Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 1,642,135 | C→T | 100% | intergenic (‑28/‑56) | dicC ← / → dicA | Qin prophage; DNA‑binding transcriptional regulator for DicB/Qin prophage; putative regulator for DicB |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 1,642,135 | 0 | C | T | 97.4% | 745.8 / 6.9 | 229 | intergenic (‑28/‑56) | dicC/dicA | Qin prophage; DNA‑binding transcriptional regulator for DicB/Qin prophage; putative regulator for DicB |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/4); new base T (114/109); total (116/113) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.42e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 233 total aligned reads displayed.
CGCGCGACCTTCGGGAACTAAATCCCCTTTCCAGCTATAAAGCGAAGCCAAACGAATACCTGCTGCTTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAACTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTAACTATGGAAACAAAAAATTTAACTATCGGCGAACGCATCAGGTATCGTCGGAAAAACCTCAAACACACCCAAAGGTCTCTTGCTAAAGCCCT > CP009273/1641988‑1642279 | cgcgcgACCTTCGGGAACTAAATCCCCTTTCCAGCTATAAAGCGAAGCCAAACGAATACCTGCTGCTTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAAACGAAATAAAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACATTTATTGTTAGTCAtaac > 2:1950576/1‑148 (MQ=255) aCCTTCGGGAACTAAATCCCCTTTCCAGCTATAAAGCGAAGCCAAACGAATACCTGCTGCTTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACaa > 1:1258765/1‑148 (MQ=255) cTTCGGGAACTAAATCCCCTTTCCAGCTATAAAGCGAAGCCAAACGAATACCTGCTGCTTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAACTAACAaga < 1:2274387/148‑1 (MQ=255) cGGGAACTAAATCCCCTTTCCAGCTATAAAGCGAAGCCAAACGAATACCTGCTGCTTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAagatag < 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gAACTAAATCCCCTTTCCAGCTATAAAGCGAAGCCAAACGAATACCTGCTGCTTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATg > 1:1364371/1‑148 (MQ=255) gAACTAAATCCCCTTTCCAGCTATAAAGCGAAGCCAAACGAATACCTGCTGCTTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATg > 1:2874605/1‑148 (MQ=255) aaaTCCCCTTTCCAGCTATAAAGCGAAGCCAAACGAATACCTGCTGCTTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAAc > 2:20330/1‑148 (MQ=255) aaTCCCCTTTCCAGCTATAAAGCGAAGCCAAACGAATACCTGCTGCTTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACa > 1:50340/1‑148 (MQ=255) aTCCCCTTTCCAGCTATAAAGCGAAGCCAAACGAATACCTGCTGCTTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACaa > 2:366664/1‑148 (MQ=255) 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tttCCAGCTATAAAGCGAAGCCAAACGAATACCTGCTGCTTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACAt > 2:139088/1‑148 (MQ=255) ccAGCTATAAAGCGAAGCCAAACGAATACCTGCTGCTTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGt > 1:834670/1‑148 (MQ=255) tataAAGCGAAGCCAAACGAATACCTGCTGCTTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAACTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATa < 2:800229/148‑1 (MQ=255) ataAAGCGAAGCCAAACGAATACCTGCTGCTTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATAc > 2:1829842/1‑148 (MQ=255) taAAGCGAAGCCAAACGAATACCTGCTGCTTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACg > 2:1145337/1‑148 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |