAGACTGGGAAACGATGATTGATACCAACAACAAAGGCCTGGTATATATGACGCGCGCCGTCTTACCGGGTATGGTTGAACGTAATCATGGTCATATTATTAACATTGGCTCAACGGCAGGTAGCTGGCCGTATGCCGGTGGTAACGTTTACGGTGCGACGAAAGCGTTTGTTCGTCAGTTTAGCCTGAATCTGCGTACGGATCTGCATGGTACGGCGGTGCGCGTCACCGACATCGAACCGGGTCTGGTGGGTGGTACCGAGTTTTCCAATGTCCGCTTTAAAGGCGATGACG > CP009273/1622063‑1622356 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |