| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 1,641,167 | A→T | 48.1% | intergenic (+173/+264) | flxA → / ← intK | Qin prophage; uncharacterized protein/pseudogene, integrase fragment, Qin prophage;Phage or Prophage Related |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,641,167 | 0 | A | T | 48.1% | 26.5 / inf | 264 | intergenic (+173/+264) | flxA/intK | Qin prophage; uncharacterized protein/pseudogene, integrase fragment, Qin prophage;Phage or Prophage Related |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (76/61); new base T (73/54); total (149/115) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.04e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.87e-01 | |||||||||||
Only 100 of 264 total aligned reads displayed.
GGCCACTTTTCGCCATCAGCCTTTTCTTTAAAGACATATTATCTTTGTATCATTTCTGATAGTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTCCGCTTCTTGCTCTTAGCGGACATTAGCATAGGCTATTTACCATAACGCCTCATTACGCGCACCGCCCAGACTGACTCAGCGC > CP009273/1641022‑1641313 | gCCACTTTTCGCCATCAGCCATTTCTTTAAAGACATATTATCTTTGTATCATTTCTGATAGTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAAtt < 2:441591/148‑1 (MQ=255) cTTTTCGCCATCAGCCTTTTCTTTAAAGACATATTATCTTTGTATCATTTCTGATAGTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGa < 2:1725197/148‑1 (MQ=255) tttCGCCATCAGCCTTTTCTTTAAAGACATATTATCTTTGTATCATTTCTGATAGTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCTATTATGAAt < 1:2490900/148‑1 (MQ=255) tttCGCCATCAGCCTTTTCTTTAAAGACATATTATCTTTGTATCATTTCTGATAGTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAAt > 1:1646790/1‑148 (MQ=255) ttCGCCATCAGCCTTTTCTTTAAAGACATATTATCTTTGTATCATTTCTGATAGTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCTATTATGAAtt > 2:1392604/1‑148 (MQ=255) tCGCCATCAGCCTTTTCTTTAAAGACATATTATCTTTGTATCATTTCTGATAGTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCTATTATGAATTg < 2:3358646/148‑1 (MQ=255) tCGCCATCAGCCTTTTCTTTAAAGACATATTATCTTTGTATCATTTCTGATAGTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCTATTATGAATTg < 2:2702316/148‑1 (MQ=255) tCGCCATCAGCCTTTTCTTTAAAGACATATTATCTTTGTATCATTTCTGATAGTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTg < 1:327088/148‑1 (MQ=255) cGCCATCAGCCTTTTCTTTAAAGACATATTATCTTTGTATCATTTCTGATAGTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCTATTATGAATTGc < 2:787920/148‑1 (MQ=255) ccATCAGCCTTTTCTTTAAAGACATATTATCTTTGTATCATTTCTGATAGTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCaa < 2:752415/148‑1 (MQ=255) ccATCAGCCTTTTCTTTAAAGACATATTATCTTTGTAACATTTCTGATAGTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCTATTATGAATTGCaa < 2:2777560/148‑1 (MQ=255) cATCAGCCTTTTCTTTAAAGACATATTATCTTTGTATCATTTCTGATAGTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAAc > 2:1940572/1‑148 (MQ=255) aTCAGCCTTTTCTTTAAAGACATATTATCTTTGTATCATTTCTGATAGTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAACt > 2:2129152/1‑148 (MQ=255) tCAGCCTTTTCTTTAAAGACATATTATCTTTGTATCATTTCTGATAGTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCTATTATGAATTGCAACTa > 2:3503417/1‑148 (MQ=255) tCAGCCTTTTCTTTAAAGACATATTATCTTTGTATCATTTCTGATAGTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCTATTATGAATTGCAACTa > 1:1242672/1‑148 (MQ=255) gCCTTTTCTTTAAAGACATATTATCTTTGTATCATTTCTGATAGTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCTATTATGAATTGCAACTAttt > 1:2018661/1‑148 (MQ=255) tttCTTTAAAGACATATTATCTTTGTATCATTTCTGATAGTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCTATTATGAATTGCAACTATTTCTGt < 1:3119136/148‑1 (MQ=255) tttCTTTAAAGACATATTATCTTTGTATCATTTCTGATAGTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAACTATTTCTGt > 1:1946577/1‑148 (MQ=255) ttCTTTAAAGACATATTATCTTTGTATCATTTCTGATAGTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCTATTATGAATTGCAACTATTTCTGTa > 1:2413216/1‑148 (MQ=255) tacTTTAAAGACATATTATCTTAGTATCATTTCTGATAGTTAACATTAAAATATATAAGTAATGGACTCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGATTTTAACTGACAACCAATGATCTATTATGAATTTCAACTATATCTTTa > 1:624008/3‑148 (MQ=255) ttAAAGACATATTATCTTTGTATCATTTCTGATAGTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCa > 1:2916057/1‑148 (MQ=255) ttAAAGACATATTATCTTTGTATCATTTCTGATAGTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCa > 1:74690/1‑148 (MQ=255) aaaGACATATTATCTTTGTATCATTTCTGATAGTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCTATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACt > 2:1038714/1‑148 (MQ=255) aaGACATATTATCTTTGTATCATTTCTGATAGTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCTATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACtt > 1:3470403/1‑148 (MQ=255) aGACATATTATCTTTGTATCATTTCTGATAGTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCTATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACttt > 2:2028516/1‑148 (MQ=255) aGACATATTATCTTTGTATCATTTCTGATAGTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACttt > 2:2140408/1‑148 (MQ=255) aCATATTATCTTTGTATCATTTCTGATAGTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCTATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTtg > 1:1499072/1‑148 (MQ=255) atatTATCTTTGTATCATTTCTGATAGTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCTATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTtgtg < 2:391956/148‑1 (MQ=255) tattatCTTTGTATCATTTCTGATAGTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCTATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTgg < 2:3288747/148‑1 (MQ=255) attatCTTTGTATCATTTCTGATAGTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCTATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTggg > 2:381846/1‑148 (MQ=255) tatCTTTGTATCATTTCTGATAGTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCTATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGa > 2:870647/1‑148 (MQ=255) atCTTTGTATCATTTCTGATAGTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGAc > 2:150469/1‑148 (MQ=255) cTTTGTATCATTTCTGATAGTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAg > 1:1818936/1‑148 (MQ=255) ttGTATCATTTCTGATAGTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTc > 2:1208932/1‑148 (MQ=255) gTATCATTTCTGATAGTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCTATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCca > 2:664728/1‑148 (MQ=255) tCATTTCTGATAGTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCTATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACaa > 2:980214/1‑148 (MQ=255) tCATTTCTGATAGTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACaa > 1:1361645/1‑148 (MQ=255) aTTTCTGATAGTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCTATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACaaaa < 1:2623758/148‑1 (MQ=255) aTTTCTGATAGTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACaaaa < 2:1808183/148‑1 (MQ=255) aTTTCTGATAGTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACaaaa < 2:604722/148‑1 (MQ=255) aTTTCTGATAGTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACaaaa < 2:2640436/148‑1 (MQ=255) ttCTGATAGTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACt < 2:842850/148‑1 (MQ=255) aTAGTTAACATTACAAGATATAAGTAATGTACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCaa < 2:3178857/148‑1 (MQ=255) tAGTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCTATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAAc > 2:3119766/1‑148 (MQ=255) gTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCTATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACtt > 1:1654510/1‑148 (MQ=255) gTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACtt > 1:1572222/1‑148 (MQ=255) ttAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTTAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCTATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTc < 1:3289747/148‑1 (MQ=255) ttAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCTATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTc > 1:1512514/1‑148 (MQ=255) aaCATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTCCg < 2:1897445/148‑1 (MQ=255) aCATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCTATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTCCGc < 1:1009010/148‑1 (MQ=255) aCATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAAAAAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTCCGc > 2:1684142/1‑148 (MQ=255) aTTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCTATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTCCGctt > 1:1854370/1‑148 (MQ=255) cAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCTATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTCCGCTTCTTg > 1:1397209/1‑148 (MQ=255) aaGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTCCGCTTCTTGc < 1:1097566/148‑1 (MQ=255) gATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACTAGTTTAACTGACAACCCATGATCTATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTCCGCTTCTTGctc < 1:1310846/148‑1 (MQ=255) gATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCTATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTCCGCTTCTTGctc < 1:2643368/148‑1 (MQ=255) ataAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCCATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCTATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTCCGCTTCTTGCTCTTa < 1:1733183/148‑1 (MQ=255) aaGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCTATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTCCGCTTCTTGCTCTTAGc < 1:2178498/148‑1 (MQ=255) aaGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTCCGCTTCTTGCTCTTAGc > 2:114190/1‑148 (MQ=255) aaGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTCCGCTTCTTGCTCTTAGc > 2:2290142/1‑148 (MQ=255) aGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTCCGCTTCTTGCTCTTAGCg > 2:1220658/1‑148 (MQ=255) aaTGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCTATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTCCGCTTCTTGCTCTTAGCGGAc > 1:2667891/1‑148 (MQ=255) aTGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCTATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTCCGCTTCTTGCTCTTAGCGGACa < 1:425894/148‑1 (MQ=255) aTGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTCCGCTTCTTGCTCTTAGCGGACa < 1:1388217/148‑1 (MQ=255) gACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTACCGCTGCTTGCTCTTAGCGGACATTa > 1:1251126/1‑148 (MQ=255) aCGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCTATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTCCGCTTCTTGCTCTTAGCGGACATTAg > 1:2906378/1‑148 (MQ=255) tCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCTATTATGACTTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTCCGCTTCTTGCTCTTAGCGGACATTAGCATAgg > 1:2855368/1‑148 (MQ=255) ccAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCTATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTCCGCTTCTTGCTCTTAGCGGACATTAGCATAGGCt < 1:1998940/148‑1 (MQ=255) ccAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTCCGCTTCTTGCTCTTAGCGGACATTAGCATAGGCt > 2:239940/1‑148 (MQ=255) cAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTCCGCTTCTTGCTCTTAGCGGACATTAGCATAGGCTa > 2:899386/1‑148 (MQ=255) aTTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCTATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTCCGCTTCTTGCTCTTAGCGGACATTAGCATAGGCTAtt > 1:282432/1‑148 (MQ=255) ttAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTCCGCTTCTTGCTCTTAGCGGACATTAGCATAGGCTAttt > 2:2057606/1‑148 (MQ=255) gTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCTATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTCCGCTTCTTGCTCTTAGCGGACATTAGCATAGGCTATTTAcc < 2:2900623/148‑1 (MQ=255) tCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCTATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTCCGCTTCTTGCTCTTAGCGGACATTAGCATAGGCTATTTACCa > 1:1857391/1‑148 (MQ=255) aTTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCTATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTCCGCTTCTTGCTCTTAGCGGACATTAGCATAGGCTATTTACCATaa > 2:3045867/1‑148 (MQ=255) tttAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTCCGCTTCTTGCTCTTAGCGGACATTAGCATAGGCTATTTACCATAAc > 2:2917275/1‑148 (MQ=255) ttAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCTATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTCCGCTTCTTGCTCTTAGCGGACATTAGCATAGGCTATTTACCATAACg < 2:1556482/148‑1 (MQ=255) tAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTCCGCTTCTTGCTCTTAGCGGACATTAGCATAGGCTATTTACCATAACGc < 1:2078387/148‑1 (MQ=255) aTCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCTATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTCCGCTTCTTGCTCTTAGCGGACATTAGCATAGGCTATTTACCATAACGCCTc < 1:1154357/148‑1 (MQ=255) aTCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTCCGCTTCTTGCTCTTAGCGGACATTAGCATAGGCTATTTACCATAACGCCTc > 1:81801/1‑148 (MQ=255) tCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTCCGCTTCTTGCTCTTAGCGGACATTAGCATAGGCTATTTACCATAACGCCTCa > 1:3513029/1‑148 (MQ=255) gCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCTATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTCCGCTTCTTGCTCTTAGCGGACATTAGCATAGGCTATTTACCATAACGCCTCAtt < 1:2201071/148‑1 (MQ=255) ccACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCTATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTCCGCTTCTTGCTCTTAGCGGACATTAGCATAGGCTATTTACCATAACGCCTCATTa < 1:3503417/148‑1 (MQ=255) cGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTCCGCTTCTTGCTCTTAGCGGACATTAGCATAGGCTATTTACCATAACGCCTCATTAcgc > 2:1119689/1‑148 (MQ=255) aGTTTAACTGACAACCCATGATCTATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTCCGCTTCTTGCTCTTAGGGGACAGTAGCATAGGCTATTTACCATAGCGCCTCATTACgcgc > 2:1959650/1‑148 (MQ=255) tttAACTGACAACCCATGATCTATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTCCGCTTCTTGCTCTTAGCGGACATTAGCATAGGCTATTTACCATAACGCCTCATTACGCGCAc > 2:2238867/1‑148 (MQ=255) tttAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTCCGCTTCTTGCTCTTAGCGGACATTAGCATAGGCTATTTACCATAACGCCTCATTACGCGCAc > 2:23010/1‑148 (MQ=255) tttAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTCCGCTTCTTGCTCTTAGCGGACATTAGCATAGGCTATTTACCATAACGCCTCATTACGCGCAc > 2:486784/1‑148 (MQ=255) aCTGACAACCCATGATCTATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTCCGCTTCTTGCTCTTAGCGGACATTAGCATAGGCTATTTACCATAACGCCTCATTACGCGCACCGcc < 2:322486/148‑1 (MQ=255) aCTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTCCGCTTCTTGCTCTTAGCGGACATTAGCATAGGCTATTTACCATAACGCCTCATTACGCGCACCGcc < 1:1208932/148‑1 (MQ=255) tGACAACCCATGATCTATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTCCGCTTCTTGCTCTTAGCGGACATTAGCATAGGCTATTTACCATAACGCCTCAGTACGCGCACCGCCCa > 2:2096861/1‑148 (MQ=255) tGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTCCGCTTCTTGCTCTTAGCGGACATTAGCATAGGCTATTTACCATAACGCCTCATTACGCGCACCGCCCa > 2:829294/1‑148 (MQ=255) aCAACCCATGATCTATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTCCGCTTCTTGCTCTTAGCGGACATTAGCATAGGCTATTTACCATAACGCCTCATTACGCGCACCGCCCAga < 2:2565391/148‑1 (MQ=255) cAACCCATGATCTATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTCCGCTTCTTGCTCTTAGCGGACATTAGCATAGGCTATTTACCATAACGCCTCATTACGCGCACCGCCCAgac > 2:991657/1‑148 (MQ=255) aCCCATGATCAATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTCCGCTTCTTGCTCTTAGCGGACATTAGCATAGGCTATTTACCATAACGCCTCATTACGCGCACCGCCCAgactg < 1:1445122/148‑1 (MQ=255) cATGATCTATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTCCGCTTCTTGCTCTTAGCGGACAATAGCATAGGCTATTTACCATAACGCCTCATTACGCGCACCGCCCAgactgact > 1:3547024/1‑148 (MQ=255) aTGATCAATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTCCGCTTCTTGCTCTTAGCGGACATTAGCATAGGCTATTTACCATAACGCCTCATTACGCGCACCGCCCAGACTGACTc > 2:1000032/1‑148 (MQ=255) aTCAATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTCCGCTTCTTGCTCTTAGCGGACATTAGCATAGGCTATTTACCATAACGCCTCATTACGCGCACCGCCCAGACTGACTCAgc < 1:1004204/148‑1 (MQ=255) tCAATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTCCGCTTCTTGCTCTTAGCGGACATTAGCATAGGCTATTTACCATAACGCCTCATTACGCGCACCGCCCAGACTGACTCAgcg > 1:1054498/1‑148 (MQ=255) cAATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTCCGCTTCTTGCTCTTAGCGGACATTAGCATAGGCTATTTACCATAACGCCTCATTACGCGCACCGCCCAGACTGACTCAgcgc > 2:2752627/1‑148 (MQ=255) | GGCCACTTTTCGCCATCAGCCTTTTCTTTAAAGACATATTATCTTTGTATCATTTCTGATAGTTAACATTACAAGATATAAGTAATGGACGCACTCCCAATTAGTCTATTTAAATCGCCACGAGTTTAACTGACAACCCATGATCAATTATGAATTGCAACTATTTCTGTAGTCACTTTTGTGGGGACAGTCCACAAAACTGCCAACTTCCGCTTCTTGCTCTTAGCGGACATTAGCATAGGCTATTTACCATAACGCCTCATTACGCGCACCGCCCAGACTGACTCAGCGC > CP009273/1641022‑1641313 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |